성실신고확인대상사업자가 종합소득과세표준 확정신고시 신고유형을 외부조정으로 한 경우 기한후신고에 해당하는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1995.11.9. OOO에서 ‘OOO’(이하 “쟁점사업장”이라 한다)라는 상호로 사업자등록을 하여 고무의류 등의 제조업을 영위한 사업자이고 2014년 귀속 수입금액이 OOO원이라 소득세법 시행령제133조 제1항 제2호에 따른 성실신고확인대상사업자에 해당한다.
• 나. 처분청은 성실신고확인대상사업자로 신고 안내를 받은 청구인이 2015.6.25. 2014년 귀속 종합소득과세표준 확정신고시 신고의 유형을 ‘외부조정’으로 입력하여 전자신고하고 성실신고확인서 및 관련 서류를 제출하지 아니하여 기한 후 신고(이하 “기한후신고”라 한다)를 한 것으로 보아 중소기업특별세액감면 및 성실신고확인비용세액공제(이하 “관련 세액공제 등”이라 한다)를 배제하여 2017.2.3. 청구인에게 2014년 귀속 종합소득세 OOO원(납부불성실가산세를 포함, 이하 “쟁점세액”이라 한다)을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2017.4.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 2014년 귀속 종합소득과세표준 확정신고시 신고유형 코드를 ‘외부조정’으로 잘못 입력한 것일 뿐 확정신고서와 함께 성실신고확인서 및 관련 세액공제신청서 등을 전자제출하였으나, 국세청 홈택스(이하, “홈택스”라 한다)에서 “안내한 신고유형과 다르게 입력되었다” 또는 “신고유형이 ‘외부조정’으로 입력되어 성실신고확인서 등을 전송할 수 없다”는 등의 오류메시지를 안내하지 않고 신고내용이 정상수록되었다는 접수증까지 발급해 주고서 1년 3개월이 지난 시점에 청구인이 2015.6.25. ‘성실신고확인’이 아닌 ‘외부조정’으로 신고하였으므로 법정신고기한(2015.5.31.)을 지난 기한후신고에 해당하고, 성실신고확인서 등을 제출한 사실이 확인되지 않는다는 이유로 이 건 종합소득세를 부과처분한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 성실신고확인대상사업자에 해당한다는 신고안내를 받고 도 2015.6.25. 종합소득과세표준 확정신고를 하면서 ‘외부조정’으로 신고한 것은국세기본법에 따른 기한후신고에 해당하고, 홈택스에 오류가 있어 성실신고확인서 등이 제대로 전송되지 않았다고 주장할 뿐 이를 제출하였다고 인정할 만한 입증자료가 없는바, 관련 세액공제 등을 배제하여 이 건을 부과처분한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 성실신고확인대상사업자가 2015.6.25. 종합소득과세표준 확정신고시 신고유형을 ‘외부조정’으로 한 경우 ‘기한후신고’에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법률 (1) 국세기본법 제5조의2(우편신고 및 전자신고) ② 제1항의 신고서 등을 국세정보통신망을 이용하여 제출하는 경우에는 해당 신고서 등이 국세청장에게 전송된 때에 신고된 것으로 본다. 제45조의3(기한후신고) ① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다.

(2) 소득세법 제70조(종합소득과세표준 확정신고) ① 해당 과세기간의 종합소득금액이 있는 거주자(종합소득과세표준이 없거나 결손금이 있는 거주자를 포함한다)는 그 종합소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게신고하여야 한다. 제70조의2(성실신고확인서 제출) ① 성실한 납세를 위하여 필요하다고 인정되어 수입금액이 업종별로 대통령령으로 정하는 일정 규모 이상의 사업자(이하 "성실신고확인대상사업자"라 한다)는 제70조에 따른 종합소득과세표준 확정신고를 할 때에 같은 조 제4항 각 호의 서류에 더하여 제160조 및 제161조에 따라 비치ㆍ기록된 장부와 증명서류에 의하여 계산한 사업소득금액의 적정성을 세무사 등 대통령령으로 정하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 확인하고 작성한 확인서(이하 "성실신고확인서"라 한다)를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

② 제1항에 따라 성실신고확인대상사업자가 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 제70조제1항에도 불구하고 종합소득과세표준 확정신고를 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 6월 30일까지 하여야 한다. (고, 주거용 건물 개발 및 공급업을 포함한다), 운수업, 출판·영상·방송통신 및 정보서비스업, 금융 및 보험업, 상품중개업: 10억원

(4) 조세특례제한법 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다. 제126조의6(성실신고 확인비용에 대한 세액공제) ①소득세법제70조의2제1항 따른 성실신고확인대상사업자가 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 성실신고 확인에 직접 사용한 비용의 100분의 60에 해당하는 금액을 해당 과세연도의 소득세[사업소득(소득세법제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다]에서 공제한다. 다만, 공제세액의 한도는 100만원의 범위에서 대통령령으로 정한다.

④ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. 제128조(추계과세 시 등의 감면배제) ②소득세법제80조제1항 또는법인세법제66조 제1항에 따라 결정을 하는 경우와국세기본법제45조의3에 따라 기한후신고를 하는 경우에는 제6조, 제7조, 제12조 제1항ㆍ제3항, 제12조의2, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제62조 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항ㆍ제2항, 제96조, 제102조, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항을 적용하지 아니한다. 3) 소득세법 시행령 제133조(성실신고확인서 제출) ① 법 제70조의2제1항에서 "수입금액이 업종별로 대통령령으로 정하는 일정 규모 이상의 사업자"란 해당 과세기간의 수입금액의 합계액이 다음 각 호의 구분에 따른 금액 이상인 사업자(이하 이 조에서 "성실신고확인대상사업자"라 한다)를 말한다. 다만, 제1호 또는 제2호에 해당하는 업종을 영위하는 사업자 중 별표 3의3에 따른 사업서비스업을 영위하는 사업자의 경우에는 제3호에 따른 금액 이상인 사업자를 말한다.

2. 제조업, 숙박 및 음식점업, 전기·가스·증기 및 수도사업, 하수·폐기물처리·원료재생 및 환경복원업, 건설업(비주거용 건물 건설업은 제외하

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료 등에 따르면, 다음과 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구인이 2015.6.25. 홈택스를 이용하여 전자신고한 2014년 귀속 종합소득과세표준 확정신고서를 보면, 신고유형을 ‘외부조정’, 신고구분을 ‘정기신고’로 입력하고, 과세표준을 OOO원, 납부할 세액을 OOO원으로 작성한 것으로 나타난다. (나) 청구인이 제출한 2014년 귀속 종합소득세 신고안내 정보자료를 살펴보면, 신고유형이 ‘S유형(성실신고확인대상사업자)’으로 기재되어 있는 것으로 나타난다. (2) 청구인은 이 건의 부과처분이 부당하다고 다음과 같이 주장한다. (가) 처분청이 청구인에게 성실신고확인대상사업자로 안내하였으므로 신고유형을 ‘성실신고확인’이 아닌 ‘외부조정’으로 오류로 입력한 것에 대하여 홈택스에서 “신고유형이 안내내용과 다르고 신고기한이 아니다”등의 안내를 하지 않고 정상수록되었다는 접수증까지 발급하였으므로 이와 같은 홈택스의 오류로 인하여 청구인이 정상신고할 수 없었고, 바로 잡아 다시 신고할 수 있는 기회까지 박탈된 것이다. (나) 2014년도 홈택스에 오류가 있었음을 입증하는 자료를 2017.6. 29. 제출하였고, 그 주요내용은 아래 <표>와 같다. <표> 청구인이 제출한 입증자료의 주요내용

(3) 처분청은 청구인의 주장에 대하여 반박하는 논거를 다음과 같이 제시하였다. (가) 이 건의 경우 납세의무자의 자진신고에 따라 그 의무가 확정되는 신고납세방식의 조세로서 다만, 신고 편의를 제공하기 위하여 처분청이 신고안내문을 발송한 것이고, 청구인이 안내받은 신고유형 등을 참고하여 관련 법령에 따라 종합소득과세표준을 자진신고하여야 하는 것이며, 안내한 신고유형과 다르게 입력하였다 하여 홈택스에서 이를 오류로 인식하지 않는바, 청구인에게 ‘외부조정’으로 잘못 입력하고 성실신고확인서 등 첨부서류를 제출하지 않은 귀책사유가 있다. (나) 청구인이 처분청으로부터 성실신고안내대상사업자라는 신고안내문을 수령한 후, 관련 법령에 따라 성실신고확인서 등을 전자․서면․방문접수 등 어느 하나의 방법으로 반드시 제출하여야 한다는 사실을 충분히 인지하였을 것이고, 청구인이 이를 전자제출하였다고 주장만을 할 뿐 이를 객관적으로 입증할 만한 증빙을 제시하지 않는바, 청구주장에 신빙성이 부족한 것으로 보인다. (다) 성실신고확인서 제출제도가 2009.1.30. 법률 제9346호에 따라 도입된 이후, 2011년 귀속분부터 홈택스를 이용하여 성실신고확인서 등을 전자제출할 수 있도록 시스템 등이 갖추어져 있었고, 국세청 차세대시스템을 살펴보면, 청구인이 이 건의 해당 귀속이 아닌 2013년 귀속 종합소득세 확정신고시 성실신고확인서 등을 전자제출한 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 홈택스를 통하여 2014년 귀속 종합소득과세표준 확정신고서와 함께 성실신고확인서 및 관련 세액공제신청서 등을 제출하였음에도 동 홈택스가 오류메시지를 안내하지 않고 접수증까지 발급한 후 1년 3개월이 지나 2015.6.25. ‘성실신고확인’이 아니라 ‘외부조정’으로 하여 법정신고기한(2015.5.31.)을 지난 기한후신고에 해당하고 성실신고확인서 등을 제출한 사실이 확인되지 않는다 하여 쟁점세액을 부과처분한 것은 부당하다고 주장하나, 종합소득세는 납세의무자의 신고에 따라 납세의무가 확정되는 신고납세방식의 조세임에도 그 귀책사유가 홈택스의 오류라고 주장만 할 뿐 성실신고확인서 등을 제출한 사실을 인정할 만한 구체적이고 객관적인 증빙을 제시하지 않은 점 등에 비추어 기한후신고로 보아 관련 세액공제 등을 배제하여 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.