2011사업연도 연구인력개발비세액공제액 계산시 증가분 방식의 공제율 적용이 가능함

OOO세무서장이 2016.12.27. 청구법인에게 한 2011사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 1971.3.15. OOO의 제조 및 판매를 주요사업으로 하여 설립되었고, 2011년 3월에 연구개발을 목적으로 기업부설연구소 인정을 받아 2011사업연도에 연구․인력개발비 OOO원이 발생하였다.
• 나. 청구법인은 2011사업연도 법인세 신고시조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제10조의 규정에 의한 연구․인력개발비 세액공제를 누락함에 따라 2016.11.15. 연구․인력개발비 세액공제액을 조특법 제10조 제1항 제3호 가목의 방식(이하 “증가분 방식”이라 한다)으로 계산하여 OOO원 × 공제율 40%)을 환급하여 줄 것을 경정청구하였다.
• 다. 처분청은 연구․인력개발비가 최초 발생한 2011사업연도의 세액공제액은 증가분 방식의 적용이 배제되고, 조특법 제10조 제1항 제3호 나목의 방식(이하 “당기 지출분 방식”이라 한다)이 적용되는 것으로 보아 연구․인력개발비 세액공제액을 OOO원 × 공제율 3.6% ) [ 3.6% = 100분의 3 + (연구인력개발비 OOO) × 2분의 1]으로 계산하여 2016.12.27. 이를 환급결정하고, 나머지 OOO에 대하여는 경정청구 거부처분을 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.3.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 대법원 판례(2010.4.29. 선고 2009두22454 판결) 및 다수의 심판결정에서 직전 4년간 발생한 연구․인력 개발비용이 없는 경우 증가분 방식에서 제외한다는 명문의 규정이 없 음을 근거로 당해 연도 발생분 전액을 증액부분으로 보아 증가분 방식이 적용가능하다고 결정하였으므로 청구법인의 경정청구는 정당하
• 다. 또한, 2012년 개정된 조특법 제10조의 규정은 과거부터 받아들여진 해석이나 관행에 대해 개정법령에서 확인시키는 의미가 아니라 개정세법을 통해서 새로운 의미를 부여하는 창설적 규정이고, 부칙에서 2012.1.1. 이후 개시하는 과세연도부터 적용한다고 규정하고 있으므로 최초 연구․인력개발비가 발생한 사업연도에 당기분 지출 방식을 적용하여야 한다는 처분청의 의견은 타당하지 아니하다.
• 나. 처분청 의견 과거 4년간 지출한 연구․인력개발비가 없는 경우 증가분 방식을 적용 할 수 있는지 여부에 대해 기획재정부 유권해석과 대법 원 판례 등이 상이한 문제점이 있어 2011.12.31. 조특법 제10조 규정을 개정 하면서 최초 연구․인력개발비가 발생한 경우 증가분 방식을 배제하 고 당기 지출분 방식만을 적용하도록 하였는바, 그 취지는 연구․인력개발 비 세액공제시 증가분 방식 적용대상을 명확히 하는데 있다 할 것이므로 2011사 업연도에 최초 발생한 연구․인력개발비는 당기 지출분 방식으로 적용하는 것이 타당하다.

• 가. 쟁점 연구․인력개발비가 최초 발생한 사업연도의 세액공제액을 산정함에 있어 당기 지출분 방식이 아닌 증가분 방식을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 (2011.12.31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것) 제10조【연구·인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25

2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

• 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

3. 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

④ 제1항 제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구·인력개발비와 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다

(2) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것) 제10조【연구·인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25

2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

• 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

3. 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

④ 제1항 제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구·인력개발비와 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다. 부칙 <법률 제11133호, 2011.12.31> 제1조(시행일) 이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다.(단서생략) 제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

④ 법 제10조 제2항에 따른 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 계산은 다음의 계산식에 따른다. 이 경우 해당 내국인의 일반 연구ㆍ인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간에 발생한 일반연구ㆍ 인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액으로 본다. (해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액/4)×(해당 과세연도의 개월 수/12) (4) 조세특례제한법 시행령 (2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것) 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

④ 법 제10조 제2항에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액/해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다)×해당 과세연도의 개월 수/12.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 국세청의 과세자문기준(법규과-898, 2012.8.14.) 내용을 보면, 중소기업이 아닌 내국법인이 연구․인력개발비가 최초로 발생한 과세연도에 대해서는 증가분 방식의 계산방법을 적용할 수 없 다고 되어 있고, 기획재정부의 유권해석(조세특례제도과-832, 2011.9.2. 및 조예 46019-108, 2002.6.21. 등)에서도 중소기업이 아닌 내국기업의 연구․인력개발비가 특정 사업연도에 최초 발생시 특정 사업연도분 연구․인력개발비에 대하여는 조특법 제10조 제1항 제1호(증가분 방식)에 의한 세액공제를 받을 수 없다고 회신한 것으로 나타난다.

(2) 기획재정부가 발행한 2011 간추린 개정세법 해설서에 의하면, 2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 조특법 제10조의 개정 취지에 대해 “과거 4년간 지출한 연구․인력개발비용이 없는 경우 증가분 방식 을 적용할 수 있는지 여부에 대해 기획재정부 예규․심판례 등과 대법원 판례가 상이한 문제점을 해결하기 위해 연구․인력개발비 세 액 공제시 증가분 방식 적용 대상을 명확화하기 위함”이라고 하고 있고, 적용시기는 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용하는 것으로 되어 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2011.12.31. 개정 전 조특법 제10조에서 직전 4년간 연구ㆍ인력개발비가 지출되지 아니한 경우를 증가분 방식 적용 대상에서 배제한다고 규정되어 있지 아니하고, 같은 법 시행령에서도 이러한 비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시 일 부터 당해 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간 중 발생한 연구ㆍ인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금 액을 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구․인력개 발비의 합계액으로 보도록 규정되어 있으므로 법문상 연구․인력개발비 가 해당 과세연도의 직전 4년간 지출되지 아니하고 해당 과세연도에 비로소 지출되었다 하더라도 그 투자액 전부를 초과발생액으로 보아 세액공제를 할 수 있다고 보이는 점, 2011.12.31. 개정된 조특법 제10조 단서 규정의 개정 취지가 기존 유권해석·심판례와 판례가 상이 한 문제점을 해결하기 위해 연구․인력개발비 세액 공제시 증가분 방식 적 용 대상을 명확하게 하기 위한 데에 있고, 동 부칙에서 2012.1.1. 이후 최초 개 시 하는 사업연도부터 적용한다고 규정하고 있어 이를 2011사업연도 연구․인력개발비 세액공제액 산정시 적용하기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 2011사업연도 연구․인력개발비에 대한 세액공제시 당기 지출분 방식만이 적용된다고 보아 이 건 법인세 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.