중복세무조사금지의 원칙 위배 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1986.5.27.부터 반도체 제조용 기기․장비의 제조 및 판매업 등을 영위하는 법인으로 2015사업연도(2014.10.1.～2015.9.30.) 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어 증가발생기준을 적용하여 연구․인력개발비에 대한 세액공제 OOO원을 공제받았다.
• 나. OOO지방국세청장은 2016년 7월 청구법인에 대한 2015사업연도 연구․인력개발비에 대한 세액공제 사후검증을 실시하여 2015사업연도 연구․인력개발 명세서와 직전 4개 사업연도의 명세서를 검토한바, 청구법인이 2011․2012사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어 퇴직급여충당금을 연구․인력개발비 세액공제대상 인건비에 포함되는 것으로 신고한 사실을 확인하였다.
• 다. 이에 OOO지방국세청장은 청구법인의 2011사업연도 연구․인력개발비 세액공제 관련 인건비 중 퇴직급여충당금을 해당 과세연도 발생액에서 제외하고 당초 신고시 적용한 증가발생기준이 아닌 당기발생기준을 적용하는 것으로 재계산하여 처분청에 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2016.12.2. 청구법인에게 2011사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지(이하 “쟁점처분”이라 한다)하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.2.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 OOO지방국세청장은 2013.11.25.부터 2014.1.14.까지 청구법인의 2009～2013사업연도에 대한 법인세통합조사를 실시하여 청구법인에게 2009～2013사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지한 바 있음에도, 2016년 7월 청구법인의 2011사업연도 법인세 신고내역 중 연구․인력개발비 세액공제에 대한 적정성 검토를 다시 수행하여 이루어진 쟁점처분은 중복조사에 의한 부당한 처분에 해당한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2015사업연도 법인세 신고시 증가발생기준을 적용하여 연구․인력개발비에 대한 세액공제를 받은 것으로 확인되는바, 증가발생기준은 직전 4년간 연평균 발생액이 직전연도보다 큰 경우에만 적용이 가능하므로 증가발생기준 적용의 적정여부 확인을 위해서는 청구법인의 2011～2014사업연도 연구․인력개발비 금액의 적정성 확인이 필수적이었다. 따라서 청구법인의 2011사업연도 법인세 신고내역 중 연구․인력개발비 세액공제에 대한 적정성 검토를 다시 수행한 것은 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호 에서 예외적으로 재조사를 허용하는 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우에 해당한다.

• 가. 쟁점 중복세무조사금지의 원칙 위배 여부
• 나. 관련 법률 (1) 국세기본법 제81조의4[세무조사권 남용 금지] ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제4항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

③ 누구든지 세무공무원으로 하여금 법령을 위반하게 하거나 지위 또는 권한을 남용하게 하는 등 공정한 세무조사를 저해하는 행위를 하여서는 아니 된다. (2) 국세기본법 시행령 제63조의2[세무조사를 다시 할 수 있는 경우] 법 제81조의4 제2항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우

3. 조세범 처벌절차법 제2조 제1호 에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 처음의 세무조사(법 제81조의2 제2항 제1호에 따른 세무조사를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에서 해당 자료에 대하여 조세범 처벌절차법 제5조 제1항 제1호 에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다.

(3) 조세특례제한법 제10조[연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 30[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다)의 경우에는 100분의 40, 중소기업의 경우에는 100분의 50]에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25

2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

• 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15
• 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

3. 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8

4. 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 3을 한도로 한다) 100분의 1 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 조세특례제한법 시행령 제9조[연구 및 인력개발비에 대한 세액공제] ④ 법 제10조 제2항에 따른 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 계산은 다음의 계산식에 따른다. 이 경우 해당 내국인의 일반연구·인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간에 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액으로 본다. (해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액/4)×(해당 과세연도의 개월 수/12)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2015사업연도(2014.10.1.∼2015.9.30.) 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어 증가발생기준을 적용하여 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 OOO원을 공제받았다.

(2) OOO지방국세청장은 2016년 7월 청구법인에 대한 2015사업연도 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 사후검증을 실시하여 2015사업연도 연구ㆍ인력개발 명세서와 직전 4개 사업연도의 명세서를 검토한바, 청구법인이 2011ㆍ2012사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어 퇴직급여충당금을 연구ㆍ인력개발비 세액공제대상 인건비에 포함되는 것으로 신고하였으나, 2015사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어서는 2011ㆍ2012사업연도에 대한 별도의 수정신고 없이 당초 신고시 인건비에 포함시켰던 퇴직급여충당금을 제외하고 직전 4년간 연평균 발생액을 계산한 사실을 확인하였다. OOO

(3) 청구법인은 2011ㆍ2012사업연도에 인건비에 포함시켰던 퇴직급여충당금을 제외하고 직전 4년간 연평균 발생액을 계산함으로써 2015사업연도 법인세 신고시 증가발생기준을 선택할 수 있게 되어 당기발생기준 적용시보다 OOO원의 세액공제를 더 받은 것으로 확인된다. OOO

(4) 처분청은 청구법인의 2011사업연도 연구ㆍ인력개발비 세액공제와 관련하여 인건비 중 퇴직급여충당금을 해당 과세연도 발생액에서 제외하고 재계산한 결과, 청구법인의 2011사업연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비는 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액을 초과하지 못하여 증가발생기준을 적용할 수 없는 것으로 보아 당기발생기준을 적용하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제 과다공제분 OOO원(당초 OOO원-경정 OOO원)을 부인하였다. OOO

(5) OOO지방국세청장은 2013.11.25.부터 2014.1.14.까지 청구법인의 2009～2013사업연도에 대한 법인세통합조사를 실시하여 청구법인에게 2009～2013사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지한 바 있고, 2016년 7월 청구법인의 2011사업연도 법인세 신고내역 중 연구․인력개발비 세액공제에 대한 적정성 검토를 다시 수행하였으며 2016년 7월 사후검증 과정에서 청구법인에게 연구․인력개발비 세액공제의 근거자료 등을 요청한 것으로 확인된다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 2016년 7월 청구법인의 2011사업연도 법인세 신고내역 중 연구․인력개발비 세액공제에 대한 적정성 검토를 다시 수행하여 이루어진 쟁점처분은 중복조사에 의한 부당한 처분에 해당한다고 주장하나, 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호 는 중복 세무조사가 예외적으로 허용되는 사유로 ‘2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’를 규정하고 있는바, 이는 2 이상의 사업연도와 관련하여 발생한 잘못이 불가분의 일체를 이루고 있어 한 사업연도에 대한 세무조정이 필연적으로 다른 사업연도에 대한 세무조정에 영향을 미쳐 다른 사업연도의 세무조정을 위하여 불가피하게 중복세무조사가 허용되는 경우를 의미하는 것OOO인바, 청구법인은 2015사업연도 법인세 신고시 증가발생기준을 적용하여 연구·인력개발비 세액공제를 받았으므로 이에 대한 사후검증을 위해서는 직전 과세연도에 발생한 연구·인력개발비가 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비 연평균 발생액보다 큰 경우에 해당하여 증가발생기준 적용이 가능한지 확인해보아야 할 것이므로 청구법인의 2011사업연도 법인세 신고내역 중 연구·인력개발비 세액공제가 적정하게 이루어졌는지에 대한 확인이 불가피해 보이는 점, 청구법인이 2011ㆍ2012사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어 퇴직급여충당금을 연구ㆍ인력개발비 세액공제대상 인건비에 포함되는 것으로 신고하였으나, 2015사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어서는 2011ㆍ2012사업연도에 대한 별도의 수정신고 없이 당초 신고시 인건비에 포함시켰던 퇴직급여충당금을 제외하고 직전 4년간 연평균 발생액을 계산한 사실이 확인된 점, 그로 인하여 2015사업연도 법인세 신고시 증가발생기준을 선택할 수 있게 된 청구법인이 당기발생기준 적용시보다 OOO원의 세액공제를 더 받을 수 있었던 점 등에 비추어 볼 때 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.