쟁점거래를 가공거래로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

OOO이 2016.12.6. 청구법인에게 한 2012년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 OOO에 소재한 폐기물중간처리업을 영위하는 회사로 2012년 제1기에 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)로부터 폐전선을 매입하여 공급가액 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고, OOO원에 OOO으로 수출한 것으로 하여 2012년 제1기 부가가치세를 신고,납부하였다.
• 나. OOO장은 2015.2.9.～2015.5.31. OOO에 대한 조세범칙조사를 실시하여 쟁점세금계산서를 가공거래에 따른 사실과 다른 세금계산서로 보아 처분청에 통지하였고, OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 통합조사를 실시하여 OOO이 청구법인 명의로 폐전선을 수출한 것으로 보아 쟁점세금계산서와 관련한 매입,매출(이하 “쟁점거래”라 한다)을 가공거래로 확정하여 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 이에 따라 처분청은 2016.12.6. 청구법인에게 2012년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정,고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.3.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 폐기물중간처리업 허가업체로서 폐전선은 폐기물관리법상 사업장폐기물에 해당하여 폐기물중간처리업 허가업체만이 수출을 할 수 있는바, OOO은 폐기물중간처리업 허가업체에 해당하지 아니하여 청구법인이 OOO으로부터 폐전선을 매입하여 중간처리작업을 한 후 OOO의 검사를 거쳐 OOO에 수출한 것이다. 청구법인은 쟁점세금계산서와 관련한 매출,매입대금을 금융기관을 통해 수수하였고, OOO은 쟁점세금계산서와 관련한 매출세액을 신고,납부하는 등 탈루된 부가가치세가 없는 등 청구법인을 실제 매출자로 보아야 함에도 폐기물관리법상 수출화주가 될 수 없는 OOO을 매출자로 보아 청구법인의 폐전선 매입,매출 거래를 가공으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 OOO장이 OOO에 대한 조세범칙조사로 확보한 OOO의 PC에 ‘2012년-2013년 매입매출자료’ 파일의 ‘2012손익계산서’, ‘OOO’ 시트 및 실제 매출장부 등에 OOO의 폐전선 매출내역이 기록 관리되어 있었고, 청구법인을 포함한 다른 사업자의 명의를 빌려 수출한 건에 대해서도 OOO의 매출장부 등에 기록하고 사실상 OOO의 매출로 인식, 관리했다는 사실이 조사종결보고서를 통해 확인된다. 청구법인은 OOO으로부터 OOO의 폐전선을 매입하고 청구법인에서 중간 처리작업을 한 후 검사를 거쳐 OOO에 수출하였다고 주장하고 있으나, 청구법인이 OOO으로부터 상당한 양의 폐전선을 상하차 하면서 이와 관련된 운송업체의 인적사항, 운송비용(세금계산서 등) 등에 대한 구체적인 증빙 자료를 제출하지 않았고, 청구법인의 사업장에서 중간 처리작업 후 검사를 거쳐 수출하였다고 하나 어떤 장비를 이용하여 중간 작업을 하고 무슨 검사를 거쳤는지에 대해서도 조사기간 중 소명한 사실이 없었던 점, OOO 현지 수입업자와의 폐전선공급계약서 등 직수출을 했다고 입증할만한 증빙서류도 제출하지 않는 등 청구법인과 OOO 사이의 금융거래, 세금계산서 수수 행위는 형식상의 거래일 뿐 OOO이 청구법인의 명의를 빌려 수출한 내역을 직접적으로 관리하여 사실상 OOO의 매출로 인식하고 있었던 사실에 비추어 실제 수출재화의 공급자인 OOO이 청구법인의 명의를 빌려 폐전선을 수출한 것이므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점거래를 가공거래로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 국세기본법 제14조[실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 부가가치세법 제32조[세금계산서 등] ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제38조[공제하는 매입세액] ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 가공거래로 본 청구법인의 매출내역과 쟁점세금계산서와 관련한 매입 내역 및 대금결제 내역은 아래 <표1,2>와 같다.

(2) 환경부장관은 관세청장의 폐기물수출신고확인서상의 수출자(폐기물처리업자 등)가 수출신고서상 수출화주가 아닌 수출대행자가 될 수 있는지 여부(폐기물 수출신고를 하지 아니한 자가 수출화주로 하고 폐기물 수출신고를 한 자를 수출대행자로 하여 세관에 수출신고를 할 경우 문제점이 없는지 여부)에 대한 질의에 대해 폐기물 수출신고자와 수출신고필증상의 수출화주가 일치되어야 한다고 답변하였다. 이에 관세청장은 전국 세관장에게 위 공문을 배포하였고, OOO은 한국관세사회에 위 내용을 안내한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인은 쟁점세금계산서 관련 매출 증빙으로 수출신고수리내역서(수출화주: 청구법인)와 통상 상업송장의 부속서류로 첨부되는 포장명세서, 폐기물처리내역(배출자, 운반자 및 처리자: 청구법인, 처리방법: 해외수출)을 제출하였다. 제출된 서류에는 폐전선의 화주이자 수출자가 청구법인으로 확인되는 반면, OOO의 명칭은 기재된 사실이 없는 것으로 나타난다.

(4) 처분청이 제출한 OOO장의 OOO에 대한 조세범칙조사종결보고서(2015년 5월)에 의하면 아래와 같은 내용이 기재되어 있다. (가) OOO은 100% 외국인투자법인으로서 국내에서 폐전선을 매입하여 OOO에 수출하는 회사이고, 조사종결일 현재 휴(폐)업상태이며, 실사업자로 보이는 OOO는 소재불명이다. (나) OOO장은 2015.2.9.～2015.5.31. OOO에 대해 법인정기조사를 착수하다 조세범칙조사로 전환하여 조사한 결과, OOO의 컴퓨터에 수록된 매출내역(2012-2013매입매출자료, 2012손익계산서, OOO)을 확인하였다. OOO이 누락한 매출 중 청구법인 명의로 수출신고한 건도 포함되어 있으나 실제 수출자는 OOO임에도 청구법인에게 거짓세금계산서를 발행한 것으로 나타난다. OOO이 수출신고서류의 수출금액을 조작하여 수입금액을 탈루한 것으로 확인된 금액은 OOO원으로 기재되어 있다. (다) OOO이 2012년 제1기부터 2013년 제2기까지 실물거래 없이 수취한 매입세금계산서로 부당하게 매입세액을 공제받은 금액은 OOO원이고, 2012년 청구법인에 대한 쟁점세금계산서를 포함한 2012년 제1기부터 2012년 제2기까지 거짓매출세금계산서 OOO원을 발행하였다고 기재되어 있다. (5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, OOO의 컴퓨터에 쟁점세금계산서 관련 물량이 OOO의 매출이라고 기재되어 있다는 사실 외에 수출신고서상 수출물량이 허위임이 확인되거나 쟁점거래 대금을 OOO이 청구법인에게 반환하고 청구법인의 수출대금을 OOO이 직접 수령한 사실이 나타나지 아니하며, 그 밖의 쟁점세금계산서 관련 거래가 가공이라는 처분청 의견을 뒷받침 하는 객관적인 증빙이 부족해 보이는 점, 쟁점거래 당시 OOO은 폐전선을 OOO에 수출할 수 있는 폐기물중간처리업 허가를 받지 못하여 청구법인을 통해 폐전선을 수출할 수밖에 없었고, 수출화주와 수출신고자가 일치해야 한다는 관세청장의 안내에 따르기 위해 불가피하게 쟁점거래를 한 것으로 보이는 점, OOO에서 청구법인으로 폐전선이 실제 운반된 사실이 없다 하더라도 재화의 실물 이동이 재화의 공급에 필수적인 요소라고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인에게 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.