종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 OOO 설립되어 OOO에서 골프장, 콘도미니엄업 등을 영위하는 법인으로, 처분청은 OOO으로부터 OOO 통보받은 청구법인 소유 부동산에 대한 재산세 변동내역자료에 따라 2011년 ∼ 2015년 귀속 종합부동산세 경정시 토지분 종합합산세액에서 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 과세대상 토지분에 대해 재산세 표준세율로 계산한 재산세액 상당액을 (종합․별도)합산과세대상 토지분 과세표준[종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상 토지의 공시가격의 각 합계액에서 OOO(종합합산과세대상 과세기준금액) 또는 OOO(별도합산과세대상 과세기준금액)을 각 차감한 금액에 종합부동산세법 시행령제2조의4에 따른 종합부동산세 공정시장가액비율을 각 곱한 금액]에 지방세법 시행령제109조 제1호에 따른 재산세 공정시장가액비율을 각 곱하고, 이에 재산세 표준세율을 적용하는 방법으로 계산하여 종합부동산세의 추가고지세액 및 환급세액을 계산하여 이를 상호 차가감하여 <별지1> 기재와 같이 종합부동산세 추가고지분 OOO, 농어촌특별세 OOO을 각 경정․고지하였다.
• 나. 청구법인은 처분청이 공제되는 재산세액을 산정함 에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 중복하여 적용한 것에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 토지분 종합합산세액에서 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 (종합․별도)합산과세대상인 토지분 과세표준에 대해 표준세율로 계산한 재산세액을 과세기준금액 초과분 공시지가합계액 × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율의 산식으로 계산하였으나, 대법원은 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결로 종합부동산세 계산에서 공제되는 재산세액을 산정함에 있어서 위의 산식의 방법으로 산정한 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과처분은 위법하다고 판결하였다. 따라서, 위 대법원 판결의 취지에 비추어 공제되는 재산세액을 위의 산식으로 계산하여 과세한 이 건 처분은 위법하다.
• 나. 처분청 의견 종합부동산세는 합산과세대상 토지에 대하여 종합부동산세가 부과되지 않는 부분, 즉 과세기준금액을 초과하는 부분 중 공정시장가액비율을 곱함으로써 과세표준에서 제외된 부분OOO에 대한 재산세액은 종합부동산세를 계산함에 있어 공제할 필요가 없다. 따라서 종합부동산세법에 따라 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액 비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분의 당 부
• 나. 관련 법령 등: <별지2> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 이 건 종합부동산세의 경정결의서에 의하면, 처분청은 과세대상 토지분 종합합산세액에서 공제되는 재산세액을 다음과 같은 산식으로 계산하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법 인은 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분이 부당하다고 주장하나, 종합부동산세법상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세에서 공제하여 줌으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것인바, 종합부동산세법에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,지방세법에서 시가표준액에 재산세 공장시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있으므로, 종합부동산세법 시행령제5조의3 제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “(종합․별도)합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 (종합․별도)합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액이라고 하겠다. 따라서, 처분청이 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용한 것은 잘못이 없다고 판단된다(조심 2015중5450, 2016.2.29. 외 다수, 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 처분내역 <별지2> 관련 법령 등 (1) 종합부동산세법(2015.12.29. 법률 제13499호로 일부개정되기 전의 것) 제3조(과세기준일) 종합부동산세의 과세기준일은 지방세법 제114조 에 따른 재산세의 과세기준일로 한다. 제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 지방세법 제106조 제1항 제1호 에 따른 종합합산과세대상(이하 "종합합산과세대상"이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 "별도합산과세대상"이라 한다)으로 구분하여 과세한다. 제12조(납세의무자) ①과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자 제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

③ 제1항 또는 제2항의 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다. <과세표준> <세율> 15억원 이하 1천분의7.5 15억원 초과 45억원 이하 1천125만원 + (15억원을 초과하는 금액의 1천분의 15) 45억원 초과 5천625만원 + (45억원을 초과하는 금액의 1천분의 20) 제14조(세율 및 세액) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "토지분 종합합산세액"이라 한다)으로 한다.

③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

④ 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "토지분 별도합산세액"이라 한다)으로 한다. <과세표준> <세율> 200억원 이하 1천분의5 200억원 초과 400억원 이하 1억원 + (200억원을 초과하는 금액의 1천분의 6) 400억원 초과 2억2천만원 + (400억원을 초과하는 금액의 1천분의 7)

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다. (2) 종합부동산세법 시행령(2015.6.30. 대통령령 제26369호로 일부개정되기 전의 것) 제2조의4(공정시장가액비율) ① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다.

② 법 제13조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다. 다만, 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 70으로 하고, 2010년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 75로 한다. 제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ① 법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 지방세법제112조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

② 법 제14조 제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 지방세법제112조 제1항 제1호에 따라 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 (3) 종합부동산세법 시행령(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된 것) 제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 지방세법제112조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × [(법 제13조 제1항에 따른 종합합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 - 5억원) × 제2조의4 제1항에 따른 공정시장가액비율 × 지방세법 시행령제109조 제1호에 따른 공정시장가액비율] × 지방세법제111조 제1항 제1호 가목에 따른 표준세율 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 지방세법제112조 제1항 제1호에 따라 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × [(법 제13조 제2항에 따른 별도합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 - 80억원) × 제2조의4 제2항에 따른 공정시장가액비율 × 지방세법 시행령제109조 제1호에 따른 공정시장가액비율] × 지방세법제111조 제1항 제1호 나목에 따른 표준세율 별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

③ 토지분 재산세 표준세율의 적용 등 제1항과 제2항에 따른 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. (4) 종합부동산세법 시행규칙(2017.3.10. 기획재정부령 제600호로 개정되기 전의 것) 제5조(종합부동산세 부과ㆍ징수관련 서식) ② 영 제8조 제2항 제1호에 따른 종합부동산세 신고서는 별지 제3호서식에 의한다. ■ 종합부동산세법 시행규칙 [별지 제3호서식 부표(2)] <개정 2011.9.7> (20 년도) 종합부동산세 과세표준 계산명세서 (앞쪽)

성 명 (법인명 또는 단체명) 주민등록번호 (법인 등 사업자록번호)

• 주 소 (본 점 소 재 지)

구 분 주 택 종합합산토지 별도합산토지

① 과 세 물 건 수

② 과 세 면 적 토 지 ㎡ ㎡ ㎡ 건물 ㎡

③ 감 면 후 공 시 가 격

④ 공 제 금 액 600,000,000 500,000,000 8,000,000,000

⑤ 1세대1주택자 추가공제 300,000,000

⑥ 공정시장가액비율

⑦ 종 합 부 동 산 세 과 세 표 준 (

③

• ④ -⑤) × ⑥

⑧ 해 당 연 도 재 산 세 액

⑨ 과세표준 표준세 율 재 산 세 액

⑩ 총 표 준 세 율 재 산 세 액

⑪ 공 제 할 재 산 세 액 (⑧ ×

⑨ /

⑩) 210mm×297mm[일반용지 70g/㎡(재활용품)] 작 성 방 법

7.

⑨ 과세표준 표준세율 재산세액: 주택은 [(③ 감면 후 공시가격 - 6억(1세대1주택은 9억)) × 종합부동산세 공정시장 가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.4%], 종합합산토지는 [(③ 감면 후 공시가격 - 5억) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.5%], 별도합산토지는 [(③ 감면 후 공시가격 - 80억) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.4%] 의 금액을 적습니 다.

(5) 지방세법(2016.1.25. 법률 13425호로 일부개정되기 전의 것) 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

• 가. 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
• 나. 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

• 가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지
• 나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험·연구·검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

• 가. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야
• 다. 제13조 제5항에 따른 골프장(같은 항 각 호 외의 부분 후단은 적용하지 아니한다)용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 라. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제1호 에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령으로 정하는 토지
• 마. 가목부터 라목까지의 토지와 유사한 토지 중 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 것으로서 대통령령으로 정하는 토지 제110조(과세표준) ① 토지·건축물·주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

2. 주택: 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지 제111조(세율) ① 재산세는 제110조의 과세표준에 다음 각 호의 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

• 가. 종합합산과세대상 <과세표준> <세율> 5,000만원 이하 1,000분의2 5,000만원 초과 1억원 이하 10만원 + 5,000만원을 초과하는 금액의 1,000분의 3 1억원 초과 25만원 + 1억원을 초과하는 금액의 1,000 분의 5
• 나. 별도합산과세대상 <과세표준> <세율> 2억원 이하 1,000분의2 2억원 초과 10억원 이하 40만원 + 2억원을 초과하는 금액의 1,000분의 3 10억원 초과 280만원 + 10억원을 초과하는 금액의 1,000 분의 4 제114조(과세기준일) 재산세의 과세기준일은 매년 6월 1일로 한다. (6) 지방세법 시행령(2015.6.1. 법률 26290호로 일부개정되기 전의 것) 제109조(공정시장가액비율) 법 제110조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 70

2. 주택: 시가표준액의 100분의 60