가공매출 감액경정에 따라 매입자가 기납부세액을 매출자에게 환급해야 한다는 주장의 당부

심판청구를 각하한다.

• 가. 청구인은 2015.1.14.부터 OOO에서 OOO’이라는 상호로 개업하여 도소매업(비철금속 등)을 영위하는 사업자로서, 조세특례제한법 제106조 의 9(스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자납부특례) 제2항에 근거하여 2015년 제1기～2016년 제2기 과세기간의 매출세액을 거래상대방으로부터 징수하지 아니하였고, 매입자는 해당 매입세액을 OOO 예금계좌에 입금하였다.
• 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구인에 대한 세무조사 결과 2015년 제1기부터 2016년 제1까지 과세기간에 실물거래 없이 전액 가공의 세금계산서를 발행한 혐의로 청구인을 수원지방검찰청에 고발하였다.
• 다. 청구인이 2016.10.12. 매입자납부특례에 의하여 기 납부한 부가가치세 OOO원, 이하 “쟁점세액”이라 한다)의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2016.10.17. 청구인이 실제 납부한 부가가치세가 아니라는 이유로 2015년 제1기분과 2015년 제2기분에 대한 경정청구를 거부하였고, 2016.10.28. 부가가치세가 OOO원 이상이라는 이유로 조사청에 청구인의 2016년 제1기분에 대한 경정청구를 이관하였는바, 조사청은 이를 검토한 결과 2016.12.15. 같은 이유로 처분청에게 2016년 제1기분 부가가치세에 대한 경정청구를 거부하는 것으로 통보하였고, 처분청은 2016.12.26. 청구인에게 이를 통지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2017.1.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 부가가치세법 제59조 및 같은 법 시행령 제106조의 제2항에 의하면 경정청구에 의하여 추가로 발생한 환급세액이 있는 경우에 이를 지체없이 사업자에게 환급하여야 하는 것으로 규정하고 있고, 국세기본법 제51조 는 초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여 결정일로부터 30일내에 환급하도록 명시하고 있는바, 처분청이 부가가치세법 제59조 에 따른 경정에 대하여 쟁점세액을 환급세액으로 결정하고 이를 청구인에게 서면으로 통지한 이상 청구세액의 환급을 거부한 처분은 받아들이기 어렵다. 처분청이 부가가치세 경정결의서를 작성할 당시 매입자가 지정금융기관에 입금한 부가가치세를 청구인의 납부세액으로 보아 기납부세액으로 공제하고 매입자가 지정금융기관에 부가가치세를 입금하여야 한다는 규정을 근거로 매입자를 쟁점세액의 실제 납부자로 주장하는 것은 모순이며, 설령 매입자가 쟁점세액을 납부하였다고 하더라도 대법원 판례(대법원 1999.11.26. 선고 99도1969 판결) 등에 근거하여 청구인과 청구인의 거래상대방과의 경제적인 이해관계에 불구하고, 매입자는 과세관청과 법률관계가 존재하지 않으므로 오직 매출자인 청구인만이 환급을 청구할 수 있다. 전부 자료상인 경우 기 신고납부한 부가가치세 등은 가공으로 확인된 세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제받은 자가 기공제받은 매입세액을 납부하지 아니한 경우 환급하지 않는다는 처분청의 의견은 국세기본법 제51조 의 규정을 잘못 해석한 것으로 이미 판명되었으므로(조심 2013중886, 2013.6.19. 외) 청구세액의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인의 거래상대방은 2015년 제1기 ～ 2016년 제1기의 과세기간에 대한 부가가치세를 신고하면서 청구인으로부터 수취한 세금계산서의 매입세액을 조세특례제한법 제106조의9 각 항의 규정에 근거하여 청구인에게 지급하지 않고 지정된 금융기관에 납부한 후 해당 금액을 매입세액으로 공제하였으며, 청구인이 자료상으로 확정됨에 따라 기공제받은 매입세액을 수정신고․납부하지 않았다. 청구인이 국세기본법 제51조 규정에 근거하여 과오납한 것으로 주장하는 청구세액은 거래상대방이 실제 납부한 것으로 청구인이 납부한 세액이 아니고, 가공거래의 확정으로 인해 청구인이 어떠한 경제적 손실이 있었다고도 볼 수 없다. 매출자가 자료상인 경우 기납부한 부가가치세 등은 가공으로 확인된 세금계산서를 수취하고 매입세액을 공제받은 자가 기공제받은 매입세액을 납부하지 아니한 경우 해당 매입세액은 환급대상이 아니고, 조세특례제한법 제106조의9 에 의한 매입자납부특례제도의 취지는 거래질서가 문란한 구리스크랩 등의 시장에서 불법행위를 일삼는 자료상 행위를 차단하기 위한 목적임을 고려할 때 가공거래의 확정으로 청구인이 실제 납부하지 않은 매출세액의 환급을 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 본안심리대상인지 여부

② 가공매출로 확인된 거래와 관련하여 매입자가 기납부한 부가가치세를 매출자에게 환급하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제51조[국세환급금의 충당과 환급] ① 세무서장은 납세의무자가 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부ㆍ이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다. 제55조[불복] ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

(2) 부가가치세법 제59조[환급] ① 납세지 관할 세무서장은 각 과세기간별로 그 과세기간에 대한 환급세액을 확정신고한 사업자에게 그 확정신고기한이 지난 후 30일 이내(제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 15일 이내)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급하여야 한다. (3) 부가가치세법 시행령 제106조[환급] ① 법 제59조에 따라 환급하여야 할 세액은 법 제48조ㆍ제49조 또는 이 영 제107조 제5항에 따라 제출한 신고서 및 이에 첨부된 증명서류와 법 제54조에 따라 제출한 매입처별 세금계산서합계표, 신용카드매출전표 등 수령명세서에 의하여 확인되는 금액으로 한정한다.

② 관할 세무서장은 법 제57조에 따른 결정ㆍ경정에 의하여 추가로 발생한 환급세액이 있는 경우에는 지체 없이 사업자에게 환급하여야 한다.

(4) 조세특례제한법(2013.5.10. 법률 제11759호로 제정된 것) 제106조의9[구리 스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품(이하 “구리 스크랩 등”이라 한다)을 공급하거나 공급받으려는 사업자 또는 수입하려는 사업자(이하 “구리 스크랩 등 사업자”라 한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구리 스크랩 등 거래계좌(이하 “구리 스크랩 등 거래계좌”라 한다)를 개설하여야 한다.

1. 관세법 제84조 에 따라 기획재정부장관이 고시한 관세·통계통합품목분류표 중 구리의 웨이스트 및 스크랩과 잉곳 또는 이와 유사한 재용해구리의 웨이스트와 스크랩으로부터 제조된 괴상의 주조물

2. 구리가 포함된 합금의 웨이스트 및 스크랩으로서 구리함유량이 100분의 40 이상인 물품

② 구리 스크랩 등 사업자가 구리 스크랩 등을 다른 구리 스크랩 등 사업자에게 공급하였을 때에는 부가가치세법 제31조 에도 불구하고 부가가치세를 그 공급받는 자로부터 징수하지 아니한다.

⑨ 관할 세무서장은 해당 예정신고기간 및 확정신고기간 중 구리 스크랩 등의 매출액이 구리 스크랩 등의 매입액에서 차지하는 비율이 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우에는 환급을 보류할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 환급받을 세액이 대통령령으로 정하는 금액 이하인 경우

2. 체납이나 포탈 등의 우려가 적다고 인정되는 대통령령으로 정하는 경우 부칙 <제11759호, 2013.5.10> 제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제106조의9, 제108조의2, 제108조의3 및 제122조의4의 개정규정은 2014년 1월 1일부터 시행한다. 제3조(구리 스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자납부 특례에 관한 적용례) 제106조의9의 개정규정은 2013년 12월 1일 이후 구리 스크랩 등 거래계좌를 개설ㆍ신고하고, 2014년 1월 1일 이후 최초로 구리 스크랩등을 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점세액과 관련하여 가공의 세금계산서를 발행하였고, 청구인의 거래상대방(매입자)은 해당 과세기간(2015년 제1기 ～ 2016년 제1기)의 거래에 대해 기공제받은 매입세액을 수정신고․납부하지 않았다는 것에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 처분청의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 조사청의 경정청구 검토내역(2016년 12월)에 의하면, 청구인에 대한 2016년 제1기분 부가가치세에 대하여 자료상 확정과 관련 기공제받은 매입세액을 수정신고․납부한 사실은 없는 것으로 나타나고, 매입자납부특례에 관련한 조세심판원 선결정례(조심 2015중3837, 2016.4.12. 외)에 근거하여 부가가치세 매출세액의 실납부자는 청구인의 매출처(매입자)이므로 경정청구를 거부한 것으로 되어 있다. (나) 인천지방검찰청장의 사건송치결과 통지내역(처리일: 2017.2.24.)에 의하면, 청구인은 “특정범죄가중처벌 등에 관한 법률위반(허위세금계산서 교부 등)”을 이유로 기소된 것으로 나타난다.

(3) 청구인이 제출한 청구이유서 및 증빙 등의 주요 내용은 다음과 같다. 국세청홈택스 상 부가가치세 매입자납부특례제도의 설명자료에 의하면, ‘거래시 결제방법’으로 거래시 또는 세금계산서를 발급받은 때에 매입자는 제품가액과 부가가치세를 매출자의 전용계좌에 입금하고 제품가액은 매출자에게 부가가치세는 부가가치세 관리계좌에 자동입금 처리되며, ‘지정금융회사에 입금된 부가가치세의 처리내용’으로 지정금융회사에 입금된 부가가치세(매출세액)는 그 매출자가 법정품목을 매입할 때 그 매출세액의 범위 내에서 실시간 환급(부가가치세를 지정금융회사에 계속 예치하는 경우 매출자의 사업자금이 동결되는 문제를 해결하기 위한 수단)되고, 환급되지 않고 남아있는 세액은 예정 또는 확정신고 납부기한에 지정금융회사에서 매출자별로 국고에 입금되는 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 국세기본법제55조의 규정에 의하면 불복청구는 국세기본법 또는 세법에 의한 처분으로 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자가 할 수 있고, 구리스크랩 등의 거래사업자는 2014.1.1. 이후 공급하거나 공급받는 분부터 조세특례제한법제106조의9 제2항에 따라 구리스크랩 등을 공급한 사업자가 부가가치세법 제31조 에 불구하고 부가가치세를 그 공급받는 자로부터 징수하지 아니하고 공급받는 자가 구리스크랩 등의 거래계좌를 사용하여 부가가치세를 지정 금융기관에 입금하도록 규정되어 있는바, 쟁점세액의 실납부자(부담자)는 매출처(매입자)이고 청구인은 매입자납부특례에 따른 관리계좌를 통하여 거래상대방(매입자)으로부터 쟁점세액을 수령한 것에 불과하므로 이 건 경정청구 거부처분과 관련하여 청구인을 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자라고 보기는 어렵다하겠다. 따라서, 적격이 없는 청구인이 제기한 이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당된다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.