장기보유특별공제와 자경농지에 대한 감면규정을 적용할 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2005.8.8. 취득한 OO도 OO시 OO동 OOO 답 OOO㎡를 2012.11.16. OOO 답 OOO㎡, OOO-O 답 OOO㎡, OOO-O 답 OOO㎡, OOO-O 답 OOO㎡로 분할하였다가, OOO-O 답 OOO㎡, OOO-O 답 OOO㎡ 중 OOO㎡, OOO-O 답 OOO㎡를 2013.12.27. 양도한 후, 2014.2.28. 장기보유특별공제와 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 양도소득세를 신고하였고, 2014.1.13. 취득한 같은 동 OOO-O 답 OOO㎡와 위 OOO 답 OOO㎡를 2014.4.17. 양도한 후, 2014.6.30. OOO 답 OOO㎡(2013.12.27. 양도한 답 합계 OOO㎡와 합하여 이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 장기보유특별공제와 자경농지에 대한 감면규정을 적용하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 2016.3.2.∼2016.5.13. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점토지를 소유한 기간 동안 자경하지 아니한 것으로 보아 장기보유특별공제 및 자경농지에 대한 감면을 배제하여 청구인에게 2016.6.2. 2013년 귀속 양도소득세 OOO원, 2016.7.25. 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 각 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.8.22. 이의신청을 거쳐 2017.1.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법제104조의3 제1항 제1호에서 비사업용토지란 해당 토지를 소유하는 기간 중 소득세법 시행령제168조의6 제1호 각목 모두에 해당하는 기간 동안 자경하지 아니한 토지를 말하는 것이나, 처분청은 소득세법 시행령제168조의6 제1호 가목(양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간)과 나목(양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간)의 요건은 검토하지 않은 채, 다목(토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간)에 해당한다고 하여 비사업용토지로 단정하였다. 그러나, 청구인은 쟁점토지 소유기간 동안 다른 소득이 전혀 없는 전업농민으로 쟁점토지 외의 다른 농지를 보유하지 않은 상태에서 고추, 참깨 등 밭작물을 재배하기 위하여 비료, 농약 및 시설원예자재를 구입한 사실이 확인되는바(농자재구매사실 확인서, OO 농협 거래자별 매출상세내역, 인근 주민 확인서), 청구인이 쟁점토지를 경작하지 않았다면 농작물 재배를 위한 농자재 등을 구입한 이유가 설명되지 않는다. 또한, 2011년부터 2014년까지 촬영된 항공사진 및 현장사진을 보면 밭갈이가 되어 있는 상태 또는 밭이랑의 모습을 확인할 수 있고, 2011년부터 2014년 기간 중 촬영된 로드뷰 사진 및 현장사진을 통해서도 청구인이 밭작물을 경작한 사실이 입증되는 반면, 처분청이 청구인이 제출한 사진이 주변의 타 지번에서 촬영한 것으로 추정된다면서도 그 추정의 근거나 해당 지번을 특정하지 아니하고 있는바, 이에 대한 명확한 반증을 제시하지 못하면서 청구인의 자경사실을 부인하는 것은 입증책임에 관한 법리에 어긋난다. 한편, 처분청은 2007년 쟁점토지에 대한 개발행위 허가신청 이후 재산세 과세시 현황 지목이 답에서 대지로 변경되었다며 자경사실을 부인하고 있으나, OO 시장의 동 분류는 청구인이 2007.4.25. 쟁점토지에 대한 개발행위허가를 신청한 것을 근거로 한 것이었으나, 청구인은 OO 시청에 착공신청서를 제출한 사실이 없고, 실제 건축공사를 진행한 사실이 없으므로, 결국 OO 시장의 행정착오로 개발행위 허가 신청을 건축물 착공신청으로 오인하여 건축물 부속토지로 분류한 것이었고, 2016.4.19. OO 시장은 그 과오를 인정하여 오류를 정정한 후 청구인에게 과다 징수한 재산세(2011년∼2013년 합계 OOO천원)를 환급해주었으므로, 당초 잘못된 재산세 부과내역을 근거로 청구인의 자경사실을 부인하는 것은 부당하다. 따라서, 청구인이 2010년 이전 경작사실을 증명하지 못함으로써 자경농지에 대한 감면을 인정받지 못한다고 하더라도, 양도일 직전 3년 중 2년과 5년 중 3년을 초과하는 기간 동안의 자경사실은 증명되므로, 비사업용토지의 기간요건에 모두 해당한다고 보아 장기보유특별공제를 부인한 처분은 위법하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점토지를 취득할 당시 농자 경험이 전혀 없는 전업주부로서 고령(OO세)이었음에도 불구하고 답 OOO㎡(OOO평)을 OOO원에 취득하여, 2007.4.5. 개발행위허가를 받은 후, 2007년∼2009년, 2012년까지 쟁점토지에 대하여 개발행위 및 건축허가를 위하여 면허세 등을 납부하였고, 2013년 중 쟁점토지를 중장비(OO중기)를 사용하여 매립공사를 한 사실이 확인되고 있으므로, 일반적으로 토지에 개발행위 허가신청을 하고 관할관청으로부터 허가를 받아 O년 만에 양도하는 것은 지가상승을 위한 것으로 보이고, 조사 당시 전업농으로서 농사를 짓기 위해 쟁점토지를 취득하였다는 청구인의 주장은 신뢰하기 어렵다. 처분청이 2016.3.22. OO시장으로부터 회신받은 재산세 과세현황에 의하면, 당초 현장실사(2010년 6월)를 통해 2010년부터 2013년까지 실제 쟁점토지의 지목을 ‘대지’로 확인한 후 재산세를 부과한 것으로 나타나는 반면, 청구인이 이 건 조사가 종결된 후 재산세 부과내역이 과세근거의 중요한 근거가 될 것임을 인지하고 OO시장에 시정을 요구하여, 2016.4.19. OO시장이 과거 과세내역 경정 및 환급을 하였으나, 이는 청구인이 제출한 서류를 통해 당초 현장실사 등에 의해 확인한 현황을 배제한 것이기에 새롭게 경정한 내역이 쟁점토지에 대한 실제 현황을 반영한 것이라고 보이지 아니한다. 또한, 2010년 및 2012년 국토지리정보원 항공사진에는 쟁점토지가 공지(나대지)로 나타나는 반면, 청구인이 제출한 현장사진은 일부 쟁점토지인지 여부를 확인하기 불가능하거나, 일부 쟁점토지에 인접한 토지의 사진으로 확인되므로 청구인이 제출한 사진이 청구인의 자경사실을 입증한다고 보기도 어렵다. 따라서, 청구인이 쟁점토지를 소유한 기간의 OO% 이상, 양도일 직전 5년 중 3년, 3년 중 2년 이상 경작한 것으로 뵈 어려우므로 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제95조 【양도소득금액】① 양도소득금액은 wpo94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. ➁ 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 제104조의3【비사업용 토지의 범위】➀ 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 “비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다. (2) 소득세법 시행령 제168조의6 【비사업용 토지의 기간기준】법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지에 대한 청구인의 양도소득세 신고내역 및 처분청의 경정내역은 다음과 같다. (가) 청구인은 쟁점토지를 양도하고, <표1>과 같이 양도소득세를 신고하였고, 처분청은 청구인이 쟁점토지를 소유한 기간 동안 자경하지 아니한 것으로 보아 장기보유특별공제 및 자경농지에 대한 감면을 배제하여 2013년 귀속 양도소득세 OOO원 및 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 각 경정·고지하였다. OOO (나) 청구인은 2016.8.22. 쟁점토지를 8년 이상 자경하였으므로 자경감면과 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하며 이의신청을 하였으나, 2016.10.20. OO지방국세청장은 이를 기각하였고, 이에 청구인은 이 건 심판청구시에는 설령 2010년 이전의 자경사실을 입증하지 못한다 해도 2011년 이후 자경한 사실이 확인되므로 비사업용토지에 해당하지 않는다는 주장을 하고 있다.

(2) 조사청의 조사종결보고서 및 문답서의 주요 내용 및 심리자료는 다음과 같다 (가) 조사종결보고서(2016년 5월)의 주요 내용 OOO (나) 청구인에 대한 문답서(2016.3.15.) OOO

(3) 처분청은 청구인이 쟁점토지에 매립작업을 하고 이를 필요경비에 포함하여 양도소득세를 신고하였다가 OO중기로부터 수취한 세금계산서 O매를 제출하였고, 동 세금계산서에는 OO중기가 2013.1.16., 2013.2.4. 및 2013.3.4.을 작성일자로 하여 청구인에게 장비사용료로 각 OOO원의 공급가액을 O회에 걸쳐 청구한 것으로 나타난다. 청구인은 조세심판원 회의에 출석하여 당초 논이었던 쟁점토지를 밭으로 변경하는 과정에서 복토를 할 수밖에 없었고, 2009년경부터 농한기마다 복토작업을 하여 이를 최종 완료한 2013년 초에 일시에 세금계산서를 발급받았으며, 복토작업이 이루어진 부분에 밭농사를 지어 수확한 작물은 자가소비하였다고 소명하였다.

(4) 청구인 및 처분청이 제출한 자료에 나타나는 연도별 쟁점토지의 현황은 다음과 같다. (가) 2011년 이전: 쟁점토지와 주변 위치는 다음과 같고, 2011년 이전 자경사실을 입증하지 못하는 것에 대한 다툼은 없다. OOO ※ 2012.11.16. OOO 답 OOO㎡를 OOO, OOO-O·△·☆으로 분할하였고, 2013.12.27. OOO-O OOO㎡ 중 일부 OOO㎡를 양도한 후, 2015.11.9. OOO㎡를 OOO-O으로 분할함 (나) 2011년 <청구인 제시> OOO <처분청 제시> OOO (다) 2012년 <청구인 제시> OOO <처분청 제시> OOO (라) 2013년 <청구인 제시> OOO <처분청 제시> OOO

(5) 그 밖의 청구인이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 2006.9.28. 최초 작성된 것으로 기재되어 있는 농지원부에는 OO도 OO시 OO동 OOO 답 OOO㎡를 자경(주재배작물: 벼)하는 것으로 기재되어 있다. (나) 청구인이 쟁점토지를 소유한 기간 동안 OO농협으로부터 구매한 물품의 내역은 <표4>와 같다. <표4> 농자재 구입내역 OOO (다) OOOO농약사 OOO의 농자재 구매 확인서(2016.5.25.)에는 청구인이 2005년부터 2011년경까지 농약, 비료 등 농자재를 구임한 사실이 있다고 기재되어 있다. (라) 쟁점토지 인근에 거주한다는 OOO, △△△, □□□으로부터 수령하였다는 확인서(2015년 4월)에는 2005년 쟁점토지를 취득하여 양도할 당시까지 계속하여 청구인이 고추, 참개, 파, 마늘 등 밭작물을 재배하였고, 2007년부터 2010년경까지 농한기(늦가을∼겨울)에 쟁점토지에 복토를 하였고, 복토를 하는 기간 이외에는 작물을 재배하였다는 내역이 기재되어 있다.

(6) OO시장은 조사 당시인 2016.3.22. 처분청에 당초 재산세 과세내역을 통보하였으나(<표2>), 2016.4.4. 이를 <표5>와 같이 경정하여 재산세를 환급한 것으로 나타난다. <표5> 재산세 변동내역 및 재산세 환급내역

(7) 국세청통합전산망에 의하면, 쟁점토지의 취득 이후 청구인 및 배우자의 사업이력 및 근로소득은 발생하지 않은 것으로 조회된다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 제출한 자료에 의해 2011년부터 양도시까지 쟁점토지를 경작한 사실이 확인된다고 주장하나, 청구인은 2005년 쟁점토지를 취득하여 2007년 개발행위허가를 받고, 2013년 초 고액의 매립공사비를 지출한 후, 8년 가량 보유하다 이를 양도하는 등 정황상 청구인이 경작할 목적으로 쟁점토지를 취득하였거나, 실제 쟁점토지에서 계속적으로 경작하였을 것으로 보이지 아니하는 점, 소량의 밭작물을 재배하여 자가소비하기 위하여 몇 년에 걸쳐 OOO원(부가가치세 포함)에 달하는 복토비용을 지급하는 등의 행위를 하였다는 청구주장 또한 수긍하기 어려운 점, 청구인이 제시한 2013년 항공사진에 밭고랑이 형성되어 있고, 현장사진에서 일부 경작된 현황이 나타나는 것을 근거로 2013년 경작사실을 인정한다 하더라도, 그 외 처분청이 제시한 2011년과 2012년 항공사진 및 사진에 의하면, 쟁점토지에 작물이 심어져 있는 부분은 일부 면적에 불과하고, 실제 밭으로 경작되고 있는 주변 토지(OOO-O)와는 달리 대부분이 나대지 상태로 나타나는 점, 또한, 청구인이 제시한 2011년 및 2012년 사진이 쟁점토지의 어느 부분에 해당하는지 불분명하여 일부 경작이 있었다고 하더라도 경작면적을 특정하기 어렵고, 일부 토지(OOO-O)는 양도하지 아니하여 해당 부분이 양도한 쟁점토지에 포함되는지 여부도 확인하기 어려운 점, OO시장은 2010년 현장확인을 통해 쟁점토지를 대지로 확인하여 재산세를 부과하였던 것으로 보이는 반면, 이 건 양도소득세 실지조사 이후 항공사진 및 농자재구매내역을 근거로 당초 과세내역을 경정하였으므로 재산세 경정내역이 쟁점토지의 실질현황을 반영하고 있다고 보기 어려워 보이는 점, 그 외 청구인이 제출한 기타 자료는 OOO㎡(OOO평)에 달하는 쟁점토지를 청구인이 최소 양도일 전 2년 이상 경작하였음을 합리적으로 추정할 수 있을 정도의 증빙자료로 보기에 부족해 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.