[요지] 처분청은 주거용 아파트가 모두 국민주택 규모 이하인 것으로 가정하였는바, 청구법인의 사업계획서에 기재된 주거용 아파트 지상부분의 연면적(2,111,683㎡)을 아파트 호 수(19,197호)로 단순히 나누어 보더라도 1호당 약 110㎡로 계산되어 국민주택 규모를 초과하는 주택도 반드시 있을 것으로 예상된다는 점에서 잘못이 있으므로, 처분청이 청구법인이나 ○○광역시를 대상으로 주거용 아파트 중 국민주택 규모 이하로 부가가치세가 면세되는 부분이 어느 정도인지를 다시 조사하여 명확한 근거를 바탕으로 쟁점매입세액을 안분 계산하고, 그 결과에 따라 세액을 경정하는 것이 타당함
[주 문] OOO세무서장이 OOO 청구법인에게 한 2016년 제1기 부가가치세 OOO의 환급신청 거부처분은 OOO 조성 및 개발 사업 중 면세사업에 관련된 예정사용면적을 재조사하고, 그 결과에 따라 관련 매입세액을 안분 계산하여 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인의 2016년 제1기 매입세액 신고내역은 아래 <표1>과 같고, 이는 쟁점개발사업을 위해 토지의 소유자가 아닌 사업자가 지출한 비용이므로 매입세액 불공제 대상인 토지 관련 매입세액 등에 해당되지 않으므로 전액 공제되어야 한다. <표1> 청구법인의 2016년 제1기 매입세액 신고내역
(2) 처분청은 청구법인이 OOO에 제출한 사업계획서상 쟁점개발사업의 계획용도별 대지면적을 기준으로 쟁점매입세액을 안분하였으나, 이는 대지면적에 불과하여 건물을 신축 또는 취득하였을 때 적용하는 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 제3호의 예정사용면적 비율의 적용대상으로 볼 수 없고, 같은 조에 규정된 다른 안분기준(공급가액 비율, 매입가액 비율, 예정공급가액 비율) 중에서도 적용 가능한 것이 없다.
(3) 쟁점개발사업은 OOO 간의 합의각서가 체결된 후 사전협상이 진행되었으나, OOO 협상 당사자간의 이견으로 인해 협상이 종료되었으며, 현재는 사업 자체가 취소되었다. 즉, 쟁점개발사업의 시작 전 PM 용역사 선정, 사업성 검토, 홈페이지 구축, 사무실 인테리어 공사 등 사전 작업에 대한 경비투입만 있었을 뿐, 쟁점개발사업의 어떠한 것도 확정되지 않은 상태로 실제 사업은 시작하지 못한 상태였으므로, 안분 대상 면세비율은 없는 것으로 보아야 한다.
(1) 청구법인은 쟁점매입세액이 토지 관련 매입세액 등 불공제 매입세액에 해당하지 않아 전액 매입세액 공제가 가능하다고 주장하지만, 처분청은 청구법인이 제출한 사업계획서 내용에 있는 예정사용면적에 따라 공통매입세액을 안분하여 면세분 매입세액을 불공제한 것이고, 이를 토지 관련 매입세액으로 보아 불공제한 것은 아니다.
(2) 청구법인은 쟁점개발사업과 관련하여 OOO에 사업계획서를 제출하였으며, 처분청은 청구법인이 제출한 사업계획서의 내용대로 주거용 아파트 면적이 전체 사업면적에서 차지하는 비율을 적용하여 부가가치세법 시행령 제81조에 따라 매입세액을 안분하였다. 사업계획의 내용이 변경 또는 중단되었다면, 예정사용면적의 변경을 증명할 수 있는 변경사업계획서, 사업폐지 관련 서류 등을 처분청에 제출하였어야 함에도 청구법인은 당초 제출한 사업계획서 외에 어떠한 서류도 제출하지 않았으므로, 현장 확인 당시 처분청이 당초 사업계획서의 내용대로 공통매입세액을 안분 계산하여 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.
(3) 부가가치세법상 공통매입세액은 원칙적으로 실지 귀속에 따라 계산하지만 그 실지 귀속 등을 구분할 수 없는 경우에는 공급가액을 기준으로 안분계산하며, 공급가액이 없는 경우에는 예정공급가액, 예정사용면적 기준의 순서에 의해 공통매입세액을 안분 계산하는 것이다. 청구법인의 경우 공급가액을 알 수 없어 예정사용면적 기준으로 매입세액 안분 계산한 것이고, 그 후 과세기간에 사용면적이 확정되면 그 확정되는 과세기간에 정산하는 것으로, 처분청의 현장 확인 이후인 OOO 최종적으로 협상이 종결되어 사업계획서의 내용대로 사업이 이루어지지 않게 되었다면, 2016년 제2기 부가가치세 신고 시 정산하면 되는 것이지 2016년 제1기 과세기간으로 소급하여 환급하는 것은 아니다.
3. 심리 및 판단
(1) 부가가치세법 제40조[공통매입세액의 안분] 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.
(2) 부가가치세법 시행령 제81조[공통매입세액 안분 계산] ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. 면세사업등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 총공급가액
④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율 2.총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율 3.총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율
⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항 제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조 제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다.
⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 공통매입세액의 안분 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. 제82조[공통매입세액의 정산] 사업자가 제81조 제4항에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우에는 해당 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업등의 공급가액, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고할 때에 다음 각 호의 계산식에 따라 정산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율, 총사용면적에 대한 면세 또는 비과세 사용면적의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.
2. 제81조 제4항 제3호에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우 가산되거나 공제되는 세액 = 총공통매입세액 × (1- 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적
• 이미 제공한 세액 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적
(3) 조세특례제한법 제106조[부가가치세의 면제 등] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.
4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다)
(4) 조세특례제한법 시행령 제106조[부가가치세 면제 등] ④ 법 제106조 제1항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역"이란 다음 각 호의 것을 말한다.
1. 제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택 제51조의2[자기관리부동산투자회사 등에 대한 과세특례] ③ 법 제55조의2 제4항에서 "대통령령으로 정하는 규모"란 주택법에 따른 국민주택 규모(기획재정부령이 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다)를 말한다.
(5) 주택법 제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
3. "국민주택"이란 주택도시기금법에 따른 주택도시기금(이하 "주택도시기금"이라 한다)으로부터 자금을 지원받아 건설되거나 개량되는 주택으로서 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 "주거전용면적"이라 한다)이 1호(戶) 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(수도권정비계획법 제2조 제1호에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하인 주택을 말한다. 이하 "국민주택규모"라 한다)을 말한다. 이 경우 주거전용면적의 산정방법은 국토교통부령으로 정한다.
(1) 처분청이 제출한 부가가치세 환급 현장확인 종결보고서에 따르면, 청구법인은 OOO 지역에 정보통신기술ㆍ미디어콘텐츠ㆍ에듀케이션 분야의 글로벌 기업을 유치해 업무ㆍ주거ㆍ오락ㆍ교육 기능을 복합한 자족도시 건설을 목표로 사업개발 단계에 있었으며, 2016년 제1기 부가가치세 과세기간 중 사업계획서 설계용역비, 법률자문비 등 매입이 발생하여 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고하였으나, 처분청은 이를 과세 면세사업에 공통으로 사용 소비되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액으로 보고, 쟁점매입세액에 청구법인의 사업계획서상 전체 대지면적 중 주택(아파트) 건설용지가 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액을 면세사업분 매입세액으로 보아 이를 매출세액에서 불공제하였다.
(2) 청구법인이 OOO에 제출한 쟁점개발사업의 사업계획서에 따르면, 청구법인은 스마트시티 내 첨단지식 업무 클러스터 개발 계획과 공급을 고려하여 주거 수용 인구 수를 추정하고, 스마트시티의 세부면적 등을 아래 <표2>와 같이 계획하였다. <표2> 청구법인의 사업계획서 중 계획용도별 세부면적
(3) 청구법인이 제출한 쟁점개발사업 관련 OOO의 협상 종료 안내 공문에 따르면, OOO 청구법인에게 스마트시티 사업협력 및 예비토지매매에 대한 협상이 종료되었음을 알렸다.
(4) 부가가치세법 제40조 및 같은 법 시행령 제81조는 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액의 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 과세·면세사업에 대한 공급가액의 비율에 따라 안분 계산하되, 공급가액이 없는 경우에는 매입가액 비율, 예정공급가액 비율, 예정사용면적 비율의 순서에 의해 안분 계산하도록 정하고 있다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2016년 제1기 부가가치세 과세기간 중 청구법인에게 발생된 쟁점매입세액은 쟁점개발사업의 추진을 위한 것이고, 청구법인의 사업계획서에 따르면 쟁점개발사업은 업무, 주거, 오락, 교육 기능을 복합한 자족도시를 건설하는 것이며, 이 중 주거지구에는 조세특례제한법에 따라 부가가치세가 면제되는 국민주택 규모 이하의 주택의 건설용역이 포함될 것이므로, 쟁점매입세액은 과세사업과 면세사업에 모두 관련되는 공통매입세액이라 하겠다. 그렇다면, 쟁점매입세액 중 과세·면세사업에 관련된 매입세액을 안분 계산하여야 하는데, 청구법인은 2016년 제1기 과세기간 중 쟁점개발사업과 관련된 매출이 없으므로 부가가치세법 시행령 제81조에 따른 공급가액 비율, 매입가액 비율, 예정공급가액 비율을 적용할 수 없고, 결국 처분청의 의견과 같이 예정사용면적 비율을 적용하는 것이 타당하다. 그러나 처분청은 청구법인이 제출한 사업계획서상 주거용 아파트의 대지면적이 총대지면적에서 차지하는 비율을 적용하여 면세사업분 매입세액을 계산함에 따라 주거용 아파트가 모두 국민주택 규모 이하인 것으로 가정하였는바, 청구법인의 사업계획서에 기재된 주거용 아파트 지상부분의 연면적(2,111,683㎡)을 아파트 호수(19,197호)로 단순히 나누어 보더라도 1호당 약 110㎡로 계산되어 국민주택 규모를 초과하는 주택도 있을 것으로 예상되므로, 처분청이 청구법인이나 OOO를 대상으로 주거용 아파트 중 국민주택 규모 이하로 부가가치세가 면세되는 부분이 어느 정도인지를 다시 조사하여 명확한 근거를 바탕으로 쟁점매입세액을 안분 계산하고, 그 결과에 따라 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.