쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 1988.9.9. 취득한 OOO 임야 628.1㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2016.1.5. 농업회사법인OOO에 양도하고 장기보유특별공제 OOO을 적용하여 2016.3.24. 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 2016.6.9. 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 것) 제95조 제4항(이하 “쟁점법률”이라 한다)에 따라 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당하여 장기보유특별공제의 적용 대상이 아니라고 보아, 2016.6.9. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.8.22. 이의신청을 거쳐 2016.12.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점법률은 비사업용 토지로서 2016.1.1. 이전에 취득하여 보유하고 있는 자산에 대해 장기보유특별공제 보유기간을 2016.1.1.부터 기산한다고 규정하여 쟁점토지와 같이 2016.1.1. 이전에 취득한 토지에 대하여 장기보유특별공제를 할 수 없도록 시행한 것으로 이 규정은 소급입법에 해당되며, 타 업무용 자산의 장기보유특별공제와 비교하여 차등적용으로 조세평등의 원칙에 위배되므로 쟁점토지를 취득한 시기를 기산일로 하여 장기보유특별공제를 적용해야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점토지는 비사업용 토지로서 2016.1.1. 이전에 취득하여 보유하였으므로 2015.12.15. 개정된 쟁점법률에 근거하여 장기보유특별공제 대상에 해당되지 않으므로 이를 배제하고 양도소득세를 경정․고지한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분의 당부
• 나. 관련 법률 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 것) 제95조[양도소득금액] ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는도시 및 주거환경정비법제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산하며, 제104조의3에 따른 비사업용 토지로서 2016년 1월 1일 이전에 취득하여 보유하고 있는 자산인 경우에는 2016년 1월 1일부터 기산한다. 제104조의3[비사업용 토지의 범위] ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다. 가.산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률에 따라 지정된 산림유전자원보호림, 보안림(保安林), 채종림(採種林), 시험림(試驗林), 그 밖에 공익을 위하여 필요하거나 산림의 보호·육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령으로 정하는 것

• 나. 대통령령으로 정하는 바에 따라 임야 소재지에 거주하는 자가 소유한 임야
• 다. 토지의 소유자, 소재지, 이용 상황, 보유기간 및 면적 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령으로 정하는 것 <부칙> 제1조(시행일) 이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 제2조(일반적 적용례) ① 이 법은 이 법 시행 이후 발생하는 소득분 부터 적용한다.

② 이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 쟁점토지 취득 및 양도 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점토지 취득 및 양도내역

(2) 청구인은 2016.3.24. 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 신고하면서 장기보유특별공제 OOO을 적용하여 양도소득세 신고를 하였다.

(3) 처분청은 쟁점토지가 비사업용 토지로서 장기보유특별공제 대상에 해당하지 않는다고 보아 2016년 귀속 양도소득세를 아래 <표2>와 같이 경정․고지하였다. <표2> 양도소득세 경정결정 내역

(4) 쟁점토지는 비사업용 토지이며, 쟁점토지의 양도가액 및 취득가액에 대하여 청구인과 처분청 간의 다툼은 없다.

(5) 쟁점법률은 “제2항 1) 에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산하며, 제104조의3에 따른 비사업용 토지로서 2016년 1월 1일 이전에 취득하여 보유하고 있는 자산인 경우에는 2016년 1월 1일부터 기산한다고 규정되어 있다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 쟁점법률 단서조항에서 ‘제104조의3에 따른 비사업용 토지로서 2016년 1월 1일 이전에 취득하여 보유하고 있는 자산인 경우에는 2016년 1월 1일부터 기산한다’고 규정하고 있고, 이 법 부칙 제2조 제2항에서 ‘이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행(2016.1.1.) 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용한다’고 규정하고 있는바, 쟁점토지의 경우 청구인이 2016년 1월 1일 이전에 취득하여 2016년 1월 1일 이후 양도하였으므로 취득시기의 기산일은 2016년 1월 1일이라 할 것인 점, 개정 법령의 시행시기와 적용범위를 정하는 것은 원칙적으로 입법 취지와 목적 등을 고려한 입법자의 재량 범위내에 속하는 점(대법원 2016.6.15. 선고 20016두11637 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 볼 때, 쟁점토지의 취득시기를 최초 취득일로 하여 보유기간을 기산한 후에 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 제2항: 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법제48조에 따른 관리처 분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하는 금액을 말한다.