농어업경영체 등록확인서를 법인세 과세표준 신고기한내에 제출하지 못한 차후 제출하는 경우 감면규정을 적용할수 있겠으나 사업연도말이 지나 등록하고 제출하는 경우에는 감면을 받아들이기 어려움
농어업경영체 등록확인서를 법인세 과세표준 신고기한내에 제출하지 못한 차후 제출하는 경우 감면규정을 적용할수 있겠으나 사업연도말이 지나 등록하고 제출하는 경우에는 감면을 받아들이기 어려움
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 영농조합법인의 법인세 감면은 영농조합의 설립 및 존속요건을 갖추면서 경영체법령상의 사업을 영위하고, 당해 사업에서 소득이 발생하여야 적용할 수 있다. (가) 청구법인은 농업인이 모여 농산물의 공동출하 등을 목적사업으로 영위하기 위하여 설립된 영농조합법인으로 2015년 기준 조합원은 약 300여명인 사회적기업이다. (나) 경영체법 제16조 등에 따르면, 농산물의 공동출하를 목적으로 농업인이 5인 이상 조합원으로 참여하면 영농조합법인을 설립하여 운영할 수 있도록 하고 있으며, 농업인이란 1천제곱미터 이상의 농지를 경영하거나 경작하는 사람, 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 OOO 이상인 사람, 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 사람 등을 말한다. 경영체법 제2조 및 농업.농촌 및 식품산업 기본법 시행령 제3조 제1항 청구법인은 전체 조합원 300여명 중 약 243명 정도가 농업인(생산자조합원)이며, 청구법인은 이러한 생산자 조합원과 계약재배를 통해 벼를 조합원으로부터 수매한 후 OOO에 도소매하는 것을 업으로 하고 있어 실질적이고 완전한 형태의 영농조합법인으로 이 같은 조합원 구성(전체 조합원 중 80프로 이상이 농업인으로 구성)은 법인설립부터 현재까지 큰 변동이 없으므로 청구법인은 영농조합법인의 설립요건을 충족하고 있는 것이다. 또한 경영체법 제13조에 의하면 조합원이 5명 미만이 된 후 1년 이내에 5명 이상이 되지 아니한 경우 영농조합법인을 해산하도록 규정하고 있는데, 청구법인은 설립 이래 현재까지 농업인 조합원이 250여명 안팎으로 영농조합법인의 존속요건을 수미일관 충족하고 있다. (다) 조세특례제한법 제66조 제1항 및 같은 법 시행령 제63조 제1항에서는 경영체법에 따른 영농조합법인에 대하여 곡물 및 기타 식량작물재배업에서 발생하는 소득(이하 식량작물재배업소득이라 한다) 전액과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 경영체법 시행령 제11조 제1항에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로서 일정 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하도록 규정하고 있다. 경영체법 시행령 제11조 제1항에서 규정하고 있는 영농조합법인의 사업범위는 1. 농업의 경영 및 그 부대사업 2. 농업과 관련된 공동이용시설의 설치,운영 3. 농산물의 공동 출하,유통,가공 및 수출 4. 농작업의 대행 5. 농어촌 관광휴양사업 6. 그 밖에 영농조합법인의 목적을 달성하기 위하여 정관에서 정하는 사업인바, 이 중 청구법인은 농산물의 공동 출하.통.가공 및 수출과 관련하여 벼를 생산하는 농업인인 조합원으로부터 벼를 수매한 후 OOO에 도소매하는 유통업을 영위하고 있고, 여기에서 발생하는 소득은 농산물 유통에 따른 소득이다.
(2) 법인세 감면신청서 및 농업경영체 등록확인서의 제출여부가 법인세 감면의 실질요건이 될 수 없다. (가) 2014.2.21.자로 조세특례제한법 시행령 제63조 제7항 을 개정하면서 2015.1.1.부터는 경영체법 제4조에 따른 농업경영체 등록확인서를 법인세 과세표준신고시 세액면제신청서와 함께 제출하도록 규정하였는데 이는 해당 영농조합법인의 조세감면 신청의 적정 여부에 대한 개연성을 확보할 수 있는 간접적 증거로 활용할 수 있는 보조적 수단일 뿐이다. (나) 처분청은 2016.10.6. 청구법인이 법인세 신고시 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않았으므로 법인세를 과세하겠다는 예고통지를 하였는데, 청구법인은 동 통지를 받고 OOO에 농업경영체 등록신청을 하여 2016.10.14. 농업경영체 증명서를 교부받았는바, 전술한 바와 같이 청구법인은 경영체법상 영농조합의 존속요건을 계속적으로 충족하고 있었으므로 신청과 동시에 등록을 해 준 것이다. 청구법인은 2015년 중 농업경영체로 등록하고자 OOO에 문의하였으나, 당시 OOO 담당자로부터 농지를 보유하지 못하면 등록이 불가하다는 답변을 받아 등록을 하지 못하다가 처분청으로부터 과세예고통지를 받고 곧바로 OOO에 농업경영체 등록신청을 한 것으로, 신청하면서 재확인한 바로는 농업인(개인 농민)의 경우에는 농지의 보유가 필수적이지만, 농업법인의 경우 농지를 보유하지 않은 경우에도 농업경영체 등록을 할 수 있도록 되어 있었는바, 청구법인에게는 2015년의 미등록에 대한 귀책사유가 없다. 경영체법에 의하면 농업경영체 등록은 강제사항이 아니고 융자나 보조금 등을 지원받으려는 자에 한하여 농업경영체 등록을 요구하는 것이고, 농업경영체 등록은 청구법인처럼 영농조합의 존속요건을 갖추면 언제든지 신청만 하면 곧바로 등록이 가능한데도 미등록과 확인서 미제출로 인하여 법인세 감면이 불가하다면 조세법률주의 관점에서 위법한 해석이다. (다) 처분청의 감면배제 처분은 조세법률주의에 위배되어 위법한 행정행위이다. 일반적으로 조세특례제한법은 실질(실체)적 감면요건을 제시하고, 당해 요건을 충족하면 감면(조세특례)을 적용하는 구조로 감면신청서 제출 등은 형식적인 절차에 불과한 것인바, 심판례나 행정해석에서도 감면신청서를 제출하지 않거나 신청기간이 지난 후 이를 제출하여도 감면을 해주고 있는데OOO, 이는 감면신청서 등이 감면의 실질요건이 아니기 때문이다. 경영체법에서는 영농조합법인 설립의 실체적 요건으로 5인 이상의 농업인을 조합원으로 하여 경영체법 시행령 제9조에서 정하는 설립등기신청서와 부속서류 및 법인등기부의 설립등기사항을 잘 구비하면 되는 것이고 조합원이 5인 이상 유지만 되면, 그 등록은 영농조합의 중요한 설립 또는 존속요건도 아닌 임의적 절차이다. 따라서 조세특례제한법령의 실질적 감면요건을 모두 충족하고 있고, 경영체법상 영농조합 요건을 계속적으로 충족하고 있는 청구법인에게 2014사업연도 귀속분까지는 법인세 감면을 해 주다가 2015사업연도 귀속분에 대해서는 경영체 확인서 미제출 등 형식적 절차를 밟지 않았다는 이유로 감면배제하는 것은 과세요건법정주의, 과세요건명확주의, 엄격해석원칙 등을 하부원칙으로 하는 조세법률주의에 위배되는 것이다.
(1) 청구법인이 경영체법에 따른 농업경영체 등록을 하지 않아 조세특례제한법 시행령 제63조 제7항에 따른 농업경영체 등록확인서를 제출하지 못하는 경우에는 감면요건을 충족하지 못하였으므로 감면을 배제하여야 한다. (가) 경영체법 제4조에 따라 농어업경영체 등록은 하였으나 조세특례제한법 시행령 제63조 제7항 에 따른 농어업경영체 등록확인서를 법인세 과세표준 신고기한 이내에 제출하지 못한 경우에는 조세특례제한법상 규정된 단순 협력의무 위반으로서 차후 확인서를 제출할 경우 감면을 적용할 수 있으나OOO, 해당 사업연도말인 2015.12.31. 현재 경영체를 등록한 사실이 없어 등록확인서를 제출할 수 없는 경우에는 과세표준과 세액을 결정하기 위해 필요한 관련 자료를 제출하도록 하는 단순 협력의무의 위반이라기 보다는 감면을 적용하기 위한 요건 자체를 충족하지 못한 것이므로 감면을 배제함이 타당하다. (나) 아울러, OOO에서 국세청 법령해석과에 농어업경영체 등록확인서를 미제출한 농업법인에 대하여 감면 적용이 가능한지 여부를 자문한바, 농업회사법인이 조세특례제한법 제68조 제1항 에 따른 농업회사법인에 대한 법인세 감면을 적용받기 위해서는 해당 사업연도말까지 경영체법 제4조에 따라 농업경영체 등록을 하여야 하는 것이며, 해당 사업연도말까지 농업경영체 등록을 하는 등 조세특례제한법 제68조 제1항 소정의 감면요건에 해당되는 경우에는 법인세 과세표준 신고기한 내에 농업경영체 등록확인서를 미제출하더라도 감면을 적용받을 수 있는 것이라고 회신OOO하였는바, 해당 사업연도말까지 경영체 등록이 된 경우에는 등록확인서 제출 여부와 무관하게 감면이 가능하지만 그렇지 않은 경우에는 감면을 적용받을 수 없는 것으로 명확하게 회신한바 있다.
(2) 농업경영체 등록은 농업 관련 융자, 쌀소득직불금, 농업인 건강보험료 지원 등은 물론 조세지원 측면에서도 면세유 혜택을 부여하기 위한 전제조건인바, 법인세 감면 적용에 있어서도 감면을 위한 전제조건이자 필수조건이라고 봄이 타당하다. (가) 경영체법 제4조에는 농어업.농어촌에 관련된 융자.보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 농어업경영정보를 등록하여야 한다고 규정하여 경영체 등록 제도가 절차적이거나 형식적인 제도가 아니라 농업인. 농업법인에게 융자 등의 각종 혜택을 부여하기 위한 실질적이고 필수적인 전제요건임을 명시하고 있는바, 같은 법 제13조 및 농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정 제3조의2에 따르면 농업경영정보를 등록한 자만이 소득안정직접지불금 또는 경작불리직불금 등을 신청할 수 있으며 농업소득보전에 관한 법률 시행규칙제5조 제1항에서는 농업소득직불금을 수령하고자 하는 자는 농업경영체 등록신청서를 제출하는 경우 직불급지급대상자 등록신청서를 제출한 것으로 하여 사실상 경영체 등록을 강제하고 있다. (나) 한편, 조세지원의 측면에서도 국세청은 농어업경영정보에 등록하기 전에 기자재를 구입하면서 부담한 부가가치세는 조세특례제한법 제105조의2 에 따른 부가가치세 환급 특례를 적용할 수 없는 것으로 해석하고 있어(법규부가 2014-17, 2014.1.24 등 다수) 농업경영체 등록이 단순한 협력절차가 아니라 농업인. 농업법인에 대한 지원을 위한 필수적인 요건임을 명확히 하고 있다. (다) 따라서 조세특례제한법 제66조 등에 따른 농업법인에 대한 법인세 감면의 경우에도 같은 법 시행령 제63조 제7항에서 농업경영체 등록 후 그 등록확인서를 제출하도록 명확하게 규정하고 있는 이상 경영체등록을 하지 않아 등록확인서를 제출할 수 없는 청구법인과 같은 경우에는 법인세 감면을 적용하기 어렵다고 할 수 있다.
(1) 처분청 및 청구법인이 제출한 자료 등에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2016.3.31. 2015사업연도에 대한 법인세 신고시 조세특례제한법 제66조 의 영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 규정을 적용하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였으나 처분청은 청구법인이 2015사업연도 말까지 농어업경영체 등록을 하지 않아 법령상 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 해당 감면을 배제하고 가산세를 포함하여 2017.7.12. 청구법인에게 이 건 법인세를 경정고지하였다. (나) 청구법인의 법인세 신고내역 및 처분청 경정내역 000
(2) 청구법인은 이 건 법인세가 과세된 2015사업연도의 주식 등 변동상황명세서를 제출하였는바, 전체 주주는 288명으로 나타난다(이 중 250여명 정도가 농업인이라고 함). (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합 하여 살피건대, 청구법인은 경영체법에 따른 농어업경영체 등록을 하지 않았다 하더라도 실질적으로 위 법률에 따른 영농조합의 설립 및 존속요건을 일관되게 충족하고 있으므로 조세특례제한법 제66조 의 감면 규정을 적용하여야 한다고 주장하나, 동 감면규정을 적용받기 위해서는 조세특례제한법 시행령 제63조 제7항 에 따라 과세표준신고와 함께 농업경영체 등록확인서를 제출하도록 규정하고 있는바, 농업경영체 등록확인서를 법인세 과세표준 신고기한 내에 제출하지 못한 경우에는 조세특례제한법상 규정된 단순 협력의무 위반으로서 차후 확인서를 제출할 경우 감면 규정을 적용할 수 있겠으나OOO, 해당 사업연도말인 2015.12.31.이 지난 2016.3.31.에서야 농업경영 체로 등록하고 동 등록확인서를 제출하지 않은 법인에 대해서는 법인 세 면제대상에 해당하지 않는다 할 것OOO이다. 따라서 2016.10.14. 농업경영체 증명서를 교부받은 청구법인이 조세특례제한법 제66조 의 영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제요건을 갖추지 못한 것으로 보아 2015사업연도 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
(1) 조세특례제한법 제66조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제
(3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. 농업인이란 농업.농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제2호에 따른 농업인을 말한다.
2. 농업법인이란 제16조에 따른 영농조합법인과 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.
3. 농업경영체란 농업인과 농업법인을 말한다.
6. 어업경영체란 어업인과 어업법인을 말한다.
7. 농어업경영체란 농업경영체와 어업경영체를 말한다. 제4조(농어업경영정보의 등록) 1. 농어업.농어촌에 관련된 융자.보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항으로서 대통령령으로 정하는 것(이하 농어업경영정보라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.
1. 농업경영체: 농어업.농어촌 및 식품산업 기본법 제40조에 따른 농지,축사,원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보 제5조(등록정보의 확인 등) 2. 농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관은 등록정보의 사실 여부를 확인하기 위하여 필요한 경우에는 관계 공무원에게 현지조사를 하게 할 수 있다. 제13조(직접지불금의 지급대상자) 1. 직접지불금을 지급받을 수 있는 자는 농어업경영정보를 등록하고 농업 또는 어업을 주업으로 하는 농어업경영체로 한다. 제16조(영농조합법인 및 영어조합법인의 설립) 1. 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하.유통.가공.수출 등을 공동으로 하려는 농업인 또는 농어업,농어촌 및 식품산업 기본법 제3조 제4호에 따른 농업 관련 생산자단체다.
3. 영농조합법인 및 영어조합법인은 법인으로 하며, 그 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.
7. 영농조합법인 및 영어조합법인에 관하여 이 법에서 규정한 사항 외에는 민법 중 조합에 관한 규정을 준용한다. 제17조(영농조합법인 및 영어조합법인의 조합원 등) 1. 영농조합법인은 농업인과 농업생산자단체 중 정관으로 정하는 자를 조합원으로 한다.
2. 농업인이 아닌 자로서 대통령령으로 정하는 자는 정관으로 정하는 바에 따라 영농조합법인에 출자하고 준조합원으로 가입할 수 있다. 이 경우 의결권은 행사하지 못한다. (4) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제11 조 (조합법인의 사업) 1.영농조합법인의 사업은 다음 각 호와 같다.
2. 농업과 관련된 공동이용시설의 설치운영
3. 농산물의 공동 출하.가공 및 수출
밖에 영농조합법인의 목적을 달성하기 위하여 정관에서 정하는 사업
(5) 농어업.농어촌 및 식품산업 기본법 제3조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. 농어업이란 다음 각 목의 산업을 말한다.
2. 농어업인이란 다음 각 목의 자를 말한다.
(6) 농어업.농어촌 및 식품산업 기본법 시행령 제3조(농어업인의 기준) 1. 법 제3조 제2호 가목에서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람을 말한다.
1. 1천제곱미터 이상의 농지(농어촌정비법 제98조 에 따라 비농업인이 분양받거나 임대받은 농어촌 주택 등에 부속된 농지는 제외한다)를 경영하거나 경작하는 사람
2. 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 120만원 이상인 사람
3. 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 사람
4. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조 제1항 에 따라 설립된 영농조합법인의 농산물 출하.유통.가공.수출활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람
(7) 농어촌발전특별조치법 제6조(영농조합법인의 육성) 1. 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 공동출하 및 가공.수출등을 하고자 하는 자는 영농조합법인을 설립할 수 있다.
2. 영농조합법인은 법인으로 한다.
3. 영농조합법인은 농업인과 생산물의 생산자단체중 정관이 정하는 자를 그 조합원으로 한다.
4. 농업인 또는 농산물의 생산자단체가 아닌 자로서 대통령령이 정하는 자는 정관이 정하는 바에 따라 영농조합법인에 출자하고 준조합원으로 가입할 수 있다. 이 경우 의결권은 행사하지 못한다.
5. 영농조합법인은 그 명칭중에 영농조합법인이라는 명칭을 사용하여야 하며, 영농조합법인이 아닌 자는 영농조합법인이라는 명칭을 사용하지 못한다.
6. 영농조합법인을 설립하고자 할 때에는 5인이상의 농업인이 공동으로 정관을 작성하고, 기타 설립에 필요한 행위를 하여야 한다.
7. 영농조합법인은 창립총회의 의결을 거친 후 그 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.
8. 영농조합법인의 설립.출자.사업.정관기재사항.해산등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
9. 영농조합법인은 대통령령으로 정하는 생산자단체의 조합원 또는 준조합원으로 가입할 수 있다.
10. 영농조합법인은 그 농업경영에 필요한 농지를 소유할 수 있다.
(8) 농업.농촌기본법 제15조(영농조합법인의 육성) 1. 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하.가공.수출등을 공동으로 하고자 하는 농업인은 5인이상을 조합원으로 하여 영농조합법인을 설립할 수 있다.
2. 영농조합법인은 법인으로 하며, 그 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.
3. 영농조합법인은 농업인과 농산물의 생산자단체중 정관이 정하는 자를 그 조합원으로 하되, 조합원이 아닌 자로서 대통령령이 정하는 자는 정관이 정하는 바에 의하여 영농조합법인에 출자하고 의결권이 없는 준조합원으로 가입할 수 있다. 4.영농조합법인은 대통령령이 정하는 생산자단체의 조합원 또는 준조합원으로 가입할 수 있다.
5. 상법 제176조 의 규정은 영농조합법인의 해산명령에 관하여 이를 준용한다. 이 경우 농림부장관은 법원에 영농조합법인의 해산을 청구할 수 있다. 6.영농조합법인의 설립·출자·사업·정관기재사항 및 해산등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(9) 농업.농촌 및 식품산업 기본법 제28조(영농조합법인의 육성) 1.협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하·가공·수출 등을 공동으로 하려는 농업인은 5명 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인을 설립할 수 있다.
2. 영농조합법인은 법인으로 하며, 그 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.
3. 영농조합법인은 농업인과 농산물의 생산자단체 중 정관으로 정하는 자를 그 조합원으로 하되, 조합원이 아닌 자로서 대통령령으로 정하는 자는 정관으로 정하는 바에 따라 영농조합법인에 출자하고 의결권이 없는 준조합원으로 가입할 수 있다.
4. 영농조합법인은 대통령령으로 정하는 생산자단체의 조합원이나 준조합원으로 가입할 수 있다.
5. 영농조합법인의 해산명령에 관하여는 상법 제176조 를 준용한다. 이 경우 관할 시장.군수 또는 자치구의 구청장은 법원에 영농조합법인의 해산을 청구할 수 있다.
6. 영농조합법인의 설립, 출자, 사업, 정관 기재사항 및 해산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
7. 영농조합법인의 등기에 관하여 이 법에서 규정한 사항 외에는 상업등기법 제69조.제70조 및 제74조부터 제79조까지의 규정을 준용한다.
8. 영농조합법인에 관하여 이 법에서 규정한 사항 외에는 민법중 조합에 관한 규정을 준용한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.