청구법인은 조세감면 승인을 받은 감면대상사업(디스플레이사업)과 그 밖의 사업(반도체사업, 기타사업)으로 구분하여 자산, 부채 및 손익을 구분경리한 점, 이전설치한 기계장치의 경우 관련 법령상 제한이 없어 보이는 점 등에 비추어 증자분 감면사업만 별도로 계산하는 방식으로 외국인투자 세액감면을 적용할 수 있음
청구법인은 조세감면 승인을 받은 감면대상사업(디스플레이사업)과 그 밖의 사업(반도체사업, 기타사업)으로 구분하여 자산, 부채 및 손익을 구분경리한 점, 이전설치한 기계장치의 경우 관련 법령상 제한이 없어 보이는 점 등에 비추어 증자분 감면사업만 별도로 계산하는 방식으로 외국인투자 세액감면을 적용할 수 있음
OOO세무서장이 2017.4.5. 청구법인에게 한 법인세 2011사업연도분 OOO원 및 2012사업연도분 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
(1) 개별방식 적용을 위한 구분경리의 단위는 조세감면 승인사업과 그 밖의 사업이고, 조세감면승인을 받은 감면사업 내에서 비감면사업장에서 사용하던 자산·부채와 기계장치에서 발생하는 손익을 추가적으로 구분경리해야 하는 법적 근거는 없으며, 국세청 예규(서면법규-245, 2014.3.19.)에서도 비감면사업장에서 사용하던 기계장치를 감면사업에 사용하더라도 감면사업소득에 해당한다고 회신하고 있다. OOO 신공장의 신규 기계장치와 OOO 공장의 기존 기계장치는 생산규모의 차이만 있을 뿐, 동일 제품을 생산하는 동일한 기계장치이기 때문에 개별 기계장치별로 개별손익을 구분할 수 없고, 청구법인은 외국인투자비율 계산 시 기존 기계장치 취득과 관련한 구주취득분 자본금을 제외하여 계산함으로써 기존 기계장치에서 발생한 소득금액 상당액을 감면소득에서 제거하는 효과가 이미 발생하였다. 만일, 감면사업인 외국인투자지역 내 사업OOO에서 신규 기계장치분(감면사업) 소득과 기존 기계장치분(비감면사업)을 추가적으로 구분하여 감면세액을 산정해야 한다면, OOO(감면사업)과 그 밖의 사업까지만 구분경리한 청구법인의 오류를 바로잡아 추가적인 소득구분을 통해 개별방식에 따라 감면세액을 재계산(이 경우 감면사업에 대한 외국인투자비율을 별도로 산정하여 100%를 적용하여야 함)하는 것이 바람직하다. 청구법인의 기존 외국인투자 감면세액 계산방식은 OOO(감면사업)의 소득을 자본금 비율로 안분한 것과 동일한 효과가 발생하고 있음에도 자본금 비율로 안분하는 것이 합리적이지 않다고 한다면 다른 합리적인 방법(유형자산 비율, 매출액 비율, 생산규모 비율 등)을 적용하여 감면세액 재계산하는 것이 타당하다.
(2) 처분청이 청구법인의 2013사업연도 외국인투자 감면세액 신고(개별방식)에 대하여 2017년 6월 사후검증을 실시하여 이 건 처분과 동일하게 평균방식을 적용하여 과세예고통지한데 대하여, 국세청 과세전적부심사결정(적부 2017-○○○호, 2017.○○.○., 이하 “국세청 과적결정”이라 한다)에서 비감면사업장에서 사용하던 기계장치를 감면사업에 사용하더라도 구분경리 없이 개별방식을 적용할 수 있다는 청구법인의 주장을 인용한 사실이 있다. 만약 처분청 의견처럼 비감면사업장에서 사용하던 기계장치를 감면지역으로 이전하여 사용할 경우 해당 소득을 구분경리를 통해 감면 제외한다 하더라도, 심판결정례(조심 2011광264, 2013.5.28.), 판례(OOO법원 2015.12.17. 선고 2015누6001 판결), 2014년에 신설된 조특법 집행기준 등을 종합적으로 고려할 때, 자본금 비율 등으로 소득을 합리적으로 안분계산한 것도 적법한 구분경리로 볼 수 있다.
(3) 경정청구대상 사업연도(2011․2012)에 외국인투자 세액감면을 적용함에 있어 구분경리가 가능하다면 평균방식과 개별방식 중 납세자에게 유리한 방법을 선택․적용할 수 있는 것이다. 평균방식과 개별방식의 감면세액 계산방식은 산출세액에 감면비율을 고려하여 감면세액을 계산한다는 기본원칙은 동일하나, 구체적인 계산과정에서 둘 이상의 감면사업에 대하여 전체 감면사업에 대한 산출세액에 대하여 평균적인 감면비율을 적용할 것인지(평균방식) 아니면 각각의 감면사업에 대한 산출세액에 대하여 각각의 감면비율을 적용할 것인지(개별방식)에 대한 차이만 있는바, 국세청 예규(국제세원-90, 2010.2.17.)에 따르면 기업의 선택에 따라 평균방식 또는 개별방식 중 유리한 방식을 적용할 수 있고, 2014년에 조특법 시행령이 개정되면서 증자를 통해 새로운 감면사업을 영위할 경우 구분경리를 통하여 개별방식에 따라 감면세액을 계산하도록 감면세액 계산방법이 일원화된바, 개별방식이 보다 적정한 계산방법이라 할 것이어서 과거의 평균방식을 개별방식으로 변경하는 것은 이러한 개정취지에 보다 부합하는 것이다. 2014년에 신설된 조특법 집행기준(121의4-0…1)에서 외국인투자기업의 증자분 감면대상사업이 당초 감면대상사업과 동일하여 구분경리가 어려운 경우에는 증자시 자본금 비율 등으로 구분경리 할 수 있도록 규정하기 전에도 심판결정례 등에서 합리적으로 소득구분이 가능한 경우 적법한 구분경리로 인정하고 있으므로, 동 규정은 확인적 규정으로 보아야 한다.
(4) 납세자가 당초 법인세를 신고하면서 선택할 수 있는 사항에 대하여는 추후 경정청구를 통해 납세자에게 유리한 방식으로 변경할 수 있어야 한다. 외국납부세액공제의 경우 납세자가 경정청구를 통하여 손금산입 또는 세액공제 중 유리한 방식으로 변경할 수 있고(재기법 46019-435, 1997.11.20.), 연구개발비 세액공제의 경우에도 납세자가 경정청구를 통해 당기발생액 기준 또는 초과발생액 기준 중 유리한 방식으로 변경을 인정한 사례(국심 2004광589, 2004.11.23. 등) 등과 마찬가지로 외국인투자 세액감면 역시 당초 법인세 신고시 납세자는 평균방식과 개별방식 중에서 선택한 방식으로 감면세액을 계산할 수 있고, 계산방법의 변경에 대하여 세법상 제한이 없으므로 납세자는 경정청구를 통해 보다 유리한 방식으로 변경할 수 있다.
(1) 2014.2.21. 조특법 시행령 제116조의6 제5항이 개정되기 전에는 증자를 통하여 새로운 감면사업을 영위시 구분경리하지 않는 경우 평균방식을 적용하여야 하며, 동 규정 개정 후 구분경리가 어려운 경우 자본금 비율 등으로 감면소득을 구분하는 개별방식을 2014사업연도부터 적용(국세청 법령해석국조-58, 2016.4.29. 같은 내용임)할 수 있으나, 청구법인은 OOO의 구주취득분(감면)과 신주취득분(비감면)에 대한 구분경리 없이 2011사업연도부터 개별방식을 적용하였으므로 적법하지 않다.
(2) 청구법인의 OOO는 OOO이 2000년 개업한 후 이미 기존 설비를 갖추고 관련 제품을 제조․납품한 사실이 있어 증설에 해당되며, 관련 해석(법규과-1361, 2010.8.26.)에 따를 경우 외국인투자기업이 증자를 통하여 기존의 감면대상사업을 증설하는 경우 감면세액계산은 평균방식으로 해야 한다.
(3) 외국인투자기업은 조특법에 따라 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 구분경리하여야 하며, 이 경우 외국인투자가인 OOO가 2008년 4월 국내주주로부터 100% 취득한 구주취득분은 조특법 제121조의2 제9항 등에 의하여 조세감면이 배제되는데, 청구법인은 증설 전후의 소득인 OOO의 구주취득분(비감면)과 신주취득분(감면)을 구분경리하지 않았다. 조특법상 구분경리는 감면대상사업과 과세사업을 겸영하는 경우 감면소득을 구분할 수 있도록 개별 경리함을 의미하는 것으로, 구주취득분(비감면) 소득이 포함되어 있는 OOO 신공장에서 발생하는 소득 전부를 감면대상소득으로 볼 수 없는바, 구주취득분과 신주취득분을 구분경리하지 않고 개별방식을 적용하는 것은 적법하지 않다.
(4) 청구법인은 OOO에서 사용하는 설비의 특성상 같은 공정으로 되어 있어 개별손익을 산정하는 것이 불가능할 뿐만 아니라 증자와 설비투자가 비례관계에 있지 않다고 주장하나, 청구법인이 OOO 신공장 이전 후 협력회사로서 OOO에 제출한 변경점 신청 및 승인검토서에 따르면 증설 전 구주취득분(기존반응기‧정제기) 및 증설 후 신주취득분(신규반응기‧정제기)에 의해 증설 전후 개별손익이 구분되고, 증자가 설비투자 내지 총생산능력과 비례관계가 없다면 자본금 비율은 합리적인 구분경리 방법이 아니다.
(5) 청구법인은 국세청 예규(서면법규-245, 2014.3.19.)에서 비감면사업장에서 사용하던 기계장치를 감면사업에 사용하더라도 감면사업소득에 해당한다는 주장이나, 동 예규는 외국인투자가가 외국인투자지역에 새로이 공장을 설치시 기계장치 등을 신규 취득할지 타법인으로부터 사업양수도 방식으로 신규 취득할 지의 문제로, 이 건의 경우처럼 비감면사업장(OOO 공장)의 기계장치를 감면사업장(OOO 신공장)에 사용하는 경우는 달리 해석된다.
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법 제2조 제1항 제4호 에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다.
1. 국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 사업으로서 외국인투자 촉진법 제27조 에 따른 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업
② 외국인투자촉진법 제2조 제1항 제6호 에 따른 외국인투자기업(이하 이 장에서 "외국인투자기업"이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서만 감면하되, 그 사업을 개시한 후 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도에는 해당 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당금액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호ㆍ제2호 및 제121조의4 제4항에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항 제2호의2부터 제2호의7까지 및 제3호에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서는 해당 사업을 개시한 후 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정할 때 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업은 제외한다)과 합병하여 해당 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 경우에는 합병 전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.
⑭ 제2항 및 제12항 제1호가 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액이 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 경우에는 그 합한 금액을 한도(이하 이 조에서 "감면한도"라 한다)로 하여 세액을 감면한다.
1. 투자금액을 기준으로 한 한도로서 다음 각 목의 구분에 따른 금액
① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 그 증자분에 대한 조세감면에 대해서는 제121조의2 및 제121조의3을 준용한다. (단서 규정 생략) 제143조【구분경리】
① 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 (가) 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것 제116조의2【조세감면의 기준등】
⑭ 법 제121조의2 제2항 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율"이란 외국인투자촉진법 제5조 제1항 의 규정에 의한 외국인투자비율을 말한다. (단서 규정 생략)
㉒ 법 제121조의2 제14항 제1호 가목에서 "대통령령으로 정하는 외국인투자누계액"이란 외국인투자촉진법 제2조 제1항 제4호 에 따른 외국인투자(법 제121조의2 제9항·제11항 및 외국인투자촉진법 제2조 제1항 제4호 나목에 따른 외국인투자는 제외한다)로서 법 제121조의2 제8항에 따른 감면결정을 받아 법 제121조의2 제2항 및 제12항 제1호에 따른 감면기간 중 해당 과세연도 종료일까지 해당 외국인투자기업에 납입된 자본금(기업회계기준에 따른 주식발행초과금 및 감자차익을 가산하고 주식할인발행차금 및 감자차손을 차감한 금액을 말한다. 이하 "외국인투자누계액"이라 한다)을 말한다. 제116조의6【증자의 조세감면】
⑤ 법 제121조의4 제1항에 따라 증자분에 대하여 조세감면을 적용하는 경우 제116조의2 제14항의 외국인투자비율을 계산할 때 법 제143조에 따라 해당 증자분 감면대상 사업을 그 밖의 사업과 구분경리하여 과세표준신고를 하는 경우에는 해당 증자분 감면대상 사업을 기준으로 외국인투자비율을 계산한다.
⑥ 법 제121조의4 제1항에 따라 증자분에 대하여 조세감면을 적용할 때 제116조의2 제22항에 따른 외국인투자누계액은 다음 각 호의 구분에 따른 방법으로 계산한다. 다만, 감면결정을 받았으나 감면기간이 종료되어 0퍼센트의 감면율이 적용되는 외국인투자누계액은 제외한다.
1. 제5항에 따라 구분경리하여 과세표준을 신고하는 경우: 당초 감면대상 사업에 대한 외국인투자누계액과 해당 증자분 감면대상 사업에 대한 외국인투자누계액으로 각각 구분하여 계산
2. 제5항에 따라 구분경리하지 아니하고 과세표준을 신고하는 경우: 당초 감면대상 사업에 대한 외국인투자누계액과 해당 증자분 감면대상 사업에 대한 외국인투자누계액을 합하여 계산 (나) 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 것 제116조의6【증자의 조세감면】
⑤ 법 제121조의4 제1항에 따라 증자분에 대하여 조세감면을 적용하는 경우 제116조의2 제14항의 외국인투자비율을 계산할 때 법 제143조에 따라 해당 증자분 감면대상 사업을 그 밖의 사업과 구분경리하여 해당 증자분 감면대상 사업을 기준으로 외국인투자비율을 계산한다.
⑥ 법 제121조의4 제1항에 따라 증자분에 대하여 조세감면을 적용할 때 제116조의2 제22항에 따른 외국인투자누계액은 당초 감면대상 사업에 대한 외국인투자누계액과 해당 증자분 감면대상사업에 대한 외국인투자누계액으로 각각 구분하여 계산한다. 다만, 감면결정을 받았으나 감면기간이 종료되어 0퍼센트의 감면율이 적용되는 외국인투자누계액은 제외한다. (3) 법인세법 시행령 제156조【구분경리】
① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.
(4) 외국인투자촉진법 제2조【정의】
① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
4. “외국인투자”란 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
① 외국인은 대한민국법인(설립 중인 법인을 포함한다) 또는 대한민국국민이 경영하는 기업이 새로 발행하는 주식등의 취득에 의하여 외국인투자를 하려는 경우에는 지식경제부령으로 정하는 바에 따라 미리 지식경제부장관에게 신고하여야 한다. (후단 규정 생략)
(1) 청구법인에 대한 외국인투자 관련 세액감면 승인내용을 요약하면 다음 <표1>과 같다. <표1> 청구법인의 외국인투자 세액감면 요약
(2) OOO에 대한 조세감면결정내용, 공제감면세액계산서 등에 의하면, 2009.4.23. OOO은 OOO 입주 등을 이유로 기획재정부장관으로부터 외국인투자신고에 대한 세액감면결정을 받았고, 다음 <표2>와 같이 2009.1.29., 2009.5.29., 2009.7.6. 및 2009.8.7. 4차례의 유상증자를 통해 액면자본금 기준 OOO원(실제 증자금액 OOO원)의 외국인투자를 받았다. <표2> 외국인투자가 등의 OOO 지분 취득 내역
(3) 청구법인은 2010.7.1. OOO을 흡수합병OOO하였고, 이는 관계회사 간 합병에 해당하여 자산 및 부채를 장부가액으로 승계한바, 국세청과적결정(16쪽, 17쪽, 23쪽)의 조사내용 부분에는 ‘청구법인이 제출한 OOO 신공장 내 기계장치명세상 OOO 흡수합병으로 승계한 기계장치 OOO원(장부가액) 중 OOO 신공장의 기계장치가 OOO OOO 공장에서 이전된 기계장치가 OOO이며, ‘OOO 신공장과 OOO 공장이 제조공정 및 최종제품에 차이가 없고, 생산규모의 차이(OOO 공장은 소규모 생산단계, OOO 신공장은 대량생산 단계)가 있을 뿐이며, OOO 신공장에 이전 설치되어 제조공정에 사용된 OOO 공장의 기계장치는 신규 기계장치와 용량의 차이만 있을 뿐, 동일 공정에 활용되기 때문에 특별한 구분 없이 혼용되고 있으며, 제품별로 특정한 기계장치만을 활용하는 것이 아니기 때문에 기계장치별로 생산제품을 특정할 수 없다’고 기재되어 있다.
(4) 청구법인이 OOO을 흡수합병한 후 OOO의 자본금은 다음 <표3>과 같으며, 합병 후 증자 감면 자본금 비율은 24.23%이다. <표3> 합병 전후 OOO의 자본금
(5) 청구법인이 제출한 2011․2012사업연도 법인세 감면세액 계산을 위한 소득구분계산서에 의하면, 청구법인은 아래 <표4>와 같이 OOO 및 그 밖의 사업으로 구분경리하여 소득금액을 계산하고, OOO 내의 감면사업(신주취득)과 비감면사업(구주취득)을 별도로 구분경리하지는 않았으며, 2013사업연도에도 이와 같은 방식으로 구분경리한 것으로 국세청 과세결정(20쪽)에 나타난다. <표4> 청구법인의 소득구분계산서 요약(법인세 신고)
(6) 조특법 제121조의4 제1항에서 외국인투자기업이 증자하는 경우 그 증자분에 대한 법인세 감면은 제121조의2를 준용하도록 하고 있고, 제121조의2 제1항 제2의5호에서 외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업이 경영하는 사업에 대하여 법인세를 감면하는 것으로 규정하고 있으며, 제2항에서 외국인투자기업에 대한 법인세 감면대상이 되는 사업에서 발생한 소득에 대한 법인세 상당금액에 외국인투자비율을 곱한 금액의 일정 비율(3년 이내는 전액, 그 다음 2년 이내는 100분의 50)을 감면하는 것으로 규정하고 있고, 제143조 제1항에서 감면대상사업과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 구분경리하도록 규정하고 있다. 또한, 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정되기 전 조특법 시행령 제116조의6 제5항은 증자분에 대하여 조세감면을 적용하는 경우에 외국인투자비율을 계산할 때 법 제143조에 따라 해당 증자분 감면대상 사업을 그 밖의 사업과 구분경리하여 과세표준신고를 하는 경우에는 해당 증자분 감면대상 사업을 기준으로 외국인투자비율을 계산하는 것으로 규정하고 있었고, 당시 시행되던 법인세법 시행규칙 별지 제8호서식 부표4의 ‘공제감면세액계산서’(2014.3.14. 기획재정부령 제409호로 개정되기 전의 것)에서 증자분 감면대상사업을 그 밖의 사업과 구분경리한 경우에는 조특법 제121조의2 제1항의 외국인투자기업에 대한 감면세액의 계산방법으로 ‘증자분 감면대상사업만을 기준으로 하는 감면세액계산’(개별방식)을, 그렇지 않은 경우에는 ‘일반적인 감면세액계산’(평균방식)을 사용하도록 하다가, 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 조특법 시행령 제116조의6 제5항에서 증자분에 대한 조세감면 적용시 해당 증자분 감면대상사업을 그 밖의 사업과 구분경리하여 해당 감면대상사업을 기준으로 외국인투자비율을 계산(개별방식)하는 것으로 감면세액 계산방식이 일원화되고, 2014.3.14. 기획재정부령 제409호로 개정된 법인세법 시행규칙 별지 제8호서식 부표4의 ‘공제감면세액계산서’에서도 개별방식으로만 감면세액을 계산하는 것으로 변경된바, 이에 대하여 2013년 기획재정부 발간의 ‘간추린개정세법 해설’ 책자에서는 감면사업에 대한 구분경리 일반원칙에 맞게 증자분 감면세액을 계산하도록 하여 감면세액 계산방식을 적정화한 것으로 기재되어 있으며, 2014년에 신설된 조특법 기본통칙 121의4-0…1(증자의 조세감면시 공통 익금과 손금의 안분기준)은 외국인투자기업의 증자분 감면대상사업이 당초 감면대상사업과 동일한 사업으로서 동일한 사업장 내에서 같은 공정으로 구성되어 공통익금과 공통손금을 법 제143조에 따라 구분경리하기 어려운 경우에는 증자시 새로 설치한 고정자산 가액의 비율, 증자시 해당 자본금의 비율, 기타 합리적인 비율을 고려하여 안분계산하는 것으로 해석하고 있다.
(7) 한편, 청구법인은 2013사업연도 법인세 신고시 외국인투자 감면세액을 개별방식으로 산정하여 신고하였는데, 처분청은 이 건 경정청구(2011․2012사업연도) 거부처분 이후 2017년 6월 사후검증을 실시하여 2013사업연도 외국인투자 세액감면에 대하여도 평균방식을 적용하여 법인세 과세예고통지를 하였으나, 국세청 과적결정(적부 2017-○○○, 2017.○○.○.)에서 동 과세예고통지가 취소결정된바, 동 결정은 “처분청은 증자분 감면대상사업인 ‘외국인투자지역 입주 신공장’에 과세사업을 영위하던 기존공장의 자산·부채와 기계장치를 이전하여 사용함으로써 소득을 창출한 경우 ‘증자분 감면대상사업만을 기준’으로 하는 감면세액을 계산하려면 외국인투자지역 입주 신공장(증자분 감면사업)과 기존공장(과세사업)의 자산·부채와 기계장치에서 발생한 소득을 각각 구분경리하여야 한다고 주장하지만, 청구법인은 기획재정부로부터 외국인투자에 대한 조세감면 결정 통보를 받고, OOO에 입주하여 OOO 신공장을 신축한 후 OOO을 운영한 점, 청구법인은 감면대상사업(OOO 신공장에서 경영하는 사업)과 그 밖의 사업(OOO 신공장 외의 다른 공장에서 운영하는 감면종료 OOO 기타 비감면사업)에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 자산·부채 및 손익을 구분경리하고 있는 점, 국세청 예규(서면법규과-862, 2014.8.12., 법규과-1364, 2010.8.26. 등)에 비추어 청구법인이 외국인투자에 대한 조세감면을 받기 위한 요건은 ‘외국인투자지역에 입주하여 사업을 영위’하는 것만으로 족한 것으로 보이고, 처분청의 주장처럼 외국인투자지역에 입주한 OOO 신공장의 자산·부채 구성을 OOO 공장(비감면사업)에서 유입된 것과 감면사업용으로 증자된 것을 구분하고, 손익을 비감면사업에서 사용하던 사업용 고정자산으로부터 창출된 소득과 감면사업인 신규투자 사업용 고정자산으로부터 창출된 소득으로 구분하여 경리하여야만 조특법 제121조의4에 의한 조세감면을 적용할 수 있다고 보기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때 청구법인이 2013사업연도 법인세 감면세액 계산 시 ‘증자분 감면대상사업만을 기준’으로 하는 계산방식을 적용한 것은 적법하다”고 판단하고 있다.
(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 OOO(감면대상사업)의 소득을 구주취득분과 신주취득분으로 구분경리하지 않았으므로 외국인투자에 대한 감면세액을 개별방식으로 계산할 수 없다는 의견이나, 청구법인은 조세감면 승인을 받은 감면대상사업OOO과 그 밖의 사업OOO으로 구분하여 자산, 부채 및 손익을 구분경리한 점, 청구법인의 2013사업연도 외국인투자 감면세액 계산방식에 대하여 국세청 과적결정에서 ‘고도기술 수반 감면사업을 영위하던 외국인투자기업이 새로운 고도기술로 증자자본금에 대한 조세감면결정을 받아 종전 감면사업을 폐지하고 그 사업설비의 일부를 새로운 고도기술 감면사업에 투입하는 경우 당해 새로운 감면사업에 대한 감면비율은 신규 증자자본금 비율로 계산할 수 있다는 국세청 예규(법규과-1364, 2010.8.26.) 등을 인용하여 청구법인이 외국인투자에 대한 조세감면을 받기 위한 요건은 ‘외국인투자지역에 입주하여 사업을 영위’하는 것만으로 족한 것으로 보이고, OOO 신공장의 자산·부채 등을 OOO 공장(비감면사업)에서 유입된 것과 감면사업용으로 증자된 것을 구분하여 경리하여야만 증자분에 대한 조세감면을 적용할 수 있다고 보기 어렵다’고 판단한 점, 외국인투자지역에서 발생하는 소득에 대하여 감면을 제한하기 위해서는 별도의 규정이 필요하나 OOO 공장에서 사용하다 OOO 신공장으로 이전설치한 기계장치의 경우 관련 법령상 제한이 없어 보이는 점, OOO 공장에서 OOO 신공장으로 이전설치한 기계장치와 증자분으로 신규 취득한 기계장치의 제조공정 및 생산품이 동일하여 자본금 비율 외에 사업용 고정자산 등 다른 기준으로 구분경리하는 것이 사실상 불가능해 보일 뿐만 아니라, 만약 생산량과 비례관계에 있는 기계장치의 가액 비율로 감면대상사업에서 발생한 소득을 안분한다면 감면제외 비율(OOO 공장 기계장치 재사용 비율)이 8.7%에 그쳐야 하나 청구법인은 구주취득분을 제외(감면제외비율 76.77% = 100% - 24.23%)함으로써 오히려 덜 감면받은 것으로 볼 수 있는 점(조특법 기본통칙 121의4-0…1, 같은 뜻임), 청구법인이 당초 법인세 신고시 적용한 평균방식은 증자분 감면대상사업OOO과 감면기간이 종료한 감면사업OOO을 합친 감면대상사업에서 발생한 산출세액에 대하여 기존사업OOO의 외국인투자 감면비율(감면기간 종료로 감면비율 0%)과 증자분에 대한 외국인투자 감면비율(구주취득분 제외함)을 평균한 감면비율을 적용하는 방식이어서 감면기간이 종료한 감면사업이 있을 경우에는 감면비율이 낮게 계산되는 반면, 개별방식은 감면대상사업별로 발생한 산출세액에 대하여 구주취득분을 제외한 증자분 외국인투자 감면비율을 적용한 것이고, 2014.2.21. 개정된 조특법 시행령 제116조의6 제5항 및 2014.3.14. 개정된 법인세법 시행규칙 별지 제8호서식 부표4에서도 감면세액 계산방식으로 개별방식만을 사용하도록 한 것으로 보아 개별방식이 보다 합리적인 방식으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 감면대상사업인 OOO 및 그 밖의 사업의 소득 등을 구분경리한 후 증자분 감면대상사업인 OOO에 대한 법인세 상당금액에 OOO 전체에 대한 외국인투자비율을 산정(구주취득분 OOO원을 차감함으로써 총감면소득 중 OOO%만 감면 적용)하여 감면세액을 산정한 것은 합당하다 할 것이므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 청구법인이 ‘평균방식’을 적용하여 계산한 감면세액 내역(법인세 신고)
① 2011사업연도
② 2012사업연도 <별지2> 청구법인이 ‘개별방식’을 적용하여 계산한 감면세액 내역(경정청구)
① 2011사업연도
② 2012사업연도
결정 내용은 붙임과 같습니다.