장부상 기말재고 누락을 이유로 익금산입한 경우 해당 재고를 차기 사업연도에 손금으로 산입할 수 있는지 여부 등

OOO세무서장이 2016.11.21. 청구법인에게 한 2012～2013사업연도 법인세 합계 OOO원)의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 2003.10.7.부터 대전광역시 OOO에서 타이어 도매업을 영위하는 사업자이다.
• 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2014.4.28.～2014.6.12. 기간 동안 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 아래 <표1>과 같이 청구법인이 수불과정에서의 착오로 인하여 재고자산을 누락한 것을 적출하여 관련 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2014.7.14. 청구법인에게 2011～2013사업연도 법인세 합계 OOO원)을 경정․고지하였다. <표1> (단위: 개, 원)
• 다. 청구법인은 2016.11.8. 처분청에 전년도 기말상품재고액 증가분(익금산입액)을 다음 사업연도 기초상품재고액에 반영 및 손금추인하여 2012～2013사업연도 법인세 합계 OOO원)을 감액해 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2016.11.21. 결정(경정)의 통지를 받은 날로부터 90일이 경과하였다는 이유로 이를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2016.12.8. 이의신청을 거쳐 2017.4.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 장부상 기말재고누락액을 익금산입한 처분청의 법인세 부과처분에 대해 경정청구한 것이 아니라 청구법인이 당초 신고한 법인세의 과다신고분에 대해 경정청구한 것이다. (가) 청구법인은 법인세 부과처분일인 2014.7.14.로부터 90일이 도과한 2016.11.8. 경정청구를 하였으나, 청구법인이 경정청구에서 다투고자하는 것은 법인세 부과처분에 따라 증가된 과세표준 및 세액이 아니고, 처분청이 누락 기말재고 상당액을 익금산입(유보)한 처분이 정당함을 전제로 다음해 사업연도의 기초재고액에 누락된 기말재고액을 반영하여 손금추인(△유보)하여 달라는 취지로 경정청구를 한 것이다. 따라서 이 건 경정청구는 국세기본법제45조의2 제1항 본문이 적용되어야 한다. 대법원 판례(대법원 2014.6.26. 선고 2012두12822 판결)에서도 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세자가 그 후 이루어진 결정이나 경정으로 인한 처분에 대하여 소정의 불복기간(90일) 내에 다투지 아니하였더라도 경정청구기간 내에서는 당초 신고한 과세표준과 세액에 대한 경정청구권을 행사하는데 아무런 영향이 없다고 판시하였다. 또한, 2010.12.27. 개정된 국세기본법 제45조의2 제1항 개정취지는 납세자의 절차적 권리 강화 차원에서 결정․경정이 있는 경우에도 결정 등에 따른 증가분에 한해 90일의 경정청구기간이 적용될 뿐 최초․수정신고분에 대한 경정청구기간은 3년임을 명확히 하였다. (나) 이 건 경정청구는 국세기본법재45조의2 제1항 본문에 따른 법인세 법정신고기간으로부터 5년 내인 2016.11.8.에 이루어져 통상적 경정청구 기간이 도과하기 전, 같은 법 제45조의2 제2항 제4호가 정한 후발적 경정청구 사유가 발생한 것이고, 기획재정부 예규(조세정책과-868, 2006.8.16.)에 따르면 통상적 경정청구기간이 경과하기 전 후발적 경정청구기간이 경과하였다 하더라도 통상적 경정청구기간 내에는 경정청구를 할 수 있다는 입장이다.

(2) 재고자산 누락에 대해 익금산입 유보처분을 하였다면 다음 사업연도 기초 재고자산으로 산입한 후 손금산입(△유보)을 해야 한다. 처분청은 재고자산의 수량결정 방법과 원가결정 방법을 오해하고 있는바, 매출은 어느 특정한 재고자산과 매칭되어 이루어지는 것이 아니라 무관하게 인식되므로, 특정한 재고가 누락된 것이 기중에 매출이 되었는지, 아니면 기말에 재고로 남아있는지를 불문하고 매출이 발생하면 곧바로 장부에 매출이 계상되고 매입은 매출과 상관없이 기초재고와 당기매입으로 인식하여야 한다. 처분청이 제시한 국세청 예규(법인46012-1401, 1997.5.22., 법인세과-1073, 2009. 9.30.)는 매입한 자산을 장부에 계상하지 않은 경우라면 해당 재고자산이 별도로 관리되었음을 의미하므로 관련 매출도 누락되었음을 전제로 하는 것이나, 이 건은 연말 재고파악 과정에서의 누락에 불과하고, 처분청도 당기 매입액에 대한 장부계상누락이 없음을 인정하고 있으므로 관련 매출이 누락되었다고 볼 수도 없다. 청구법인은 400여개의 수탁점 또는 대리점을 보유하고 있으므로 기말재고를 파악하는 과정에서 누락된 재고와 정상적으로 기말재고로 계상된 것을 구분하지 않고 모두 동일하게 취급하고 실질적으로 청구법인이 별도로 재고를 관리할 수도 없다. 장부에 계상이 누락된 재고를 청구법인이나 수탁점 창고에서 별도로 관리하지 않는다는 사실은 조사청에서 작성한 기말상품재고와 실제재고의 리스트를 보면, 품목별로 장부상 재고와 실제 재고의 차이만 나와 있고, 청구법인 또는 수탁점 창고별로 누락현황이 나타나 있지 않다는 사실에서 알 수 있다. 또한, 수탁점은 청구법인과는 별개의 사업자로서 위탁수수료가 점주별 매출액에 근거하여 산정되고 세금계산서가 발행되는바, 이들을 통해 청구법인이 재고를 별도로 관리하고 매출을 누락한다는 것은 현실적으로 불가능하다. 결국, 누락된 재고라 하더라도 고객에게 판매하는 경우 동일하게 매출로 인식되고 곧바로 장부상 매출계정에 계상되어 누락재고에 대한 매출누락이 존재할 수 없는 구조이고, 통상 제조일로부터 1년 이내에 95% 이상의 타이어가 판매되는 실정이므로 청구법인은 선입선출법으로 타이어를 판매하였으며, 장부에 계상이 누락된 재고도 3년이 되기 전에 이미 판매되었다고 보는 것이 타당하다. 그리고 처분청도 청구법인에 대하여 여러 차례의 세무조사(2010년, 2011년, 2014년 및 2016년)를 하였으나, 청구법인의 매출누락을 확인하지 못하였다. 청구법인은 2014년 세무조사를 받을 당시까지 기말재고 과소계상 사실을 알지 못해 다음 사업연도의 오류수정(손금산입, △유보)을 하지 않았다. 그리고 청구법인이 작성한 확인서에 장부상 과소 계상한 기말재고자산은 차기사업연도 이후 현재까지 장부에 계상하지 않았다고 기재한 것은, 청구법인이 누락 재고에 대한 회계적 오류를 수정하기 위해서 매출원가에 반영하여 당기손익을 수정하지 않았다는 의미일 뿐, 매입시점부터 장부에 계상하지 않고 장부에 계상된 기말재고와 별도로 누적적으로 재고를 관리하고 있다는 의미는 아니다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 납세고지서를 받은 날은 2014.7.18.이고 청구법인은 2016.11.8. 경정청구서를 제출하였으므로 부적법한 경정청구다. (가) 국세기본법 제45조의2 제1항 은 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 경정청구를 할 수 있다고 규정하고 있다. 청구법인이 납세고지서를 받은 날은 2014.7.18.로 처분의 통지를 받은 날로부터 90일이 되는 날은 2014.10.16.이고, 청구법인은 2016.11.8. 경정청구서를 제출하였으므로 당초 경정청구 거부처분은 정당하다. (나) 청구법인은 법인세 경정분이 아닌 최초신고분에 대한 경정청구이므로 경정청구기간이 법정신고기한이 지난 후 5년 이내라고 주장하나, 국세기본법 제45조의2 제2항 규정에 따라 경정으로 인하여 그 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액을 초과할 때에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 경정을 청구할 수 있다고 보는 것이 타당하다.

(2) 재고자산 누락의 익금산입 유보처분에 대하여 차기 사업연도에 손금산입(△유보처분)을 해야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다. 조사청은 청구법인이 2011～2013사업연도 중 각각의 사업연도에 재고자산을 누락하고 차기 사업연도 이후부터 조사종결 시점까지 장부에 계상하지 아니한 사실을 아래 <표2>와 같이 확인하였다. <표2> (단위: 개) 또한, 조사청은 부외 자산으로서 재고자산이 누락된 사실을 확인하였고, 청구법인도 그 사실을 인정하였다. 청구법인은 선입선출법에 의해 평가된 기말 재고자산 과소계상액이 차기의 기초 재고자산으로 이월되어야 하고, 차기 익금에 대응하는 손금으로서 △유보처분하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 근거로 제시한 법인세법 시행령 제74조 는 법인이 신고에 의해 선택 가능한 재고자산 평가의 근거를 제시한 것으로서, 재고자산이 실제 판매되어 수입금액 및 매출원가를 구성하는 방법을 정의한 것이 아니다. 국세청 예규(법인46012-1401, 1997.5.22., 법인세과-1073, 2009. 9.30.) 등에 따르면, 법인의 과세표준과 세액을 경정하면서 재고자산 누락액을 익금산입한 경우, 다음 사업연도에 누락된 재고자산을 매출누락으로 보아 익금산입하거나 매출액에 대한 원가를 구성한 경우에는 동 금액을 손금산입하는 것이고, 매출원가에 구성되었는지 여부는 당해 법인의 원재료 및 제품 등에 대한 수불사항, 다음 사업연도의 종료일 현재까지 누락상태 계속여부, 생산수율 등을 종합하여 판단하여야 한다는 입장이다. 즉, 누락된 재고자산은 그 성격에 관계없이 최종적으로는 판매되어 매출원가를 구성하는 경우 유보금액을 손금 산입하여 △유보처분 하는 것으로서 청구법인은 조사종결 시점까지 해당 재고자산을 부외로 보유하고 있는 것으로 확인서를 작성하였다. 재고누락 자산인 타이어는 상품의 특성상 장기보관이 가능하고 차종별, 제조 브랜드별 소비자의 선호도에 따라 판매가 결정되는 유통구조를 고려할 때 먼저 입고된 타이어가 먼저 판매된다는 규칙적인 수불이 전혀 보장되지 않는 상태에서 청구법인은 상품별 출고현황 등 수불사항을 통해 해당 재고자산이 차기 사업연도에 매출로 반영된 사실에 대한 별도의 근거자료를 제시하지 않아 정확한 수불내역이 불분명하므로 청구주장처럼 기말재고 누락액을 차기에 무조건 손금산입(△유보처분) 할 수는 없다. 따라서 당초 사업연도별 재고자산 누락금액을 익금산입하고 추후 해당 재고자산이 출고되어 실제 유출된 시점에 매출원가를 구성하여 손금산입한 조사청의 결정은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 이 건 심판청구가 적법한 청구에 해당하는지 여부

② 장부상 기말재고 누락을 이유로 익금산입한 경우 해당재고를 차기 사업연도에 손금으로 산입할 수 있는지 여부

• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제22조의2 [경정 등의 효력] ① 세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정(更正)은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다. 제45조의2[경정 등의 청구] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때 (2) 법인세법 제19조 [손금의 범위] ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제40조[손익의 귀속사업연도] ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. (3) 법인세법 시행령 제19조 [손비의 범위] 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용 제74조[재고자산의 평가] ① 제73조 제1호의 규정에 의한 재고자산의 평가는 다음 각 호의 1에 해당하는 방법(제1호의 경우에는 동호 각목의 1에 해당하는 방법을 말한다)중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의한다.

1. 원가법 ： 다음 각 목의 1에 해당하는 방법에 의하여 산출한 취득가액을 그 자산의 평가액으로 하는 방법

• 가. 재고자산을 개별적으로 각각 그 취득한 가액에 따라 산출한 것을 그 자산의 평가액으로 하는 방법(이하 "개별법"이라 한다)
• 나. 먼저 입고된 것부터 출고되고 그 재고자산은 사업연도종료일부터 가장 가까운 날에 취득한 것이 재고로 되어 있는 것으로 하여 산출한 취득가액을 그 자산의 평가액으로 하는 방법(이하 "선입선출법"이라 한다)
• 다. 가장 가까운 날에 입고된 것부터 출고되고 그 재고자산은 사업연도종료일부터 가장 먼 날에 취득한 것이 재고로 되어 있는 것으로 하여 산출한 취득가액을 그 자산의 평가액으로 하는 방법(이하 "후입선출법"이라 한다)
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 나타난 주요 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인이 당초 신고한 상품재고액은 아래 <표3>과 같다. <표3> (단위: 원) * 청구법인은 실지재고조사법으로 재고수량을 파악하고 선입선출법에 의한 원가흐름을 가정하여 재고자산을 평가함 (나) 조사청은 2014.4.28.～2014.6.12. 기간 동안 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 조사적출내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> (단위: 백만원) (다) 조사청이 2014.5.27.～2014.5.29. 기간 동안 실시한 청구법인에 대한 현장확인 보고서를 보면, 현장확인일 현재의 제조사별 입고 송장 및 거래명세서 등 매입 증빙서류와 현장의 재고 현황을 대사한 결과, 가맹점과 직영점 모두 무자료 매입혐의를 발견하지 못하였고, 제조사뿐만 아니라 제조사의 대리점으로부터 매입한 입고수량을 거래명세서에 의해 관리하고 있는 것으로 확인하였다. (라) 아래 <표5>에서 보는바와 같이 조사청의 세무조사 결과에 따라 처분청은 2011～2013사업연도의 기말재고자산을 증액하고 매출원가를 감액(익금산입)하여 2014.7.14. 청구법인에게 법인세 합계 OOO원을 경정․고지하였다. <표5> (단위: 원) (마) 청구법인은 2016.11.8. 처분청에 전년도 기말상품재고액 증액분(익금산입액)을 다음 사업연도 기초상품재고액에 반영 및 손금을 추인[2012사업연도의 경우 2011사업연도 기말재고 과소계상 상당액 OOO원을 손금산입(△유보)하고, 2013사업연도는 2012사업연도 기말재고 과소계상 상당액 OOO원을 손금산입(△유보)함]하여 2012～2013사업연도 법인세 합계 OOO원)을 감액하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다. (바) 처분청은 2016.11.21. 청구법인에게 결정(경정)의 통지를 받은 날로부터 90일을 경과하였으므로 국세기본법 제45조의2 제1항 에 따라 각하되었음을 통지하였다. (사) 한편, 청구법인은 2015.3.28. 2014사업연도 법인세 신고시 조사청이 적출한 전기 말 재고자산 누락액 OOO에 대해 유보추인(손금산입) 세무조정을 하였고, OOO지방국세청장은 2016.6.28.～2016.11.30. 기간 동안 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 2014사업연도 법인세 관련 손금산입한 OOO원(2013사업연도 재고자산 누락액)의 재고에 대해 매출누락한 것으로 보아 매출 총이익률(43.712%)을 적용하여 산출한 매출액과 매출세액의 합계금액 OOO원을 익금산입하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에서 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대해서는 해당 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 경정을 청구할 수 있다고 되어 있어 일반적인 경정청구기간(5년)보다 단기로 규정하고 있고, 국세기본법 제22조의2 제1항 에서 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리의무관계에 영향을 미치지 아니한다고 규정하고 있다. 처분청의 법인세 경정으로 인하여 대상이 된 사업연도의 다음 사업연도에 대한 소득조정 여부가 법인세 경정과 직접 연관된 것인지 여부에 따라 국세기본법 제45조의2 제1항 단서의 적용 여부가 달라질 것인바, 청구법인의 경정청구는 과소신고한 것으로 조사된 기말재고가 아니라 당초 신고한 기초재고를 증가시켜 달라는 취지인 점, 처분청이 경정고지한 사업연도와 청구법인이 경정청구한 사업연도가 상이한 점 등에 비추어 청구법인의 경정청구는 당초 신고한 법인세에 대한 것으로 보이므로 국세기본법 제45조의2 제1항 본문에 근거한 청구기간이 적용되어야 할 것이다. 그렇다면, 청구법인은 2012～2013사업연도 법인세의 법정신고기한 다음 날인 각 2013.4.1. 및 2014.4.1.부터 5년 이내인 2016.11.8. 경정청구를 하여 청구기간을 준수한 이상, 처분청의 2016.11.21.자 경정거부처분에 대한 이 건 심판청구는 적법한 것으로 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 처분청은 청구법인의 정확한 수불내역을 알 수 없어 장부에 계상하지 아니한 것으로 조사된 기말재고액을 다음 사업연도에 무조건 손금산입할 수 없다는 의견이나, 조사청이 실시한 청구법인에 대한 현장확인 보고서에 따르면 2011～2013사업연도 기간 중 무자료 매입혐의를 발견하지 못한 것으로 확인된 점, 무자료 매입 없이 장부에 기말재고의 계상을 누락하였다면 다음 사업연도 기초재고의 증가로 이어져야 하고 2012～2013사업연도 중 매출누락이 있었다고 조사된 적이 없는 점, 청구법인은 통상적으로 제조일로부터 1년 이내에 95% 이상의 타이어가 판매된다고 소명한 점 등에 비추어 청구법인의 재고자산 누락을 익금산입하였다면 이를 다음 사업연도의 기초 재고자산에 포함하여 손금산입하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 따라서 2012사업연도에는 2011사업연도의 기말재고 과소계상액인 OOO원을 손금산입하고, 2013사업연도에는 2012사업연도 기말재고 과소계상액인 OOO원을 손금산입하여 법인세를 감액경정하여야 한다는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.