쟁점세금계산서를 착오로 발급받았으나, 수정세금계산서를 수취하여 적법하게 수정신고했으므로 가산세 부과는 부당하다는 청구주장의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2006.8.22. 개업하여 OOO 도소매업을 영위하는 법인으로서 2015년 제1기 부가가치세 과세기간 중 OOO(이하 “쟁점거래처”라 한다)으로부터 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서(43건, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다가, 2015.9.16.～2015.9.22. 처분청이 청구법인의 부가가치세 환급에 대한 현장확인을 실시하여 청구법인을 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 발급받은 혐의로 조사과에 조사를 의뢰를 하자 2015.10.2. ‘착오에 대한 이중발급’을 사유로 쟁점세금계산서 거래를 취소하는 수정세금계산서를 발급받아 2015년 제1기 부가가치세를 수정신고하였다.
• 나. 처분청은 2015.11.26.～2016.1.8. 기간 동안 청구법인에 대한 부가가치세 부분조사를 실시하여 청구법인이 쟁점거래처에 실물거래 없이 매입대금을 지급하였다가 다시 회수한 사실을 확인하고, 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 확정하는 한편, 청구법인의 대표이사를 고발조치하였다.
• 다. OOO장(이하 “감사청”이라 한다)은 2016.7.5.～2016.7.22. 기간 동안 처분청에 대한 종합감사를 실시하여, 처분청이 가공으로 확정한 쟁점세금계산서 거래에 대하여 세금계산서불성실가산세 및 부당과소신고가산세를 누락한 사실을 감사지적하였고, 처분청은 이에 따라 2017.1.5. 청구법인에게 2015년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.3.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 당초 쟁점세금계산서를 착오로 발급받아 부가가치세를 신고한 것은 부정행위로 인한 과소신고분에 해당한다고 볼 수 없으므로 수정세금계산서의 수취행위를 부정행위로 보아 부당과소신고 가산세를 적용하는 것은 부당하다. 또한, 청구법인은 당초 쟁점거래처가 세금계산서를 착오 발급한 것을 추후 확인하여 적법한 절차에 따라 수정세금계산서를 수취하여 부가가치세를 수정신고하였으므로 선의의 세금계산서 수취자의 수정신고에 대하여 관련 가산세를 부과하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2015년 제1기 부가가치세 과세기간에 쟁점세금계산서를 발급받아 매입 세액공제를 받았다가, 2015년 9월 처분청이 부가가치세 환급에 대한 현장확인을 실시한 뒤인 2015.10.2. 쟁점세금계산서 거래를 취소하기 위해 수정세금계산서를 교부받아 2015년 제1기 부가가치세를 수정신고한 점, 2015년 11월부터 처분청이 청구법인에 대한 부가가치세 세목별 부분조사를 실시하여 쟁점세금계산서 거래는 정상거래를 가장한 금융거래이며 실물거래 없이 세금계산서를 수수한 행위로 판단하여 가공거래로 확정한 점, 2016년 OOO세무서장이 쟁점거래처에 대해 실시한 거래질서관련 조사를 할 당시, 쟁점거래처의 OOO이 청구법인의 대표자로부터 부탁을 받고 수수료 5%를 받는 조건으로 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 교부한 것으로 시인한 점, 쟁점거래처 실대표자인 OOO이 관할세무서장으로부터 쟁점세금계산서를 포함한 매출․매입 가공세금계산서를 수수한 행위에 따라 조세범으로 고발조치되었다가 2016.11.21. 서울남부지방검찰청에 구속 기소된 점 등을 종합하여 보면 청구법인이 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점세금계산서는 실물거래 없이 수취한 가공세금계산서로 봄이 타당하므로 처분청이 쟁점세금계산서 거래에 대하여 부당과소신고가산세 및 세금계산서불성실 가산세를 적용하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 착오로 발급받았으나, 수정세금계산서를 수취하여 적법하게 수정신고하였으므로 가산세를 부과하는 것이 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제47조의3 【과소신고ㆍ초과환급신고가산세】① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 및 농어촌특별세법 에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 부가가치세법에 따른 사업자가 같은 법 제48조제1항 ㆍ제4항, 제49조제1항, 제66조 및 제67조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함한다)한 경우에는 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액과 그 과소신고된 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에 따른 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액

• 가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(국제거래에서 발생한 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액
• 나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액 제48조【가산세 감면 등】② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액에서 다음 각 호에서 정하는 금액을 감면한다.

1. 법정신고기한이 지난 후 제45조에 따라 수정신고한 경우(제47조의3에 따른 가산세만 해당하며, 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 과세표준수정신고서를 제출한 경우는 제외한다)에는 다음 각 목의 구분에 따른 금액

• 가. 법정신고기한이 지난 후 6개월 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 법정신고기한이 지난 후 6개월 초과 1년 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액의 100분의 20에 상당하는 금액
• 다. 법정신고기한이 지난 후 1년 초과 2년 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액의 100분의 10에 상당하는 금액 (2) 국세기본법 시행령 제12조의2 【부정행위의 유형 등】① 법 제26조의2 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위"란 조세범 처벌법 제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다. 제29조【가산세 감면 제외 사유】법 제48조 제2항 제1호 및 제2호에 따른 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 해당 국세에 관하여 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 과세표준수정신고서 또는 기한후과세표준신고서를 제출한 경우

2. 해당 국세에 관하여 관할 세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받고 과세표준수정신고서를 제출한 경우 (3) 조세범처벌법 제3조 【조세 포탈 등】⑥ 제1항에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6. 조세특례제한법 제24조 제1항 제4호 에 따른 전사적 기업자원관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위 (4) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다. 제60조【가산세】③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 공급가액(제1호 및 제2호의 경우에는 그 세금계산서등에 적힌 금액을 말한다)에 2퍼센트를 곱한 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 (5) 부가가치세법 시행령 제70조 【수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급 사유 및 발급절차】 ① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다.

• 가. 세무조사의 통지를 받은 경우
• 나. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우
• 다. 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우
• 라. 그 밖에 가목부터 다목까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우

6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우: 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급. 다만, 제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다.

7. 착오로 전자세금계산서를 이중으로 발급한 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 음(陰)의 표시를 하여 발급

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청의 심리자료에 의하면, 청구법인은 2006.8.22.부터 서울특별시 OOO을 영위하다가 2012.3.26. 주업종을 OOO를 제조하여 판매하였으며, 2013.12.30. 충청남도 OOO으로 사업장을 이전하면서 OOO를 제조․수출하고 있는 것으로 나타난다.

(2) 청구법인의 부가가치세 신고 및 처분경위는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2015년 제1기 부가가치세 과세 기간 동안 쟁점거래처로부터 공급가액 합계 OOO원의 쟁점세금계산서(매수: 43매, 품목: OOO)를 발급받아 매입세액공제를 받았다. (나) 처분청은 2015.9.16.부터 2015.9.22.까지 청구법인의 영세율 과세표준 과다계상 등의 혐의로 현장확인을 실시하였고, 실물 공급 없이 쟁점세금계산서를 발급받은 혐의가 있어 조사과에 의뢰하고 현장확인을 종결하였다. (다) 청구법인은 2015.10.12. ‘착오에 의한 이중발급’을 수정사유로 하여 쟁점세금 계산서의 거래를 취소하는 수정세금계산서를 발급받아 2015년 제1기 부가가치세를 수정신고하였다. (라) 처분청은 위 현장확인의 결과에 따라 2015.11.26.부터 2016.1.8.까지 청구법인에 대한 부가가치세 세목별 부분조사를 실시하여 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 확정하였다. (마) OOO세무서장은 2016년 4월 쟁점거래처에 대한 거래질서조사를 실시하여 쟁점 거래처의 OOO으로부터 자금사정이 어려워 청구법인의 부탁을 받고 수수료 5%를 받는 조건으로 실물 거래 없이 세금계산서를 발행하였다는 답변을 받았다. (바) 감사청은 2016.7.5부터 2016.7.22.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시하여 처분청이 쟁점세금계산서를 가공으로 확정할 당시, 관련 가산세 OOO원(세금계산서 불성실가산세 2%, 부당과소신고가산세 40%)의 부과를 누락하였다는 감사지적을 하였고, 처분청은 이에 따라 2017.1.5. 청구법인에게 이 건 부가가치세를 경정․고지하였다.

(3) 처분청의 심리자료에 의하면, 2016년 11월 과세전적부심사청구 당시 처분청 및 OOO세무서장의 조세범처벌법 위반에 따른 고발조치로 인하여 청구법인의 OOO 사건(2016형제15718)은 수원지방검찰청으로 송치되었고, 쟁점거래처의 OOO 사건 (2016형제30459)은 2016.11.21. 서울남부지방검찰청이 구속 기소하여 진행중인 것으로 나타난다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점세금계산서를 착오로 발급받았으나 수정세금계산서를 수취하여 적법하게 수정신고하였으므로 가산세를 적용하는 것이 부당하다고 주장하나, 처분청이 청구법인에 대한 부가가치세 조사를 실시하여 청구법인이 실물거래 없이 쟁점거래처의 명의상 대표자의 계좌로 매입대금 등을 지급하였다가 이를 회수하는 등 실제 거래인 것처럼 가장한 사실을 확인하고 쟁점세금계산서를 전액 가공으로 확정한 점, OOO세무서장이 쟁점거래처에 대해 실시한 거래질서조사 결과 쟁점거래처가 2014년 제2기부터 2015년 제2기까지 발행 및 수취한 세금계산서가 대부분 가공거래로 확정되었고, 조사 당시 쟁점거래처의 실대표자가 청구법인으로부터 부탁을 받고 수수료 5%를 받는 조건으로 실물 거래 없이 쟁점세금 계산서를 발급하였다고 답변한 것으로 나타나는 점, 청구법인은 쟁점세금계산서를 수취하고 매입세액공제를 받았다가 2015년 9월 처분청의 부가가치세 현장확인을 실시한 후인 2015.10.12. 수정세금계산서를 수취하여 수정신고를 하였을 뿐만 아니라, 동 수정세금계산서는 실물 거래 없이 발급된 쟁점세금계산서를 취소하기 위한 것으로 수정세금계산서의 발급사유에 해당한다고 보기도 어려운 점 등에 비추어, 쟁점세금 계산서는 가공세금계산서로 봄이 타당하고 수정세금계산서 또한 적법하게 수취한 것으로 보기 어려우므로, 처분청이 쟁점세금계산서 거래에 대하여 세금계산서불성실가산세 및 부당과소신고가산세를 적용하여 2015년 제1기 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.