중소기업특별세액감면의 적용을 배제하여 과세한 처분의 당부

[주 문] OOO세무서장이 2017.2.10. 청구인에게 한 2015년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구인은 건설업을 영위하는 복식부기의무자로 2015년 귀속 종합소득 과세표준 확정신고시 기준경비율로 소득금액을 추계하여 과세표준을 신고하면서 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면)에 따른 OOO원의 세액감면을 신청하였다.
• 나. 처분청은 OOO지방국세청장의 종합감사 결과에 따라 청구인이 소득세법 제70조 제4항 의 ‘복식부기의무자가 같은 항 제3호의 서류를 제출하지 아니한 경우’에 해당하여 종합소득 과세표준 확정신고를 하지 아니한 것으로 보아 위 세액감면의 적용을 배제하여 2017.2.10. 청구인에게 2015년 귀속 종합소득세 OOO원을 결정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2017.2.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인에 대한 중소기업 특별세액감면의 적용을 배제하여 과세된 이 건 처분은 취소되어야 한다. 추계과세시 세액감면 배제 등을 규정한 조특법 제128조 제1항에 따르면 중소기업에 대한 특별세액감면 조항인 같은 법 제7조는 세액감면 적용 배제 대상에서 제외되어 있고, 조특법 제128조 제2항은 무신고 또는 기한 후 신고를 한 경우에 적용되는 징벌적 조항으로서 이를 확대해석하는 것은 타당하지 않기 때문이다. 또한, 추계신고를 하면 과세표준 및 세액을 결정하는 것은 맞지만 소득세법 제80조 제1항 도 추계신고시 결정을 한다고 명시적으로 규정하고 있지 않다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 제70조 제4항 에 따르면 복식부기의무자가 종합소득 과세표준 확정신고시 추계신고를 하는 경우 무신고로 간주되고, 이는 같은 법 제80조 제1항에 따라 과세표준과 세액의 결정 대상에 해당하는바, 조특법 제128조 제2항에 따라 중소기업 특별세액감면 적용 배제대상에 해당한다. 선결정례OOO도 복식부기의무자가 추계하여 종합소득세를 신고한 경우, 법정신고기한 내 과세표준 신고를 하지 아니한 자에 해당하여 경정청구를 할 수 없는 것으로 보고 있다. 또한 조특법 제128조 제1항에 따른 중소기업 특별세액감면의 적용은 추계신고가 무신고에 해당하지 않는 간편장부대상자에 한하여 적용이 가능한 것으로, 복식부기의무자가 추계신고시 조특법 제128조 제2항에 따라 중소기업 특별세액감면의 적용 배제 대상에 해당한다.

• 가. 쟁점 복식부기의무자인 청구인이 종합소득 과세표준을 추계신고하여 법정 서류를 제출하지 아니한 것을 종합소득 과세표준 확정신고를 하지 아니한 것으로 보아 중소기업에 대한 특별세액감면의 적용을 배제하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 소득세법 제70조 제4항 및 제81조가 2006.12.30. 아래 <표1>과 같이 개정되었는바, 같은 법 제81조 제3항의 규정이 같은 법 제70조[종합소득 과세표준확정신고]로 이동하면서 가산세에 한하여 무신고로 간주하는 내용이 삭제되었다. <표1> 2006.12.30. 소득세법 개정내용 구 소득세법 (법률 제7837호, 2005.12.31.) 개정된 소득세법 (법률 제8144호, 2006.12.30.) 제70조[종합소득 과세표준확정신고]

④ 종합소득과세표준확정신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <후문 신설>

3. 부동산임대소득금액 또는 사업소득금액을 제160조 및 제161조의 규정에 의하여 비치·기장된 장부와 증빙서류에 의하여 계산한 경우에는 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표·손익계산서와 그 부속서류 및 합계잔액시산표와 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 조정계산서. 다만, 제160조 제2항의 규정에 의하여 기장을 한 사업자의 경우에는 대통령령이 정하는 간편장부소득금액계산서 제81조[가산세]

① 거주자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 결정세액에 가산한다. 다만, 제1호의 규정을 적용하는 경우에는 제2호의 규정을 적용하지 아니한다.

③ 복식부기의무자가 제70조 제4항 제3호의 대차대조표·손익계산서·합계잔액시산표와 조정계산서를 과세표준확정신고서에 첨부하지 아니한 때에는 제1항의 적용에 있어서 과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 본다. 제70조[종합소득 과세표준확정신고]

④ 종합소득과세표준확정신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제160조제3항의 규정에 따른 복식부기의무자(이하 "복식부기의무자"라 한다)가 제3호의 규정에 따른 서류를 제출하지 아니한 경우에는 종합소득과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 본다. <좌동> 제81조[가산세] ※ 국세기본법 제47조의2 및 제47조의3으로 이동 ※ 소득세법 제70조 제4항 후단으로 이동

(2) 2006.12.30. 소득세법 제70조 [종합소득과세표준확정신고] 개정에 대하여 ‘간추린 개정세법’이나 재정경제부(現, 기획재정부)의 보도자료에 개정이유 등 관련 내용이 나타나지 아니한다.

(3) 추계신고시 조특법 제128조 제2항의 세액감면 배제와 관련된 국세청 등의 유권해석은 아래와 같이 2006.12.30. 소득세법개정 전․후로 그 내용이 다르다. (가) 2006.12.30. 소득세법 개정 전 유권해석은 <표2>과 같이 추계신고․결정 시에 중소기업 특별세액감면 등을 적용받을 수 있다는 내용이다. <표2> 2006.12.30. 소득세법 개정 전 유권해석 생산 일자 문서 번호 내용 비고 1993.3.4. 국세청 소득46011-526 중소제조업을 영위하는 거주자가 추계조사결정을 받는 경우에는 조세감면규제법 제15조의3(중소 제조업에 대한 임시특별별세액 감면)의 조세특례를 적용받을 수 있는 것임 조특법 제128조 제2항 신설 전 유권해석 1997.4.25. 국세청 소득46011-1158 중소제조업을 영위하는 거주자가 당해 연도의 소득세 과세표준을 추계로 확정신고하는 때에도 당해 제조업소득에 대하여는 조세감면규제법 제7조의 중소제조업특별세액감면을 적용받을 수 있는 것임 1998.12.28. 조세특례제한법 제정 조세감면규제법폐지와 조세특례제한법제정하는 과정에서 무신고시 중소기업특별세액감면 등을 배제하는 조문 신설 2002.9.2. 국세청 서일46011-11135 창업중소기업등에 대한 세액감면은 당해 거주자의 소득금액을 추계조사 결정․경정하는 때에도 적용받을 수 있음 2006.11.24. 국세청 서면인터넷 방문상담1팀 -1593 조세특례제한법 제128조 에 의거 소득세법 제80조 제3항 단서의 규정에 의하여 추계를 하는 경우 같은 법 제102조의 산림개발소득에 대한 세액감면규정을 적용할 수 있는 것입니다. (나) 2006.12.30. 소득세법 개정 후 유권해석은 아래 <표3>과 같이 감면을 배제하는 내용이나, 약 10년간 감면을 배제하는 내용의 유권해석은 없었다. <표3> 2006.12.30. 소득세법 개정 후 유권해석 등 생산 일자 문서 번호 내용 비고 2010.12.14. 국세청 소득세법 집행기준 70-130-1

① 복식부기의무자가 재무제표 등 신고 부속 서류 대신에 간편장부 소득금액계산서를 첨부 하여 과세표준확정신고를 하는 때에는 적법한 신고를 하지 않은 것으로 본다. 2016.7.13. 국세청 2016- 법령해석 소득-139 복식부기의무자가 종합소득 과세표준 및 세액을 추계하여 신고한 경우 소득세법 제70조 제4항에 의해 종합소득 과세표준 확정 신고를 하지 아니한 것으로 간주되므로 같은 법 제80조 제1항에 따라 종합소득 과세표준 및 세액을 결정하여야 하고 조특법 제128조 제2항에 의하여 조특법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액 감면의 적용은 배제되는 것임 과세기준 자문 2017.3.27. 기획재정부 조세특례제도과 -335 복식부기의무자가 종합소득 과세표준 및 세액을 추계하여 신고한 경우에는 조세특례제한법 제128조 제2항에 따라 중소기업특별세액감면을 적용하지 않는 것입니다. 다만, 복식부기의무자가 종합소득 과세표준 및 세액을 추계로 신고하면서 중소기업특별세액감면을 적용한 납세자(‘16.7.13 전 신고한 자에 한한다)에 대해서 소득세법 제80조에 따라 결정․경정 하는 경우에는 국세 기본법 제47조의4 제1항에 따른 납부불성실가산세를 부과하지 아니하는 것입니다. 2017.3.17. 기획재정부 국세예규 심사 위원회 결정

(4) 추계신고시 중소기업 특별세액감면의 적용 여부에 대한 국세청 고객만족센터의 상담사례 내용 및 전화․인터넷상담을 위한 확정신고 안내 및 실무 책자 내용이 일치하지 않는다. (가) 국세청 고객만족센터의 2015.5.21. 상담사례는 “복식부기의무자가 소득세 확정신고시 복식부기에 의해 소득세를 신고하지 않고 추계신고하는 경우 소득세법 제70조 의 규정에 따라 소득세를 신고하지 않은 것으로 보아, 소득세법 제80조 제1항 을 적용받게 되는 것이며, 조특법 제128조 제2항의 규정에 따라 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 없음”이라고 되어 있다. (나) 반면에 국세청 고객만족센터에서 발간한 2014년 귀속 전화․인터넷상담을 위한 소득세 확정신고 안내 및 실무책자의 295쪽부터 300쪽까지에는 ‘중소기업에 대한 특별세액감면이 추계시에도 적용 가능’이라고 기재되어 있으나, 같은 책의 384쪽에는 ‘무신고․기한 후 신고시 감면배제’ 대상으로 ‘중소기업에 대한 특별세액 감면’이 기재되어 있다. 위의 내용은 2015년 책자에서도 동일하다. (5) 소득세법 시행규칙 [별지 제40호 서식(1)]의 종합소득세 과세표준신고서 등에는 기준경비율에 따른 추계신고를 신고유형의 하나로 기재하고 있다. (가) 종합소득세 신고서의 앞면에는 신고유형의 하나로 “추계－기준율”, “추계－단순율”이라고 기재되어 있다. (나) 종합소득세 신고서의 부속서류 중 하나인 추계소득금액계산서의 작성방법에는 “이 서식은 기준경비율에 따라 추계신고하는 경우에만 작성”이라고 기재되어 있다.

(6) 청구인은 기타 과세예고 통지서 등을 제출하였고, 청구인이 2015년 귀속 종합소득 과세표준 확정신고시 소득세법 제70조 제4항 제3호 의 서류를 제출한 내역은 나타나지 아니한다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2006.12.30. 소득세법이 개정되면서 제81조[가산세]에 있던 복식부기의무자의 관련서류 미제출시 무신고로 간주하는 조항이 제70조[종합소득 과세표준확정신고]로 이동하였고, 그 과정에서 “제1항의 적용에 있어서”라는 가산세 적용에 한하여 무신고로 간주하는 부분이 삭제되어, 그 밖에 조특법을 포함한 세법 적용의 전반에 있어서 무신고로 간주하는 것으로 해석되는 점, 청구인이 종합소득 과세표준 확정신고시 제70조 제4항 제3호에 규정된 서류를 제출하지 않아 같은 항에 따라 무신고로 간주되어 처분청이 2014년 및 2015년 귀속 종합소득세액을 경정․결정하여 조특법 제128조 제2항의 감면배제 요건을 충족한 점 등을 고려하면, 청구인은 중소기업 특별세액감면을 적용받을 수 없다고 할 것이나, 신의칙 또는 국세기본법 제18조 제3항 의 조세관행존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다 할 것OOO이고, 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정인이 아니라 불특정한 다수의 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하는 것OOO인바, 소득세법 시행규칙[별지 제40호 서식(1)]의 종합소득세 과세표준신고서에 복식부기의무자의 추계신고가 하나의 신고유형으로 기재되어 있는 것으로 보이는 점, ‘간추린 개정세법’ 등을 보아도 2006.12.30. 소득세법 개정내용을 확인하기 어려운 것에 더하여 국세청이 발간한 2014년 귀속 전화․인터넷상담을 위한 소득세 확정신고 안내 및 실무 책자에서 추계로 소득금액을 산정한 경우에도 중소기업 특별세액감면을 받을 수 있는 것으로 기재되어 있고 2015년 책자에도 동일한 내용이 나타나는 점, 소득세법이 2006.12.30. 개정된 후에도 복식부기의무자로서 관련서류를 미제출한 납세자가 중소기업특별세액감면을 받아도 특별하게 관련세액을 추징한 사례가 2016.7.13. 국세청의 유권해석(2016-법령해석 소득-139)이 있기 전까지는 거의 없어 그간에 비과세관행이 성립된 것으로 납세자가 신뢰할 만한 점 등을 고려하면 청구인에게 중소기업 특별세액감면의 적용을 배제한 처분은 신의칙을 위반한 것이거나 또는 납세자에게 이미 받아들여진 비과세관행에 반하는 새로운 해석이나 관행에 의한 소급과세에 해당한다 할 것이므로 청구인에 대하여 중소기업 특별세액감면의 적용을 배제하여 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다OOO

이 건 심판청구는 심리결과, 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 국세기본법(2014.1.1. 법률 제12162호로 개정되기 전의 것) 제3조[세법 등과의 관계] ① 이 법은 세법에 우선하여 적용한다.(단서 생략) 제26조의2[국세 부과의 제척기간] ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다.(단서 생략)

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간 제15조[신의·성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제18조[세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지] ① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

⑤ 세법 외의 법률 중 국세의 부과·징수·감면 또는 그 절차에 관하여 규정하고 있는 조항은 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때에는 세법으로 본다.

(2) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제7조[중소기업에 대한 특별세액감면] ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2014년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다.(단서 및 각 호 생략) 제128조[추계과세 시 등의 감면배제] ① 소득세법 제80조 제3항 단서 또는 법인세법 제66조 제3항 단서에 따라 추계(推計)를 하는 경우에는 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 및 제104조의25를 적용하지 아니한다. 다만, 추계를 하는 경우에도 제5조 및 제26조(투자에 관한 증거서류를 제출하는 경우만 해당한다)는 거주자에 대해서만 적용한다.

② 소득세법 제80조 제1항 또는 법인세법 제66조 제1항 에 따라 결정을 하는 경우와 국세기본법 제45조의3 에 따라 기한 후 신고를 하는 경우에는 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제33조의2, 제62조 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제102조, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항을 적용하지 아니한다.

③ 소득세법 제80조 제2항 또는 법인세법 제66조 제2항 에 따라 경정(제4항 각 호의 어느 하나에 해당되어 경정하는 경우는 제외한다)을 하는 경우와 과세표준 수정신고서를 제출한 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우에는 대통령령으로 정하는 과소신고금액(過少申告金額)에 대하여 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조제4항·제5항, 제33조의2, 제62조 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제102조, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항을 적용하지 아니한다.

(3) 소득세법(2014.1.1. 법률 제12169호로 개정되기 전의 것) 제70조[종합소득과세표준 확정신고] ① 해당 과세기간의 종합소득금액이 있는 거주자(종합소득과세표준이 없거나 결손금이 있는 거주자를 포함한다)는 그 종합소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

③ 제1항에 따른 신고를 "종합소득 과세표준확정신고"라 한다.

④ 종합소득 과세표준확정신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제160조 제3항에 따른 복식부기의무자가 제3호에 따른 서류를 제출하지 아니한 경우에는 종합소득 과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 본다.

3. 사업소득금액을 제160조 및 제161조에 따라 비치·기록된 장부와 증명서류에 의하여 계산한 경우에는 기업회계기준을 준용하여 작성한 재무상태표·손익계산서와 그 부속서류, 합계잔액시산표(合計殘額試算表) 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 조정계산서.(단서 생략) 제80조[결정과 경정] ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다. (4) 소득세법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25193호로 개정되기 전의 것) 제143조[추계결정 및 경정] ① 법 제80조 제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모·종업원수·원자재·상품 또는 제품의 시가·각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

③ 법 제80조 제3항 단서에 따라 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 방법에 따른다. 다만, 제1호의2는 단순경비율 적용대상자만 적용한다.

2. 기준경비율 또는 단순경비율이 결정되지 아니하였거나 천재·지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 사업자의 소득금액을 참작하여 그 소득금액을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 사업자가 없는 경우로서 과세표준확정신고후에 장부등이 멸실된 때에는 법 제70조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준확정신고전에 장부등이 멸실된 때에는 직전과세기간의 소득률에 의하여 소득금액을 결정 또는 경정한다.