쟁점주식의 양도가액을 주주 간 지분율에 따른 ㅇㅇ억원으로 보아 양도소득세 및 증권거래세를 과세한 처분의 당부

[주 문] OOO이 2017.1.9. 청구인에게 한 2010년 9월분 증권거래세 OOO원 및 2017.1.16. 청구인에게 한 2010년 귀속 양도소득세OOO원의 각 부과처분은 주식회사 OOO 주식의 양도와 관련하여청구인과 OOO 간에 어떠한 채무 등을 차감하여 청구인이 OOO원만 지급받기로 약정하게 된 것인지 등을 재조사하여 실질적인 양도가액을 확인하고 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)의 주주인 청구인, OOO, OOO(이하 “주주 3인”이라 한다)은 2010.9.16. OOO의 발행주식 전부OOO 및 경영권을 OOO 주식회사, 주식회사 OOO, OOO 주식회사(이하 “OOO 외 2인”이라 한다)에게 OOO원에 양도하는 ‘주식매매(경영권 양수도) 계약’을 체결하고 주식을 양도하였으며, 매매대금은 동 계약서 4조에 따라 최대주주인 OOO이 지정하는 계좌로 입금받았다.
• 나. OOO, OOO은 본인 지분율에 해당하는 금액을 양도가액으로 하여 양도소득세를 신고·납부하였으나, 청구인은 본인 지분율(20%)에 해당하는 OOO 발행주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)에 대한 양도소득세 및 증권거래세를 무신고 하였다.
• 다. OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 2016.6.22.부터2016.8.22.까지 청구인 등 주주 3인에 대한 주식변동조사를 실시한 결과, 아래 <표1>과 같이 OOO 주식의 양도가액이 주주 간 지분율대로 배분되지 않은 것을 확인하고, 청구인의 지분율에 따른 배분액 OOO원을 쟁점주식의 양도가액으로 하여 2017.1.9 및 2017.1.16. 청구인에게 OOO원을 각 결정·고지하였다. 라.청구인은 이에 불복하여 2017.1.19. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 주주 3인 간에 2010.9.7. 체결된 ‘주식매매(경영권 양수도) 협의승낙서’를 보면, 주식 매각에 관한 권한을 OOO에게 위임하면서 지분율에 따라 계산된 매매대금 중 OOO에게 OOO원을, 청구인에게 OOO원을 지급하고 이를 초과하는 부분은 OOO의 몫으로 한다고 약정하였고, 청구인은 OOO이 청구인에게 귀속될 주식양도대금 OOO원을 횡령하였다는 취지로 2011.10.24. OOO을 고소하고, 2013.12.28. 주식매매대금 OOO원의 지급을 구하는 민사소송을 제기하였으나, OOO은 주주 3인 간 약정한 2010.9.7.자 주식매매협의승낙서가 적법하고, OOO이 OOO원을 지급하기 위하여 청구인에게 계좌번호를 요구한 점 등을 들어 ‘불기소 결정’을 하였으며, 민사소송에서도 2010.9.7.자 주식매매협의승낙서가 적법하므로 청구인이 OOO으로부터 OOO원 이외에 추가로 지급받을 권리가 없다는 취지로 원고패소 판결하였다. 또한, 대법원은 민사나 세무소송에 있어서 형사재판에서 인정된 사실에 구속을 받는 것은 아니라 할지라도, 이미 확정된 관련있는 형사판결의 인정사실은 이를 채용할 수 없는 특별한 사정이 나타나 있지 않은 한 유력한 자료가 되어 이를 배척할 수 없다고 판시하였다(대법원 1985.10.8. 선고 84누411 판결). 따라서, 쟁점주식의 매매대금은 2010.9.7. 주주 3인 간 체결된 주식매매협의승낙서와 당사자 간 다툼에 대한 법원 판결 및 검찰의 불기소 결정문에 기초한 OOO원으로 보아야 하는바, 처분청이 민 형사사건에서 확정된 양도가액(OOO원)을 부인하고, 실제로 양도소득이 실현된 주주에 대하여는 과세하지 않으면서 양도소득이 발생하지도 않은 청구인에게 양도소득세 등을 과세한 이 건 처분은 실질과세 및 공평과세 원칙에도 어긋나는 부당한 처분이다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 양도가액으로 주장하는 협의에 의한 배분금액은 주주 3인 간의 이권에 의해 계약체결 전에 작성된 것으로, 주식매매계약서상 확인되지 아니하고 양수자도 인지하지 못하는 내용인바, 양도가액으로 볼 수 없고, 청구인이 증빙으로 제출한 검찰의 불기소 결정문 및 민사소송 판결문을 보면, 청구인이 ‘주식매매(경영권 양수도) 협의승낙서’에 기재된 OOO원을 초과하는 양도대금을 OOO으로부터 지급받을 권리가 있는지 여부를 심리한 것으로, 그 결정내용은 거래 당사자인 양도자와 양수자 간의 분쟁이 아닌 양도자 간의 양도대금 배분문제에 대한 것이므로 동 결정 및 판결내용을 근거로 양도가액을 확정할 수 없는바, 주식매매계약서에 의한 주주별 양도금액OOO으로 양도소득세 및 증권거래세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점주식의 양도가액을 주주 간 지분율에 따른 OOO원으로 보아 양도소득세 및 증권거래세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조(실질과세)① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 소득세법 제94조(양도소득의 범위)① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 3.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

• 나. 주권비상장법인의 주식등 제96조(양도가액)① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

(3) 증권거래세법(2008.12.26. 법률 제9274호로 개정된 것) 제3조(납세의무자)증권거래세의 납세의무자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로 한다. 3.제1호 및 제2호 외의 주권등의 양도의 경우에는 당해 주권등의 양도자.(단서 생략) 제5조(양도의 시기)① 이 법의 적용에 있어서 주권등의 양도의 시기는당해 매매거래가 확정되는 때로 한다. 제7조(과세표준)① 증권거래세의 과세표준은 다음 각 호에 의한다.

2. 제1호 외의 주권등을 양도하는 경우에는 다음 각목의 구분에 의한 가액 가.주권등의 양도가액을 알 수 있는 경우:해당 주권등의 양도가액.(단서 생략) 제8조(세율)① 증권거래세의 세율은1000분의 5로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 조사청의 2016년 8월에 실시한 주주 3인에 대한 주식변동조사내용은 아래 <표2>와 같고, 쟁점주식의 취득가액은 OOO원이며, 이에 대하여 조사청과 청구인 간 다툼이 없다.

(2) 청구인이 제출한 2009.12.31. 현재 OOO의 주주명부는 아래 <표3>과 같다.

(3) 주주 3인간에 2010.9.7. 체결된 ‘주식매매(경영권 양수도)협의승낙서’의 주요 내용은 아래 <표4>와 같다.

(4) 2010.9.16. 주주 3인과 OOO 외 2인 간에 체결된 ‘주식매매(경영권 양수도)계약서’의 주요내용은 아래 <표5>와 같다.

(5) 2011.11.25. OOO과 청구인 간 작성된 합의서의 주요내용은 아래 <표6>과 같다.

(6) OOO 2011년 OOO 불기소결정서 내용은 아래 <표7>과 같으며, 동 사건은 2012.2.29. 항고가 기각되어 확정되었다.

(7) 청구인은 OOO을 상대로 주식매매대금 청구소송OOO을 제기하였으나 2014.8.13. 패소하였는바, 관련 판결문의 주요내용은 아래 <표8>과 같다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인 등 주주 3인 간에 2010.9.7. 체결된 주식매매협의승낙서를 보면, ‘매각대금은 지분율에 의해 OOO과 청구인에게 입금하고, OOO에게 OOO원, 청구인에게 OOO원의 실수령액을 지급한다. 나머지 차감액은 OOO 몫으로 한다.’고 되어 있는바, 문언상 매매대금은 지분율대로 청구인에게 OOO을 배분하되 동 금액에서 주주 간 채무 등을 공제하여 청구인은 OOO원만 지급받기로 약정한 것으로 보인다. 그러나, 청구인이 OOO을 상대로 쟁점주식의 양도가액이 OOO원이므로 차액 OOO원을 지급해달라는 민사소송을 제기한 결과, OOO은 2010.9.7. 체결된 주식매매협의승낙서 및 2011.11.25. 작성된 합의서를 인정하여 원고(청구인) 패소 판결하였고, 또한, 처분청은 쟁점주식의 양도가액이 지분율에 의한 OOO원이라고 주장할 뿐, 청구인과 OOO 간에 구체적으로 어떠한 채무 등을 차감하여 OOO원만 지급하기로 약정하게 된 것인지를 소명하지 못하고 있으며, 또 다른 주주인 OOO은 2010.9.7. 체결된 주식매매협의승낙서에 따라 OOO원만 지급받았음에도 청구인과 달리 지분율에 상당하는 OOO원을 양도가액으로 신고한 이유가 무엇인지에 대한 조사가 이루어지지 아니하였는바, 이에 대한 확인 없이 단지 처분청이 제시한 2010.9.7.자 주식매매협의승낙서 및 2010.9.16.자 주식매매계약서만으로 쟁점주식의 양도가액이 얼마인지 판단하기는 어렵다 할 것이다. 따라서, 이 건 심판청구는 OOO 주식의 양도와 관련하여 청구인과 OOO 간에 어떠한 채무 등을 차감하여 청구인이 OOO원이 아닌 OOO원만 지급받기로 약정하게 된 것인지 등을 재조사하여 실질적인 양도가액을 확인하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.