쟁점법인이 전략적 제휴계약을 동시에 체결하였다 하나 두 계약은 서로 배치되는 내용인 점, 전략적 제휴에 따른 주식교환으로 보기는 곤란한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
쟁점법인이 전략적 제휴계약을 동시에 체결하였다 하나 두 계약은 서로 배치되는 내용인 점, 전략적 제휴에 따른 주식교환으로 보기는 곤란한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
심판청구를 기각한다.
(1) 조세특례제한법 제38조[주식의 포괄적 교환·이전에 대한 과세 특례] ① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 상법 제360조의2 에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환 등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환 등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환 등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.
1. 주식의 포괄적 교환·이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것. 다만, 주식의 포괄적 이전으로 신설되는 완전모회사는 제외한다.
2. 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환·이전대가를 받은 경우 그 교환·이전대가의 총합계액 중 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환 등으로 취득한 주식을 교환·이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것
3. 완전자회사가 교환·이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것
④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 주식양도차익의 계산, 완전자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 익금산입액의 계산 및 그 산입방법, 완전자회사 주식의 장부가액의 산정방식, 주식의 포괄적 교환등에 관한 명세서 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제46조의7[전략적 제휴를 위한 비상장 주식교환 등에 대한 과세특례] ① 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인을 제외한 벤처기업(대통령령으로 정하는 매출액 대비 연구·인력개발비 투자 비중이 5퍼센트 이상인 중소기업을 포함하며, 이하 이 조에서 "벤처기업 등"이라 한다)의 주주(그 법인의 발행주식 총수의 100분의 10이상을 보유한 주주를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 소유하는 벤처기업 등의 주식을 다음 각 호의 요건을 갖추어 2015년 12월 31일 이전에 주식회사인 법인(이하 이 조에서 "제휴법인"이라 한다)이 보유한 자기주식 또는 제휴법인의 주주(발행주식 총수의 100분의 10 이상을 보유한 주주를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 주식과 교환하거나 제휴법인에 현물출자하고 그 제휴법인으로부터 출자가액에 상당하는 주식을 새로 받음으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 주식교환 또는 현물출자(이하 이 조에서 "주식교환 등"이라 한다)로 인하여 취득한 제휴법인의 주식을 처분할 때까지 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다.
1. 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업 등과 제휴법인 간의 전략적 제휴계획을 추진하고 그 계획에 따라 주식교환 등이 이루어질 것
2. 벤처기업 등의 주주 1인과 대통령령으로 정하는 특수관계인이 제휴법인의 대통령령으로 정하는 최대주주와 대통령령으로 정하는 특수관계에 있지 않을 것
3. 벤처기업 등의 주주가 주식교환 등으로 인하여 취득한 주식과 제휴법인 또는 제휴법인의 주주가 주식교환 등으로 취득한 주식을 각각 1년 이상 보유하도록 하는 계약을 벤처기업 등과 제휴법인 간에 체결할 것
② 제1항에 따라 양도소득세의 과세를 이연받은 벤처기업 등의 주주는 제1항 제3호의 계약을 위반하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 이연받은 양도소득세를 납부하여야 한다.
③ 제1항에 따라 양도소득세의 과세를 이연받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제35조의2 [주식의 포괄적 교환·이전에 대한 법인의 과세특례] ⑭ 법 제38조 제1항을 적용받으려는 완전자회사의 주주는 주식의 포괄적 교환·이전일이 속하는 사업연도의 과세표준 신고를 할 때 완전모회사와 함께 기획재정부령으로 정하는 주식의 포괄적 교환 등 과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 제43조의7 [전략적 제휴를 위한 비상장 주식교환 등에 대한 과세특례] ① 법 제46조의7제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 매출액 대비 연구·인력개발비 투자 비중이 5퍼센트 이상인 중소기업"이란 주식교환 또는 현물출자일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 법 제9조 제2항 제1호에 따른 연구·인력개발비가 매출액의 5퍼센트 이상인 중소기업을 말한다.
② 법 제46조의7 제1항 각 호 외의 부분에 따른 발행주식 총수의 100분의 10 이상을 보유한 주주는 해당 법인의 의결권 있는 발행주식 총수의 100분의 10 이상을 보유한 주주로 한다.
③ 법 제46조의7 제1항 제1호에 따른 전략적 제휴계획은 벤처기업(제1항에 따른 중소기업을 포함하며, 이하 이 조에서 "벤처기업 등"이라 한다)이 생산성 향상과 경쟁력 강화 등을 목적으로 2015년 12월 31일 이전에 주식회사인 법인(이하 이 조에서 "제휴법인"이라 한다)과의 계약을 통하여 협력관계를 형성하려는 계획을 말한다.
④ 제3항에 따른 계약은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.
1. 벤처기업 등과 제휴법인이 계약당사자가 될 것
2. 제휴 대상 사업내용이 실현가능하고 구체적일 것
3. 제휴 사업에서 발생하는 손익의 분배방법을 정할 것
4. 기술·정보·시설·인력 및 자본 등의 협력에 관한 사항을 포함하고 있을 것
⑧ 벤처기업 등의 주주가 법 제46조의7 제1항에 따라 양도소득세의 과세를 이연받은 후 같은 항 제3호의 요건을 위반하는 사유가 발생한 때에는 주식과세이연금액에 주식교환 등으로 취득한 주식 중에서 해당 사유가 발생한 날 현재 남아 있는 주식이 차지하는 비율을 곱한 금액에 해당 주식교환 등을 한 당시의 소득세법 제104조 제1항 에 따른 세율을 곱하여 계산한 금액을 해당 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 납부하여야 한다.
⑨ 법 제46조의7 제3항에 따라 양도소득세의 과세이연 신청을 하려는 자는 주식교환 등을 한 날이 속하는 분기의 말일부터 2개월 이내에 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 비상장기업주식교환 등 주식양도차익과세이연신청서에 전략적 제휴계획, 주식교환계약서와 세제지원대상 여부를 확인할 수 있는 서류로서 기획재정부령으로 정하는 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. (3) 상법 제360조의2 [주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립] ② 주식의 포괄적 교환(이하 이 관에서 “주식교환”이라 한다)에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 가지는 그 회사의 주식은 주식을 교환하는 날에 주식교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사 에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 배정을 받음으로써 그 회사의 주주가 된다.
(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 2014년 쟁점법인의 주식 442,692주를 다음 <표1>과 같이 OOO원에 양도하였으나 이에 대한 양도소득세는 신고하지 않았다. (나) 청구인은 쟁점법인의 대표이사 자격으로 2014.7.1. 다음과 같이 쟁점법인이 발생한 주식 100%인 813,747주(1주당 액면가 OOO원)를 OOO가 발행할 일반주 47,352,450주와 교환하는 ‘주식교환매입계약’을 체결하였다. (다) 주식교환매입계약서를 체결하기 전인 2014.6.25. 작성된 쟁점법인의 주주명부는 다음 <표2>와 같다. (라) 청구인은 2017.7.5. OOO장에게 과세전적부심사를 청구하면서 다음과 같이 쟁점법인과 OOO 간에 2014.7.1. 맺은 ‘전략적 제휴계약서’를 제출하였으며, 전략적 제휴계약서 작성일과 주식교환매입계약서 작성일은 동일한 것으로 나타난다. (마) 청구인은 심판청구를 하면서 다음과 같이 OOO와 청구인 간에 2014.7.10. 맺은 ‘합의서’를 제출하였다. (바) 청구인은 ① 교환으로 취득한 OOO 주식을 1년 이상 보유하고 있고, ② 쟁점법인이 생산성 향상과 경쟁력 강화 등을 목적으로 OOO와 전략적 제휴계약을 맺은 것이며, ③ 제휴 대상 사업내용이 실현가능하고 구체적이며, ④ 제휴 사업에서 발생하는 손익의 분배방법이 정해져 있으며, ⑤ 제휴계약에 기술․정보․시설․인력 및 자본 등의 협업에 관한 사항이 포함되어 있는 전략적 제휴계약에 따라 쟁점주식을 교환한 것이므로 조특법 제46조의7 및 동 법 시행령 제43조의7에서 규정하고 있는 주식양도차익에 대한 과세이연 요건을 충족하고 있다는 주장이고, 처분청은 조사시 쟁점주식의 양도는 내국법인 간의 포괄적 주식교환이 아니라서 조특법 제38조에 따른 ‘주식의 포괄적 교환에 대한 양도소득세 과세이연 요건’을 충족하지 못한다고 하자, 조사결과 통지 후 청구인이 과세전적부심사 청구시부터 전략적 제휴를 위하여 쟁점주식을 양도한 것이라고 주장하나 쟁점법인이 발행한 주식 전량을 모회사(OOO) 주식과 교환하는 계약에 따라 쟁점주식을 양도한 것이므로 이를 전략적 제휴를 위한 비상장 주식의 교환으로 볼 수 없다는 의견이다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점주식의 교환(양도)이 전략적 제휴계약에 따른 주식교환이므로 양도차익에 대한 양도소득세는 과세이연 대상이라고 주장하나, 쟁점법인이 완전자회사가 되는 ‘주식교환매입계약’을 체결하면서 전략적 제휴사업에서 발생하는 손익에 관한 분배방법 등을 언급하고 있는 ‘전략적 제휴계약’을 동시에 체결하였다 하나 두 계약은 서로 배치되는 내용이라 양립하기 어려운 점, 쟁점법인이 발행한 주식 100%를 넘겨 OOO의 완전자회사가 되는 주식교환계약에 따라 쟁점주식을 OOO 주식과 교환한 것이라 이를 전략적 제휴에 따른 주식교환으로 보기는 곤란한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.