조특법 제14조의 과세특례를 적용받기 위해서는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 법인에 출자하고 그 출자일로부터 3년 이상 보유한 벤처기업 주식의 양도가 있어야 하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
조특법 제14조의 과세특례를 적용받기 위해서는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 법인에 출자하고 그 출자일로부터 3년 이상 보유한 벤처기업 주식의 양도가 있어야 하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
심판청구를 기각한다.
1. 중소기업창업투자회사 또는여신전문금융업법에 따른 신기술 사업금융전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
2. 중소기업창업투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술 창업전문 회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 2의2. 한국벤처투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문 회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 2의3. 농식품투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
3. 신기술사업투자조합이 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업 전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(벤처기업육성에 관한 특별 조치법제13조에 따른 조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분
5. 창업기획자에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
6. 소재ㆍ부품전문투자조합이 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 7.증권거래세법제3조 제1호 나목에서 정하는 방법으로 거래되는 벤처기업의 주식(소득세법제104조 제1항 제11호 가목의 대주주가 아닌 자가 양도하는 것으로 한정한다)
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득에 대해서는 해당 조합이 조합원에게 그 소득을 지급할 때 소득세를 원천징수한다.
1. 중소기업창업투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문 회사에 출자함으로써 발생하는 배당소득 1의2. 한국벤처투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문 회사에 출자함으로써 발생하는 배당소득 1의3. 농식품투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 발생하는 배당소득
2. 신기술사업투자조합이 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업 전문회사에 출자함으로써 발생하는 배당소득
3. 산업발전법(법률 제9584호 산업발전법 전부 개정 법률로 개 정되기 전의 것을 말한다) 제15조에 따라 등록된 기업구조조정조합이 같은 법 제14조제4항에 따른 구조조정대상기업에 출자하여 얻는 배당소득
4. 소재ㆍ부품전문투자조합이 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 발생하는 배당소득
⑤ 중소기업창업투자조합, 한국벤처투자조합, 농식품투자조합, 신기술사업 투자조합, 기업구조조정조합 또는 소재ㆍ부품전문투자조합에 귀속되는 소득으로서소득세법제16조 제1항 각 호 및 같은 법 제17조 제1항 제5호의 소득에 대해서는소득세법과법인세법에도 불구하고 해당 조합이 조합원에게 그 소득을 지급할 때 소득세 또는 법인세를 원천징수한다.
⑥ 제4항 및 제5항에 따른 소득의 경우에는소득세법제16조 제2항 및 같은 법 제17조 제3항 본문에도 불구하고 총수입금액에서 해당 조합이 지출한 비용(그 총수입금액에 대응되는 것으로 한정한다)을 뺀 금액을 이자소득금액 또는 배당소득금액으로 한다.
⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정은 2017년 12월 31일까지 발생하는 소득에 대해서만 적용한다.
⑧ 제1항 제1호는 2009년 12월 31일까지 취득하는 주식 또는 출자지분에 대해서만 적용하고, 제1항 제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3 및 제3호부터 제7호까지의 규정은 2017년 12월 31일까지 취득하는 주식 또는 출자지분에 대해서만 적용한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2014.02.21. 대통령령 제25211호로 개정된 것) 제13조【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】① 법 제14조 제1항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분"이란 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 3년이 경과된 것을 말한다.
1. 창업후 3년 이내인 벤처기업(벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업을 말한다. 이하 같다) 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것
소득세법 시행령제98조 제1항 또는 법인세법 시행령제87조 제1항의 규정에 의한 특수관계(이하 이 항에서 "특수관계"라 한다)가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자이거나 벤처기업육성에 관한 특별조치법제13조의 규정에 의한 조합이 그 조합원과 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것. 이 경우 법인세법 시행령제87조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 동항 제6호 중 "100분의 50"은 각각 "100분의 30"으로 본다. (3) 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.
2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산[주택(이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 및 조합원 입주권은 제외한다]으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것
3. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것
11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산
② 제1항 제2호ㆍ제3호 및 제11호 나목의 보유기간은 해당 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각각 그 정한 날을 그 자산의 취득일로 본다.
3. 법인의 합병ㆍ분할[물적분할(物的分割)은 제외한다]로 인하여 합병법인, 분할신설법인 또는 분할ㆍ합병의 상대방 법인으로부터 새로 주식 등을 취득한 경우에는 피합병법인, 분할법인 또는 소멸한 분할ㆍ합병의 상대방 법인의 주식 등을 취득한 날
(1) 처분청 조사담당자가 2017.8.3. 작성한 경정청구 검토보고서의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 주식거래 경위 및 양도소득세 신고현황 등을 보면, 2011.11.4. OOO의 주주인 청구인들과 타 주주 등 총 10인이 OOO의 주식 OOO주(57.39%)를 OOO에 총 OOO원에 양도하기로 하면서 계약금 OOO원을 제외한 잔금 OOO원에 대해서는 OOO의 신주 를 받기로 하는 주식매매계약을 체결하였고, OOO는 대표주주인 OOO의 계좌에 OOO원을 동시에 입․출금한 후 OOO가 발행한 신주관련 주금에 납입하여 청구인들과 타 주주들에게 신주를 배정(총 OOO주 중 청구인들 해당분은 OOO주)하였으며, 청구인들은 OOO가 OOO에 흡수합병(2014.10.1.)된 이후 자신들이 보유하고 있던 OOO의 주식 OOO주 OOO 중 OOO주OOO)를 각각 OOO원에 양도(2014.11.27., 2014.12.23., 2014.12.26., 2014.12.29. 분할양도)한 후 2015.2.28. 양도소득세 예정신고를 한 것으로 나타난다. (나) 경정청구 사항으로, 청구인들은 조특법 제14조 및 같은 법 시행령 제13조에 비특수관계인 벤처기업 등에 출자하여 3년 이상 보유하고 이를 매도할 경우 발생한 양도차익에 대하 비과세한다는 규정이 있음에도 이를 인지하지 못하고 주식처분 후 관련 양도소득세 OOO원을 납부하였다고 주장하며 전액 환급을 요구한 것으로 나타난다. (다) 검토자 의견으로, 청구인들은 OOO의 타 주주들과 함께 2011.11.4. 체결한 주식매매계약을 통해 거래종결일인 2011.11.30.부터 최소 2년간 OOO와 고용관계를 맺기로 하였고, 2011년 귀속 근로소득지급명세서에 따르면 2011.11.7.부터 이미 OOO에서 근무를 하기 시작한 것으로 나타나므로 청구인은 계약종료일(2011.11.30.) 또는 실질적인 출자일(주금납입일인 2011.11.23.) 당시 이미 OOO의 고용인으로서 특수관계에 있었다 할 것이어서 조특법 제14조의 창업자 등에의 출자에 관한 과세특례를 받을 수 없다고 하고 기술하고 있다. 또한 청구인들과 타 주주들이 OOO 주식 양도대가로 OOO로부터 2011.11.23. 잔금 OOO원을 입금(대표주주 OOO 계좌)받음과 동시에 OOO의 신주납입대금으로 사용하는 등 실질적으로 신주에 대한 출자금의 외부유입이 있었다고 볼 수 없고, 형식적으로는 주식교환 형식의 출자로 볼 여지는 있으나, 주식매매계약서상 OOO 임직원을 고용전환을 통해 OOO에 근무토록 하였고, OOO가 OOO 주식을 인수한 후 OOO의 매출실적이 거의 없었던 점에서 기존의 OOO의 사업이 중단된 것으로 볼 수 있어 실질적으로 주식교환을 통한 출자로도 보기 어려우므로 조특법 제14조의 취지인 벤처기업에 대한 육성, 지원과도 맞지 아니하다고 하고 있다.
(2) 청구인들을 포함한 OOO 주주 10인과 OOO간에 2011.11.4. 체결한 주식매매계약서에 의하면, OOO이 발행한 OOO 보통주식 OOO주(총 발행주식의 57.39%)를 총 OOO원(계약금 OOO원, 잔금 OOO원은 거래종결일인 2011.11.30. 또는 당사자간 합의한 날에 지급)에 매매한다고 하고 있고, 계약금은 매도인의 대표자인 OOO의 OOO은행 계좌로 입금(별도로 계약금 반환청구권 담보를 위한 질권 설정)하며, 잔금 OOO원은 2011.11.4. OOO 주주들과 OOO간에 별도로 체결한 신주인수계약(OOO주)에 따른 신주인수대금으로 사용하되 매도인들의 OOO 계좌에 입금 후 다시 매수인의 주금납입계좌로 이체하도록 정하고 있고, 거래종결 후 매도인들의 3년간 겸업금지 또는 계속 근속 및 협력의무(최소 2년간), 매도인의 근속기간 중 사임․퇴임에 따른 매수인의 콜옵션 권리 등을 정하면서 <표1>의 매도인별 주식 소유현황 및 매매대금 현황을 첨부하고 있다. <표1>
(3) 청구인들을 포함한 OOO 주주 10인과 OOO간에 2011.11.4. 체결한 신주인수계약서에 의하면, OOO가 발행할 OOO 보통주식은 총 OOO주(액면가액 OOO원, 1주당 발행가액 OOO원, 총 발행가액 OOO원)로 위 (2)의 주식매매계약에 따라 신주인수인들에게 제3자 배정방식으로 발행하고, 주금납입일은 2011.11.30. 또는 당사자들이 달리 합의하여 정한 날로 하며, 신주인수인별 인수 주식수 및 납입대금은 <표2>와 같이 정한다고 하고 있다. <표2> (4) 청구인들이 제출한 OOO과 OOO간의 합병내역자료(OOO의 공시사항)에 의하면, 합병기일 및 합병등기예정일은 2014.10.1., 신주권교부예정일은 2014.10.13., 신주의 상장예정일은 2014.10.14.이고, 합병비율은 1:1.5555137OOO로 하여 OOO이 OOO를 흡수합병하며, 합병신주는 보통주식 OOO주로 주권비상장법인인 OOO의 합병가액은 본질가치(자산가치와 수익가치를 각각 1과 1.5의 비율로 가중산술평가한 가액)로 평가한 OOO원으로 산정하고, 코스닥 주권상장법인인 OOO의 합병가액은 기준주가로 평가하여 합병을 위한 이사회 결의일의 전일(2014.5.22.)을 기산일로 한 최근 1개월간의 거래량 가중산술평균종가, 최근 1주일간의 거래량 가중산술평균종가, 최근일의 종가를 산술평가한 OOO원으로 산정한다고 하고 있다(주식매수청구권 관련사항으로 기간은 2014.8.27.～2014.9.16.이고, 매수예정가액은 OOO이 OOO원, OOO가 OOO원이다).
(5) 청구인이 2017.12.4. 우리 원에 제출한 추가 항변서의 주요내용은 다음과 같다. (가) 주식 보유기간 요건과 관련하여 처분청은 청구인의 벤처기업OOO 출자일(2011.11.23.)부터 2년 10개월만인 2014.10.01. 출자 벤처기업이 흡수합병됨에 따라 취득한 합병신주를 양도한 건으 로 벤처기업 주식 출자 후 보유기간 요건인 3년을 충족하지 못하였다고 주장하고 있으나,소득세법제104조 제2항 제3호에서 법인의 합병·분할[물적분할(物的分割)은 제외한다]로 인하여 합병법인, 분할신설법인 또는 분할·합병의 상대방 법인으로부터 새로 주식 등을 취득한 경우에는 피합병법인, 분할법인 또는 소멸한 분할·합병의 상대방 법인의 주식 등을 취득한 날을 당해 자산의 취득일로 보고 있다고 하고 있고, 기획재정부 유권해석(금융세제과-11, 2017.1.11.)을 보면 벤처기업 주식의 보유요건을 충족한 이후 벤처기업이 일반기업에 합병되면서 취득한 합병신주를 양도하는 경우 합병구주의 보유기간 동안 양도차익에 해당하는 금액은 과세특례를 적용한다고 하고 있다. (나) 실질적인 출자인지 여부와 관련하여 처분청은 청구인과 타 주주들이 OOO 주식을 양도한 후 계약금 OOO원을 받고 잔금 OOO원은 OOO로부터 입금받음과 동시에 바로 OOO의 신주 납입대금으로 사용되었으므로 실질적으로 신주에 대한 출자금의 외부유입이 있다고 볼 수 없다고 주장하나, 잔금은 OOO 대표이사이며 M&A 계약시 매도인들의 대표로 OOO 개인명의의 계좌로 입금되었다가 이를 다시 OOO에 신주 납입하였으므로 신주출자가 아니라는 주장은 어떤 법적 근거도 존재하지 아니하고, 또한 OOO은 관련 기술을 이전하여 OOO에서 타임쿠폰 서비스로 런칭하였으며, 이후 청구인 OOO의 경우 OOO스토리 팀원, 성능개선 팀원, OOO 팀원, OOO팀장, 청구인 OOO의 경우 OOO PC버전 팀원, OOO 서버팀장, 청구인 OOO의 경우 OOO 대표, OOO 택시팀원 등을 역임하면서 벤처기업이었던 OOO의 성장에 크게 기여한 점을 보면 처분청의 벤처기업 육성 지원에 맞지 않는다는 의견은 너무나도 자의적인 해석이라 할 수 있다.
(6) 벤처기업 평가기관인 OOO이 2010.11.29. 발급한 벤처기업확인서에 의하면, OOO에 대하여 2010.11.29.～2012.11.28.을 유효기간으로 하여벤처기업육성에 관한 특별조치법제25조에 의한 벤처기업(확인유형: 연구개발기업)임을 확인한다고 하고 있고, 다른 벤처기업 평가기관인 OOO 이사장이 2013.3.12. 발급한 벤처기업확인서에도 2012.11.29.～2014.11.28.을 유효기간으로 하여 같은 법 규정에 의한 벤처기업임을 확인한다고 하고 있다.
(7) 청구인들이 OOO의 신주인수 관련 주금납입증빙으로 제시한 OOO 대표주주)의 OOO 계좌OOO 입출금내역 조회서에 의하면, 2011.11.23. OOO부터 3회에 걸 쳐 OOO원이 입금된 후 동 일자에 OOO원이 대체출금된 것으로 나 타난다.
(8) 처분청과 청구인들이 각각의 주장 근거로 내세운 기획재정부 유권해석(금융세제과-11, 2017.1.11.)의 내용을 보면, 벤처기업 주식을 취득하여 보유기간 요건을 충족한 이후 벤처기업이 벤처기업이 아닌 다른 기업에 흡수합병되어 취득한 합병신주를 양도하는 경우 합병구주의 양도차익 상당액에 대해서는 과세특례가 적용되는 것이라고 하고 있다. (9) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 조특법 제14조의 과세특례 취지가 창업 초기 벤처기업 등에 대한 신규투자를 지원하여 적극적으로 육성하기 위한 것이므로 동 조항에 의한 과세특례를 적용받기 위해서는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 법인에 출자하고 그 출자일로부터 3년 이상 보유한 벤처기업 주식의 양도가 있어야 하는 점, 청구인들이 OOO에 출자한 날(2011.11.23.)로부터 합병일(2014.10.1.)까지의 기간은 2년 10개월로 합병으로 교부받은 합병신주 보유기간까지 벤처기업 출자주식의 보유기간에 포함시킬 수 있는 근거 규정이 존재하지 아니하는 점, 기획재정부 유권해석(금융세제과-11, 2017.1.11.)은 벤처기업 주식을 취득하여 보유기간 요건을 충족한 이후 벤처기업이 일반기업에 흡수합병되어 취득한 합병신주를 양도하는 경우로 이 건과 사실관계가 다른 점 등을 고려하면, 쟁점주식의 양도가 조특법 제14조 및 같은 법 시행령 제13조에 규정하는 창업자 등에의 출자에 대한 과세특례 적용대상에 해당한다고 보기는 어려우므로, 처분청의 이 건 양도소득세 경정청구 거부처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기 본 법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한
결정 내용은 붙임과 같습니다.