매입자발행세금계산서 발급을 위한 거래사실확인 신청을 거부한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 의류ㆍ잡화 도소매업을 영위하기 위해 OOO로부터 인테리어 공사 용역을 제공받았음에도 공사대금 OOO에 대한 세금계산서를 발급받지 못하여 2017.7.17. 조세특례제한법제126조의4에 따른 매입자발행세금계산서의 발급을 위해 같은 법 시행령 제121조의4 제2항에 따라 처분청에 거래사실 확인 신청을 하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 제공받은 인테리어 공사 용역의 공급시기가 2016년 제1기이고, 청구법인이 그로부터 3개월을 경과하여 매입자발행세금계산서 거래사실 확인 신청을 한 것으로 보아 2017.7.26. 거래사실 확인 거부통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.8.3. 이의신청을 거쳐 2017.9.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2015.10.4. OOO와 인테리어 공사계약을 체결하였고, 공사가 진행되던 중 건물주 OOO이 건물 폐쇄 조치를 하여 인테리어 공사는 중단되었다. 청구법인의 대표 OOO은 OOO과 OOO가 공모하여 OOO가 일방적으로 계약을 파기한 사실 등을 추후에 알게 되어 OOO과 OOO를 검찰에 고발하였다.

(2) 청구법인이 인테리어 공사에 대한 대가로 OOO에게 지급한 금액은 2016.5.27.까지 OOO이다. 청구법인의 대표 OOO은 2016.12.7. 구속되어 청구법인의 대표 OOO의 아버지가 OOO를 OOO세무서에 탈세혐의로 고발하였고, 그에 따라 OOO에게 부가가치세가 고지되었으므로 청구법인이 납부한 부가가치세를 환급받아야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 조세특례제한법 시행령제121조의4 제2항에서 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자는 부가가치세법제34조에 따른 세금계산서 교부시기부터 3개월 이내에 기획재정부령이 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인의 관할세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제5항에서 ‘제2항의 신청기간을 넘긴 것이 명백한 경우에는 신청인의 관할세무서장은 거래사실의 확인을 거부하는 결정을 하여야 한다’고 규정하고 있다.

(2) 청구법인은 2016.5.27.까지 OOO에게 OOO을 입금하였고, 해당 금액에 대하여 거래사실확인신청서를 제출하였다. 한편, OOO세무서 조사과에서는 OOO의 2016년 제1기 부가가치세 현지확인 결과 OOO가 청구법인에 제공한 인테리어 공사에 대한 매출누락을 확인하여 OOO에게 2016년 제1기 부가가치세 OOO을 고지하였다.

(3) 따라서 OOO가 청구법인에게 공급한 인테리어 공사용역의 공급시기는 2016.6.30. 이전이 될 것인데, 청구법인은 세금계산서 교부시기로부터 3개월을 경과한 2017.7.17. 거래사실확인신청서를 제출하였으므로, 처분청이 청구법인의 거래사실 확인 신청에 대하여 거부 통지한 처분은 타당하다.

• 가. 쟁점 매입자발행세금계산서 발급을 위한 거래사실 확인 신청을 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 거래사실확인 거부통지서에 따르면, 청구법인의 대표이사 OOO이 2017.7.17. 거래사실확인신청서를 제출하였으나, 처분청은 ‘거래일자가 2016.5.27.로 부가가치세법 시행령제71조의2 제2항의 신청기간을 넘긴 것이 명백한 경우에 해당하여 같은 조 제5항에 의거 거래사실의 확인을 거부 통지한다’고 회신하였다.

(2) 청구법인은 청구법인과 OOO가 2016.6.9. 체결한 인테리어 공사도급계약서를 제출하였고, 해당 계약서의 주요 내용은 다음과 같다.

(3) 청구법인이 제출한 OOO의 인테리어 공사대금 수령 확인서는 다음과 같고, 청구법인이 OOO에게 OOO 등을 지급한 사실이 금융증빙을 통해 확인된다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세특례제한법 시행령제121조의4에서 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자는 부가가치세법제34조에 따른 세금계산서 교부시기부터 3개월 이내에 거래사실 확인 신청을 하여야 하고, 신청기간을 넘긴 것이 명백한 경우에는 관할세무서장이 거래사실의 확인을 거부하는 결정을 하도록 규정하고 있는바, 청구법인이 2016.5.27.까지 OOO에게 OOO을 지급한 후 공사계약이 종료됨에 따라 2016년 제1기에 역무의 제공이 완료된 것으로 볼 수 있으며, 청구법인이 OOO에게 공사대금을 최초 지급한 날부터 계약서상 공사종료일까지의 기간이 6개월 이상이고, 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받음에 따라 이를 중간지급조건부 계약으로 본다고 하더라도 대가의 각 부분을 받기로 한 때는 2015년 제2기 및 2016년 제1기이므로, 용역의 공급시기(2016.6.30.)로부터 1년 이상 경과하여 2017.7.17. 제출된 청구법인의 거래사실 확인 신청을 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것) 제126조의4[매입자발행세금계산서에 의한 매입세액 공제 특례] ① 부가가치세법 제32조 에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 부가가치세법 제34조 에 따른 세금계산서 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서(이하 "매입자발행세금계산서"라 한다)를 발행할 수 있다.

② 제1항에 따라 발행한 매입자발행세금계산서에 기재된 그 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 부가가치세법 제37조, 제38조 및 제63조 제3항에 따라 공제할 수 있는 매입세액으로 본다.

③ 제1항 및 제2항 외에 매입자발행세금계산서의 발급대상, 발급방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 개정되기 전의 것) 제121조의4[매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등] ① 법 제126조의4 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 부가가치세법 제32조 에 따른 세금계산서 교부의무가 있는 사업자(부가가치세법 제61조 제1항 에 따른 간이과세자를 제외하며, 부가가치세법 시행령 제73조 제3항 및 제4항에 따라 세금계산서 교부의무가 있는 사업자를 포함한다)를 말한다.

② 법 제126조의4 제1항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 "신청인"이라 한다)는 부가가치세법 제34조 에 따른 세금계산서 교부시기부터 3개월 이내에 기획재정부령이 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인의 관할세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.

③ 제2항에 따른 거래사실의 확인신청 대상이 되는 거래는 거래건당 공급대가가 10만원 이상인 경우로 한다.

④ 제2항에 따른 신청을 받은 관할세무서장은 신청서에 재화 또는 용역을 공급한 자(이하 이 조에서 "공급자"라 한다)의 인적사항이 부정확하거나 신청서 기재방식에 흠이 있는 경우에는 신청일부터 7일 이내에 일정한 기간을 정하여 보정요구를 할 수 있다.

⑤ 신청인이 제4항의 기간 이내에 보정요구에 응하지 아니하거나 다음 각 호에 해당하는 경우에는 신청인의 관할세무서장은 거래사실의 확인을 거부하는 결정을 하여야 한다.

1. 제2항의 신청기간을 넘긴 것이 명백한 경우

2. 신청서의 내용으로 보아 거래당시 미등록사업자 및 휴·폐업자와 거래한 것이 명백한 경우

⑥ 신청인 관할세무서장은 제5항에 따른 확인을 거부하는 결정을 하지 아니한 신청에 대하여는 거래사실확인신청서가 제출된 날(보정을 요구한 때에는 보정이 된 날)부터 7일 이내에 신청서와 제출된 증빙서류를 공급자의 관할세무서장에게 송부하여야 한다.

⑦ 제6항에 따라 신청서를 송부받은 공급자 관할세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실여부를 확인하여야 한다. 이 경우 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.

⑧ 공급자 관할세무서장은 신청일의 다음달 말일까지 거래사실여부를 확인하여 다음 각 호의 구분에 따른 통지를 공급자와 신청인 관할세무서장에게 하여야 한다. 다만, 공급자의 부도, 일시 부재 등 기획재정부령이 정하는 불가피한 사유가 있는 경우에는 거래사실 확인기간을 20일 이내의 범위에서 연장할 수 있다.

1. 거래사실이 확인되는 경우: 공급자 및 공급받는 자의 사업자등록번호, 작성연월일, 공급가액 및 부가가치세액 등을 포함한 거래사실 확인 통지

2. 거래사실이 확인되지 아니하는 경우: 거래사실 확인불가 통지

⑨ 신청인 관할세무서장은 공급자 관할세무서장으로부터 제8항의 통지를 받은 후 즉시 신청인에게 그 확인결과를 통지하여야 한다.

⑩ 신청인 관할세무서장으로부터 제8항 제1호에 따른 거래사실 확인 통지를 받은 신청인은 공급자 관할세무서장이 확인한 거래일자를 작성일자로 하여 매입자발행세금계산서를 발행하여 공급자에게 교부하여야 한다. 다만, 신청인 및 공급자가 관할세무서장으로부터 제8항 제1호의 통지를 받은 경우에는 매입자발행세금계산서를 교부한 것으로 본다.

⑪ 제10항에 따라 매입자발행세금계산서를 교부한 신청인은 부가가치세법 제48조 에 따른 예정신고 및 같은 법 제49조에 따른 확정신고 또는 국세기본법 제45조의2 제1항 에 따른 경정청구시 기획재정부령이 정하는 매입자발행세금계산서합계표를 제출한 경우 매입자발행세금계산서에 기재된 매입세액을 부가가치세법 제37조, 제38조 및 제63조 제3항에 따라 해당 재화 또는 용역의 공급시기에 해당하는 과세기간의 매출세액 또는 납부세액에서 매입세액으로 공제받을 수 있다.

(3) 부가가치세법 제16조[용역의 공급시기] ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 제34조[세금계산서 발급시기] ① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다. (4) 부가가치세법 시행령 제29조[할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조 제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.

1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우

2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우

3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우

4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우 (5) 부가가치세법 시행규칙 제20조[중간지급조건부 용역의 공급] 영 제29조 제1항 제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 용역의 제공을 완료하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우

2. 국고금 관리법 제26조 에 따라 경비를 미리 지급받는 경우

3. 지방재정법 제73조 에 따라 선금급을 지급받는 경우