분할법인의 직전 4년간 연평균 일반연구개발비에서 차감되는 분할신설법인 귀속금액은 분할 이후 개월 수로 환산하여야 함

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2011.11.1. 주식회사 OOO로부터 인적분할하여 설립된 법인으로, 2016.1.4. 주식회사 OOO{1964.4.3. 설립되어 식품 및 의약사업 등을 영위하다가 2012.4.1. 의약 사업부문 및 관련 연구소가 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)로 물적분할되었고, 이하 “OOO”라 한다}를 흡수합병하였다. 한편, OOO는 2012사업연도 법인세 신고시조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제10조에 따른 연구․인력개발비에 대한 세액공제(이하 “세액공제”라 한다)를 같은 법 제10조 제1항 제3호 가목 규정(이하 “증가분 방식”이라 한다)을 적용하여 OOO원으로 산정하였다.
• 나. 청구법인은 OOO의 2012사업연도 세액공제가 OOO원이 아니라 OOO원 등이라고 보아 기납부한 2012사업연도 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2017.5.23. 청구법인이 조세특례제한법 시행령(이하 “조특법 시행령”이라 한다) 제9조 제4항 및 제5항에 따라 계산할 때 분할사업연도의 과세연도 개월 수를 감안하지 아니하여 부적정하게 세액공제를 계산하였다고 보아 이를 재계산하여 2012사업연도 법인세 OOO원만을 환급하고 나머지 청구법인의 경정청구에 대하여는 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.8.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조특법 어디에도 분할법인의 분할일이 속하는 사업연도 4년 합계발생액 계산시 제외되는 분할신설법인 귀속금액을 분할일 이후 개월 수로 환산하는 규정은 없고, 조세심판원은 동일한 규정이 적용되는 합병 사례에서 4년 합계발생액을 계산할 때 개월 수로 환산할 필요가 없다고 결정한 바가 있다.

(1) 조특법 시행령 제9조 제4항에서는 다음 산식에 의하여 4년 평균발생액을 계산하도록 하고 있으며, 같은 조 제5항에서는 분할신설법인의 경우 분할 전 분할법인에서 발생한 연구개발비 중 일정 비율에 해당하는 금액을 분할신설법인의 4년 합계발생액으로 보도록 하고 있다. 다만, 조특법 시행령에서는 분할법인의 4년 합계발생액을 계산하는 산식에 대하여는 구체적으로 정하고 있지 아니하나, 과거 발생한 4년간의 연구개발비 총액과 분할신설법인에 귀속되는 금액을 확정할 수 있다면 그 총액에서 분할신설법인 귀속금액을 뺀 금액이 분할법인에 귀속되는 4년 합계발생액이라는 사실은 계산상 매우 자연스럽고 당연한 것이다. 국세청 유권해석(법인세과-589, 2011.8.19.)에서도 분할신설법인이 적용한 매출액 비율 등을 제외한 후의 비율로 분할법인의 4년 합계발생액을 계산하여야 한다고 해석하고 있다. 분할법인인 청구법인은 조특법 시행령의 규정에 따라 분할 전 4년 합계발생액에서 분할신설법인에 귀속되는 금액을 차감하여 청구법인의 4년 합계발생액을 계산하였다.

(2) 분할법인의 4년 합계발생액을 계산함에 있어 제외되는 분할신설법인 귀속금액에 분할일 이후 개월 수를 곱하라는 규정은 조특법 및 조특법 시행령 어디에도 없다. 개월 수는 평균발생액을 계산하는 단계에서 고려되는 것이지 4년 합계발생액을 계산하는 단계에서 고려되는 것이 아니다. 4년 평균발생액 계산 단계에서 개월 수를 고려하는 것은 4년 평균발생액이 차감되는 해당 사업연도 연구개발비와 그 발생기간을 일치시켜 공제대상 금액을 합리적으로 계산하기 위함인데 분할법인은 사업연도 중 분할이 있었을 뿐 개월 수가 12개월 미만인 것이 아니므로 사실상 4년 평균발생액 단계에서도 개월 수를 고려할 필요가 없다. 따라서 분할신설법인 귀속금액에 분할일 이후 개월 수를 곱하여 분할법인의 4년 합계발생액을 계산하라는 처분청의 의견은 법령에서 정한 바를 확장하여 해석한 것이므로 조세법률주의 원칙에 위배된다.

(3) 심판례(조심 2014전3113, 2015.1.15.)에서는 조특법 제9조 제4항 및 제5항이 동일하게 적용되는 합병사례에서 합병법인의 합병일이 속하는 사업연도의 4년 합계발생액 계산시 포함되는 피합병법인의 4년 합계발생액을 계산함에 있어서 합병 후 개월 수를 적용하여 환산하지 말라는 취지의 결정을 한 바가 있다.

(4) 청구법인은 2015년 서울지방국세청장으로부터 받은 세무조사에서 4년 합계발생액 계산시 제외되는 분할신설법인 귀속금액을 분할일 이후 개월 수로 환산하지 않은 기존의 계산방식을 인정받은 바가 있는데, 처분청이 이제 와서 이를 부정하고 있는 것이므로 타당하지 아니하다.

• 나. 처분청 의견 분할법인의 연평균 연구․인력개발비 계산시 우선 분할신설법인에게 귀속될 금액을 조특법 시행령 제9조 제4항 및 제5항에 따라 계산한 후 분할신설법인에게 귀속될 금액을 차감하도록 하고 있어 분할일 이후 개월 수로 환산하는 것이 적법하다.

(1) 청구법인의 주장대로 분할법인의 연평균발생액 계산시 차감되는 분할존속법인 귀속금액을 계산할 때 개월 수로 환산하지 않으면 청구법인이 공제받을 수 있는 세액공제액은 분할 전에 비하여 부당하게 과다하게 공제받는 결과가 발생한다.

(2) 기획재정부 유권해석에서는 분할존속법인의 ‘해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구․인력개발비’는 우선 분할신설법인에게 귀속될 금액을 계산(월할계산)한 후 총 발생액에서 분할신설법인에게 귀속될 금액을 차감하여 계산하는 것으로 해석하였다(조세특례제도과-724, 2017.9.25.). 또한, ‘ 조세특례제한법 해설과 실무’ 책자(2016.1.5. 발행, 231․232페이지, 저자 윤충식․장태희․박재혁)에서도 기획재정부 해석사례(조세지출예산과-157, 2004.3.15.)를 인용하여 분할법인의 4년 평균발생액 계산시 분할신설법인의 개월 수를 적용한다고 소개하고 있다.

(3) 청구법인은 개월 수는 4년 평균발생액을 계산하는 단계에서 고려하는 사항이라고 주장하나, 이 사건 쟁점과 같이 분할법인의 직전 4년 연구․인력개발비 발생액 계산시 개월 수를 적용하는 것으로 시행령에 규정되어 있으므로 계산 방법을 왜곡한다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.

(4) 청구법인은 심판례(조심 2014전3113, 2015.1.15.)를 들어 피합병법인의 연평균발생액을 계산할 때 매출액비율 등을 적용한 후 단순 합산하는 결정을 하였기에 분할법인의 연평균발생액 계산 시 차감되는 분할신설법인의 연평균발생액 계산 시에도 개월 수로 적용하지 말아야 한다고 주장하나, 분할은 하나의 법인에서 사업부문별로 쪼개 법인을 설립한 것으로 경제적 실질이 동일하여 전체를 하나로 보아 계산한 세액공제와 분할법인 등이 계산하여 합산한 세액공제가 동일한 반면, 합병은 타 법인을 인수하는 등 분할과는 달리 경제적 실질이 동일하지 아니하다. 즉, 분할의 경우에는 분할 시점까지 발생한 연구․인력개발비는 분할존속법인에서 발생한 연구․인력개발비로 보고 있고, 합병의 경우에는 피합병법인이 합병일까지 발생한 연구․인력개발비를 별도로 신고하는 등 합병과 분할에 적용되는 세액공제 계산방식이 동일하지 않다.

• 가. 쟁점 분할법인의 연구․인력개발비 세액공제액을 산정함에 있어서 직전 4년간 연평균 일반연구개발비에서 차감되는 분할신설법인 귀속금액 계산시 분할 이후 개월 수로 환산하여야 하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장동력연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구·인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25

2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

• 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15
• 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

3. 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

④ 제1항 제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구·인력개발비와 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ④ 법 제10조 제2항에 따른 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 계산은 다음의 계산식에 따른다. 이 경우 해당 내국인의 일반연구·인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간에 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액으로 본다. (해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액/4)×(해당 과세연도의 개월 수/12)

⑤ 제4항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 “합병법인등”이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자(이하 이 항에서 “합병등”이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 “피합병법인등”이라 한다)로부터 발생한 일반연구·인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 일반연구·인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인등에서 발생한 일반연구·인력개발비로 본다.

⑥ 제4항의 계산식을 적용할 때 개월 수는 월력에 따라 계산하되, 과세연도 개시일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 1개월로 하고, 과세연도 종료일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 산입하지 아니한다.

⑦ 법 제10조 제1항 제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비 및 일반연구·인력개발비를 각각 별개의 회계로 구분경리하여야 한다. 이 경우 신성장동력연구개발비 또는 원천기술연구개발비가 일반연구·인력개발비와 공통되는 경우에는 해당 비용 전액을 일반연구·인력개발비로 한다.

⑧ 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액은 법 제10조 제1항에 따른 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비 및 일반연구·인력개발비를 산정할 때 제외한다.

⑨ 법 제10조 제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서 및 연구개발계획서 등 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구법인이 제시한 심리자료 등에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) OOO와 OOO의 2012사업연도 일반연구․인력개발비 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 2011사업연도 일반연구․인력개발비 내역 OOO (나) 청구법인은 분할한 사업연도인 2012사업연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구․인력개발비 내역을 아래 <표2>․<표3>와 같이 안분계산하여 아래 <표4>과 같이 경정청구를 하였다. <표2> 2007～2010사업연도 연구개발비의 귀속비율 OOO <표3> 직전 4년간 일반연구․인력개발비 안분내역 OOO <표4> 2011사업연도 세액공제 신고 및 경정청구 내역 OOO

(2) 처분청은 청구법인의 2012사업연도 경정청구에 대하여 당초 신고한 증가분 방식 기준(매출액 기준)에 의한 연구․인력개발비 세액공제액이 경정청구한 증가분 기준(총자산액 기준)에 의한 금액보다 적으므로 경정청구한 총자산액 기준으로 경정하는 것이 타당하나, 분할신설법인 연평균 연구․인력개발비에 대하여 월할 계산을 하지 아니하였으므로 분할일을 기준으로 월할계산한 총자산액 기준으로 세액을 경정하는 것으로 하여 일부 거부하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적인 해석을 하는 것은 허용되는바(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결, 같은 뜻임), 조특법 시행령 제9조 제5항에 따라 분할신설법인에 배분된 직전 4년 평균 연구․인력개발비는 1년을 온전히 사업했을 경우를 상정하여 계산된 금액이고, 분할된 경우에 분할신설법인의 당해 사업연도에 발생한 연구․인력개발비는 분할 이후 사업연도에서 발생한 것이므로 이에 차감되는 분할신설법인의 직전 4년 평균 연구․인력개발비도 분할 이후의 사업연도 개월 수에 상당하는 분만 산정하는 것이 논리상 타당한 점, 따라서 분할법인의 직전 4년 평균 연구․인력개발비를 산정함에 있어 분할신설법인인 OOO의 2012사업연도 개월 수(9개월)에 해당하는 직전 4년 평균 연구․인력개발비에 상당하는 금액만 분할신설법인 귀속금액으로 산정하여 이를 직전 4년 평균 연구․인력개발비에서 차감하는 것이 합리적인 점, 조특법 시행령 제9조 제5항에서 분할신설법인의 경우 제4항의 계산식 중 ‘해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구․인력개발비의 합계액’에 관하여 규정하고 있고, 같은 조 제4항의 계산식 후단에는 ‘해당 과세연도의 개월 수/12’를 곱하도록 별도로 규정하고 있으므로 분할신설법인의 직전 4년 평균 연구․인력개발비 산정과 관련하여 제4항의 계산식 후단 부분이 분할 이후의 개월 수로 안분하는 규정이라는 해석이 가능해 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 4년간 발생한 연구·인력개발비 평균 발생액을 계산함에 있어 분할 이후 개월 수로 환산하여야 한다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.