가. 청구법인은 2005.7.15. 서울특별시 OOO 개발사업계획을 목적으로 설립된 OOO회사이고, OOO세무서장은 2012.12.11. 청구법인이 보유한 토지에 대하여 2012년 귀속 종합부동산세 OOO원을 부과하자 청구법인은 이를 납부기한 내 전액 납부하였다(청구법인은 종합부동산세법 제16조 제3항 에 의한 신고납부방식으로 납부하지 아니하였다).
나. 청구법인은 보유토지 중 일부가 재산세 및 종합부동산세 감면대상에 해당한다고 보아 경정청구를 제기하려 하였으나, 경정청구기한이 경과함에 따라 2017.3.9. 국민권익위원회에 고충민원을 제기하였고, 국민권익위원회는 2017.5.22. 서울특별시 OOO장에게 시정을 권고하였으나, 서울특별시 OOO장은 2017.6.20. 이를 거부하였다.
다. 한편, 청구법인은 2017.5.31. 국민권익위원회의 시정권고를 근거로 하여 처분청에 국세환급금신청서를 제출하였으나, 2017.8.22. 처분청은 국세기본법 제51조 제1항 에 의한 착오납부에 해당하지 않는다는 사유로 이를 거부하였다.
라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.8.29. 심판청구를 제기하였다.
마. 국세기본법 제45조의2 제1항 은 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다”고 규정하고 있고, 같은 법 제55조 제1항은 “이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다”고 규정하고 있다.
바. 한편, 종합부동산세법 제16조 제1항 은 “관할세무서장은 납부하여야 할 종합부동산세의 세액을 결정하여 당해연도 12월 1일부터 12월 15일(이하 “납부기간”이라 한다)까지 부과·징수한다”고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 “제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 종합부동산세를 신고납부방식으로 납부하고자 하는 납세의무자는 종합부동산세의 과세표준과 세액을 당해연도 12월 1일부터 12월 15일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 이 경우 제1항의 규정에 따른 결정은 없었던 것으로 본다”고 규정하고 있다.
사. 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이종합부동산세법제16조 제3항에 따라 2012년 귀속분 종합부동산세를 신고납부하지 아니하였으므로 2012년 귀속 종합부동산세의 부과고지에 대하여 고지일로부터 90일 이내에 불복을 제기하였어야 함에도 90일 이내에 불복을 제기하지 아니한 점, 청구법인이 국민권익위원회에 제기한 고충민원은 세법에 규정된 납세자의 권리에서 이루어진 것이라기보다는 처분청의 자율적인 처리를 기대하는 단순한 민원의 성격에 해당된다고 할 수 있고, 청구법인이 이를 근거하여 환급금 신청서를 제출하였으나, 이 건이 착오납부로 인한 국세환급금 청구대상으로 보이지 아니하는 점 등에 비추어 이 건 심판청구는 불복 청구기간을 도과하여 제기한 부적법한 청구로 판단된다.
2. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.