처분청이 중소기업 유예기간이 실효되었다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
처분청이 중소기업 유예기간이 실효되었다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
[주 문] OOO세무서장이 2017.6.2., 2017.10.11. 청구법인에게 한 2011사업연도 법인세 OOO, 2012사업연도 법인세 OOO, 2013사업연도 법인세 OOO의 환급을 구하는 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 조특법 시행령 제2조 제2항의 법문언상 ‘중소기업’과 ‘중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업(유예기업)’을 엄격히 구분하고 있는 바, 유예기업에 대한 유예배제 규정이 따로 존재하지 않으므로 유예배제 규정은 중소기업에 한정하여 적용하여야 한다. (가) 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법률대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석이나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2006.5.25. 선고 2005다19163 판결). 조특법 시행령 제2조 제2항 제2호에 의하면 중소기업이 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우에 유예기간을 적용하지 아니한다고 규정하고 있는데, 위 규정은 ‘중소기업’이 주체가 되어 ‘중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업’과 합병하는 경우에 합병의 주체인 중소기업에게 유예기간을 허용하지 않는다는 것이지, 반대로 ‘중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업’이 ‘중소기업’을 합병하는 경우에 중소기업 으로 보는 기업에게 부여된 유예가 실효되는 근거 규정으로 볼 수 없다. 대법원 2013.2.14. 선고 2012두22249 판결, 대법원 2 013.2.14. 선고 2012두17520 판결에서도 중소기업이 유예기간 중의 기업을 흡수합병하여 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우와 달리 유예기간 중의 기업이 중소기업을 흡수합병한 경우는 유예기간 제외규정이 적용되지 아니하므로 여전히 유예기간이 적용되는 것이라고 판결하였으며, 해당 대법원 판례가 중소기업기본법(이하 “중기법”이라 한다)에 대한 것이기는 하나 그 문언상의 의미가 조특법의 규정과 동일하며, 입법취지 또한 중기법과 조특법을 달리 취급하여야 할 특별한 사유가 없는 점을 고려하여 보면, 조특법상의 중소기업유예기간 적용에 대한 판단을 함에 있어서도 동일하게 적용되어야 한다. (나) 청구법인의 사건과 유사한 사실관계를 가진 사건을 다룬 대법원 2007.6.29. 선고 2007두5868 판결에서도 상기와 같은 논리로 유예기간이 실효되지 않는다고 판결하였다. 해당 판례는 1997년말 중소기업 규모 기준을 초과하여 구조세감면규제법 시행령 제2조 제1항이 정하는 중소기업에 해당하지 않게 되었으나, 같은 조 제2항 본문에 따라 1998년부터 1999년까지 유예기간 중의 기업이 되었고, 1998년도에 다른 법인을 흡수합병한 경우 해당 합병으로 인하여 유예기간이 실효되는지 여부를 다툰 사례로 청구법인의 사건과 사실관계가 일치하므로 동 판례에 비추어 보아도 청구법인의 유예기간이 실효되지 않는다고 보아야 한다. (다) 유예기간 중에 있는 기업이 관계기업 요건을 위배한 경우 유 예기간이 실효되는지 여부를 다룬 심판례(조심 2016중2352, 2 017.6.21. 등 다수)에서도 상기와 같은 논리에 따라 유예기간이 실효되지 않는다고 판단한 바, 관계기업 요건과 마찬가지로 해당 사안은 중소기업의 유예배제 규정이라는 동일한 법 체계 안에 있으므로 이를 별도로 판단할 실익이 없다. (라) 해당 사안은 유예기간 적용배제 대상에 대한 불명확성, 즉 입법적 불비에 기인한 것으로, 법령이 불명확한 경우 과세관청이 아닌 납세자에게 유리한 방향으로 해석하여 납세에 관한 국민의 기본권이 침해되지 않도록 함이 타당하다.
(2) 처분청이 청구법인의 경청청구를 기각한 근거인 기본통칙은 단순 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고, 국민을 기속하는 효력이 없으므로 이에 근거한 처분은 효력이 없다. (가) 조특법 기본통칙 4-2…5 제2항에 따르면 ‘영 제2조 제2항 본문의 규정에 의한 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 다른 중소기업과 합병하는 경우에는 합병일이 속하는 과세연도부터 이를 중소기업으로 보지 아니한다’고 규정되어 있지만, 상위법인 조특법 시행령 제2조 제2항 단서가 ‘중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우’를 규정한 것으로 해당 기본통칙은 모법의 위임범위를 넘는 것이므로 이에 근거한 처분청의 처분은 효력이 없다. (나) 대법원 2007.6.29. 선고 2007두5868 판결에서도 ‘조특법 기본통칙에 중소기업 유예 중 기업이 중소기업을 합병하는 경우 그 유예가 실효되는 것으로 되어 있다 하더라도 그 점이 중소기업 유예 중에 있는 기업이 중소기업을 합병한 경우 그 유예가 실효되지 않는다는 위와 같은 해석에 어떠한 영향을 주는 것은 아니라 할 것이다’라고 판결하였다. (다) 기본통칙의 효력과 관련하여 과거 국세청은 소형승용차 임차비용에 대해 기본통칙에 근거하여 관련 매입세액을 불공제해 왔으나, 해당 기본통칙은 모법에 위반되어 무효라고 판결한 판례 및 선심판례 (대법원 2006.8.25. 선고 2006두10559 판결, 조심 2009서3173, 2 009.10.30.)의 논리에 따르면 동 사안과 관련된 조특법 기본통칙 4-2…5 제2항도 상위법을 위반한 것으로서 무효라고 판단함이 타당하다.
(3) 중소기업 유예기간 중에 관계기업 요건을 위배하여도 중소기업 유예기간이 실효되지 않는다는 선심판례(조심 2016중2352, 2017.6.21.조세심판관합동회의, 조심 2017광2955, 2017.8.31. 등 다수)에 따라 청구법인이 2012사업연도 유예기간을 적용받는다는 전제하에 관계기업 요건을 위배한다 하더라도 잔존 유예기간은 실효되지 않는다.
(1) 중소기업 유예기간 중인 기업이 다른 중소기업을 흡수합병한 경우 유예적용이 배제되는지 여부 청구법인이 2011사업연도 경정청구시에 조특법 시행령 제2조 제2항 단서 및 제2호 규정의 내용을 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하고 있고, 같은 법 시행령에서는 중소기업이 합병법인인 경우에 대해서만 유예기간 중에 있는 법인과 합병하는 경우 유예기간이 실효되는 것으로 규정하고 있으므로 이미 유예기간을 적용받고 있던 중소기업이 합병법인인 경우에 대하여 잔존 유예기간이 실효되지 아니한다 하며 청구법인의 주장근거로 제시한 대법원 2013.2.14. 선고 2012두22249 판결은 구소득세법제104조 제1항 제4호 (나)목과 관련된 중소기업 주식 등의 양도소득과세표준에 대한 세율 적용과 관련되어소득세법 제104조 제1항 제4호 (가)목 및 같은 법 시행령 제167조의8의 중기법상 중소기업에 해당하는지 여부가 쟁점인 것으로 중소기업의 범위에 대한 근거법률이 서로 다르고, 청구법인이 유예기간이 진행 중인 2010.1.5 중소기업인 주식회사 OOO과 합병하고 2010사업연도부터 중소기업이 아닌 일반법인으로 법인세 신고한 것은 합병당시 이전부터 적용되던 조특법 기본통칙 4-2…5【중소기업유예기간의 적용범위】제2항 “영 제2조 제2항 본문의 규정에 의한 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 다른 중소기업과 합병하는 경우에는 합병일이 속하는 과세연도부터 이를 중소기업으로 보지 아니한다” 규정에 따른 것으로 동 규정과 관련하여 구 조특법 시행령 제2조 제2항 단서에 “유예기간 중에 있는 기업”이란 표현이 들어간 것은 종전에 통칙으로 운영되던 합병법인에 대한 적용례를 법령화한 것으로 볼 때, 청구법인의 청구주장은 동 조항의 입법 취지를 오인한 것으로 판단되어 청구법인은 조특법 시행령 제2조 제2항 본문의 규정에 의한 중소기업 유예기간 중인 2010.1.5. 중소기업과 합병하여 합병일이 속하는 2010사업연도부터 중소기업으로 보지 아니하므로 2011사업연도에 중소기업으로 보아 중소기업의 공제율 적용에 근거한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 및 임시투자세액공제액 관련 경정청구 거부처분은 정당하다.
(2) 2012사업연도에 관계기업간의 자기자본과 매출액이 OOO을 초과함에 따라 관계기업 요건을 위배시 유예적용이 배제되는지 여부 청구법인은 중소기업 유예기간 중에 관계기업 요건을 위배하여도 중소기업 유예기간이 실효되지 않는다고 주장하나, 청구법인이 2012사업연도에 관계기업간의 자기자본과 매출액이 OOO을 초과한 사실에 다툼이 없으므로 관련 법령 및 국세청 예규 등으로 볼 때 실질적인 독립성 요건을 갖추지 못하게 된 경우에 해당되고 그 사유가 발생한 2012사업연도부터 유예기간을 적용받을 수 없으므로 2012∼2013사업연도 경정청구 거부처분은 정당하다.
① 매출액 기준 초과로 중소기업 유예기간 중에 있는 청구법인이 다른 중소기업을 흡수합병한 경우, 잔여 유예기간이 실효되는지 여부
② 매출액 기준 초과로 중소기업 유예기간 중에 있는 청구법인이 관계기업 기준을 초과하게 된 경우, 잔여 유예기간이 실효되는지 여부
(1) 청구법인은 2009사업연도 매출액이 OOO을 초과하여 조 특법 시행령 제2조 제1항 단서에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되었으나, 조특법 시행령 제2조 제2항에 따라 2010 사업연도부터 2012사업연도까지는 중소기업 유예기간에 해당한다.
(2) 청구법인은 중소기업 유예기간이 진행 중인 2010.1.5. 중소기업인 주식회사 OOO과 합병하였다. (3) 청구법인은 2010∼2013사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서상 법인종류별구분 신고란에 중소기업이 아닌 일반법인으로 신고하고 관련세액공제도 일반법인으로 하여 적용하였다. (4) 청구법인은 2012사업연도에 관계기업 기준 OOO을 초과하여 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호에 해당되어 중소기업 요건을 갖추지 못하게 된 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간의 다툼이 없다. (5) 조특법 기본통칙 4-2…5 제2항은 ‘조특법 시행령 제2조 제2항 본문의 규정에 의한 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 다른 중소기업과 합병하는 경우에는 합병일이 속하는 과세연도부터 이를 중소기업으로 보지 아니한다.’고 규정하고 있다. (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 중소기업 유예기간 중에 있는 청구법인이 다른 중소기업을 흡수합병한 경우, 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다는 의견이나, 조특법 시행령 제2조 제2항 단서 및 제2호는 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있으며, 위 단서는 중소기업이 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우만 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로, ‘유예기간 중에 있는 기업’이 중소기업과 합병하는 경우 이미 진행 중인 유예기간이 실효된다고 해석하기 어려운 점, 유예기간 중에 있는 기업이 주체가 되어 중소기업을 합 병할 경우 그 때부터 그 유예기간이 바로 실효된다는 취지의 규정이 별도로 없는 점, 조특법 기본통칙은 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과한 점(대법원 2007.6.29. 선고 2007두5868 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 중소기업 유예기간이 실효되었다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (7) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 중소기업 유예기간 중에 있는 청구법인이 관계기업 기준을 초과하게 된 경우, 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다는 의견이나, 조특법 시행령에는 이미 유예기간 중에 있는 기업이 ‘관계기업에 속하는 기업’으로서 중소기업 요건을 충족하지 못하는 경우에 유예기간이 실효되는지 여부에 대한 규정이 없는 점, 조특법 시행령 제2조 제2항 단서 및 제2호는 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있으며, 위 단서는 제2호 사유 외에는 중소기업이 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우를 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로, ‘유예기간 중에 있는 기업’이 제1항 제3호 규정에 의한 기업에 해당하지 아니하는 경우 이미 진행 중인 유예기간이 실효된다고 해석하기 어려운 점(조심 2016중2352, 2017.6.21. 조세심판관합동회의, 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 중소기업 유예기간이 실효되었다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 따라 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등
(1) 쟁점① 관련 (가) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 일부개정된 것) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
1. 중소기업인 경우: 100분의 25
2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율
1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것
중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 의 규정에 적합할 것. 이 경우 같은 영 별표 2 제1호에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함한다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동 항 각 호외의 부분 단서에 해당되거나 동 항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다.
1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우
2. 유예기간 중에 있는 법인과 합병하는 경우
3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우
4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우
⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 별표 1과 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.
(2) 쟁점② 관련 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 일부개정된 것) 제2조(중소기업의 범위) ①조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수·폐기물 처리(재활용을 포함한다)·원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상·오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍·시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조 제1항 제1호커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조 제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조 제8항에 따른 물류산업, 제6조 제1항에 따른 수탁생산업, 제54조 제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 해운법에 따른 선박관리업,의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 관광진흥법에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다),노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 노인장기요양보험법 제32조 에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 전시산업발전법에 따른 전시산업, 에너지이용 합리화법 제25조 에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 근로자직업능력 개발법에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.
1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것
중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 " 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동 항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동 항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. 1.중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우
2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우
3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우
⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호, 별표1 및 별표2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.
결정내용은 붙임과 같습니다.