[요지] 국세기본법 시행령제12조의3 제1항 및 제2항의 문언을 종합적으로 해석해 보면 원칙적으로 종합부동산세의 국세부과제척기간의 기산일은 과세기준일이지만, 공제, 면제, 비과세 또는 낮은 세율의 적용 등에 따른 세액을 의무불이행 등의 사유로 징수하는 경우 동 추징세액에 대한 국세부과제척기간의 기산일은 “해당 공제세액 등을 징수 할 수 있는 사유가 발생한 날”로 보는 것이 합리적이라 할 것인바,조세특례제한법제104조의19 제3항에 의하여 이 건 2012년 귀속 종합부동산세 등의 추징 사유(쟁점토지의 취득일부터 5년 이내에 사업계획의 승인을 받지 못한 경우)가 발생한 2016년 7월 및 2016년 12월을 국세부과제척기간의 기산일로 보는 것이 타당함
[주 문] OOO이 2017.5.19. 청구법인에게 한 2012년 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 조세특례제한법 제104조의19[주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 "주택건설사업자"라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(토지를 취득한 후 해당 연도 종합부동산세 과세기준일 전까지 주택건설사업자의 지위를 얻은 자의 토지를 포함한다) 중 취득일부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 종합부동산세법제13조 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.
4. 법인세법제51조의2 제1항 제9호에 따른 법인
② 제1항을 적용받으려는 자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 토지의 보유현황을 신고하여야 한다.
③ 주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에 주택법에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다.
(2) 조세특례제한법 시행령 제104조의18[주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례] ② 법 제104조의19 제3항에서 종합부동산세액이란 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 세액을 말한다.
1. 법 제104조의19 제1항에 따라 과세표준 합산의 대상에 포함되지 아니하였던 해당 토지를 매 과세연도마다 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 되는 토지로 보고 계산한 세액
2. 법 제104조의19 제1항에 따라 과세표준 합산의 대상에 포함되지 아니하였던 해당 토지를 매 과세연도마다 종합부동산세 과세표준 합산의 대상에서 제외되는 토지로 보고 계산한 세액
(3) 국세기본법 제21조[납세의무의 성립시기] ① 국세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.
4. 종합부동산세: 과세기준일 제26조의2[국세 부과의 제척기간] ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률제25조에서 정하는 바에 따른다.
3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간
⑤ 제1항 각 호에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다. 제81조의15[과세전적부심사] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 "과세전적부심사"(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.
2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 과세예고 통지
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.
1. 국세징수법제14조에 규정된 납기전징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우
2. 조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우
3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우
4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우
(4) 국세기본법 시행령 제12조의3[국세 부과 제척기간의 기산일] ① 법 제26조의2 제5항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.
2. 종합부동산세 및 인지세의 경우 해당 국세의 납세의무가 성립한 날
② 다음 각 호의 날은 제1항에도 불구하고 국세를 부과할 수 있는 날로 한다.
3. 공제, 면제, 비과세 또는 낮은 세율의 적용 등에 따른 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 소득금액에 상당하는 세액을 말하고, 낮은 세율을 적용받은 경우에는 일반세율과의 차이에 상당하는 세액을 말한다. 이하 이 호에서 "공제세액 등"이라 한다)을 의무불이행 등의 사유로 징수하는 경우 해당 공제세액 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날 제63조의14[과세전적부심사의 범위 및 청구 절차 등] ② 법 제81조의15 제1항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 과세예고 통지"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
3. 납세고지하려는 세액이 1백만원 이상인 과세예고 통지. 다만, 감사원법제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다.
(1) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2011년 7월 및 2011년 12월 두 차례에 걸쳐 쟁점토지를 취득한 후 조세특례제한법제104조의19 제1항 및 제2항의 규정에 의거 주택 신축용 토지에 대한 종합부동산세 합산배제신고서를 제출하고 종합부동산세를 면제받았다. (나) 청구법인은 2016.12.15. 쟁점토지의 취득일(2011년 7월 및 2011년 11월)부터 5년이 되는 날까지 사업계획의 승인을 득하지 못함에 따라 조세특례제한법제104조의19 제3항에 의거 당초 면제된 2012년 귀속 종합부동산세 등을 신고․납부하였다. (다) 처분청은 이 건 종합부동산세 계산 시 공제되는 재산세액을 2015.11.30. 개정된 종합부동산세법 시행령제5조의3 제1항에 의거 종합부동산세법 및 지방세법상 공정가액비율을 모두 적용하여 산출하여야 하는 것으로 보아 2017.5.19. 청구법인에게 이 건 2012년 귀속 종합부동산세 등을 경정․고지하였다. (라) 처분청이 과세예고통지를 생략하고 이 건 종합부동산세 등을 경정․고지한 사실에 대해서는 다툼이 없다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 국세기본법제81조의15는 제1항 본문 및 제2호에서 “과세예고 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 ‘과세전적부심사’라 한다)를 청구할 수 있다.”고 규정하고 있고, 제3항에서 “과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다.”고 규정하고 있으며, 제8항의 위임에 따른 같은 법 시행령 제63조의14 제4항 본문은 “과세전적부심사 청구를 받은 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대한 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하여야 한다.”고 규정하고 있다. 사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고, 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 고려하여 보면, 국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 할 것이다(대법원 2016.12.27. 선고 2016두49228 판결). (나) 처분청은 이 건 2012년 귀속 종합부동산세 등의 국세부과제척기간의 기산일이 과세기준일인 2012.6.1.이므로 과세예고 통지하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지 3개월 이하이기 때문에 과세예고통지를 생략할 수 있다는 의견이나, 국세기본법 시행령제12조의3 제1항 및 제2항의 문언을 종합적으로 해석해 보면 원칙적으로 종합부동산세의 국세부과제척기간의 기산일은 과세기준일이지만, 공제, 면제, 비과세 또는 낮은 세율의 적용 등에 따른 세액을 의무불이행 등의 사유로 징수하는 경우 동 추징세액에 대한 국세부과제척기간의 기산일은 “해당 공제세액 등을 징수 할 수 있는 사유가 발생한 날”로 보는 것이 합리적이라 할 것인바, 조세특례제한법제104조의19 제3항에 의하여 이 건 2012년 귀속 종합부동산세 등의 추징 사유(쟁점토지의 취득일부터 5년 이내에 사업계획의 승인을 받지 못한 경우)가 발생한 2016년 7월 및 2016년 12월을 국세부과제척기간의 기산일로 보는 것이 타당하다 하겠다. 그렇다면 과세예고통지를 생략할 수 있는 특별한 사정이 있는 경우에 해당하지 않는바, 과세예고통지를 생략하고 한 이 건 부과처분은 무효에 해당하므로 취소함이 타당하다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.