[요지] 청구인들은 주식 양도일이 속한 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주식 합계액의 5% 이상 또는 시가총액 **억원 이상을 소유하지 아니하였고, 그 후에도 발행주식의 5% 이상을 소유한 사실이 없어 대주주에 해당한다고 볼 수 없는점 등에 비추어, 쟁점주식을 대주주가 보유한 주식으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있음
[요지] 청구인들은 주식 양도일이 속한 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주식 합계액의 5% 이상 또는 시가총액 **억원 이상을 소유하지 아니하였고, 그 후에도 발행주식의 5% 이상을 소유한 사실이 없어 대주주에 해당한다고 볼 수 없는점 등에 비추어, 쟁점주식을 대주주가 보유한 주식으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있음
[참조결정] 조심2009서3864 / 조심2017서3961 / 조심2017서4074 / 조심2017서4075 / 조심2017서4076
[주 문] OOO세무서장이 2017.4.22. 아래 3쪽의 <표>와 같이 각 청구인들에게 한 2012년 귀속 양도소득세 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인들 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점주식은 양도소득세 과세대상이 아니다. (가) 소득세법제94조는 주권상장법인의 주식 등으로서 “대주주가 양도하는 것”과 “증권시장에서의 거래에 의하지 않고 양도하는 것”을 소득세 과세대상으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제157조 제4항은 “대주주”를 ① 주주와 특수관계인이 주식 등의 양도일이 속한 사업연도의 ‘직전사업연도 종료일’ 현재 3%(코스닥 상장 5%) 이상을 소유한 경우 및 직전사업연도 종료일 현재에는 3%(코스닥 상장 5%)에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 3%(코스닥 상장 5%) 이상 소유하게 되는 경우 ② 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 및 특수관계인이 소유하고 있는 주식 등의 시가총액이 OOO 이상인 경우로 규정하고 있다. (나) 쟁점법인은 코스닥 상장사로 청구인들은 쟁점법인의 신주인수권을 2012.7.9. 인수하여 2012.7.12. 행사하였고 이를 전량 장내매각하였는바, 대주주 요건에 해당하지 아니한다. 청구인들 및 특수관계인은 신주인수권 행사로 OOO의 주식을 취득하였는데 이는 당시 쟁점법인의 발행주식총수OOO의 3.23% 정도로 5%에 미달하였고, 직전사업연도 종료일인 2011.12.31. 현재 쟁점법인의 주식을 보유하지도 아니하였는바, “직전사업연도 종료일 현재 5% 이상 또는 OOO 이상 보유”라는 대주주 요건에 해당하지 아니한다. 위와 같이 청구인들은 소유주식 비율 또는 시가총액에 의한 “대주주”에 해당하지 않으므로 쟁점주식의 양도에 대하여 양도소득세를 과세할 수 없다. OOO (다) 판례도 시가총액에 의한 대주주 판단기준과 관련하여, 사업연도종료일까지 주식을 처분하여 대주주 요건에 미달하게 되는 경우, 그 다음 사업연도에는 양도소득세의 납세의무를 부담하지 않는다는 점을 분명히 하고 있고OOO, 조사청은 소득세법 시행령제157조 제6항 제1호 단서를 근거로 청구인들이 시가총액에 의한 대주주에 해당한다고 보았으나, 위 제6항 제1호는 ‘직전 사업연도 종료일’을 기준으로 시가 총액을 산정하도록 한 규정이고, 같은 호 단서 규정은 직전 사업연도 종료일이 휴일 등에 해당하여 해당 날짜의 최종시세가액이 존재하지 않는 경우, ‘그 직전 거래일’의 최종시세가액을 기준으로 판단한다는 의미이다. 또한 대주주 해당 여부가 문제된 다른 사안에서도 조세심판원과 국세청은 위와 동일한 방식으로 시가총액을 산정한바OOO, 2005년 주식시장이 2005.12.29. 폐장됨에 따라 2005.12.30.과 2005.12.31. 주식시장이 개장되지 않아, 2005.12.29. 기준으로 시가총액을 산정한 사례이다.
(2) 이 건 처분은 위법한 세무조사에 근거한 것으로 위법하여 취소하여야 한다. (가) 조사청은 2017.1.17.경 OOO에 대한 통합조사를 통지하고 2017.1.19.부터 세무조사를 시작하였고 당시 청구인들의 2012년 쟁점주식양도 부분은 세무조사의 범위에 포함되지 않았는데도 조사반은 2017년 1월 중 청구인들 중 최OOO에 대한 금융거래정보를 수집하였고, OOO에 대한 세무조사 과정에서도 지속적으로 청구인들의 쟁점주식 양도에 대한 질문·조사권을 행사하였으며 이후 2017.3.21.이 되어서야 청구인들에 대한 양도소득세 부분조사를 통지하였다. (나) 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고 모든 국가작용 전반에 대하여 적용OOO되므로 세무공무원의 세무조사권 행사에서도 적법절차의 원칙이 마땅히 준수되어야 하고OOO, 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 안 된다OOO. 그런데 조사청은 OOO에 대한 세무조사를 진행하는 과정에서 세무조사 통지없이 청구인 최OOO의 금융거래정보를 수집하고 쟁점주식의 양도에 대한 질문·조사권을 행사하였는바, 이는 적법절차의 원칙을 위배하고 조사권을 남용한 것으로 위법하여 허용될 수 없다. 또한 조사청은 적법절차의 원칙을 위배하여 확보한 자료를 근거로 청구인들을 세무조사 대상자로 선정하고 이 건 처분을 하였는바, 동 처분은 위법한 세무조사에 따른 것으로 위법·부당하다.
(1) 직전사업연도 종료일 현재 시가총액이 없다고 하여 양도소득세를 과세하지 않을 경우 직전사업연도 종료일 현재 대주주 요건에 미달하였으나 당해연도 중 대주주가 되어 양도소득세가 과세되는 납세자와 형평에 맞지 않으므로 쟁점주식은 양도소득세 과세대상이다. (가) 쟁점주식은 코스닥상장법인의 주식으로 소득세법 시행령제157조에서 지분율 5% 또는 시가총액 OOO 이상 등 대주주 요건에 해당하는 경우 양도소득세 과세대상으로 규정하고 있고, 같은 조 제4항 제1호 하단에서 대주주의 범위에는 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 5에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 5 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다고 규정하고 있다. (나) 또한 소득세법 시행령157조 제6항 제1호에서는 “시가총액의 금액은 주권상장법인의 주식 등의 경우에는 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액. 다만 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액이 없는 경우에는 직전거래일의 최종시세가액에 따른다”고 규정하고 있는바, 아래와 같이 청구인들은 쟁점주식을 당해연도에 매수 및 전량 매도하여 직전사업연도말 시가총액이 없는 경우로 직전거래일(2012.7.12.)을 기준으로 청구인들과 특수관계에 있는 OOO가 보유하고 있는 시가총액이 위와 같이 OOO 이상으로 양도일 현재 대주주에 해당하므로 양도소득세를 결정·고지한 당초 처분은 정당하다. OOO (다) 청구인 최OOO은 OOO의 대표이사로 OOO는 과거 쟁점법인의 지분인수에 참여하여 OOO계약관계에 있었고 쟁점법인의 주식을 2개월만에 양도하여 OOO의 시세차익을 올린 사실이 있다. 또한 OOO 관련주는 당시 OOO과 테마주에 해당하여 주식가치가 지속적으로 상승하고 있었는데, 회사내부사정을 제3자들보다 잘 알고 있었던 청구인 최OOO은 당초 본인 명의의 신주인수권계약을 일부는 임직원에게 명의신탁하여 양도하고OOO, 일부는 배우자 및 자녀 명의로 변경하여 양도OOO하여 단기 시세차익을 얻고도 관련 세금을 전혀 납부하지 않았으며, 당해연도 중 전량 양도함으로써 과세관청OOO의 자료노출을 회피하였다. (라) 상장주식의 대주주에 대해서는 변칙증여 방지 및 다른 자산 양도와의 과세형평을 위해 그 범위를 확대하여 양도소득세 과세를 강화하고 있는 추세로 청구인들과 같이 당해연도 중 전량매도하여 상당한 시세차익을 얻게 하여 부를 이전하였음에도 직전사업연도 종료일에 시가총액이 없다하여 양도소득세를 과세할 수 없다면 지분율에 따라 당해연도 중 대주주가 되어 양도 관련 제세를 신고·납부하는 납세자와 형평에 맞지 않는다.
(2) 청구인들은 조사청이 세무조사통지 없이 금융거래정보를 수집하고 질문조사권을 행사하여 위법한 세무조사를 하였다고 주장하나 세무 조사 및 관련 절차는 적법하게 이루어졌다. (가) 조사청은 2017.1.19. OOO의 비정기 법인통합조사(사전통지 생략) 및 청구인 최OOO의 자녀인 최OOO의 주식명의신탁 혐의에 대한 증여세 부분조사를 착수하였으며, 법인통합조사와 관련하여 처분청은 세무조사관리지침에 따라 내부승인절차를 거쳐 조사대상법인, 사주일가, 임직원 및 자금관리자등의 금융조회를 실시할 수 있다. (나) 조사공무원이 세무조사관리지침에 따라 공정한 과세를 위해 조사대상 법인과 사주 및 사주일가 임직원에 대해 실시한 금융조회는 적법한 직무수행과정으로 위법한 세무조사라고 할 수 없으며 또한 금융기관에 대한 금융거래정보 제공요구는 납세의무자나 그 관계인에게 질문을 하거나 그 보유 장부 등을 검사 또는 그 제출을 요구하는 것에 해당하지 않고, 납세의무자의 영업의 자유 등을 침해하는 등 직접적인 영향을 미치는 것도 아니므로, 금융기관에 대한 금융거래정보 제공요구는 조사권 남용이 될 수 없으며 금융조회는 과세처분을 명확히 하고 근거과세를 위한 절차이며 세무조사로 볼 수 없다OOO. (다) 조사청에서는 명의신탁혐의에 대한 명백한 탈루혐의가 확인되어 국세기본법제81조의7 제1항에 따라 적법한 절차를 준수하여 세무조사를 실시하였다. 청구인들의 주장과 같이 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 질문 및 소명요구 행위가 세무조사에 해당한다고 볼 경우 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에 대해서도 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 세무조사에 응해야 하므로 오히려 납세자의 권리를 부당하게 침해하는 결과를 초래하게 된다. OOO는 조사청이 자료제출을 요구하였음에도 조사기간 종료시까지 단 한건도 쟁점주식과 관련하여 답변해주거나 자료제출을 한 사실이 없었는바, 조사청은 세무조사를 통해 OOO 소유의 쟁점주식 중 일부가 청구인 최OOO의 자녀 최OOO으로 계약자가 변경된 사실을 확인하였고, 또한 일부는 금전소비대차계약이라는 형식을 빌어 명의수탁자인 쟁점법인의 임직원 이름으로 명의신탁한 후 전량매도하여 관련 제세를 누락한 명백한 탈루혐의를 확인하게 되었다. 금융조회자료와 쟁점법인의 조사대상 사업연도 내부자료를 통해 명백한 탈루혐의를 확인한 후 청구인들과 명의수탁자인 직원 정OOO을 추가조사대상자로 선정하는 등 적법한 절차를 통하여 과세처분에 이르게 된 것이다. 만약 청구인들에 대한 명백한 탈루 혐의를 확인하고 처분청의 세무조사 종료 후 별도로 또 다른 세무조사를 실시한다면 중복된 세무조사로 납세자의 불편은 가중되고, 납세자의 권익이 오히려 더 침해될 우려가 있다. 따라서 관련자에 대하여 동시세무조사를 실시하는 것은 납세자의 편익을 고려한 것이다. (라) 청구인들은 이 건과 동일한 쟁점(세무조사 위법성 관련)에 대하여 심판청구를 한 바 있고 이에 대하여는 이미 조세심판원에서 세무조사 및 관련 절차가 적법하게 이루어졌다고 결정OOO하였다.
3. 심리 및 판단
① 청구인들이 대주주로서 그들이 보유한 쟁점주식이 양도소득세 과세대상인지 여부
② 이 건 세무조사가 위법한 세무조사인지 여부
(1) 국세기본법 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다. 제81조의7(세무조사의 사전통지와 연기신청) ① 세무공무원은 세무조사(조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사는 제외한다)를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조에 따라 납세관리인을 정하여 관할 세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 조사를 시작하기 10일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지하여야 한다. 다만, 사전에 통지하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.
(2) 소득세법 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분의 양도로 발생하는 소득
(3) 소득세법 시행령 제157조(증권예탁증권 및 대주주의 범위) ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.
1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 그와 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)이 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 3(코스닥시장상장법인의 주식등과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항에 따라 거래되는벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식 등의 경우에는 100분의 5. 이하 이 조에서 같다)이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.
2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 등의 시가총액이 100억원(코스닥시장상장법인의 주식 등과자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항에 따라 거래되는벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식 등의 경우에는 50억원) 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주
⑥ 제4항 제2호에 따른 시가총액은 다음 각 호의 금액에 따른다.
1. 주권상장법인의 주식 등의 경우에는 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액. 다만, 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액이 없는 경우에는 직전거래일의 최종시세가액에 따른다.
2. 제1호외의 주식 등의 경우에는 제165조 제4항의 규정에 의한 평가액
(1) 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 아래의 사실이 나타난다. (가) 조사청에서 2017.1.19. 착수한 OOO의 3개 사업연도(2013～2015사업연도)에 대한 법인통합조사는국세기본법제81조의7 제1항에 따라 사전통지를 생략한 비정기세무조사로 사전승인을 받고 관련 장부 등을 임의로 제시받아 세무조사를 진행하였다. (나) 조사청은 OOO가 임의 제시한 서류 등에서 2013.2.8. 개최된 쟁점법인의 유상증자관련 이사회 의사록과 2013.2.20. 작성된 내부문건OOO이 확인되어 추가 증자여부 및 투자관계 등의 사실관계를 확인하던 중 OOO가 보유한 쟁점법인 주식의 수량OOO이 명확하지 않아 OOO에 쟁점법인 주식의 취득, 처분관련 서류 및 금융증빙 등의 자료와, 자금출처 등의 소명을 요구하였으나 자료제출 및 소명을 받지 못하였다. (다) 조사청은 OOO가 쟁점법인과 과거 전략적 제휴관계에 있었고 회사 내부사정을 불특정다수의 투자자들(제3자)보다 잘 알고 있었던 청구인 최OOO이 당초 자신 및 OOO 명의로 각각 OOO의 OOO을 체결하였으나 향후 시세차익이 커질 경우 발생할 수 있는 증여세 및 양도세 회피를 위하여 동 OOO의 변경계약OOO을 체결하였고, 당해연도 중 이를 전량 매도하여 시세차익을 올렸음에도 과세관청에 자료가 노출되지 않은 것으로 보았다 (라) 조사청은 OOO에 대한 법인통합조사(2017.1.19.～2017.4.4.)와 청구인들에 대한 양도소득세 및 증여세 부분조사(2017.3.21.～2017.4.4.)를 실시한 결과 청구인 최OOO이 2012.7.9. 코스닥 상장법인인 쟁점법인의 신주인수권을 정OOO의 명의를 빌려 취득하고 행사함에 따라 이들 명의로 취득한 주식을 청구인 최OOO이 명의신탁한 것으로 의제하고 증여세를 과세하였으며, 특수관계자인 OOO가 보유한 쟁점법인의 주식과 청구인들이 보유한 쟁점주식의 시가총액이 청구인들이 매도하기 직전거래일 기준 OOO을 상회하여 양도소득세 과세대상인 대주주의 주식에 해당한다고 보아 관련 과세자료를 통보하자, 처분청은 2017.4.22. 청구인들에게 이 건 양도소득세를 결정·고지하였다. (마) 처분청이 제출한 각 조사종류별 조사원증에 기재된 조사관련 사항의 주요내용은 아래와 같다. OOO
(2) 청구인이 제출한 조사청의 자료제출 및 소명요구서를 보면 청구인 외 사주 등(법인 포함)의 쟁점법인 주식 취득·처분 관련 서류OOO의 제출을 요청한 것으로 나타난다OOO.
(3) 조사청은 2017.1.26. OOO, 청구인들, 정OOO 등에 대한 금융거래정보 조회를 요청한 것으로 나타난다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 직전사업연도 종료일 현재 청구인들이 소유한 주식의 시가총액이 없다고 하여 쟁점주식 양도에 대하여 양도소득세를 과세하지 않을 경우 직전사업연도 종료일 현재 대주주 요건(주식 5% 이상 소유)에 미달하였으나 그 후 동 요건(주식 5% 이상 소유)을 충족하여 양도소득세가 과세되는 납세자와 형평에 맞지 않는다는 의견이나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다OOO할 것인바, 소득세법제94조에서 주권상장법인의 주식 등으로서 “대주주가 양도하는 것”을 양도소득세 과세대상으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제157조 제4항에서 “대주주”의 요건을 규정하고 있으므로 동 요건을 충족하는 경우에만 그 양도하는 주식이 대주주가 양도하는 것으로서 양도소득세 과세대상이 될 수 있다 할 것이다. 따라서소득세법 시행령제157조 제4항에 의한 쟁점법인(코스닥상장법인)의 대주주가 되려면 주식 양도일이 속한 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주식 합계액의 5% 이상 또는 시가총액 OOO 이상을 소유하거나, 직전사업연도 종료일 현재에는 주식 합계액의 5%에 미달하더라도 그 후 5% 이상을 소유하여야 하나, 청구인들은 주식 양도일이 속한 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주식 합계액의 5% 이상 또는 시가총액 OOO 이상을 소유하지 아니하였고, 그 후에도 발행주식의 5% 이상을 소유한 사실이 없어 대주주에 해당한다고 볼 수 없는바, 그들이 양도한 쟁점주식을 과세대상으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (나) 쟁점①이 인용됨에 따라 쟁점②는 별도로 심리할 실익이 없으므로 생략한다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. OOO