[요지] 분할법인의 연구?인력개발비 세액공제액 산정시 연평균발생액은 분할신설법인의 연평균발생액을 차감하여 구하는 것이고, 이 때 분할신설법인의 연평균발생액은 매출액기준 등에 따라 배분된 금액에 분할 이후 사업월수를 곱하여(월할계산) 산정하는 것이 타당함
[요지] 분할법인의 연구?인력개발비 세액공제액 산정시 연평균발생액은 분할신설법인의 연평균발생액을 차감하여 구하는 것이고, 이 때 분할신설법인의 연평균발생액은 매출액기준 등에 따라 배분된 금액에 분할 이후 사업월수를 곱하여(월할계산) 산정하는 것이 타당함
[참조결정] 조심2014전3113
[주 문] 종로세무서장이 2017.4.28. 청구법인에게 한 2011사업연도 법인세 경정청구 거부처분은 청구법인 및 청구법인의 연결자법인인 주식회사 OOO의조세특례제한법제10조에 따른 연구·인력개발비에 대한 세액공제를 산정함에 있어 분할법인의 2011사업연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액 중 분할신설법인(주식회사 OOO 및 주식회사 OOO)에 귀속되는 금액은 2011사업연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액에 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액의 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱하고 이를 분할 이후의 사업연도 개월 수로 환산한 금액으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 조특법 어디에도 분할법인의 분할일이 속하는 사업연도 4년 합계발생액 계산시 제외되는 분할신설법인 귀속금액을 분할일 이후 개월 수로 환산하는 규정은 없고, 조세심판원은 동일한 규정이 적용되는 합병 사례에서 4년 합계발생액을 계산할 때 개월 수로 환산할 필요가 없다고 결정한 바가 있다. (가) 조특법 시행령 제9조 제4항에서는 다음 산식에 의하여 4년 평균발생액을 계산하도록 하고 있으며, 같은 조 제5항에서는 분할신설법인의 경우 분할 전 분할법인에서 발생한 연구개발비 중 일정 비율에 해당하는 금액을 분할신설법인의 4년 합계발생액으로 보도록 하고 있다. 다만, 조특법 시행령에서는 분할법인의 4년 합계발생액을 계산하는 산식에 대하여는 구체적으로 정하고 있지 아니하나, 과거 발생한 4년간의 연구개발비 총액과 분할신설법인에 귀속되는 금액을 확정할 수 있다면 그 총액에서 분할신설법인 귀속금액을 뺀 금액이 분할법인에 귀속되는 4년 합계발생액이라는 사실은 계산상 매우 자연스럽고 당연한 것이다. 국세청 유권해석(법인세과-589, 2011.8.19.)에서도 분할신설법인이 적용한 매출액 비율 등을 제외한 후의 비율로 분할법인의 4년 합계발생액을 계산하여야 한다고 해석하고 있다. 분할법인인 청구법인은 조특법 시행령의 규정에 따라 분할 전 4년 합계발생액에서 분할신설법인에 귀속되는 금액을 차감하여 청구법인의 4년 합계발생액을 계산하였다. (나) 분할법인의 4년 합계발생액을 계산함에 있어 제외되는 분할신설법인 귀속금액에 분할일 이후 개월 수를 곱하라는 규정은 조특법 및 조특법 시행령 어디에도 없다. 개월 수는 평균발생액을 계산하는 단계에서 고려되는 것이지 4년 합계발생액을 계산하는 단계에서 고려되는 것이 아니다. 4년 평균발생액 계산 단계에서 개월 수를 고려하는 것은 4년 평균발생액이 차감되는 해당 사업연도 연구개발비와 그 발생기간을 일치시켜 공제대상 금액을 합리적으로 계산하기 위함인데 분할법인은 사업연도 중 분할이 있었을 뿐 개월 수가 12개월 미만인 것이 아니므로 사실상 4년 평균발생액 단계에서도 개월 수를 고려할 필요가 없다. 따라서 분할신설법인 귀속금액에 분할일 이후 개월 수를 곱하여 분할법인의 4년 합계발생액을 계산하라는 처분청의 의견은 법령에서 정한 바를 확장하여 해석한 것이므로 조세법률주의 원칙에 위배된다. (다) 조심 2014전3113(2015.1.15.)에서는 조특법 제9조 제4항 및 제5항이 동일하게 적용되는 합병사례에서 합병법인의 합병일이 속하는 사업연도의 4년 합계발생액 계산시 포함되는 피합병법인의 4년 합계발생액을 계산함에 있어서 합병 후 개월 수를 적용하여 환산하지 말라는 취지의 결정을 한 바가 있다.
(2) 처분청은 분할을 하지 않았을 경우를 가정하여 분할신설법인의 세액공제를 허용하지 아니하였으나 이는 법적 근거가 없고, 분할법인인 청구법인의 4년 합계발생액 계산에 관한 쟁점을 가지고 분할신설법인인 OOO의 세액공제를 불인정하는 오류를 범하고 있다. (가) 처분청은 분할을 하지 않았을 경우를 가정하고 분할일 전까지 청구법인에서 발생한 연구개발비와 분할일 이후 OOO에서 발생한 연구개발비를 합산한 금액에서 분할 전 4개 사업연도에 발생한 연구개발비를 토대로 계산한 4년 평균발생액을 뺀 금액을 공제대상 금액으로 본 다음, 이 금액에 공제율을 곱하여 계산된 가상의 공제액을 청구법인이 공제받을 수 있는 금액의 한도로 보아 OOO의 세액공제에 대한 경정청구 거부처분을 하였으나, 이는 조세법률주의 원칙에 중대하게 반한다. 각각의 납세의무를 지는 서로 다른 두 법인을 하나의 법인으로 보아 공제액을 계산하고 이를 한도로 각 법인의 세액공제를 허용한다는 규정은 세법 어디에도 없기 때문이다. 분할이 없었다는 가정은 너무도 비현실적인 것이며, 계산방식이 다른 세액고제 금액을 합산한다는 발상 역시 지나치게 무모한 것이다. OOO 이외에 분할신설법인인 OOO의 경우 2011사업연도에 증가분 방식이 아닌 당기분 방식을 적용하여 세액공제를 신청하였기 때문에 애당초 분할법인 및 분할신설법인의 공제액 합계를 분할이 없었던 것으로 가정한 경우의 공제액과 비교할 수 없는 것이다. 만일 처분청의 논리를 받아들인다면, 분할 이후 분할법인은 과세소득이 발생하여 법인세를 납부하였으나 분할신설법인은 결손이 발생하여 납부한 법인세가 없는 경우 과세당국은 두 법인의 과세소득과 결손금을 통산하여 재계산한 세액을 초과하는 분할법인의 납부세액을 돌려주어야 한다. (나) 처분청은 청구법인이 증가분 방식으로 계산하여 경정청구한 2012·2013사업연도분에 대하여는 이를 받아들이면서도 2011사업연도 경정청구분에 대하여만 거부처분을 하였는바, 이는 처분청 스스로 경정청구 거부처분이 잘못된 것임을 인정한 것이다. (다) 분할이 없었다고 가정한 경우의 총 공제액보다 더 많은 세액을 공제받는 결과를 초래한다는 것이 거부처분의 사유라면 총 공제액 이내의 금액은 환급을 해주는 것이 올바른 처분일 것이므로 처분청의 거부처분 사유를 인정한다 하더라도 OOO 세액공제 금액 전액에 대하여 거부처분을 한 것은 도저히 받아들일 수 없다.
(1) 분할법인의 연평균 연구·인력개발비 계산시 우선 분할신설법인에게 귀속될 금액을 조특법 시행령 제9조 제4항 및 제5항에 따라 계산한 후 분할신설법인에게 귀속될 금액을 차감하도록 하고 있어 분할일 이후 개월 수로 환산하는 것이 적법하다. (가) 청구법인의 주장대로 분할법인의 연평균발생액 계산 시 차감되는 분할신설법인의 연평균 발생액을 계산할 때 개월 수로 환산하지 않으면, 분할법인인 청구법인이 공제받을 수 있는 세액공제액은 당초 OOO억 OOO만원(당기발생액 방식) 보다 10배 이상인 OOO억 OOO만원(증가분 방식)을 공제받는 결과가 발생하고, 분할하지 않았을 경우의 증가분 방식의 세액공제가 OOO억 OOO만원임에도 청구법인은 연결자법인인 OOO을 포함하여 세액공제 OOO억 OOO만원을 신청하여 연구·인력개발비용의 32%를 세액으로 공제받는 결과가 되어 이는 관련 법령을 잘못 해석하여 타당하지 않은 계산방식을 적용하였음을 보여주고 있는 것이다. (나) 기획재정부 유권해석에서는 분할존속법인의 ‘해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비’는 우선 분할신설법인에게 귀속될 금액을 계산(월할계산)한 후 총 발생액에서 분할신설법인에게 귀속될 금액을 차감하여 계산하는 것으로 해석하였다(조세특례제도과-724, 2017.9.25.). 또한, ‘조세특례제한법 해설과 실무’ 책자(2016.1.5. 발행, 231·232페이지, 저자 윤충식·장태희·박재혁)에서도 기획재정부 해석사례(조세지출예산과-157, 2004.3.15.)를 인용하여 분할법인의 4년 평균발생액 계산시 분할신설법인의 개월 수를 적용한다고 소개하고 있다. (다) 분할법인의 연평균 연구·인력개발비 계산시 우선 분할신설법인에게 귀속될 금액을 조특법 시행령 제9조 제4항 및 제5항에 따라 계산한 후 이를 차감하여 계산하여야 하는 것이며, 이를 적법·정당한 계산방식을 적용하여 보면, 아래 <표1>과 같이 청구법인의 세액공제액이 당초 청구법인이 신고한 당기발생액 방식에 의한 세액보다 오히려 적음을 알 수 있어 청구법인이 당초에 자진신고한 방식이 옳았음을 알 수 있다. <표1> 처분청의 의견대로 계산할 경우 OOO 또한, 청구법인은 분할법인에 대해서는 분할신설법인이 적용한 매출액 비율 등을 적용한 후의 매출액 비율만 적용하여 계산하여야 한다고 주장한 반면, OOO은 세액공제 계산시 매출액 비율을 적용한 후 개월 수(분할사업연도수를 365로 나눈금액을 곱하여 산출)를 적용하여야 한다고 서로 상반된 주장을 하는 등 일관성과 논리성이 없다. (라) 청구법인은 조심 2014전3113(2015.1.15.)을 들어 피합병법인의 연평균발생액을 계산할 때 매출액비율 등을 적용한 후 단순 합산하는 결정을 하였기에 분할법인의 연평균발생액 계산시 차감되는 분할신설법인의 연평균발생액 계산시에도 개월 수로 적용하지 말아야 한다고 주장하나, 분할은 하나의 법인에서 사업부문별로 쪼개 법인을 설립한 것으로 경제적 실질이 동일하여 전체를 하나로 보아 계산한 세액공제와 분할법인 등이 계산하여 합산한 세액공제가 동일한 반면, 합병은 타 법인을 인수하는 등 분할과는 달리 경제적 실질이 동일하지 아니하다. 즉, 분할의 경우에는 분할시점까지 발생한 연구·인력개발비는 분할존속법인에서 발생한 연구·인력개발비로 보고 있고, 합병의 경우에는 피합병법인이 합병일까지 발생한 연구·인력개발비를 별도로 신고하는 등 합병과 분할에 적용되는 세액공제 계산방식이 동일하지 않다.
(2) 연구·인력개발비 세액공제는 분할유무 및 분할시기와 관계없이 동일하게 산정되어야 하며, 동일한 경제적 실질에 대하여 분할여부에 따라 세액공제액에 급격한 차이가 발생하면 이는 타당하지 않다. (가) 분할신설법인은 분할법인의 계산방법에 영향을 받지 않으며, 조특법 시행령 제9조에 그 계산방법이 정하여져 있어 청구내용대로 증가분 방식에 의해 경정함이 타당한 것처럼 보이나, 2011사업연도의 경우에는 청구내용대로 경정시, 분할하지 않았을 경우에 아래 <표2>와 같이 분할법인과 분할신설법인이 공제받을 수 있는 총 세액(당기 기준 OOO억원, 증가분 방식 기준 OOO억원)보다 많은 세액(OOO억원)을 공제받는 불합리한 결과가 발생한다. <표2> 분할하지 않았을 경우 등의 세액공제 비교 OOO (나) 분할이라는 것은 하나의 법인에서 사업부문별로 나눠서 설립하므로 경제적 실질이 동일하여 전체를 하나로 보아 계산한 세액공제와 분할법인과 분할신설법인 등이 각각 계산하여 합산한 세액공제가 같아야 하며, 이는 관련 질의 회신에서도 일관되게 해석되고 있어 조세법률주의를 위반했다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다. (다) 처분청의 위 주장이 잘못되었다고 할지라도 청구법인의 연구·인력개발비가 별도 구분이 가능하기 때문에 실질대로 계산하는 것이 정당하고 그 실질에 따라 승계사업의 연구·인력개발비 발생액을 산정하여야 한다.
1. 승계사업과 존속사업의 연구·인력개발비 발생내역이 명확히 구분되는 경우 그 실질에 따라 승계사업의 연구·인력개발비 발생액을 산정하는 것이 관련 법령과 실질과세원칙에 부합하고, 청구법인이 금융감독원 전자공시시스템에 제출한 사업보고서상에 분할 전부터 아래 <표3>과 같이 사업부문별 재무현황 등을 관리하고 있음이 확인되며, 아래 <표4> 및 <표5>과 같이 연구개발 담당조직 및 인원구성이 별도로 구별되어 실질 연구·인력개발비 산정이 가능하다. <표3> 2007년 청구법인의 조직도 <표4> 연구개발 담당조직 의약연구소 화성연구소 산자기술연구소 경구제형 프로그램 EP소재 프로그램 경피제형 프로그램 정보전자소재 프로그램 의료용구 프로그램 분석센터 임상약리실 연구기획팀 연구지원팀 ＜표5> 연구개발 담당조직의 인원구성 (2007.12.31. 기준) 구분 박사 석사 학사 기타 계 의약연구소 경구제형 프로그램 1 7
• - 8 경피제형 프로그램
• 3
• - 3 의료용구 프로그램 1 6
• - 7 주사제형 프로그램 7 6 1
• 14 분석센터 2 7
• 2 11 임상약리실 2 5
• 4 11 연구기획팀 1 2 2 1 6 연구지원팀
• 1 3 1 5 소계 14 37 6 8 65 화성 연구소 EP소재 프로그램
• 26 2 1 29 정보전자소재 프로그램 3 15
• - 18 소계 3 41 2 1 47 산자기술연구소 1 4 1
• 6 합계 18 82 9 9 118 (단위: 명)
2. 앞 <표4>·<표5> 및 아래 <표6>과 같이 의약연구소의 담당조직, 인적구성, 연구과제 추진 건수가 타 사업부분에 비하여 대부분을 차지하기 때문에 이를 경정청구서에 반영하여야 함에도 하지 아니한 것은 실질 연구·인력개발비를 적용하는 것보다 매출액(자산) 비율로 계산하는 것이 훨씬 유리(실질 연구·인력개발비 등을 적용시 의약사업부문의 인적구성 및 추진건수 등으로 세액공제가 발생하지 않을 것으로 보임)하였기 때문으로 판단된다(처분청이 2016.10.25. 청구법인 등에게 경정청구에 대한 보정요구를 하였으나 현재까지도 요청서류를 제출하지 아니하였음). <표6> 연구개발현황(연구과제 추진건수) 사업연도 의약연구소 화성(신소재)연구소 산자기술연구소 2007 29 5 4 2008 29 7 6 2009 36 9 5 2010 27 9 3 합계 121 30 18 (단위: 건) (라) 청구법인은 2012·2013사업연도분 경정청구(증가분 방식으로 환급 신청)가 받아들여져 법인세가 환급되었기 때문에 2011사업연도도 동일하게 환급되어야 한다고 주장하나, 연구·인력개발비의 대부분이 의약사업부문으로 구분되어 있고, 재무현황 또한 구분하여 관리되고 있음이 확인되므로 실질에 따라 승계사업의 연구·인력개발비 발생액을 산정하여 기 환급된 2012·2013사업연도분에 대해서도 이를 적용 후 재경정고지하는 것이 타당하다.
3. 심리 및 판단
① 분할법인의 연구·인력개발비 세액공제액을 산정함에 있어서 직전 4년간 연평균 일반연구개발비에서 차감되는 분할신설법인 귀속금액 계산시 분할 이후 개월 수로 환산하여야 하는지 여부
② 분할하지 아니하였을 경우의 연구·인력개발비 세액공제액을 초과한 세액공제액을 인정할 수 있는지 및 사업부문별로 구분하여 직전 4년간 평균 연구·인력개발비를 산정하여 이를 기초로 연구·인력개발비 세액공제를 산정할 수 있는지 여부
(1) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.
1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장동력연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구·인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
1. 중소기업인 경우: 100분의 25
2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율
3. 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1
② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
④ 제1항 제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구·인력개발비와 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다.
(2) 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ④ 법 제10조 제2항에 따른 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 계산은 다음의 계산식에 따른다. 이 경우 해당 내국인의 일반연구·인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간에 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액으로 본다. (해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액/4)×(해당 과세연도의 개월 수/12)
⑤ 제4항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 “합병법인등”이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자(이하 이 항에서 “합병등”이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 “피합병법인등”이라 한다)로부터 발생한 일반연구·인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 일반연구·인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인등에서 발생한 일반연구·인력개발비로 본다.
⑥ 제4항의 계산식을 적용할 때 개월 수는 월력에 따라 계산하되, 과세연도 개시일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 1개월로 하고, 과세연도 종료일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 산입하지 아니한다.
⑦ 법 제10조 제1항 제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비 및 일반연구·인력개발비를 각각 별개의 회계로 구분경리하여야 한다. 이 경우 신성장동력연구개발비 또는 원천기술연구개발비가 일반연구·인력개발비와 공통되는 경우에는 해당 비용 전액을 일반연구·인력개발비로 한다.
⑧ 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액은 법 제10조 제1항에 따른 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비 및 일반연구·인력개발비를 산정할 때 제외한다.
⑨ 법 제10조 제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서 및 연구개발계획서 등 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
(1) 처분청 및 청구법인이 제시한 심리자료 등에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인, OOO 및 OOO의 2011사업연도 일반연구·인력개발비 내역은 아래 <표7>과 같다. <표7> 2011사업연도 일반연구·인력개발비 내역 OOO (나) 청구법인은 분할한 사업연도인 2011사업연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비 내역을 아래 <표8>·<표9>와 같이 안분계산하여 아래 <표10>과 같이 경정청구를 하였다. <표8> 2007～2010사업연도 연구개발비의 귀속비율 OOO <표9> 직전 4년간 일반연구·인력개발비 안분내역 OOO <표10> 2011사업연도 세액공제 신고 및 경정청구 내역 OOO
(2) 처분청은 이 건 경정청구와 관련하여 청구법인에게 ① 인건비, 재료비 등 일자별 지출내역(지출일자별 계정과목, 금액, 적용 등), ② 2007～2011사업연도 지출내역을 식품·화학·사료부문과 의약부문으로 구분 작성(인건비, 재료비, 기타 항목의 연간 합계액만 기재, 일자별 내역은 생략)하여 줄 것을 요구(서울지방국세청 법인납세과-2211, 2016.10.25.)하였으나 청구법인은 동 자료를 제출하지 아니하였다.
(3) 처분청은 청구법인의 2011사업연도 경정청구에 대하여 ① 청구법인은 분할일을 기준으로 월할 계산하지 아니하였고, ② OOO은 청구내용대로 증가분 방식 기준에 의하여 경정함이 타당하나, 2011사업연도의 경우에는 청구내용대로 경정시 분할하지 않았을 경우에 분할법인과 분할신설법인이 공제받을 수 있는 총 세액보다 많은 세액을 공제받는 결과를 초래한다고 하여 거부하였다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적인 해석을 하는 것은 허용되는바(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결, 같은 뜻임), 조특법 시행령 제9조 제5항에 따라 분할신설법인에 배분된 직전 4년 평균 연구·인력개발비는 1년을 온전히 사업했을 경우를 상정하여 계산된 금액이고, 분할된 경우에 분할신설법인의 당해 사업연도에 발생한 연구·인력개발비는 분할 이후 사업연도에서 발생한 것이므로 이에 차감되는 분할신설법인의 직전 4년 평균 연구·인력개발비도 분할 이후의 사업연도 개월 수에 상당하는 분만 산정하는 것이 논리상 타당한 점, 따라서 분할법인의 직전 4년 평균 연구·인력개발비를 산정함에 있어 분할신설법인인 OOO과 OOO의 2011사업연도 개월 수(2개월)에 해당하는 직전 4년 평균 연구·인력개발비에 상당하는 금액만 분할신설법인 귀속금액으로 산정하여 이를 직전 4년 평균 연구·인력개발비에서 차감하는 것이 합리적인 점(청구법인의 주장과 같이 분할이후 개월 수로 환산하지 아니하여 분할신설법인의 직전 4년 평균 연구·인력개발비를 분할신설법인 귀속금액으로 차감할 경우에는 분할법인 및 분할신설법인의 직전 4년간 발생한 평균 연구·인력개발비 발생액보다 증가된 2011사업연도 연구·인력개발비가 OOO억 OOO만원에 불과함에도 분할법인의 세액공제액만으로 OOO억 OOO만원이 계산되어 당기에 증가한 연구·인력개발비 보다 세액공제액이 더 많아지는 불합리한 문제가 발생함), 조특법 시행령 제9조 제5항에서 분할신설법인의 경우 제4항의 계산식 중 ‘해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액’에 관하여 규정하고 있고, 같은 조 제4항의 계산식 후단에는 ‘해당 과세연도의 개월 수/12’를 곱하도록 별도로 규정하고 있으므로 분할신설법인의 직전 4년 평균 연구·인력개발비 산정과 관련하여 제4항의 계산식 후단 부분이 분할 이후의 개월 수로 안분하는 규정이라는 해석이 가능해 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 4년간 발생한 연구·인력개발비 평균 발생액을 계산함에 있어 분할 이후 개월 수로 환산하여야 한다고 보아 분할법인의 세액공제와 관련한 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다만, 청구법인은 연결자법인인 OOO의 세액공제를 산정하기 위한 직전 4년간 발생한 연구·인력개발비 평균 발생액을 계산함에 있어 분할 이후 개월 수로 환산하여 경정청구를 하였음에도 처분청이 이를 거부한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
(5) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 분할하지 아니하였을 경우를 가정하여 산정한 연구·인력개발비 세액공제액을 초과할 수 없다는 의견이나, 조특법 제10조 및 같은 법 시행령 제9조에는 분할하지 아니하였을 경우를 가정하여 산정한 세액공제액을 한도로 분할법인과 분할신설법인의 세액공제액을 계산한다는 규정이 없는 점, 처분청은 사업부문별로 구분하여 실제 직전 4년간 평균 연구·인력개발비를 산정하여 이를 기초로 연구·인력개발비 세액공제를 산정하여야 한다는 의견이나, 처분청 의견과 같이 연구·인력개발비를 산정한다는 규정이 없고, 각 사업부문별·각 사업연도별 연구·인력개발비가 산정이 가능한지가 불분명한 점 등에 비추어 처분청이 분할하지 않았을 경우를 가정하여 분할법인과 분할신설법인이 공제받을 수 있는 총 세액보다 많은 세액을 공제받는다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.