중소기업 투자세액공제의 적용을 배제하여 경정청구를 거부한 처분이 정당한지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2013.5.16. OOO에서 OOO여성병원(이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 개업하여 운영 중인 사업자로, 2003.11.6.~2013.12.30. 기간 동안 8차례에 걸쳐 초음파진단기 등의 사업용 고정자산을 합계 OOO원에 취득한 후 조세특례제한법 제5조 에 따른 중소기업 투자세액공제를 적용하여 2014년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정청구하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 위 사업용 고정자산 취득이 조세특례제한법 제130조 에 따라 조세감면의 적용이 배제되는 수도권과밀억제권역 안의 투자에 해당한다고 보아 2017.7.11. 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2017.8.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2013년에 개업한 후 2013.11.6.부터 2013.12.30.까지의 기간 동안 합계 OOO원의 신규투자를 하였다. 투자는 크게 신규투자, 증설투자 및 대체투자로 구분되고 신규투자는 조세특례제한법 시행령 제124조 제1항 에 규정된 조세감면이 배제되는 증설투자에 해당하지 아니하므로 청구인의 신규개업에 따른 사업용 고정자산 취득이 조세특례제한법 제130조 의 조세감면 배제대상이라고 보아 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 시행령 제124조 제1항 제2호 에서 공장 외의 사업장의 경우 사업용 고정자산을 새로이 설치함으로써 사업용 고정자산의 수량이 증가되는 투자를 증설투자로 규정하고 있는바, 청구인의 사업용 고정자산 취득은 대체투자가 아닌 증설투자에 해당한다고 보아야 하고 청구주장처럼 증설투자에서 신규투자는 제외하여야 한다고 해석하는 것은 문리해석의 범위를 벗어난 것이다.

• 가. 쟁점 청구인의 사업용 고정자산 취득을 증설투자로 보아 중소기업 투자세액공제의 적용을 배제하여 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제5조[중소기업 투자세액공제] ① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 경영하는 내국인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산에 2015년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세[사업소득(소득세법 제45조 제2항 에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득은 포함하지 아니한다. 제126조의2, 제126조의6 및 제132조를 제외하고 이하에서 같다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.

1. 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산(이하 "사업용자산"이라 한다) 2.~3. (생 략)

② 제1항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항을 적용받을 수 있다.

③ 제2항에 따른 투자금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

④ 제1항과 제2항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. 제130조[수도권과밀억제권역의 투자에 대한 조세감면 배제] ① 1989년 12월 31일 이전부터 수도권과밀억제권역에서 계속하여 사업을 경영하고 있는 내국인과 1990년 1월 1일 이후 수도권과밀억제권역에서 새로 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장(1989년 12월 31일 이전에 설치한 사업장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 이전하여 설치하는 중소기업(이하 이 항에서 "1990년이후중소기업등"이라 한다)이 수도권과밀억제권역에 있는 해당 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산(대통령령으로 정하는 디지털방송장비 및 대통령령으로 정하는 정보통신장비는 제외한다)으로서 대통령령으로 정하는 증설투자에 해당하는 것에 대해서는 제5조 제1항 제1호·제2호, 제11조 제2항 제3호, 제24조 제1항 제1호·제2호 및 제25조(같은 조 제1항 제7호 및 제9호는 제외하며, 1990년 이후 중소기업등이 투자한 경우만 해당한다)를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 산업단지 또는 공업지역에서 증설투자를 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 중소기업이 아닌 자가 1990년 1월 1일 이후 수도권과밀억제권역에서 새로 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장을 이전하여 설치하는 경우 수도권과밀억제권역에 있는 해당 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용고정자산(대통령령으로 정하는 디지털방송장비 및 대통령령으로 정하는 정보통신장비는 제외한다)에 대해서는 제11조 제2항 제3호, 제24조 제1항 제1호·제2호 및 제25조(같은 조 제1항 제7호 및 제9호는 제외한다)를 적용하지 아니한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제4조[중소기업 투자세액공제] ① 중소기업이 제2조 제1항의 규정에 의한 업종에 해당하는 사업과 기타의 사업에 공동으로 사용되는 사업용자산, 판매시점정보관리시스템설비 및 정보보호시스템설비를 취득한 경우에는 당해 자산은 그 자산을 주로 사용하는 사업의 자산으로 보아 법 제5조의 규정을 적용한다.

② 법 제5조 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 사업용 자산"이란 제조업 등 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산 중 기획재정부령으로 정하는 것을 말한다.

③ 법 제5조 제2항 및 제3항의 규정에 의한 투자금액은 제1호 및 제2호의 금액 중 큰 금액에서 제3호의 금액을 차감한 금액으로 한다.

법인세법 시행령 제69조 제2항 의 규정에 의한 작업진행률에 의하여 계산한 금액

2. 당해 과세연도까지 실제로 지출한 금액

3. 당해 과세연도 이전에 투자세액공제를 받은 투자금액과 투자세액공제제도를 적용받기 전에 투자한 분에 대하여 제1호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 합한 금액

④ 법 제5조의 규정에 의한 투자세액공제를 받고자 하는 자는 투자완료일이 속하는 과세연도(동조 제2항의 규정을 적용받고자 하는 경우에는 당해 투자가 이루어지는 각 과세연도를 말한다)의 과세표준 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 투자세액공제신청서를 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다. 제124조[수도권 과밀억제권역안의 투자에 대한 조세감면배제 등] ① 법 제130조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 증설투자"라 함은 다음 각 호의 1의 구분에 따른 투자를 말한다.

1. 기획재정부령이 정하는 공장인 사업장의 경우: 사업용 고정자산을 새로이 설치함으로써 당해 공장의 연면적이 증가되는 투자

2. 제1호의 공장 외의 사업장인 경우: 사업용 고정자산을 새로이 설치함으로써 사업용 고정자산의 수량 또는 사업장의 연면적이 증가되는 투자 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제3조 [사업용자산의 범위] ① 영 제4조 제2항에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산을 말한다.

1. 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산(토지와 별표 1의 건축물 등 사업용 유형자산은 제외한다) 2.~3. (생 략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 2013.5.16. OOO에서 쟁점사업장을 사업자등록하였고 2013.11.6.~2013.12.30. 기간 동안 아래 <표>와 같이 초음파진단기 등 사업용 고정자산 합계 OOO원을 취득하였으나, 2013년 귀속 종합소득세 신고(과세표준 △OOO원)시에는 조세특례제한법 제5조 에 따른 중소기업 투자세액공제를 신청하지 아니하였다가 2017.5.10. 중소기업 투자세액공제의 이월공제를 이유로 2014년 귀속 종합소득세에 대한 경정청구를 제기하였다. (나) 처분청은 청구인이 쟁점사업장을 2013.5.16. 수도권과밀억제권역인 OOO에 개업하였고, 사업개시일로부터 6개월이 지나 사업용 고정자산을 구입하여 동 투자는 사업용 고정자산을 새로이 설치함으로써 수량이 증가하는 증설투자에 해당한다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 것으로 나타난다. (다) 청구인은 항변자료를 통해 사업자등록을 2013.5.16.에 한 것은 은행 대출을 일찍 받기 위함이고 의료기관 개설허가증을 받은 날은 2013.10.1.로, 그 때에 실질적으로 개업하였으며 2013.10.22. 전동침대 등의 구입을 시작으로 2013년 11월과 12월에 본격적인 투자가 이루어져 이는 증설투자가 아닌 신규투자이므로 감면배제 사유에 해당하지 아니한다고 주장하면서 2013.10.1. 의료기관 개설허가 신청처리 내용이 기재된 의료기관 개설확인증, 의료기계 계정의 계정별원장을 추가로 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구인은 이 건 사업용 고정자산 취득이 신규투자로서 조세감면이 배제되는 증설투자가 아니라고 주장하나, 조세특례제한법 제130조 에서 1990.1.1. 이후 수도권과밀억제권역에서 새로 사업장을 설치하여 사업을 개시한 중소기업이 해당 사업장에서 사용하기 위해 취득하는 사업용 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 증설투자에 해당하는 것에 대해서는 중소기업 투자세액공제 등을 적용하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제124조에서 “대통령령이 정하는 증설투자”는 공장 외의 사업장인 경우 사업용 고정자산을 새로이 설치함으로써 사업용 고정자산의 수량 등이 증가되는 투자로 규정하고 있는바, 이 건 투자는 청구인이 쟁점사업장을 신규개업하여 사업용 고정자산을 새로이 설치함에 따라 그 수량이 증가하는 투자로서 조세감면이 배제되는 증설투자에 해당한다고 보이는 점, 위 법령에서 신규투자를 증설투자에서 제외하는 예외로 별도로 정하고 있지 아니한 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 청구인의 사업용 고정자산 취득을 조세특례제한법 시행령 제124조 에 따른 증설투자에 해당한다고 보아 중소기업 투자세액공제의 적용을 배제하여 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.