쟁점매입처는 2016년 제1기 거래분이 전액 가공거래로 확정되어 사법기관에 고발된 상태이고, 2016년 3월부터 12월까지 9개월간 거래분 외에는 거래실적이 없으며 사업장은 실질적으로 폐업한 상태인 것으로 조사된 업체로 청구법인이 쟁점매입처로부터 정상적으로 구리 등을 매입한 것으로 인정하기 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음
쟁점매입처는 2016년 제1기 거래분이 전액 가공거래로 확정되어 사법기관에 고발된 상태이고, 2016년 3월부터 12월까지 9개월간 거래분 외에는 거래실적이 없으며 사업장은 실질적으로 폐업한 상태인 것으로 조사된 업체로 청구법인이 쟁점매입처로부터 정상적으로 구리 등을 매입한 것으로 인정하기 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 국세청은 2014년 1월부터 ‘구리 스크랩 부가가치세 매입자 납부 특례 제도’를 도입하였는데, 동 제도는 사업자 간에 구리 스크랩을 거래하는 경우 매입자가 대금을 매출자에게 직접 지급하지 아니하고 지정 금융회사의 전용계좌에 입금하면 구리스크랩 가액은 매출자에게 지급되고 부가가치세는 국고로 납입하는 것으로, 국세청은 구리 스크랩 시장에서 무자료거래, 허위세금계산서 수수, 부가가치세 미납 후 폐업 등 부가가치세 탈루 등을 통하여 시장의 거래질서를 교란하는 행위를 원천적으로 차단하기 위하여 조세특례제한법 제106조의9 의 구리 스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례 규정을 제도화하였는바, 청구법인은 위 규정을 준수하며 성실히 사업을 영위하였고 쟁점매입처도 부가가치세가 국고로 전액 납부되어 세금을 탈루한 사실이 없으며, 위 제도의 도입 취지와 같이 허위세금계산서 수수는 원천적으로 차단되고 있음에도 처분청은 쟁점매입처가 세무조사에 따른 가공사업자로 확정되었다는 사실만으로 아무런 이유나 근거 없이 청구법인이 쟁점매입처가 아닌 다른 사업자 등으로부터 폐자원 등을 매입한 것으로 보아 일방적으로 매입세액을 부인함으로써 이중으로 과세한 결과가 되었다.
(2) 청구법인은 쟁점매입처가 아닌 다른 사업자로부터 폐자원 등을 구입한 사실이 없고 조사청이 조사과정에서 확인하였듯이 매입․매출 각 과정에서 이중으로 계근하였으며 사진으로 촬영하거나 공인기관에 의뢰하여 계근하였고 심지어 동영상으로 촬영하는 등 철저한 관리감독 하에서 거래가 이루졌음에도 처분청은 파생된 자료가 가공이니 무조건 위장사업자로부터 구입하였다는 의견이다.
(3) 법원은 특정거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 가 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 입증책임은 과세관청이 부담함이 원칙이라고 판시(대법원 2009.6.23. 선고 2008두13446 판결, 참고)하고 있는바, 이 건은 조세특례제한법 제106조의9 에서 규정하고 있는 부가가치세 매입자 납부특례제도에 따라 부가가치세가 국고로 귀속되어 세금탈루로 인한 시장 질서를 교란하는 행위가 발생되지 아니하였고, 청구법인이 허위세금계산서를 수수하거나 무자료 거래를 한 사실도 없으며 청구법인은 쟁점매입처의 매입단계에서 이루어지는 행위까지 간섭하거나 조사할 권한이 없으므로 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 봄은 부당하다. 다만, 쟁점매입처가 인적사항을 밝히기를 꺼려하는 비사업자이거나 구리전용계좌를 사용할 수 없는 사업자로부터 매입시 발생할 수밖에 없는 시장의 거래적 한계가 있을 뿐 조사과정에서 확인한 바와 같이 쟁점매입처는 사업장이 없다거나 금융거래를 위반하였다거나 명의위장사업장이 아닌 정상적인 업체임이 확인되었다.
(4) 따라서 처분청은 쟁점매입처에 관한 파생자료를 근거로 매입이 없으니 매출도 없다는 단순한 형식 논리에 빠져 아무런 근거도 없이 과세한 것으로 이는 자유롭고 공정한 시장 질서를 무너뜨리고 실질과세의 원칙과 근거과세의 원칙에 반하는 것이며 조사담당자도 판단하기 어려워 과세사실판단자문위원회를 개최한 사실로 미루어 보아도 청구법인에 대한 과세는 부당하다 할 것이다.
(1) 청구법인이 쟁점매입처와 거래시 수수한 것은 세금계산서와 쟁점매입처가 발행한 계량확인서 및 스크랩계좌를 통하여 쟁점매입처에 입금된 금융자료 뿐이고 이 건 심판청구시 운반차량의 사진을 추가로 제시하고 있는데, 쟁점매입처가 청구법인에게 발행한 계량확인서는 임의로 작성이 가능한 확인서에 불과하여 신빙성이 없고, 계근 사실을 입증할 수 있는 동영상 등도 조사시에는 제시되지 아니한 자료이며, 운송료도 청구법인은 쟁점매입처가 지급하였다고 주장만 할 뿐 관련 증빙은 제시하지 못하고 있다. 특히, 청구법인이 제시한 운반차량 사진은 쟁점매입처와의 거래분이 아닌 청구법인이 매출처인 OOO에게 공급한 물량에 사용된 차량의 사진으로 확인되고, 청구법인이나 쟁점매입처는 계근대 등을 구입하여 보유한 사실이 없으며 타인 소유의 계근대를 사용하였다고 볼 수 있는 증빙자료도 제시한 사실이 없다. 한편, 청구법인이 쟁점매입처의 스크랩계좌에 송금한 금액은 대부분 대표자 OOO의 개인계좌(6개)로 송금된 후 현금으로 인출된 것이라서 구리 등의 매입자금으로 지출되었는지 여부가 불분명하여 이에 조사청은 일명 ‘톤발이’에게 지급한 사실을 입증할 수 있는 금융증빙을 요구하였으나, 현금으로 직접 지급하였다고 주장할 뿐 관련 금융증빙 등은 제시하지 못하고 있다.
(2) 구리 스크랩을 거래하는 사업자는 지정 금융기관의 전용계좌를 이용하여 거래대금을 결제해야 하며, 전용계좌를 이용하지 아니할 경우 매입자ㆍ매출자 모두에게 제품가액의 20%에 해당하는 가산세가 부과되며 매입시 지급한 매입세액은 공제받을 수 없는 등 전용계좌를 이용하지 아니할 경우 가산세 등 불이익이 너무 커서 구리 스크랩을 취급하는 모든 사업자들은 2014.1.1. 이후 의무적으로 가입하였으며, 청구법인과 쟁점매입처도 의무적으로 가입한 것이 확인되는바, 위 제도는 시장 질서를 확립하고 세금을 탈루하는 사업자의 행위를 원천적으로 차단하기 위하여 마련한 것이나, 스크랩 계좌 내역을 검토한 바에 따르면 청구법인에서 쟁점매입처의 스크랩계좌로 자금만 이체되었을 뿐 청구법인은 거래가 실제로 있었음을 객관적으로 입증할 수 있는 사진 등의 증빙자료를 제시하지 못하고 있다. 또한, 구리 스크랩 도매업의 경우 큰 규모의 자금과 경험이 필요하나, 쟁점매입처의 OOO은 그 동안의 사업이력 등으로 볼 때 한 번의 거래에 OOO원이 필요할 수도 있는 사업을 할 만한 자금력도 없고 관련 경험도 없었으며 단기간에 고액의 거래를 발생시키는 것도 불가능하였다.
(3) 쟁점매입처가 하치장으로 신고한 OOO 토지 4,007㎡ 중 1,815㎡는 OOO이 2015.3.19. 사업자등록을 한 후 현재까지 계속사업 중에 있고, 2,003.5㎡는 출장전문고OOO가 2013.6.25. 사업자등록을 한 후 현재까지 계속사업 중에 있는 것이 확인되며, 또 다른 하치장인 OOO 토지 769㎡는 OOO이 2014.10.20. 사업자등록을 하여 현재까지 계속 사업 중에 있는 것이 확인되므로, 쟁점매입처는 거래처에 공급할 재화를 보유한 사실이 없으며 쟁점매입처 소유의 재고자산을 보유한 사실도 없다고 봄이 타당하다.
(4) 청구법인은 쟁점매입처가 임차한 하치장 모두를 쟁점매입처가 사용하고 있는지 여부 등에 대하여 사전에 충분하게 확인하지 아니하였고, 구리 등 스크랩 거래에 상당한 전문성이 있다고 주장하고 동종업종을 10년 정도 운영한 적이 있는 업무대행자 OOO이 조금만 주의를 기울였다면 쟁점매입처가 실제 공급자가 아님을 알 수 있었을 것으로 판단됨에도 이에 대한 의무를 충분히 이행하지 않았다면 단순히 선의의 납세자로 볼 수 없다 할 것(대법원 2015.1.15. 선고 2014두11618 판결, OOO법원 2012.2.8. 선고 2011누31903 판결 등, 같은 뜻임)이다
(5) 청구법인은 쟁점매입처로부터 구리 등 비철금속을 실제로 구입하고 매입세금계산서를 발급받아 매입세액을 공제받았으므로 이는 정상적인 세금계산서 수수행위라 주장하나, 부가가치세법 제39조 는 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 계산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 의 취지에 비추어 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다고 할 것(대법원 1996.12.10. 선고 96누617 판결 외 다수, 같은 뜻임)이다. 즉, 부가가치세는 사업장 단위별 과세제도로 쟁점매입처 명의의 매출세금계산서가 발행되기 위해서는 그 사업자 소유의 재화가 실제 거래됨을 전제하고 있는 것이다.
(6) 또한, 부과처분의 적법성과 과세요건사실의 존재에 관하여는 과세관청이 입증책임을 부담하는 것이 타당하나, 그 입증의 정도는 실액과세에 있어서는 법관에게 확실한 심증형성을 가능하게 하는 것을 요한다 할 것인바, 국세공무원들의 조사결과를 기재한 결론적 문서들과 이를 바탕으로 한 금융거래 내역 등 자료수집과 방법에 있어서 객관적으로 공정․타당하고 그 결론 도출이 회계상의 관행과 정확한 세법 지식에 바탕을 두어 그 자료에 접한 사람으로 하여금 어렵지 않게 수긍할 수 있는 정도가 있다면 이는 충분한 입증책임을 행한 것으로 보아야 할 것이다.
(7) 쟁점세금계산서에 대한 이상의 사실관계를 종합해 보면, 아래와 같은 사유로 청구법인은 쟁점매입처로부터 구리 등의 재화를 구입한 사실 없이 세금계산서를 발급받았으므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 당초 처분은 정당하다. (가) 쟁점매입처는 세무조사를 통하여 세금계산서 수수의무를 위반하여 자료상으로 확정되어 관련 사법기관에 고발 조치되었고 세무조사 결과에 대한 불복 등 이의를 제기한 사실이 없으며, 사업을 영위한 기간도 9개월로 단기간 거래 후 사실상 폐업상태에 있고, 하치장도 다른 사업자가 대부분 사용하고 있음이 확인되어 정상적인 사업자로 보기 어렵다. (나) 쟁점매입처는 구리 등을 개인 톤발이 등으로부터 직접 구입하였다고 주장하나, 이를 입증할 수 있는 증빙자료를 제시하고 못하고 있고 2016년 제1기 거래분에 대한 의제매입도 거짓으로 확인되었다. (다) 청구법인과 쟁점매입처가 계근을 한 것으로 볼 수 있는 계근 사진 등의 자료가 없고 계근대도 소유한 사실이 없으며 타인 명의의 계근대 사용에 대한 증빙자료도 없으므로 계량확인서만으로는 그 구리를 쟁점매입처로부터 구입하였다고 보기 어렵다. (라) 쟁점매입처의 스크랩 계좌에서도 구리 매입으로 대금이 지급된 사실이 전혀 확인되지 아니하고, 쟁점매입처가 구리 구입과 관련하여 대금을 지급한 사실을 확인할 수 있는 금융증빙을 제시하지 못하고 있다. (마) 선의의 납세자란 수취한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 알지 못한 데에 과실이 없어야 하나, 청구법인은 개업 이후 계속적으로 거래한 고정거래처가 아닌 정상적이지 아니한 개인사업자와 단기간(7개월) 동안 OOO원이라는 고액의 거래를 하였다. (바) 쟁점매입처가 청구법인에게 공급한 구리 등 재화의 구입자료가 허위로 확인되었고, 청구법인에게 공급할 수 있는 재화를 소유한 사실이 없는 것으로 확인되었다. 따라서 판매할 재화를 보유하고 있지 아니한 쟁점매입처가 청구법인에게 발행한 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 관련 매입세액을 불공제함이 타당하다.
① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제16조【근거과세】
① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.
② 제1항에 따라 국세를 조사·결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.
③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.
④ 행정기관의 장은 해당 납세의무자 또는 그 대리인이 요구하면 제3항의 결정서를 열람 또는 복사하게 하거나 그 등본 또는 초본이 원본과 일치함을 확인하여야 한다.
⑤ 제4항의 요구는 구술(口述)로 한다. 다만, 해당 행정기관의 장이 필요하다고 인정할 때에는 열람하거나 복사한 사람의 서명을 요구할 수 있다. (2) 부가가치세법 제9조【재화의 공급】
① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.
② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제32조【세금계산서 등】
① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】
① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 조세특례제한법 제106조의9【구리 스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품(이하 "구리 스크랩등"이라 한다)을 공급하거나 공급받으려는 사업자 또는 수입하려는 사업자(이하 "구리 스크랩등사업자"라 한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구리 스크랩등 거래계좌(이하 "구리 스크랩등거래계좌"라 한다)를 개설하여야 한다.
② 구리 스크랩등사업자가 구리 스크랩등을 다른 구리 스크랩등사업자에게 공급하였을 때에는 부가가치세법 제31조 에도 불구하고 부가가치세를 그 공급받는 자로부터 징수하지 아니한다.
⑤ 구리 스크랩등을 공급받은 구리 스크랩등사업자가 제3항 제2호에 따라 부가가치세액을 입금하지 아니한 경우에는 구리 스크랩등을 공급한 구리 스크랩등사업자에게서 발급받은 세금계산서에 적힌 세액은 부가가치세법 제38조 에도 불구하고 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 보지 아니한다.
⑨ 관할 세무서장은 해당 예정신고기간 및 확정신고기간 중 구리 스크랩등의 매출액이 구리 스크랩등의 매입액에서 차지하는 비율이 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우에는 환급을 보류할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 환급받을 세액이 대통령령으로 정하는 금액 이하인 경우
2. 체납이나 포탈 등의 우려가 적다고 인정되는 대통령령으로 정하는 경우
(1) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2014년 주방용품을 수입하여 국내에 판매할 목적으로 설립된 업체로 2016년 6월 구리 등 비철금속 도매업을 업종에 추가하였으며, 2016년 제1기～2016년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 쟁점매입처로부터 구리 등 재활용 폐자원을 구입한 것으로 하여 공급가액 합계 OOO원의 쟁점세금계산서를 발급받고 OOO 등 5개 업체에게 판매한 것으로 매출세금계산서를 발행하여 부가가치세 신고시 관련 매입․매출세액을 신고하였으며, 청구법인의 구리 등 비철금속에 대한 세금계산서 수수 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 구리 등 비철금속에 대한 세금계산서 수수 내역 (나) 조사청은 2017.1.19.～2017.6.2. 기간 동안 청구법인에 대한 거래질서관련 세무조사를 실시한 결과, 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 처분청에 관련 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 불공제하여 2017.6.21. 청구법인에게 2016년 제1기․제2기 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정․고지하였다. 한편, 조사청은 2016년 12월 쟁점매입처에 대한 조세범칙조사를 실시하면서 청구법인에게 거래사실을 확인할 수 있는 소명자료 제출을 요구하였고, 청구법인은 소명자료 제출 후 특별한 사유 없이 비철금속 도매업을 정리한 것으로 나타난다. (다) 조사청이 2016.8.29.～2016.12.28. 기간 동안 쟁점매입처에 대하여 조세범칙조사를 실시하고(조사대상기간: 2016년 제1기) 작성한 조사종결보고서의 주요 내용은 아래와 같다.
1. 쟁점매입처는 OOO이 2016.3.26. 비철금속 도소매업을 주업으로 하여 사업자등록한 업체로, 2016년 제1기 거래분이 전액 가공거래로 확정되어 세금계산서 수수의무 위반 등을 이유로 사법기관에 고발된 상태이고, 2016년 3월부터 12월까지 9개월간 거래분 외에는 2017년 이후 거래 실적은 없으며 사업장은 실질적으로 폐업한 상태인 것으로 조사되었다.
2. 쟁점매입처는 구리 등 비철금속을 공급한 것으로 OOO원의 매출세금계산서를 발행하였으나, 같은 기간 동안의 매입금액은 OOO원으로 부가가치세 신고서상 공급가액의 0.7% 상당액을 구리 등을 구입한 것으로 신고하였고, 2016년 제1기 세금계산서 매입분 OOO원도 가공거래로 확정되었으며 부가가치세 신고내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점매입처의 부가가치세 신고 내역
3. 조사청은 2016.11.14. 청구법인의 사업장을 현장방문하여 거래사실에 대한 문답을 진행하였는데, 청구법인의 대표자인 OOO은 구리 관련 거래에 대하여 아는 바가 전혀 없고 실제 담당자는 고문으로 있는 OOO으로 확인되었는바, OOO은 쟁점매입처로부터 매입한 물량을 쟁점매입처의 하치장에서 직접 청구법인의 매출처로 운송하여 운송비용은 쟁점매입처가 부담하였다고 진술하였으나, 쟁점매입처의 OOO은 청구법인이 부담한다고 진술하여 운반비에 대한 양측의 진술내용이 일치하지 아니하고, 2016년 6월 쟁점매입처 및 청구법인이 발급한 전자세금계산서의 일부 IP주소 및 CPU고유번호가 동일한 것으로 나타난다. (라) 청구법인은 쟁점매입처와 실제 거래하였다고 주장하며 세금계산서 사본, 계량확인서, 구리전용계좌를 통하여 쟁점매입처에 입금한 금융내역 및 운반차량의 사진 등을 제시하고 있으나, 처분청은 계량확인서는 임의로 작성이 가능하여 신빙성이 없고, 운반차량의 사진은 쟁점매입처와의 거래분이 아닌 청구법인이 OOO에게 공급할 때 사용한 차량을 촬영한 것으로 확인되며, 구리전용계좌로 입금된 금액은 쟁점매입처의 대표자 OOO의 6개 계좌로 분산하여 송금된 후 대부분 현금으로 인출되어 구리 등의 매입자금으로 지급되었는지 여부가 불분명하다. (마) 청구법인은 실물 매입시 쟁점매입처의 계근대에 직접 입회하여 물량을 확인한 후 계근표와 인수증을 받았고 운송료는 약정에 따라 쟁점매입처가 부담하였다고 주장하나, 처분청은 쟁점매입처의 운송료 지급사실을 확인할 수 있는 증빙의 제시가 없고 청구법인 및 쟁점매입처가 계근대 등을 보유한 사실도 확인할 수 없으며, 타인 소유의 계근대를 사용하였다고 보기도 어렵다. (바) 또한, 청구법인은 구리 등 비철금속 도매업을 시작하면서 OOO을 고문이사로 영입하여 동 사업과 관련한 업무 일체를 담당하도록 하는 사업대행계약을 체결하고 관련 사업 영업이익금의 25%를 보수로 지급하는 근로계약서를 작성하였으며 매월 1회 월별 수입과 지출내역을 보고 받았다고 주장하며 사업대행계약서 및 근로계약서를 제시하고 있다. (사) 한편, 조사청은 세무조사를 통하여 쟁점세금계산서 수취에 대하여 실질적으로 관여한 실행위자가 OOO임을 확인하였고, 조사시 작성한 문답서에는 OOO이 청구법인과의 업무대행계약을 근거로 쟁점매입처로부터 사실과 다른 세금계산서를 발급받았다고 진술한 내용이 확인되며, OOO은 2010년 12월 비철금속 도매업 등을 업종으로 하는 OOO을 설립하여 2012년 4월 폐업하였고 2017년 1월 OOO에서 동일한 상호의 법인을 설립하여 현재 운영 중에 있는 것으로 나타난다.
(2) 그 밖에 처분청은 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부에 대하여 과세사실판단자문을 신청하여 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 답변(과세자문 2017-21, 2017.5.18.)을 받은 것으로 나타난다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점매입처와 실제로 실물거래 후 관련 매입대금을 구리전용계좌를 통하여 지급하고 쟁점세금계산서를 정상적으로 수수하였다고 주장하나, 쟁점매입처는 2016년 제1기 거래분이 전액 가공거래로 확정되어 세금계산서 수수의무 위반 등을 이유로 사법기관에 고발된 상태이고, 2016년 3월부터 12월까지 9개월간 거래분 외에는 2017년 이후 거래 실적이 없으며 사업장은 실질적으로 폐업한 상태인 것으로 조사된 업체이므로 청구법인이 쟁점매입처로부터 정상적으로 구리 등을 매입한 것으로 인정하기 어려운 점, 청구법인에서 비철금속 도매업의 실행위자로 조사된 OOO은 쟁점매입처로부터 매입한 물량을 쟁점매입처의 하치장에서 직접 청구법인의 매출처로 운송하여 운송비용은 쟁점매입처가 부담하였다고 진술하였으나, 쟁점매입처의 OOO은 청구법인이 부담하였다고 하여 진술이 서로 일치하지 아니하고, 청구법인이 제시한 운송차량 사진 등은 당초 조사시 제시되지 아니한 것이라 쟁점매입처와 거래한 증빙임을 특정하기가 곤란하며, 2016년 6월 쟁점매입처 및 청구법인이 발급한 전자세금계산서의 일부 IP주소와 CPU고유번호가 동일한 것으로 조사된 점, 쟁점매입처는 9개월의 거래기간 동안 구리 등 비철금속을 공급한 것으로 OOO원의 매출세금계산서를 발행하였으나, 같은 기간 동안의 매입금액은 약 OOO원으로 부가가치세 신고서상 공급가액의 0.73%에 불과하고 그 중 2016년 제1기 세금계산서 매입분 OOO원은 가공거래로 확정되었으며 그 밖에 쟁점매입처가 실물을 구입하였음을 입증할 수 있는 금융증빙 등 객관적 증빙의 제시가 없으므로 쟁점매입처가 실제로 구리 등을 구입하였다고 보기 어려운 점, 청구법인은 구리전용계좌를 통하여 매입대금을 지급하여 부가가치세의 탈루가 없었다고 주장하나, 동 계좌를 통한 매입대금 지급은 선의의 거래당사자 해당 여부에 대한 판단기준 중 하나일 뿐으로 청구인 및 거래처의 사업양태, 거래 전 거래상대방의 실사업자 여부 확인, 계근표, 운송 및 매출처 납품현황 등에 관한 증빙자료 구비 등 다른 제반조치 등을 함께 종합하여 ‘선의의 거래당사자’에 해당하는지 여부를 판단하여야 하는 점 등에 비추어 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.