청구법인(현금영수증사업자)이「조세특례제한법」제126조의3에 의하여 부가가치세의 세액공제를 받은 금액은 부가가치세 과세대상이 아님

OOO이 2017.3.6. 및 2017.6.22. 청구법인에게 한 2011년 제2기～2015년 제1기 부가가치세 OOO의 환급을 구하는 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 정보통신서비스업을 영위하는 법인으로, 국세청장으로부터 현금영수증사업자의 승인을 받아 현금영수증의 승인번호 부여 등 판매․시점정보관리(POS) 업무를 영위하면서 조세특례제한법 제126조의3에 따른 세액공제[국세청장에게 전송한 현금영수증 결제정보의 1건당 18.7원(종이발급시) 또는 13.2원(종이 미발급시), 이하 동 세액공제를 “쟁점세액공제(액)”라 한다]를 적용받고 있으며, 2011년 제2기～2015년 제1기 과세기간 중 쟁점세액공제액을 부가가치세 과세대상으로 하여 부가가치세의 신고(110분의 100 상당액을 과세표준에, 나머지를 매출세액에 기재)를 하였다.
• 나. 청구법인은 쟁점세액공제는 현금영수증사업자에 대하여 부여되는 조세정책상의 혜택이어서 부가가치세법상 과세대상(재화 또는 용역의 공급)에 해당하지 않는다는 이유로 2011년 제2기～2015년 제1기 부가가치세 합계 OOO의 환급을 구하는 경정청구(2011년 제2기분에 대해서는 2017.1.24., 나머지 과세기간분에 대해서는 2017.4.27. 각 청구하였고, 이하 “이 건 경정청구”라 한다)를 제기하였고, 처분청은 2017.3.6. 및 2017.6.22. 쟁점세액공제는 국세청장과 현금영수증사업자 간 계약에 따라 현금영수증사업자인 청구법인이 국가에 제공한 용역의 대가로서 부가가치세 과세대상에 해당된다 하여 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.5.17. 및 2017.7.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점세액공제는 현금영수증사업자에 대하여 부여되는 조세정책상 의 혜택에 불과하여 부가가치세의 과세대상이 아니다. (1) 쟁점세액공제는 국가의 조세정책상의 목적 달성을 위하여 부여되는 조세특례(공제, 감면, 면제 또는 비과세)일 뿐 용역제공에 대한 대가가 아니다. 첫째, 세액공제는 납세자가 국가에 재화 또는 용역을 공급하였다 는 것이 아니라 단순히 세법상의 요건에 해당하면 적용되는 것(조세지출 예산서에 조세지출의 항목으로도 포함되어 있음)이므로 다른 세액공 제(전자신고, 신용카드 매출전표 또는 전자세금계산서의 발행 등의 경우 적용되는 것)와 동일하게 부가가치세가 과세되지 아니하는 것으로 보아야 한다. 둘째, 부가가치세법 제29조 제5항 제4호에 의하면 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금 등은 공급 가액 에서 제외되고, 민자고속도로사업자가 이용자에게 고속도로 이용용역 을 제공하면서 국가로부터 직접 지급받는 차액보전금은 부가가치세 과세표준에서 제외되며(기획재정부 부가가치세과-103, 2016.2.25.), ‘WTO 보조금 및 상계조치에 관한 협정’ 1.1문단에 의하면 ‘정부가 받아야 할 세입을 포기하거나 징수하지 아니하는 것(예컨대, 세액공제와 같은 재정적 유인)을 보조금으로 보고 있는바, 쟁점세액공제도 국가가 납세 협력비용 을 절감하기 위하여 현금영수증제도를 도입하면서 민간사업 자 (현금 영수 증사업자)에게 공익적인 활동을 하도록 한 것에 대하여 지 급되는 것이므로 위 조항에 따른 ‘보조금’으로 보아 과세표준에서 제외하여야 한다. 셋째, 기획재정부(부가가치세과-230, 2017.4.26.)는 이 건과 동일한 쟁점의 사안에 대하여 쟁점세액공제가 부가가치세 과세표준에 포함되 지 아니하는 것으로 해석하였고, 국세청도 동 예규의 취지에 따라 쟁점세액공제의 금액을 조정[당초 18.7원/건(종이발급)․13.2원/건(종 이 미발급시) → 17원/건․12.6원/건]한 바 있다(종전의 쟁점세액공제액 은 부가가치세의 과세대상이 아님을 인정하였다 할 것임). (2) 처분청의 의견은 아래와 같은 이유로 부당하다. 첫째, 처분청은 쟁점세액공제가 국가와 청구법인 간 계약에 따라 적용된 것이라는 의견이나, 부가가치세법 제4조 제1항, 제9조 및 제11조에 의하면 부가가치세는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부과 되는 것으로서 재화 또는 용역의 공급은 계약상 또는 법률(수용, 판 결, 경매 등)상 원인이 요구되나, 이 건의 경우 쟁점세액공제와 관련하여 국가와 청구법인 간에 계약의 체결뿐만 아니라 수용, 판결, 경매 등 의 법률상 원인도 발생하지 아니하였다. 둘째, 처분청은 쟁점세액공제 는 그 특성상 다른 세액공제(정책적인 목적에 따라 정책의 직접 상대방에게 용역의 공급에 따른 대가 관계없이 일정 한도 내에서 지급)와 다르다는 의견이나, 쟁점세액공제는 다른 세액공제와 동일하게 정책적 목적에 따라 지급되는 점, 정책의 직접 상대방에게 지급되지 아니한다는 처분청의 의견이 모호한 점 (전자신고세액공제의 경우에도 주된 정책의 상대방은 납세자임에도 세무대리인이 납세자를 대신하여 전자신고를 하는 경우에 적용됨), 국가에 어떠한 용역도 공급되지 아니하는 점(부가가치세의 과세표준 은 ‘어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적인 가치가 있는 것’인데 쟁점세액공제의 경우 현금영수증의 발 급 관련 용역을 제공받는 자는 국가가 아니라 현금영수증가맹점임), 공제한도는 부가가치세의 과세대상과 무관한 점 등을 종합하면 쟁점세액공제를 다른 세액공제와 차별할 이유가 없다. 참고로 대법원(2016.8.26. 선고 2015두58959 판결)은 계열회사 간 포인트제도를 운영하면서 고객이 특정 계열회사에 적립한 포인트를 다른 계열회사에 사용한 경우 특정 계열회사가 다른 계열회사에 지급 한 대가에 대하여 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니한다고 보았다. 또한 현금영수증사업자(청구법인 등)는 관련 법령 등에 따라 현 금 영수증가맹점의 결제정보를 취급․보관하면서 국세청장에게 관련 과 세 정보를 제출하는 것이므로 처분청의 의견과 같이 국세청장이 현금영수증사업자로부터 정보용역을 제공받는 것을 세액공제와의 대가 관계가 있는 것으로 해석하는 것은 부당하고(결제내역을 전송하지 아 니하더라도 관련 법령 등에 따라 쟁점세액공제가 적용됨), 현금영수 증 발급시스템은 현금영수증사업자의 소유이므로 현금영수증사업자가 국가에 용역을 제공하는 것으로 볼 수는 없는 것이며, 처분청이 제시 한 대법원 판례(1991.3.22. 선고 90누7357 판결)는 사업자가 건설한 육교 상가시설의 소유권을 지방자치단체에 기부채납된 사안으로, 과세대상 의 거래가 재화의 공급(육교상가건물)인지, 용역의 공급(건설용역)인지가 쟁점이므로 어떠한 것도 국가에 귀속되지 아니한 이 건의 사안과 다 른 것이다.
• 나. 처분청 의견 쟁점세액공제는 계약에 따라 현금영수증사업자인 청구법인이 국가 에 제공한 용역의 대가(금전적 가치가 있는 것)라 부가가치세의 과세 대상 에 해당한다. (1) 쟁점세액공제는 실질과세원칙상 국가(국세청장)에 제공된 용 역 의 대가로 보아야 한다. 첫째, 관련 법령 등에는 사업자가 전송시스템 등 일정한 요건을 갖추어 국세청장에게 현금영수증사업자의 승인을 신청하면 국세청장 이 요건 검토 후 승인하도록 규정되어 있는바, 관련 법령 등에 쟁점세액공제액의 지급과 관련된 용역의 내용, 지급액 등이 공표된 상황에서 국세청장이 위와 같은 승인을 하는 행위는 ‘거래당사자 간 의사표시 의 합치로서의 계약상 원인’(부가가치세 과세대상인 용역 공급의 요건)에 해당된다고 보아야 한다. 둘째, 쟁점세액공제는 국가가 직접 현금영수증제도의 시행에 필요한 투자를 하여 관련된 시스템을 운영할 경우 인적․물적․시간 적 제약, 중복투자 및 유지관리 등의 문제가 발생하게 되어 이미 관련 정보통신망 및 시스템을 구축․보유하고 있는 민간사업자에게 관련 업무를 대행하도록 하여 효율성을 제고하면서 예산편성에 의한 방법(현금영수증 상담센터 위탁사업비: 부가가치세 과세대상)이 아니라 세액공제의 형식으로 관련 비용 및 적정 이윤을 보전하도록 한 것 (도입 취지)이므로 정책적인 목적과 무관한 점, 현금영수증제도의 정 책적인 수혜자(소비자 및 가맹점)가 아닌 역무수행자(현금영수증사업자)에게 적용되는 것인 점(현금영수증의 정책상 목적에 부합하는 것은 ‘현금영수증 가맹점에 대한 부가가치세 세액공제임), 지급방법상 현금영수증사업자의 결제 건수 등에 비례하여 세액공제액이 결정되므로 용역의 제공과 직접적인 대가관계가 있는 점, 공제한도가 없는 점 등 을 종합하면 일반적인 세액공제(정책적인 목적에 따라 정책의 직접 상대 방에게 용역의 공급에 따른 대가 관계없이 일정 한도 내에서 지급)와 다른 것으로 보아야 한다. 참고로 대법원(1991.3.22. 선고 90누7357 판결)은 원고(납세자)가 지방자치단체화의 협약에 따라 육교상가시설에 대한 보수공사 후 준공과 동시에 해당 공사부분을 지방자치단체에 기부채납하는 대신에 지방자치단체로부터 도로점용료 등을 면제받은 것이 ‘용역의 공급’에 해당된다고 보면서 위 기부채납과 도로점용료 등의 면제가 서로 경제적인 대가관계가 있다고 보았다. (2) 청구법인의 의견은 아래와 같은 이유로 이유 없다고 보아야 한다. 첫째, 청구법인은 세법상 모든 세액공제에 대하여 부가가치세가 과세되지 아니한다고 주장하나, 위 처분청의 의견과 같이 쟁점세액 공제는 그 특성상 다른 세액공제와 비교할 수는 없다 할 것이다. 둘째, 청구법인은 쟁점세액공제가 부가가치세법상 공급가액에 서 제외되는 ‘재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조 금 등’에 해당한다고 주장하나, 쟁점세액공제는 현금영수증사업자(정책적 인 지원 또는 육성의 대상이 아님)에게 적용되는 점, 현금영수증 발급 시스템을 운영하는데 소요되는 모든 원가의 보전 및 적정한 이윤의 보장을 목적으로 도입된 점, 국고보조금 등의 관련 법률인 보조금 관리에 관한 법률상 보조금이 아니고(기획재정부가 구축․운영하는 ‘국고보조금통합관리시스템’에도 포함되지 아니함) 현금영수증사업(자) 은 보조사업(자)에 해당하지 아니하는 점 등을 종합하면 일반적인 보조 금(원칙적으로 국가의 정책목표를 직접 수행하는 일정한 개인 등에게 관련 사업상 경비의 일부를 보전하기 위하여 지급됨)과 다른 것으로 보아야 하고, 설사 보조금에 해당되더라도 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련된 것(국가에 제공되는 용역의 규모에 비례하여 관련 비용 의 전부 및 적정 이윤의 상당액을 한도 없이 지급)이므로 대가성이 있다(부가가치세 과세대상)고 보아야 한다.

• 가. 쟁점 청구법인(현금영수증사업자)이 조세특례제한법 제126조의3에 의하여 부가가치세의 세액공제를 받은 금액이 부가가치세 과세대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점세액공제의 내용, 운영방법 등은 아래와 같다. (가) 기획재정부가 발간한 2013년 간추린개정세법을 보면 정부는 2003.12.31. 사업자와 소비자 간 거래의 투명성, 자영사업자 등의 납세의 식 제고를 위하여 현금영수증제도를 도입하였고 조기정착을 위하여 쟁점세 액공제가 다른 세제지원(현금영수증이용자에 대한 소득공제 등)과 함께 신설(2005.1.1. 시행)된 것으로 나타난다{위 제도의 시행으 로 소비자는 신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제(조세특례제한법제126조의2), 현금영수증가맹점은 신용카드매출전표 등의 발급에 따른 세액공제(부가가치세법제32조의2 제1항), 현금영수증사업자는 쟁 점 세액공제[조세특례제한법제126조의3, 현금영수증 발급건수(쟁점세액공제), 현금영수증 발급장 치 설치건수 등에 비례한 것]를 각각 적용받음}. (나) 조세특례제한법제126조의3 제1항 및 같은 법 시행령 제121조의3 제1항부터 제4항까지에는 사업자가 국세청장에게 현금영수 증사업자(현금영수증 결제를 승인하고 전송할 수 있는 시스템을 갖춘 것)의 승인을 신청(국세청장이 정하는 현금영수증사업자 승인신청서 에 사업계획서, 현금영수증 발급장치 개발계획서, 신용카드단말기 보급 계획서 등 국세청장이 고시하는 첨부서류를 국세청장에게 제출)하는 경우 국세청장은 현금영수증의 결제를 승인하고 전송할 수 있는 시스템 의 구비 여부 등을 확인하여 현금영수증과 관련된 업무에 지장이 없을 경우 현금영수증사업자로 승인하고, 현금영수증의 발급방법, 기재 내용 ․ 양시 및 현금영수증 결제내역의 보관․제출 등 현금영수증제도의 원활 한 운영을 위하여 필요한 사항은 국세청장이 정하고, 현금영수증사업자가 이를 위반하는 경우 국세청장은 현금영수증사업자의 승인을 철회할 수 있는 것으로 규정하고 있다. (다) 조세특례제한법 제126조의3 제3항, 같은 법 시행령 제121 조의3 제8항 및 현금영수증사업자가 지켜야 할 사항과 관련한 국세청 고시(2017.6.12. 국세청고시 제2017-10호로 일부개정되기 전의 것) 제6 조 에는 현금영수증사업자이 현금결제와 관련한 세부내용(거래일시, 금 액, 거래자의 인적사항 등)을 국세청장에게 전송하여야 하고, 현금영수증 의 결제 건수[1건당 종이 발급시에는 18.7원, 미발급시 등에는 13.2원(2017.6.12.부터 각 17원 또는 12.6원), 쟁점세액공제], 현금영수증발급 장치의 설치 건수, 지급명세서의 건수에 따라 각각 한도 없이 부가 가치세 세액공제를 받을 수 있는 것으로 규정하고 있고, 부가가치 세 사무처리규정제105조에는 국세청장이 현금영수증시스템에서 월별 현금영수증 발급장치의 설치현황 및 결제건수를 확인하여 다음달 5일 까지 현금영수증사업자에게 통보하면 현금영수증사업자가 다음달 10 일 까지 현금영수증 발급장치의 설치건당 금액(17,500원) 및 결제건당 금 액(18.7원 또는 13.2원)에 의하여 계산된 매출세금계산서의 발급금액의 적정여부를 확인하여야 하는 것으로 규정하고 있다. (라) 현금영수증사업자(청구법인 포함)는 200

5. 1.1. 현금영수증제도 의 시행 이후부터 국세청장을 ‘공급받는 자’로 하여 매출세금계산서를 발 급하 고, 쟁점세액공제액의 110분의 100 상당액을 과세표준으로 하며 나머지 를 매출세액으로 하여 부가가치세를 신고․납부하고 있다.

(2) 기획재정부는 2017.4.26. 시행한 회신(부가가치세과-230)에서 ‘조세 특례제한법 제126조의3 제1항 및 같은 법 시행령 제121조의3 제8항 에 따라 현금영수증사업자에게 적용되는 부가가치세 세액 공제금액(쟁점 세액공제액)은 부가가치세법 제29조에 따른 부가가치세 과세표준 에 포함되지 아니한다’고 해석하였다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 관련 법령 등에 쟁점세액공제액의 지급, 용역금액 등이 공표 된 상황 에서 국세청장이 현금영수증사업자로 승인하는 것을 ‘용역의 공급’ (거래당사자 간 의사표시의 합치)으로 보아야 하고, 현금영수증사업자 의 비용․적정 이윤의 보전을 위하여 도입되어 한도 없이 지급되는 등의 특성이 있는 쟁점세액공제를 다른 세액공제와 동일하게 볼 수는 없다 는 등의 이유로 부가가치세의 과세대상으로 보아야 한다는 의견이나, 쟁점세액공제는 국가가 사업자와 소비자 간 거래의 투명성, 자영 사업자 등의 납세의식 제고를 위하여 현금영수증제도를 도입하면서 조기정착을 위하여 다른 세제지원(현금영수증이용자에 대한 소득공제 등)과 함께 신설된 특혜이므로 일반적인 조세특례(공제, 감면, 면제, 비과세)와 같이 국가의 조세정책상 목적 달성을 위한 것인 점, 관련 법령에서 쟁점세액공제와 관련하여 현금영수증사업에 필요한 행위 (결제건수의 전송 등), 공제내용(건당 공제액) 등을 규정한 후 사업자 가 일정한 요건(현금영수증 발급장치 개발계획서 등 구비)을 갖추어 신 청 하면 국세청장이 이를 검토하여 승인하는 절차를 거치는 것은 현금 영수증을 발급하기 위해서는 일정한 공신력이 요구되는 통신망(국가 와 현금영수증가맹점을 직접 연결하는 네트워크), 단말장치, 승인번호 등 을 관리할 조직과 국세청장이 제출받아 활용하기 위한 자료의 체계화, 표준화 등이 각각 필요함에 따라 인적․물적 요건을 엄격하게 관리하 기 위한 목적 때문이므로 이를 사업자와 국가 간의 의사 합치에 의한 용 역계약이라 하기는 어려운 점, 설사 쟁점세액공제가 국가가 수행할 현금영수증제도의 인프라 구축 등을 사업자가 대행하도록 하고 관련 된 원가 등을 보전할 목적으로 제공되는 것이라 하더라도 세액공제의 방식 인 이상 당사자 간의 계약으로 대가를 정하는 것과는 다르게 국가가 관련 법령 등에서 기준금액을 정하고 있는 점 등에 비추어 쟁점세액공제를 현금영수증사업자의 국가(국세청장)에 대한 용역공급 의 대가로 보기에는 무리가 있다 하겠다(조심 2017중2916, 2017.12.19. 조세심판관합동회의, 같은 뜻임). 따라서 처분청이 쟁점세액공제를 부가가치세의 과세대상으로 보 아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판 단된다. 4 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.