고용창출형 창업기업에 대한 세액감면에 대한 경정청구의 환급세액계산이 타당한지 여부

OOO세무서장이 2017.5.24. 청구법인에게 한 2011사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구에 대한 거부처분(OOO 원 은 환급결정함)은 청구법인의 2011사업연도 감면대상소득을 OOO 원으로 하여조세특례제한법 제30조의2의 고용창출형 창업기업에 대한 세액감면을 적용하고 그 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 2006.7.26. 설립되어 OOO 제조․도소매업을 영위하는 법인으로, 2011사업연도분 법인세 신고와 관련하여 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제30조의2에 따른 고용창출형 창업기업에 대한 세액감면의 적용대상에 해당함에도 창업벤처중소기업에 대한 세액감면을 적용받아 납부할 세액을 과다하게 신고하였다 하여 2017.3.31. 2011사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 2012년 9월에 경정청구(이하 “1차 경정청 구”라 한다)를 하여 창업벤처중소기업에 대한 세액감면 OOO을 적용받았음에도 2017.3.31. 경정청구(이하 “2차 경정청구”라 한다)시에 잘못 기재하였다 하여 기감면세액OOO을 정정하여 2017.5.24. OOO원의 환급을 결정하고 나머지 금액에 대해서는 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.7.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 1차 경정청구에 대한 심판청구의 인용결정으로 창업벤처중소기업에 대한 세액감면이 환급될 당시 심판청구 심리 중에 실시한 처분청의 법인세 통합조사에 의하여 법인세가 경정된 사실과 처분청이 이를 반영하여 환급경정한 사실을 미처 확인하지 못한 채, 2차 경정청구서를 작성하면서 1차 경정청구서상 기재금액을 기준으로 작성하여 청구법인이 작성한 2차 경정청구서에 기재 오류(산출세액, 기감면세액)가 발생하였다. 처분청은 청구법인이 제출한 경정청구서의 오류가 있음을 인지하고 경정청구 금액을 직권으로 재계산하였으나, 공제대상 산출세액(감면대상소득분 산출세액)은 실제 적용된 금액이 아니라 최초 1차 경정청구서에 제출한 소득구분계산서상의 감면대상소득만을 대상으로 감면대상 산출세액을 계산한 반면, 기 감면받은 세액은 실제 세무조사 증가분을 반영한 법인세 감면세액을 적용하였다. 이 건 경정청구는 과세표준 및 산출세액 산정 이후의 세액감면에 대한 것이므로 과세표준(감면대상소득)이 변동하는 것이 아니고, 청구법인이 기 적용받은 창업벤처중소기업에 대한 세액감면과 2차 경정청구시 적용하는 고용창출형 창업기업에 대한 세액감면에 대한 감면대상소득의 판단은 동일하여 감면율 또한 변동하지 아니하며, 세액감면율은 처분청 내부 전산자료에 의하여도 확인이 가능함에도 불구하고 감면대상소득률 산정을 위한 세부내역이 없었다는 이유만으로 임의로 법인세 통합조사 결과에 따라 증가한 각사업연도소득금액을 전액 비감면소득금액으로 보아 감면세액을 산정하여 OOO 원 을 환급하고 나머지는 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 “청구법인이 소득구분 자료를 제출하지 아니하였으나 국세청전산 자료를 통해서도 충분히 확인되는 사항”이라고 주장하고 있으나, 국세청 전산망에는 청구법인의 감면소득과 비감면소득을 구분할 수 있는 자료는 별도로 보관하고 있지 않고, 경정청구시 감면신청을 하는 경우 당연히 감면소득과 비감면소득을 구분하여 정확한 세액을 신고함으로써 처분청이 확인하여 경정할 수 있도록 청구하는 것이 타당하며, 처분청이 이 건 경정청구서 검토시 고용창출형 세액감면의 요건에 해당이 되는지 여부 등을 판단하여 처리하는 것이므로 청구법인이 제출한 세액감면 신청서 및 세액감면 산정내역서 등으로 감면 과세표준이 확인됨에도 청구법인이 적용배제한 감면요건, 감면율 등을 검토할 이유가 없다. 청구법인은 이 건 경정청구서를 부과제척기간 만료일인 2017.3.31. 접수하였고, 제출된 경정청구서의 내용이 잘못되어 정확한 자료를 요청하였음에도 더 이상의 자료가 없음을 확인하여 국세청 전산자료 및 청구법인이 제출한 경정청구서 자료를 반영하여 환급세액 등을 계산하여 환급하였는바 달리 잘못이 없다고 판단되며, 부과제척기간이 종료되어 더 이상 새로운 사실에 대하여 검토할 수 없는 시점에서 거부 통지한 세액보다 더 많은 세액을 환급하여 달라는 것은 불복청구가 아닌 새로운 경정청구에 해당된다.

• 가. 쟁 점 고용창출형 창업기업에 대한 세액감면의 적용대상에 해당함에도 창업벤처중소기업에 대한 세액감면을 적용받아 납부할 세액을 과다하게 신고하였다고 하여 한 경정청구의 환급세액계산의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 (2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제6조(창업중소기업등에 대한 세액감면) ① 2006년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과 중소기업창업 지원법 제5조 제2항 의 규정에 의하여 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 제조업, 광업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 과학 및 기술서비스업, 전문디자인업, 방송법에 의한 방송사업, 방송프로그램제작업, 대통령령이 정하는 엔지니어링사업(이하 "엔지니어링사업"이라 한다), 정보처리 및 기타 컴퓨터운영관련업, 대통령령이 정하는 물류산업(이하 "물류산업"이라 한다), 영화산업(영화 및 비디오제작업, 영화 및 비디오 제작관련 서비스업, 영화배급업에 한한다), 공연산업(자영예술가를 제외한다), 관광진흥법에 의한 관광숙박업·대통령령이 정하는 관광객이용시설업·국제회의업·유원시설업, 광고업, 노인복지법에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업, 무역거래기반조성에관한법률에 의한 무역전시산업, 학원의설립·운영및과외교습에관한법률에 의한 직업기술분야를 교습하는 학원을 영위하는 중소기업으로 한다. 제30조의2(고용창출형창업기업에 대한 세액감면) ① 2004년 7월 1일부터 2006년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 갖추어 창업하는 내국인(이하 "고용창출형창업기업"이라 한다)에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생하는 소득에 대한 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 제6조 제3항의 규정에 의한 업종을 영위할 것

2. 업종별로 대통령령이 정하는 상시근로자수(이하 이 조에서 "업종별최소고용인원"이라 한다) 이상을 고용할 것

3. 제6조 제4항 각호의 1에 해당하지 아니할 것

② 고용창출형창업기업이 제1항의 규정에 의한 감면기간중에 당해 과세연도의 상시근로자를 직전 과세연도의 상시근로자수를 초과하여 고용하는 경우에는 제1호의 세액에 제2호의 율을 곱하여 산출한 세액을 제1항의 규정에 의한 감면세액에 더하여 감면한다. 이 경우 직전 과세연도의 상시근로자수가 제1항 제2호의 규정에 의한 업종별최소고용인원에 미달하는 경우에는 업종별최소고용인원을 직전 과세연도의 상시근로자수로 하고, 제2호의 율이 100분의 50을 초과하는 경우에는 100분의 50을 한도로 하며, 제2호의 율중에서 100분의 1 미만 부분은 없는 것으로 본다.

1. 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세

2. (당해 과세연도의 상시근로자수 - 직전 과세연도의 상시근로자수) / (직전 과세연도의 상시근로자수) × 50/100

⑦ 제1항 또는 제2항의 규정에 의한 상시근로자의 범위 및 근로자수의 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑧ 제1항 및 제2항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 (2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제27조의2(고용창출형창업기업에 대한 세액감면) ① 법 제30조의2 제1항 제2호에서 "업종별로 대통령령이 정하는 상시근로자수"라 함은 다음 각 호의 구분에 따른 인원수를 말한다.

1. 제조업 및 광업: 10인

2. 제1호에 규정된 업종외의 업종: 5인

② 법 제30조의2 제1항 및 제2항의 규정에 의한 "상시근로자"는 근로기준법 제23조 의 규정에 의하여 근로계약을 체결한 내국인 근로자를 말한다. 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 자를 제외한다.

1. 근로계약기간이 1년 미만인 자

3. 당해 기업의 최대주주또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다)와 그 배우자

4. 제3호에 해당하는 자의 직계존비속과 그 배우자

5. 제3호에 해당하는 자의 형제자매

6. 소득세법 시행령 제196조 에 규정된 근로소득원천징수부에 의하여 근로소득세를 원천징수한 사실이 확인되지 아니하고 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 보험료 등의 납부사실도 확인되지 아니하는 자

• 가. 국민연금법 제3조 의 규정에 의한 부담금 및 기여금
• 나. 국민건강보험법 제62조 의 규정에 의한 직장가입자의 보험료

③ 법 제30조의2 제1항 및 제2항의 "상시근로자수"는 직전 또는 당해 과세연도의 매월 말일 현재의 상시근로자수를 합하여 직전 또는 당해 과세연도의 월수로 나누어 산정한 인원수로 한다. 이 경우 제11조 제1항의 규정에 의한 특수관계자로부터 상시 근로자를 승계한 경우에는 당해 과세연도의 상시근로자수 산정시 이를 제외한다.

④ 법 제30조의2의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 감면받고자 하는 내국인은 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면 신청서 및 감면세액계산서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2017.3.31. 2011사업연도분 법인세 신고와 관련하여 조특법 제30조의2에 따른 고용창출형 창업기업에 대한 세액감면의 적용대상에 해당함에도 창업벤처중소기업에 대한 세액감면을 적용받아 납부할 세액을 과다하게 신고하였다고 하여 OOO원의 환급을 구하는 2차 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구법인이 2013년 5월 법인세통합조사로 경정․고지된 2011사업연도분 법인세 산출세액 및 감면세액을 반영하지 않고 경정청구한 사실을 확인하고 기감면세액을 OOO원으로 경정하여 OOO원을 환급결정하였다.

(2) 청구법인이 2011사업연도 법인세 세액감면 적용과 관련하여 경정청구한 내역 등은 다음과 같다. (가) 청구법인은 조특법 제6조 제2항 창업벤처중소기업의 세액감면 적용을 구하는 1차 경정청구OOO를 하였으나, 처분청이 청구법인이 벤처기업인지 확인할 수 없다고 하여 경정청구 거부통지를 하자, 이에 대하여 심판청구를 제기하였다 (나) 처분청은 위 심판청구의 심리가 진행되는 중에 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 청구법인에게 2011사업연도 법인세 산출세액 OOO를 경정․고지하였고, 이후 청구법인의 심판청구가 인용결정 되자 법인세 통합조사에 따른 경정분을 반영하여 창업벤처중소기업의 세액감면에 대한 2011사업연도 법인세 OOO원을 환급결정하였다. (다) 청구법인은 2011사업연도 법인세 세액감면 유형을 창업벤처중소기업의 세액감면에서 고용창출형 창업기업에 대한 세액감면으로 변경하여 2차 경정청구OOO를 하였으나, 경정청구 감면세액 산정시에 위 법인세 조사 경정분이 반영된 청구법인의 직전 법인세 산출세액이 아닌 1차 경정청구서에 기재된 법인세 산출세액을 기준으로 경정청구를 하였다. (라) 이에 처분청은 2차 경정청구서상 기감면세액은 위 법인세 조사 경정분이 반영된 감면세액으로 정정 OOO 하였으나, 감면대상 과세표준은 법인세 조사 경정분을 반영하지 않고 고 용창출형 창업기업에 대한 세액감면을 OOO원으로 산정하여 2011사업연도 법인세 OOO원을 환급경정하였다.

(3) 처분청이 작성한 2차 경정청구서에 대한 검토보고서(2017.5.17.)의 주요 내용에 의하면, 청구법인은 조특법 제30조의2 및 같은 법 시행령 제27조의2에 따른 고용창출형 창업기업에 대한 세액감면의 적용요건(창업요건, 업종여건, 업종별 최소 고용인원 이상 고용 등)에 부합한 것으로 기재되어 있고, 감면세액 계산내역에 따르면 청구법인이 1차 경정청구시(법인세 통합조사 미반영분) 감면과세표준으로 신고한 OOO원에 대한 산출세액만을 기준으로 감면세액을 산출한 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 2차 경정청구시에 감면대상소득의 구분 자료를 제출하지 않았다 하여 법인세 통합조사 결과에 따라 증가한 각사업연도소득금액을 전액 비감면소득금액으로 보아 감면세액을 산정하였으나, 당초 처분청은 1차 경정청구에 대한 심판청구 인용결정에 따라 법인세를 경정하면서 법인세 통합조사에 따른 경정분을 반영하여 2011사업연도 감면대상소득을 당초 OOO원으로 증액하여 경정결정한 것으로 나타나고 있어, 청구법인의 2차 경정청구 이전에 이미 법인세 통합조사 경정분을 감면 및 비감면대상소득으로 구분하여 경정하였다 할 것인 점, 청구법인의 2차 경정청구에 대한 세액계산시 법인세 통합조사가 반영된 기감면세액을 적용하여 산정한 점 등에 비추어 비록 청구법인이 2차 경정청구시에 법인세 통합조사 경정분을 반영하지 못한 채 금액을 잘못 기재하여 경정청구하였다 하더라도 처분청이 경정내용을 반영하여 감면세액을 계산함이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 따라 주문과 같이 결정한다.