쟁점주택 양도소득금액 산정 시 장기보유특별공제율 80%를 적용하여야 하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2005.3.25. 취득한 OOO주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 2016.11.21. OOO원에 양도한 후 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 고가주택에 대한 양도차익 계산 및 장기보유특별공제율 80%를 적용하여 양도소득세를 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 2017.5.4.～2017.5.23. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인과 그 배우자 OOO이 주거용 오피스텔 3채를 보유하면서 주택임대사업자등록을 하였으나, 쟁점주택은 소득세법 시행령제155조 제19항에 따른 2년 이상 거주요건을 충족하지 못하여 1세대 1주택 비과세 규정을 배제하고 장기보유특별공제율 30%를 적용하여 2017.5.29. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2017.7.10. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점주택 매각 전에 배우자 소유의 아파트 1채와 장기임대요건을 갖춘 자신이 소유한 오피스텔 2채 및 배우자가 소유한 오피스텔 1채를 보유한 상태에서 양도소득세 부담을 최소화하는 방법을 모색하고자 수차례 세무서 방문상담 및 세무전문가로부터 자문을 받았는바, ‘오피스텔은 주거용 임대사업등록을 할 경우에는 주택으로 보지 아니한다’라고 하고, 배우자 소유의 아파트를 먼저 매도하여야 양도소득세 부담을 최소화할 수 있다고 하여 배우자의 아파트를 급매처리한 후 쟁점주택에 대한 양도소득세를 신고․납부하였으며, 또한 임대주택사업자의 거주용 자가주택 비과세 특례로 신고한 게 아니라 단순한 ‘고가주택의 1세대 1주택 비과세’로 신고하였다. 소득세법제95조 제2항 [표2]의 장기보유특별공제 제도의 입법취지가 장기간 보유한 자산의 세부담을 완화하는데 있고, 2011.10.14. 이후 양도분부터는 전국에 일정규모 이하의 주택으로서 1주택 이상의 매입주택에 대해 장기임대사업자등록을 할 수 있도록 규정하면서 5년 이상 임대조건을 충족하고 거주주택을 양도하는 경우 장기임대주택은 거주자의 주택수에서 제외하도록 개정된 사실 등을 종합해 볼 때 쟁점주택 양도는 1세대 1주택 비과세 요건을 갖추지 못하므로 과세되는 1세대 1주택으로 보아 장기보유특별공제율을 80% 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점주택이 장기임대주택에 대한 1세대 1 주택 규정 중 사업자등록 후 2년 이상 거주요건을 충족하지 못하여 비과세대상이 아니라는 점은 인정하면서 청구인과 그 배우자가 소유한 오피스텔 3채는 주택임대사업자 등록을 하였기에 양도소득세 계산시 보유 주택수에서는 제외하여야 하므로 쟁점주택은 비과세를 적용받지 못하는 1세대 1주택에 해당되어 장기보유특별공제율 80%(소득세법제95조 제2항 [표2])를 적용하여야 한다고 주장하나, 소득세법 시행령제167조의3 제1항 제2호에서 규정하는 임대주택의 주택수 제외는 1세대 3주택 이상 중과세율을 적용하는 경우에 임대주택을 주택수에서 제외한다는 규정일 뿐, 이 건과 같이 1세대 1주택 여부를 판단하는 규정이 아니며, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는바 거주요건을 충족하지 못하는 주택 양도에 있어서는 1세대 1주택에 해당하지 아니하므로(OOO법원 2015.10.27. 선고 2015구단10424 판결 참조), 1세대 1주택의 경우에 적용하는 소득세법제95조 제2항 [표2]의 장기보유특별공제율 80%가 적용될 수 없다 할 것이다.

• 가. 쟁점 쟁점주택 양도에 따른 양도소득금액 산정시 장기보유특별공제율 80%를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점주택에 대한 양도소득세 신고 및 경정내역은 다음과 같다. <표1> 양도소득세 신고 및 경정내역

(2) 양도소득세 조사종결보고서(2017년 5월)를 보면, 주요 조사내용은 다음과 같다. (가) 1세대 1주택 해당여부: 청구인과 그 배우자 OOO은 2016.11.21. 쟁점주택 양도 당시 3채의 오피스텔을 보유중으로 모두 2016.9.27. 주택임대사업자등록을 하였는바, 쟁점주택은 2005년 경매로 취득한 건물로 공부상 상가이나 임대차계약서 등으로 보아 주거용 건물로 확인되었고, 오피스텔 OOO호는 2014.2.13. 이후 주거용 전입내역이 확인되었으며, 오피스텔 OOO호는 2016.11.22. 이후 전입신고내역이 확인되어 청구인의 소유 주택수에 포함된다. 소득세법 시행령제155조 제19항은 장기임대주택을 제외하고 ‘1주택’을 소유한 거주자가 임대주택에 대한 사업자등록 후 거주기간이 2년 이상인 ‘1주택’을 양도하는 경우에는 1세대 1주택 비과세를 적용한다고 규정하고 있으므로 쟁점주택 양도 당시 주택임대사업자 등록 후 2년 미만일 뿐만 아니라 쟁점주택에서 거주하였다는 사실이 확인되지 않아 1세대 1주택 비과세 규정이 적용될 여지가 없다. 한편, 조특법 제97조에서 규정한 장기임대주택은 2000.12.31.까지 5호 이상을 임대하는 경우에 적용되는 것으로 이 건은 임대개시기간 및 임대호수를 충족하지 못하였기에 해당 규정이 적용되지 않는다. (나) 장기보유특별공제: 청구인은 당초 쟁점주택이 1세대 1주택 고가주택에 해당한다고 보아 양도가액 중 OOO원에 해당하는 양도차익 OOO원은 비과세 양도차익으로 하고, 장기보유특별공제(80%) OOO원을 적용하여 양도소득금액을 OOO원으로 신고하였으나, 쟁점주택은 1세대 1주택 비과세에 해당하는 주택이 아니므로 비과세 양도차익은 없으며 장기보유특별공제액율 30%를 적용하여야 한다.

(3) 청구인과 그 배우자의 사업자등록 및 임대사업자등록 현황은 다음과 같다. <표2> 사업자등록 및 임대사업자등록 현황

(4) 주민등록표에는 청구인과 그 배우자가 쟁점주택에서 거주한 사실이 나타나지 아니한다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 소득세법 시행령제155조 제19항에 의하면, 장기임대주택과 그 밖의 1주택(거주주택)을 소유하는 1세대가 일정한 요건(거주주택은 거주기간이 2년 이상이고, 장기임대주택은 양도일 현재 사업자등록 및 임대사업자등록하여 임대하고 있을 것)을 충족하고 해당 거주주택을 양도하는 경우 제154조 제1항에 따른 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하도록 규정하고 있으며, 소득세법제95조 제2항 단서규정은 1세대 1주택 비과세 요건에 해당하는 자산의 양도차익에 [표2]에 따른 보유기간별 공제율(최대 80%)을 곱하여 계산한 금액을 양도소득금액으로 규정하고 있는바, 이 건의 경우 청구인이 쟁점주택에서 2년 이상 거주한 사실이 확인되지 아니하여 쟁점주택은 소득세법 시행령제155조 제19항에 따른 1세대 1주택 비과세 적용대상이 아닐 뿐만 아니라 1세대 1주택 비과세요건에 해당하는 고가주택도 아니므로 소득세법제95조 제3항 [표2]에 따른 장기보유특별공제율 80%를 적용하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 소득세법(2016.1.19. 법률 제13797호로 개정되기 전의 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다.(단서 생략) (2) 소득세법 시행령(2016.11.29. 대통령령 제27617호로 개정되기 전의 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다.(단서 생략)

⑤ 제1항의 규정에 의한 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항의 규정에 의하고, 동항의 규정에 의한 거주기간은 주민등록표상의 전입일자부터 전출일까지의 기간에 의한다.

⑩ 제1항에 따른 1세대 1주택이 다음 각 호의 요건에 모두 해당하는 경우에는 제155조 제19항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1주택을 보유한 것으로 보아 제1항을 적용한다.

1. 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따라 임대주택으로 등록한 사실이 있을 것

2. 해당 주택의 보유기간 중에 제155조 제19항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택이 있었을 것

⑪ 법 제89조 제1항 제3호 나목에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다. 제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한 제156조(고가주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호에서 “가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액[1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다]이 9억원을 초과하는 것을 말한다. 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다.(후단 생략)

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 법 제95조 제1항에 따른 양도차액 × 양도가액 - 9억원 양도가액

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액 × 양도가액 - 9억원 양도가액 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제4항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다).(단서 생략)

• 가. 민간임대주택에 관한 특별법제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택
• 나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록등을 하고 주택법제2조제6호에 따른 국민주택규모에 해당하는 민간임대주택에 관한 특별법제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택을 2호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택