대주주가 양도하는 중소기업 비상장주식에 대하여 양도세율 10%를 적용해야 한다는 청구주장의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인 OOO(이하 “청구인들”이라 한다)는 2016.7.14. 다음 <표1>과 같이 중소기업 비상장주식(<표1>의 양도주식을 이하 “쟁점주식”이라 한다)을 양도하고 2016.11.30. 쟁점주식 양도에 대한 양도소득세 예정신고를 하면서 쟁점주식의 양도가 대주주가 양도하는 중소기업의 주식에 해당한다고 보아 20%의 세율을 적용하여 신고하였다.
• 나. 이후 청구인들은 대주주가 양도하는 중소기업 주식이라 하더라도 비상장주식의 경우에는 10%의 양도소득세 세율을 적용하여야 함에도 20%로 잘못 적용하여 신고하였다고 하면서 다음 <표2>와 같이 2016년 귀속 양도소득세 감액 경정청구를 제기하였다.
• 다. 처분청은 비상장주식의 경우에도 대주주가 양도하는 중소기업 주식은 20%의 양도소득세 세율 적용 대상이라고 보아 2017.4.10. 등 청구인들에게 경정청구 거부통지를 하였다.
• 라. 청구인들은 이에 불복하여 2017.7.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인의 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 (1) 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목이 2015.12.15. 개정되기 전에는 모든 중소기업의 양도소득에 대하여 10%의 세율이 적용되다가 2015.12.15. 소득세법이 개정되면서 10%의 세율이 적용되는 경우는 “대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정”하는 것으로 규정하였다. 그런데, 2015.12.15. 개정된 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대주주”의 범위를 대통령령에 위임하여 같은 법 시행령 제157조 제4항에서 대주주에 대하여 규정하고 있었으나 이는 “주권상장법인의 대주주”의 범위를 위임한 것으로 보아야 하고 “비상장법인의 대주주”의 범위에 대하여는 위임을 하지 아니하였다고 할 것이므로 소득세법상 “비상장법인의 대주주”의 범위에 대하여는 규정이 없는 것으로 보아야 한다. 이와 같은 해석은 2016.12.20. 개정된 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”를 “대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주”로 개정함으로써 대통령령으로 위임하는 것을 “주권상장법인의 대주주”의 범위로 명확히 한 것에서 알 수 있는바, 종전 규정의 “대통령령으로 정하는 대주주” 역시 “주권상장법인의 대주주”의 범위를 대통령령에 위임한 것이 분명하다고 할 것이다. 따라서, 쟁점주식 양도에 적용될 2015.12.15. 개정된 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 “중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다)”의 “대주주”는 “주권상장법인 중 중소기업의 대주주”를 의미하는 것으로 보아야 할 것이므로 비상장법인으로서 중소기업의 주식인 쟁점주식에 대하여는 2015.12.15. 개정전 소득세법 규정과 같이 10%의 세율이 적용되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 2015.12.15. 개정된 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목에서 규정하고 있는 “대주주”는 같은 법 제94조에서 대통령령에 위임하고 있는 “대주주”의 범위와 동일한 것으로 보아야 하고, 같은 법 시행령 제157조는 “대주주”를 상장주식 및 비상장주식의 대주주를 모두 포함하는 개념으로 규정하고 있다. 따라서, 2015.12.15. 개정된 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”를 주권상장법인의 대주주만을 의미하는 것으로 해석해야 한다는 청구인들의 주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁 점 대주주가 양도하는 중소기업 비상장주식에 대하여 양도세율 10%를 적용해야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률 <별지2> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주식이 중소기업 비상장법인의 주식에 해당하고 청구인들이 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정된 것) 제94조 제1항 제3호 가목의 “대주주”에 해당한다는 점에 대하여는 청구인들과 처분청 간 이견이 없는 것으로 나타난다

(2) 2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정되기 전 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목은 모든 중소기업 주식의 양도소득에 대하여 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였다가 2015.12.15. 개정되면서 중소기업 주식 중 “대주주가 아닌 자가 양도하는 경우”에만 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였고, 이와 관련하여 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 2015.12.15. 개정 전‧후 모두 “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 하여 “대주주”에 대하여 규정하면서 “제3장 거주자의 양도소득에 대한 납세의무”에서 사용하고 있는 “대주주”는 모두 위 제94조 제1항 제3호 가목의 “대주주”와 동일한 의미로 사용하는 것으로 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 2015.12.15. 개정된 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”는 “주권상장법인 중 중소기업의 대주주”를 의미하는 것으로 보아야 할 것이므로 비상장법인으로서 중소기업의 주식인 쟁점주식에 대하여는 10%의 양도소득세 세율이 적용되어야 한다고 주장하나, 2015.12.15. 개정된 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”는 같은 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 그 범위를 대통령령에 위임하고 있는 “대주주”와 동일한 것으로 보아야 할 것인바, 위 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 규정하고 있으므로 문언해석상 동 규정의 “대주주”는 상장법인 및 비상장법인의 대주주를 모두 포함하는 것으로 봄이 타당하다. 따라서 처분청이 비상장주식인 쟁점주식의 경우에도 대주주가 양도하는 중소기업 주식은 20%의 양도소득세 세율 적용 대상이라고 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.