분할법인에서 발생한 연구인력개발비를 분할신설법인인 청구법인에서 발생한 연구인력개발비로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. OOO(주)(분할법인으로, 이하 “OOO”라 한다)는 2007.9.1.을 분할기일로 하여 ‘투자사업부문’과 ‘투자사업부문을 제외한 제조사업부문 일체’를 인적분할 방식으로 분할하였고, 청구법인은 이중 ‘투자사업부문을 제외한 제조사업부문 일체’를 사업부문으로 하여 설립된 분할신설법인으로, 청구법인은 분할시 1990년 설립된 OOO 종합기술원과 1998년 설립된 OOO 2곳의 기업부설연구소를 승계하여 운영하고 있다.
• 나. 청구법인은 2011사업연도 각 사업연도 소득의 법인세를 신고․납부하면서 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제10조에 따른 연구․인력개발비에 대한 세액공제(이하 “세액공제”라 한다)를 신청하였고 그 세액공제액을 조특법 제10조 제1항 제3호 가목 규정(이하 “증가형 방식”이라 한다)을 적용하여, 2011사업연도 중 연구․인력개발비(이하 “연구개발비”라 한다) 발생액 OOO원에서 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 직전 4년간 발생한 연구개발비의 연평균 발생액 OOO원을 초과하는 금액의 40%인 OOO원을 신청하였고, 직전 4년간 발생한 연구개발비의 연평균 발생액의 산정에 있어 아래 <표1>와 같이 2007.1.1.～2010.12.31.간 연구개발비를 모두 합계(합계액 OOO원)하고 이를 4로 나눈 금액인 OOO원을 연평균 발생액으로 산정하였다. OOO
• 다. 청구법인은 2017.1.24. 처분청에 조특법상 세액공제액의 산정에 있어 직전 4년간 발생한 연구개발비의 연평균 발생액의 산정시, ‘분할일이 속하는 사업연도의 개시일로부터 분할일까지의 기간인 2007.1.1.～8.31.(이하 “분할전기간”이라 한다)에 발생한 연구개발비는 제외하여야 한다’는 취지의 경정청구를 신청하였고, 처분청은 2017.3.29. ‘청구법인이 분할시 분할법인인 OOO로부터 사업의 일부를 승계한 것으로 보기 어려우므로, 분할전 기간에 발생한 연구개발비를 포함하여야 한다’는 취지로 경정청구를 거부한바, 청구법인이 경정청구시 제시한 직전 4년간 발생한 연구개발비는 아래 <표2>와 같이 2007.9.1.～2010.12.31.간 연구개발비를 합계(합계액 OOO원)하고 이를 4로 나눈 금액인 OOO원을 연평균 발생액으로 산정한 것이다. OOO
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.6.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조특법 시행령 제9조 제5항 단서규정, 같은 법 기본통칙 10-9…3, 기획재정부 유권해석(재조세-157, 2004.3.15.) 및 국세청 유권해석(법인-676, 2010.7.14.과 법규과-627, 2013.5.30.)에 비추어, 분할신설법인의 직전 4년간 발생한 연구개발비의 합계액을 산정함에 있어 분할전기간의 연구개발비는 분할신설법인인 청구법인이 아닌 분할법인인 OOO에서 발생한 것으로 보아야 하고, 분할일부터 분할일이 속하는 사업연도 종료일(이하, “분할후기간”이라 한다)까지 발생한 연구개발비는 분할신설법인인 청구법인에서 발생한 것으로 보아야 한다. 분할일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도에 직전 4년간 발생한 일반 연구개발비의 합계액을 ‘과거 4년간 발생한 합계액은 분할일이 속하는 사업연도의 직전 3년간 비용과 분할후기간의 연구개발비를 합산하는 것’으로 본 기획재정부(재조특-824, 2013.9.24.)와 같은 취지의 국세청(법인세과-676, 2010.7.14.)의 유권해석이 있은 후, ‘직전 4년간 연구개발비 연평균액 계산시 분할전기간을 제외한 4년간의 연구개발비를 합산하였으므로 48개월에 미달하는 것이므로 월환산하는 것’으로 본 국세청의 유권해석(법인-385, 2011.5.31.)이 있었으나, 새로운 기획재정부의 유권해석(재조특-824, 2013.9.24.)에서 ’분할전기간을 제외하더라도 분할신설법인의 최초로 발생한 과세연도 개시일로부터 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월에 미달하지 않으므로 월환산이 아닌 합계액을 4로 나누어야 하는 것’으로 보았고, 이에 국세청은 종전 유권해석(법인-385, 2011.5.31.)이 새로운 기획재정부의 유권해석(재조특-824, 2013.9.24.)에 상충되는 것으로 보아 이를 정비한바, 이를 보아도 분할전기간의 연구개발비는 분할전신설법인인 청구법인에게 승계되지 않는다고 전제한 것임을 알 수 있다. 분할신설법인의 분할일이 속하는 사업연도의 연구개발비를 분할후기간에 발생한 연구개발비로 볼 경우, 일반적으로 그 발생기간은 12개월 미만이라 할 것인데 이 건 사업연도에 적용되는 조특법 시행령 제9조 제5항(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정되고 2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것)에서 4년간 연구개발비의 연평균 발생액은 월환산을 적용하지 아니하고 해당 과세연도 개시일로부터 소급하여 4년간 발생한 연구개발비의 합계액을 해당 과세연도 개시일로부터 소급하여 4년간 연구개발비가 발생한 과세연도의 수로 나누어 해당 과세연도의 개월 수로 환산하도록 규정하고 있으므로, 청구법인의 직전 4년간 연평균액 계산시, 분할전기간을 제외한 직전 4년간 발생한 연구개발비의 합계액을 4로 나누어 계산하여야 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 청구주장과 같이 분할전기간에 발생한 연구개발비를 제외하기 위해서는, 분할에 따라 분할신설법인인 청구법인이 분할법인으로부터 연구개발비와 관련된 연구·인력개발 활동을 영위하는 사업의 일부를 승계한 경우에 해당하여야 할 것인바, 조특법에서 그 의미를 구체적으로 규정하고 있지 아니하나 조특법상 세액공제의 입법취지는 기술개발에 의한 생산성 향상으로 국제경쟁력을 제고하기 위하여 연구·인력개발 활동을 영위하는 사업에 조세지원을 해주고자 하는 것으로 그와 관계없는 분할에 따라 세액공제 혜택이 더 주어진다면 이는 입법취지에 부합하지 않는다고 할 것이므로 이에 비추어 기획재정부와 국세청의 해석(재조특-824, 20013.9.24.와 법인세과-676, 2010.7.14.) 등에서 ‘분할법인이 운영하던 사업의 일부를 분할신설법인이 승계한 때’의 ‘사업의 일부’란 분할법인이 운영하던 모든 사업 중 일부가 아니라 ‘연구·인력개발 활동과 관련된 사업의 일부’를 의미한다고 해석함이 타당하다. 이 건과 같이 ‘연구·인력개발과 관련한 사업의 전부’를 분할신설법인인 청구법인만이 승계한 경우에는, 분할 이후에는 분할법인에서 연구개발비가 발생하지 아니하고 분할신설법인(청구법인)에서만 연구개발비가 발생하게 되고 그에 대한 세액공제도 청구법인에서 발생한 연구개발비를 그 대상금액으로 하게 되므로, 증가형 방식을 적용함에 있어 직전 4년간 연구개발비의 산정에 있어서 분할전기간의 연구개발비도 결국 청구법인이 전부 승계한 사업부문에서 발생한 것이라고 보는 것이 타당하고, 그러하지 아니할 경우 연구·인력개발 활동과 관련이 없는 분할법인의 사업부문에서 연구개발비가 발생한 것이 되고 분할신설법인(청구법인)이 세액공제시 증가형 방식을 적용함에 있어 세액공제 기준금액이 감소하여 연구개발비의 증가 없이 분할 만으로 세액공제가 증가하는 결과에 이르게 되므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다. 세액공제의 기준금액을 계산함에 있어 일반연구개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 세액공제 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만이라도 동 기간의 연구개발비 합계액을 48개월로 환산하여 4분하지 않고 단순 4분하도록 한 조특법 시행령 제9조 제4항 개정규정은 2012년에 개시하는 과세연도분부터 적용하도록 같은 법 시행령 부칙 제2조에 규정하고 있어 개정전 규정이 적용되는 이 건에 있어 연구개발비의 합계액을 48개월로 환산하도록 해석할 여지가 없고 청구법인이 제시한 기획재정부의 해석(재조특-824, 20013.9.24.)과 그에 따라 국세청의 해석(법인세과-385, 2011.5.31.)이 정리되었다고 하여도 이를 소급하여 적용하기 어렵다고 할 것이고, 청구주장과 같이 분할전기간에 발생한 연구개발비를 직전 4년간 발생한 연구개발비의 연평균 발생액에서 제외하더라도 이를 48개월로 환산하여 4분하게 되면 세액공제 금액이 감소되어 오히려 추가납부세액이 발생하게 될 것이다.

• 가. 쟁 점 연구·인력개발비 세액공제 대상액의 산정(증가형 방식시)에 있어 사업연도 중 물적분할한 경우, 그 ‘사업연도 개시일～분할일 전일’까지 분할법인에서 발생한 연구·인력개발비를 분할신설법인인 청구법인에서 발생한 연구·인력개발비로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등: 별지 참조
• 다. 사실관계 및 판단

(1) OOO가 2007.6.12. 증권거래법에 따라 금융감독위원회 등에 제출한 ‘분할신고서’에는 분할에 대하여 아래 <표3>과 같이 기재되어 있고, 상기 분할에 따라 2007.6.1. 청구법인이 분할신설법인으로 신설설립되었다. OOO

(2) 청구법인은 2011사업연도의 법인세 신고시 증가형 방식에 따른 세액공제를 신청하면서 직전 4년간 발생한 연구개발비 연평균 발생액을 산정함에 있어 분할전기간에 발생한 연구인력개발비(OOO원)를 포함하여 상기 <표1>과 같이 산정하였고, 청구법인은 2017.1.24. 처분청에 상기 직전 4년간 발생한 연구개발비 연평균 발생액을 산정함에 있어 ‘분할전기간에 발생한 연구인력개발비(OOO원)를 제외하여야 한다’는 내용의 경정청구를 제출한바, 연구개발비 세액공제와 관련하여 청구법인의 당초 신고와 경정청구 제기 내용을 비교하면 아래 <표4>와 같다. OOO

(3) 이에 처분청은 2017.3.29. 청구법인의 경정청구를 거부한바, 거부시 통지한 공문의 내용은 아래 <표5>와 같다. OOO

(4) OOO가 2007.9.5. 금융감독위원회에 제출한 분할종료보고서에는 분할 전후의 요약재무정보가 아래 <표6>과 같이 기재되어 있고, OOO가 2007.6.12. 제출한 상기 분할신고서에는 분할에 따른 매출액 등의 비중에 대하여 아래 <표7>과 같이 기재되어 있다. OOO OOO

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조특법상 연구·인력개발비 세액공제제도는 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 그 취지가 있는 것(대법원 2001.1.19. 선고 99두8718 판결 참조)이고, 사업연도 중 분할이 있는 경우의 연구개발비의 합계액 계산과 관련하여 조특법 시행령 제9조 제5항은 ‘분할신설법인의 경우에는 분할을 하기 전에 분할법인으로부터 발생한 연구개발비는 분할신설법인에서 발생한 것으로 본다. 다만, 분할법인이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우에는 분할법인에서 분할을 하기 전에 발생한 연구개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 분할법인에서 발생한 연구개발비로 본다’라고 규정하고 있다. 청구법인은 ‘분할전기간에 발생한 연구개발비’는 분할법인인 OOO에서 발생한 것으로 청구법인이 2011사업연도의 증가형 방식에 따른 세액공제를 산정함에 있어 직전 4년간 발생한 연구개발비의 연평균 발생액 산정에서 제외되어야 한다고 주장하나, 조특법상 연구·인력개발비 세액공제제도의 취지에 비추어 세액공제시 증가형 방식을 적용하는 경우 그 비교대상이 되는 ‘직전 4년간 발생한 연구개발비의 연평균 발생액’과 ‘당해 사업연도의 연구개발비 발생액’은 서로 동질성이 있어야 할 것인바, 청구법인은 OOO의 사업부문 중 투자사업부문을 제외한 제조사업부문 일체를 분할하여 신설된 법인으로 분할전기간에 발생한 연구개발비는 제조사업부문에서 발생한 것임에도 이를 비교대상에서 제외한다면 ‘직전 4년간 발생한 연구개발비의 연평균 발생액’은 10개월간[40개월(2007.9.1.～2010.12.31.)을 4로 나눈 것] 발생한 연구개발비이나 ‘당해 사업연도의 연구개발비 발생액’은 12개월간(2011.1.1.～12.31.) 발생한 연구개발비로 그 기간이 달라 과세의 형평성 문제가 발생하게 되는 문제점이 있다고 할 것이다. 반면, 분할전기간에 발생한 연구개발비를 직전 4년간 발생한 연구개발비의 연평균 발생액 산정에 포함하게 되면 ‘직전 4년간 발생한 연구개발비의 연평균 발생액’과 ‘당해 사업연도의 연구개발비 발생액’ 모두 12개월간 발생한 연구개발비로 그 기간이 같아지게 되어 처분청이 제시한 계산방식이 연구개발비 세액공제제도의 입법취지, 과세의 형평성 등에 비추어 더 합리적이라고 판단되고, 따라서 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것) 제10조 (연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장동력연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구·인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25

2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

• 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15
• 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

3. 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

④ 제1항 제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구·인력개발비와 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제9조 (연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ④ 법 제10조 제2항에 따른 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 계산은 다음의 계산식에 따른다. 이 경우 해당 내국인의 일반연구·인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간에 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액으로 본다. (해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액/4)×(해당 과세연도의 개월 수/12)

⑤ 제4항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 “합병법인등”이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자(이하 이 항에서 “합병등”이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 “피합병법인등”이라 한다)로부터 발생한 일반연구·인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 일반연구·인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인등에서 발생한 일반연구·인력개발비로 본다.

⑥ 제4항의 계산식을 적용할 때 개월 수는 월력에 따라 계산하되, 과세연도 개시일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 1개월로 하고, 과세연도 종료일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 산입하지 아니한다.

(3) 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것) 제9조 (연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ④ 법 제10조 제2항에 따른 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 계산은 다음의 계산식에 따른다. 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·개발비의 합계액/해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다) × 해당 과세연도의 개월 수/12