사업시행인가를 조건으로 기부채납한 부동산의 매입세액을 토지를 포함한 총공급가액에서 면세가 차지하는 비율로 안분계산하여 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 1999.9.28. 스포츠용품, 잡화 수출입업 및 도매업을 주업종으로 설립(상호: OOO)된 후 2006.3.10. 건축설계업, 건설업, 부동산개발 및 컨설팅업 등으로 업종을 변경(상호: OOO)하여 현재까지 부동산시행 및 분양업을 영위하고 있고, OOO’(이하 “이 건 사업”이라 한다)의 사업시행인가(2010.4.8.)를 받는 조건으로 OOO 연결통로와 정비기반시설(도로, 공공공지, 자전거 주차장 등, 이하 연결통로와 합하여 “쟁점기부채납물건”이라 한다)을 건설하여 OOO와 OOO에게 기부채납하고 2010년 제2기～2015년 제2기 과세기간의 부가가치세 매입세액 합계 OOO원(이하 “쟁점공통매입세액”이라 한다)을 이 건 사업의 토지를 제외한 신축건물과 관련된 공통매입세액으로 보아 과‧면세 공급가액 비율(국민주택규모 기준)로 안분하여 부가가치세를 신고하였다.
• 나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)이 2016.12.19.～2017.1.23. 기간 동안 법인세 통합조사를 실시한 결과, 쟁점기부채납물건을 위하여 지출된 비용을 건물의 신축만이 아니라 이 건 사업 전체와 관련된 것으로 보아 쟁점공통매입세액을 총공급가액 중 토지 및 건물의 과‧면세 공급가액 비율로 안분하여 과세하도록 자료통보를 하자, 처분청은 2017.4.13. 청구법인에게OOO과 같이 2012년 제1기부터 2015년 제2기까지의 부가가치세 합계 OOO원을 경정‧고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.6.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점공통매입세액은 건물의 가치증가에 직접적인 영향을 미치므로 건물에 대한 자본적 지출에 해당하여 건물과 관련된 매입세액으로 보아 토지를 제외한 건물의 과‧면세사업 비율에 따라 안분하여 매출세액에서 공제하여야 할 것이다.

(1) 지하철 연결통로 등의 설치는 건물주 측면에서 건물의 인지도 향상, 이용객의 건물이용 편의 증진, 건물의 효용성 증대로 인한 재산가치 상승, 지하철 승객 유출입 이용 편의로 인한 임대수입 증가 등 건물의 가치상승에 직접적인 효과가 있다. (2) ｢부가가치세법 시행령｣ 제80조 에서는 공제되지 아니하는 ‘토지에 관련된 매입세액’을 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 ① 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액 또는 ② 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액 또는 ③ 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액에 해당하는 경우로 규정하고 있는바, 쟁점공통매입세액이 공제되지 아니하는 ‘토지에 관련된 매입세액’이 되기 위해서는 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출과 관련된 매입세액에 해당하는 경우’여야 할 것(부가가치세 집행기준 38-0-1-⑧)이나, 쟁점기부채납물건의 설치비용은 이에 해당하지 아니하고 ‘신축건물에 대한 자본적 지출’로 보는 것이 타당하다 할 것이다(법규법인 2014-77, 2014.5.15. 등 참조).

• 나. 처분청 의견 이 건 사업은 정비사업구역 내 토지를 취득한 후 주상복합아파트를 건설하여 이를 분양하는 것인바, 청구법인이 쟁점기부채납물건을 건설한 후 OOO에 기부채납한 것은 이 건 사업의 인가와 관련된 세부조건을 이행한 것으로, 쟁점기부채납물건 등과 관련한 공사비 등은 이 건 사업 수행을 위한 불가피한 지출에 해당하고 그 효익은 사업 전반에 영향을 미치는 것이므로 토지와 건물을 합하여 그 총공급가액의 과‧면세사업비율로 쟁점기부채납물건에 대한 매입세액을 안분하여 매출세액에서 공제하는 것이 타당하다.

• 가. 쟁 점 사업시행인가를 조건으로 지방자치단체 등에 기부채납한 부동산의 매입세액을 토지를 포함한 총공급가액에서 면세공급가액이 차지하는 비율로 안분계산하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 이 건 사업의 개요는 OOO와 같다. (나) 쟁점기부채납물건 내역은 OOO와 같다. (다) 쟁점기부채납물건의 공급가액 및 쟁점공통매입세액은 OOO과 같다. (라) 청구법인 및 처분청은 과‧면세 공급가액 비율을 산정함에 있어 그 기준이 되는 토지 및 건물의 공급가액을 2012년 제1기～2015년 제1기 과세기간분은 개별공시지가 및 기준시가로, 2015년 제2기분은 분양(예정)가액으로 하였는바, 그 가액은 OOO와 같다. (마) 청구법인은 건물만의 공급가액을 기준으로 쟁점공통매입세액 불공제비율(면세비율)을 산정하여 부가가치세를 신고하였고, 처분청은 토지와 건물의 총공급가액으로 이를 산정하여 경정하였는바, 그 내역은 OOO과 같다.

(2) 청구법인은 용적률 산정 기준을 제시하며 공공시설물을 설치하는 경우 용적률이 상향된다며 쟁점기부채납물건이 이 건 사업 내 신축건물의 가치를 현실적으로 증가시키기 위한 자본적 지출에 해당한다고 주장하고, 처분청은 이 건 사업과 관련한 고시내역 중 용적률 변동내역은 2010년 정비사업 인가 이후 2015년 공사완료시까지 변동폭이 미미할뿐더러 2008년 정비구역 최초지정시의 상한치인 OOO 이내이므로 쟁점기부채납물건이 이 건 사업의 용적률을 증가시켰다는 사실이 객관적으로 입증되지 않는다는 의견이다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 사업자가 자기 사업과 관련 없이 취득한 재화를 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 완공 즉시 기부채납하는 경우에는 ｢부가가치세법｣ 제26조 제1항 제20호 에 따라 부가가치세가 면제되어 당해 기부채납 재화의 취득과 관련하여 교부받은 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것이 타당하나 사업자가 자기의 사업을 위하여 허가조건에 따라 국가 또는 지방자치단체에게 완공 즉시 기부채납하는 경우 해당 매입세액은 자기의 사업과 관련된 것이므로 사업이 과‧면세 겸업인 경우 ｢부가가치세법 시행령｣ 제81조 에 따라 안분계산하여야 하는 것인바, 쟁점기부채납물건은 이 건 사업 전체의 인‧허가를 조건으로 기부채납된 것이며 토지의 매입, 철거, 신축, 분양 등 사업 전체의 진행과 관련된 것이고 신축된 건물의 가치뿐만 아니라 부수된 토지의 이용편의 및 가치도 함께 증대시키는 것이므로 쟁점공통매입세액을 토지를 포함한 이 건 사업 전체의 총공급가액 중 과‧면세 공급가액이 차지하는 비율에 따라 안분계산하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2011서2123, 2011.11.3. 참조).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등

(1) 부가가치세법 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

20. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상(無償)으로 공급하는 재화 또는 용역 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. (2) 부가가치세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26983호로 개정되기 전의 것) 제80조(토지에 관련된 매입세액) 법 제39조 제1항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 제81조(공통매입세액 안분 계산) ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. 면세사업등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 ×

④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

(3) 소득세법 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 (4) 소득세법 시행령 제163조(양도자산의 필요경비) ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관한 경우를 말한다.

3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것 (5) 소득세법 시행규칙 제79조(양도자산의 필요경비 계산등) ① 영 제163조 제3항 제4호에서 "기획재정부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.

4. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 취득당시 가액

6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용