이 건 심판청구가 적법한 청구인지 여부

OOO세무서장이 2017.3.7. 청구법인에게 한 2012년 귀속 원천징수분 배당소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 OOO을 영위하는 법인으로, 2012년 2월 주식회사 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 주주들에게 배당소득을 지급하면서 배당소득세를 원천징수하지 아니하였다.
• 나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 쟁점 법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결 과, 청구법인이 쟁점법인의 소득을 ｢조세특례제한법｣ 제68조 제4항 에 따른 농업소득으로 보아 배당소득세를 원천징수하지 아니한 사실을 확인하여 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2017.3.7. 청구법인에게 2012년 귀속 원천징수분 배당소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.6.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) ｢조세특례제한법｣ 제68조 제4항에 따라 농업소득에서 발생한 배당소득에 대하여 소득세가 면제되는바, 쟁점법인은 종자를 연구․개발․생산하여 판매하는 농업회사법인이고, 쟁점법인이 종자를 농민들에게 판매하여 얻은 소득은 작물재배업 중 종자 및 묘목생산업을 영위하여 얻은 소득에 해당하므로, 쟁점법인의 배당소득 지급시 청구법인에게 원천징수의무가 없다.

(2) 설령, 쟁점법인의 소득이 농업소득이 아닌 도․소매업을 영위함에 따른 소득에 해당한다고 하더라도, 쟁점법인의 소득을 ｢조세특례제한법｣상 농업소득으로 볼 수 있는지 여부는 세법해석의 의의가 있는 경우에 해당하므로 가산세를 면제하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점법인은 판매용 종자를 재배하기 위한 농지를 소유하거나 임차한 사실이 없고, 계약재배를 통해 농가에서 재배한 종자를 수매하여 판매하고 있을 뿐 자기의 계산과 책임으로 작물을 재배한 사실 이 없으므로, 쟁점법인의 주주들은 ｢조세특례제한법｣ 제68조 제4조의 배당소득세 감면대상에 해당하지 않는다.

(2) 쟁점법인의 경우 해외위탁 채종비율이 매년 96～98%에 이르고 있어 농업을 기업화·규모화하였으므로, 쟁점법인의 소득을 농업소득으로 보는 것은 국내 농업의 생산성을 향상시키고자 하는 ｢조세특례제한법｣ 제68조 의 입법 취지에 맞지 않는다.

• 가. 쟁점

① 쟁점법인의 주주가 받은 배당소득이 ｢조세특례제한법｣ 제68조 제4항 에 따른 감면소득에 해당하지 아니함에도 불구하고 청구법인이 원천징수의무를 이행하지 아니한 것으로 보아 청구법인에게 원천징수분 배당소득세를 과세한 처분의 당부

② 청구법인에게 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청의 심리자료 및 청구법인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 조사청이 조사한 내용에 의하면, 쟁점법인은 주로 국내연구소에서 연구개발⋅생산(일부 국외 소재의 현 지 법인으로부터 매입)한 원종의 대부분을 채종농가 등에게 무상으로 제 공 하고, 나머지를 다른 업체에게 유상으로 판매한 소득을 사용료소득으 로 인식하면서 부가가치세를 납부하고 있다. 또한, 2014사업연도(2013.10.1.～2014.9.30.)의 종자 거 래흐름 및 매입․매출액 내역을 보면, 계약에 따른 채종으로 국내(농가가 생산한 수확물의 수매액 OOO원) 및 국외[현지법인OOO 또는 종자생산업체 등OOO으로부터 수입한 금액 OOO원(95%)]에서 매입한 OOO를 가공․포장하여 국내(OOO원) 및 국외(현지법인에게 OOO원, 종자업체 등에 게 OOO원)에 매출(합계 OOO원)하였고, 관련된 소득에 대하 여 2010년 농업회사법인으로 전환한 후인 2011사업연도부터 2015 사 업연도까지 법인세가 면제되는 것으로 하여 법인세 신고를 하였으며, 2015사업연도 (2014.10.1.～2015.9.30.)의 경우 전체 매출액 중 종자(고추, 무, 배추 등)의 매출액 비중이 대부분(95%)인 것으로 나타난다. (나) 쟁점법인의 2014사업연도 사업보고서에 의하면, 아래 <표1>과 같이 상품종자의 원재료인 OOO가 유일한 원재료인 것으로 나타난다. (다) 한국표준산업분류의 총설 중 ‘산업분류의 적용원칙’에는 수수 료 또는 계약에 의하여 활동을 수행하는 단위의 경우 자기의 계정 및 책 임 하에서 생산하는 단위와 동일한 항목에 분류되어야 하고, 자기가 직 접 실질적인 생산활동을 하지 아니하고 다른 계약업자에게 의뢰하여 재 화 또는 서비스를 자기계정으로 생산하도록 하여 이를 자기의 명의 및 책임 하에서 판매하는 단위의 경우 해당 재화 또는 서비스를 직접 생 산 하는 단위와 동일한 산업으로 분류(제조업의 경우에는 그 제품의 고안 에 중요한 역할을 하고 자기계정으로 재료를 제공하여야 함)하는 것으로 규정되어 있다. (라) OOO에게 이 건 과세처분이 종자업체 전체로 확대될 경우 종자산업의 육성을 통한 종 자주권의 확보, 농업의 신성장동력 육성 등을 하려는 정책의 기조 및 종자산업의 기반이 흔들릴 우려가 있다고 보아 농업회사법인인 종 자 업체의 종자생산활동이 ｢ 조세특례제한법｣ 제68조 제1항에 따른 작물 재배업에 해 당되는지 여부를 질의하였고, OOO은 2017.8.25. 시행한 회신(법인세과-1014)에서 농업회사법인이 원원종을 개발․재배하여 원종을 생산한 후 이를 국내․외에 위탁하여 채종한 OOO를 가공하 여 생산한 상품종자를 판매함으로써 얻은 소득은 ｢ 조세특례제한법｣ 제68조 에 따른 농업소득에 해당하는 것으로 해석하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 처분청은 쟁점법인이 국외 현지법인 및 국외 종자생산업체에게 원종을 무상제공하여 대량생산된 OOO를 매입한 후 이를 가공‧판매하여 발생한 소득은 쟁점법인이 자신의 계산과 책임하에 OOO를 생산한 것으로 볼 수 없어 작물재배업에서 발생한 소득에 해당하지 아니하므로 이를 원천으로 한 쟁점법인의 소득이 ｢조세특례제한법｣ 제68조 에 의해 소득세가 면제되는 배당소득에 해당하지 아니한다는 의견이다. 그러나, 쟁점 법인과 채종농가 등 간에 체결된 계약서 등에 의하 면, 채종농가 등이 하는 OOO 의 생산활동이 쟁점법인의 지도․감독에 의하여 이루어지고 쟁점법인이 채종농가 등에게 OOO의 생산비용과 더불어 원종(OOO 생산의 원재료에 해당)의 불량 등으로 생산중단시 발생한 비용, 채종농가 등 의 귀책이 없이 발생(검역에 따른 발병 등)한 하자있는 OOO의 수매대 가 등을 부담한 것 등으로 볼 때, 쟁점법인의 책임과 계산으로 OOO를 생산 한 것이 아니라고 단정할 수 없는 점, 쟁점법인이 국외에 소재한 농가, 현지법인, 종자생산업체 등으로 하여금 생산하도록 한 OOO를 수입한 것은 OOO의 재배에 필요한 농지 입지의 특성(넓은 면적, 다른 품종과의 교잡방지를 위한 2km 이상의 격리, 원종의 유출방지, 장마의 회피 등 기후, 다량의 수확 등) 상 국내에서 수급에 필요한 OOO를 확보할 만큼의 해당 농지가 부족하 여 불가피한 것으로 보이는 점, 쟁점법인이 채종농가 등에 제공한 원종은 오랜 기간(유전자원의 수집․개발에 2～7년, 원원종․원종의 생산에 3년) 동안 연구개발․ 생 산된 것(OOO의 생산기간은 6개월)임을 볼 때 그 활동이 OOO 의 생산 및 상품종자의 생산․판매와 더불어 일련의 종자생산활동을 구성하고, 이는 한국표준산업분류에서 규정한 작물재배업(종자를 재배 ․ 생산하는 산업활동, 분류기호: 0112)에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 농업회사법인인 쟁점법인이 원원종을 연구개발․재배하여 원종을 생산한 후 계약에 따라 이를 국내외의 채종농가 등에게 제공하여 생산하도록 한 OOO 를 매입․가공하여 생산한 상품종자를 판매함으로써 얻은 소득은 ｢조세특례제한법｣ 제68조 에 따른 농업소득에 해당하고, 그에 따라 이를 원천으로 지급한 배당금은 소득세가 면제되는 배당소득에 해당하는 것으로 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②는 쟁점①의 청구주장이 받아들여져 심리의 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 일부개정되기 전의 것) 제2조(정의) ③ 이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계법 제22조 에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른다. 다만, 한국표준산업분류가 변경되어 이 법에 따른 조세특례를 적용받지 못하게 되는 업종에 대해서는 한국표준산업분류가 변경된 과세연도와 그 다음 과세연도까지는 변경 전의 한국표준산업분류에 따른 업종에 따라 조세특례를 적용한다. 제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등) ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2012년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 농업소득에 대한 법인세를 면제하고 농업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조 제1항을 준용하여 감면한다.

② 대통령령으로 정하는 농업인이 2012년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(농지법에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우만 해당한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제한다. 이 경우 제66조 제5항부터 제8항까지의 규정을 준용한다.

③ 대통령령으로 정하는 농업인이 2012년 12월 31일 이전에 농업회사법인에 농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 제3조 제1호 가목에 따른 농작물재배업·축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제2항에 따른 농지 및 초지는 제외한다)을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다.

④ 농업회사법인에 출자한 거주자가 2012년 12월 31일까지 받는 배당소득 중 농업소득에서 발생한 배당소득 전액에 대해서는 소득세를 면제하고, 농업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득은 소득세법 제14조 제2항 에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다. 이 경우 농업소득에서 발생한 배당소득과 농업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

⑤ 제1항·제3항 및 제4항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2012.12.28. 대통령령 제24271호로 일부개정되기 전의 것) 제65조(농업회사법인에 대한 세액 감면 등) ① 법 제68조 제1항 및 제4항에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득(이하 이 조에서 "농업소득외 소득"이라 한다)을 말한다. 1.농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 시행령 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득

2. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제19조 제1항 에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 부대사업에서 발생한 소득

3. 농산물 유통·가공·판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득

② 법 제68조 제4항 후단에 따라 농업소득에서 발생한 배당소득 및 농업소득외 소득에서 발생한 배당소득은 각 배당시마다 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 각 소득금액은 배당확정일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도에 해당하는 분으로 하며, 각 소득금액이 음수인 경우 영으로 본다.

1. 농업소득에서 발생한 배당소득: 농업회사법인으로부터 지급받은 배당소득 × 농업소득금액 / [농업소득금액 + 농업소득외 소득금액 + 농업소득외 소득을 제외한 그 밖의 농업소득외 소득금액(이하 이 조에서 "기타농업소득외 소득금액"이라 한다]

2. 농업소득외 소득에서 발생한 배당소득: 농업회사법인으로부터 지급받은 배당소득 × 농업소득외 소득금액 / (농업소득금액 + 농업소득외 소득금액 + 기타농업소득외 소득금액)

③ 법 제68조 제1항 또는 제3항에 따라 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서 및 면제세액계산서 또는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 한다.

④ 법 제68조 제4항에 따라 배당소득에 대한 소득세를 면제받으려는 자는 해당 배당소득을 지급받는 때에 기획재정부령이 정하는 세액면제신청서를 농업회사법인에 제출하여야 한다. 이 경우 농업회사법인은 배당금을 지급한 날이 속하는 달의 다음달 말일까지 조합원이 제출한 세액면제신청서를 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

(3) 농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 시행령(2013.3.23. 대통령령 제24484호로 일부개정되기 전의 것) 제2조(농업의 범위) 농어업·농어촌 및 식품산업 기본법(이하 "법"이라 한다) 제3조 제1호 가목에 따른 농업은 다음 각 호와 같다.

1. 농작물재배업: 식량작물 재배업, 채소작물 재배업, 과실작물 재배업, 화훼작물 재배업, 특용작물 재배업, 약용작물 재배업, 버섯 재배업, 양잠업 및 종자·묘목 재배업(임업용 종자·묘목 재배업은 제외한다)

2. 축산업: 동물(수생동물은 제외한다)의 사육업·증식업·부화업 및 종축업

3. 임업: 육림업(자연휴양림·자연수목원의 조성·관리·운영업을 포함한다), 임산물 생산·채취업 및 임업용 종자·묘목 재배업