원원종을 연구개발재배하여 원종을 생산한후 이를 국내외의 채종농가 등에게 제공및생산하도록 한 나종자를 매입가공하여 생산한 상품종자를 판매함으로써 얻은 소득은 조특법 제68조에 의하여 작물재배업에서 발생한 농업소득에 해당하는 것으로 보이고, 이를 원천으로 지급한 배당금은 소득세를 면제함이 타당할 것이므로 청구법인에게 배당소득세를 과세한 처분은 잘못이 있음
원원종을 연구개발재배하여 원종을 생산한후 이를 국내외의 채종농가 등에게 제공및생산하도록 한 나종자를 매입가공하여 생산한 상품종자를 판매함으로써 얻은 소득은 조특법 제68조에 의하여 작물재배업에서 발생한 농업소득에 해당하는 것으로 보이고, 이를 원천으로 지급한 배당금은 소득세를 면제함이 타당할 것이므로 청구법인에게 배당소득세를 과세한 처분은 잘못이 있음
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점법인의 종자를 연구․개발하여 생산 및 판매하는 일련의 산업활동은 한국표준산업분류표상 ‘종자 및 묘목 생산업(01123)’에 해당한다. 따라서 쟁점법인은 농업소득을 가득하여 온 것이며 이를 배당원천으로 하여 지급된 배당소득은 이를 지급받는 거주자에 대하여 소득세 면제대상으로 보아야 한다. (가) 구 조특법 제68조는 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 농업회사법인에 대하여는 2015년 12월 이전에 종료되는 과세연도까지 농업소득에 대한 법인세를 면제하고 농업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조 제1항을 준용하여 감면한다.’라고 규정하였다. 이 때 ‘농업소득’을 같은 법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제66조 제1항에서 규정하였는데, 이를 살펴보면 ‘작물재배업에서 발생하는 소득’을 ‘농업소득’으로 정하고 있다. 다만, 조특법에서는 ‘작물재배업’이 무엇인지에 대하여 별도로 정하지 아니한바, 이는 제2조 정의 규정에 따를 때 통계법에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따르도록 되어 있다. 따라서 한국표준산업분류에 따라 쟁점법인이 원원종 및 원종을 개발․재배하여 원종을 생산한 뒤 이를 국내외 위탁․채종시켜 생산된 나종자를 쟁점법인이 다시 최종적으로 가공함으로써 생산한 상품종자를 판매하는 활동이 어디에 속하는지를 판단하는 것은 쟁점소득이 ‘작물재배업’에서 발생한 소득인지 여부에 대하여 살펴봄에 있어 중점적인 사항이다. (나) 한국표준산업분류는 ‘노지 또는 시설에서 각종 농산물의 종자, 버섯종균, 묘목을 생산하는 것이 주된 산업활동인 경우는 작물재배업(011)의 일종인 ‘01123 종자 및 묘목 생산업’으로 분류한다. 그러나, 종자를 도매하거나 단지 매입하여 판매하는 것이 주된 산업활동인 경우는 도매 및 상품중개업(046)의 일종인 ‘46202 종자 및 묘목 도매업’ 으로 분류한다. 결국, ‘주된 산업활동’을 판단하는 것이 중요한 것인바, ‘주된 산업활동’의 판정에 관한 통계청의 한국산업분류 실무적용을 위한 설명서(2014년 12월)에 따르면, 주된 산업활동은 산출물(재화 또는 서비스)에 대한 부가가치의 크기에 따라 결정되어야 하며, 이에 따라 결정하는 것이 적합하지 아니할 경우 그 해당 활동의 종업원 수 및 노동시간, 임금 및 급여액 또는 설비의 정도에 의하여 결정하도록 하고 있다. 이에 대하여 살펴보면 다음과 같다. 쟁점소득은 도․소매업에서 얻어지는 소득이 될 수 없고 ‘종자 및 묘목 생산업’에서 얻어지는 것으로 보아야 한다. 쟁점법인이 회계법인에게 감사를 받아 공시한 손익계산서 현황을 살펴보면, 2015사업연도 매출액은 OOO이고 이 중 종자 매출은 OOO으로 전체 매출액 중 종자 매출의 비중이 91.09%에 달한다. 이러한 매출을 발생시키기 위하여 쟁점법인의 임직원에 대한 급여나 육종농가에 지급하는 금액을 포함한 종자 매출원가는 OOO으로 매출원가율은 34.81%에 불과함을 알 수 있다. 또한, OOO이 2014년 공시한 기업경영분석에 따르면, OOO의 경우 매출원가율이 84.29%에 달하는바, 쟁점법인의 위와 같은 극히 낮은 매출원가율은 도·소매업을 영위하는 회사의 경우 불가능한 수치로 이해된다. 이는 쟁점법인이 약 27년간 꾸준히 원원종을 수집하여 현재 약 5천여 종의 자체보유 원원종을 보유한 결과라 할 수 있다. 자체보유 원원종이 없을 경우 육성 개발을 위해 로열티를 지급해야 하기 때문에 풍부한 원원종은 쟁점법인의 강력한 경쟁우위라 할 수 있고 낮은 매출원가율은 이로써만 설명될 수 있다. (다) 설사 부가가치에 따라 쟁점법인의 주된 산업활동을 판단하는 것이 어렵다 하더라도 ‘종업원 수 및 노동시간, 임금 및 급여액 또는 설비의 정도’를 살펴볼 때, 쟁점법인의 활동은 작물재배업(011)의 일종인 “01123 종자 및 묘목 생산업”에 해당되는 것임이 명백하다. 이와 관련하여 쟁점법인의 종업원 수와 설비(건축물 연면적)를 살펴보면 다음과 같다. 쟁점법인의 2011사업연도 기준 총 종업원수 379명 중 종묘연구개발 및 종자생산 업무를 진행하고 있는 OOO의 종업원 수 합계는 229명(60.4%, 정규직 196명, 일용직 33명)이다. 또한 OOO의 건축물 연면적은 18,907.28㎡로 쟁점법인의 건축물 총 연면적 23,618.93㎡의 대부분(80.05%)을 차지하고 있다. 이와 같이 부 가가치, 인원 및 시설현황을 살펴볼 때, 원원종 및 원종을 개발․생산한 후 나종자 위탁채종활동을 거쳐 최종 가공하여 생산한 상품종자를 판매하는 쟁점법인의 주된 산업활동은 조특법 제2조에서 준용하는 한국표준산업분류상 작물재배업(011)에 해당한다. 따라서 쟁점법인이 원원종 및 원종을 개발․생산 후 나종자 위탁 채종활동을 거쳐 최종 가공하여 생산한 상품종자를 판매하여 얻은 쟁점 소득은 작물재배업에서 발생한 소득으로 구 조특법 제68조에 따라 법 인세가 면제되는 농업소득에 해당되므로 쟁점법인이 지급한 배당소득에 대하여는 구 조특법 제68조 제4항에 따라 거주자에 대한 배당소득세를 면제함이 타당하다. (라) 구 조특법 제68조의 입법취지를 살펴보더라도 이 건 감면은 기업적 농업경영을 통한 농업회사법인과 그 출자자인 거주자에게 세제혜택을 주어 농업회사법인의 활성화를 지원하기 위함인바, 쟁점법인은 구 조특법 제68조 농업회사법인에 대한 법인세 감면대상에 해당되어야 하며, 그 출자자인 거주자에게는 배당소득세 면제가 적용되어야 한다. 1994년 12월 이전 구 조세감면규제법 제53조(1993.12.31. 법률 제4666호로 개정)에서는 농어촌발전특별조치법에 의한 위탁영농회사에 대하여는 농업경영 및 농작업의 대행사업에서 발생한 소득에 대한 법인세를 5년간 50%를 감면하는 것으로 규정하고 있었다. 당시에는 농업회사법인이라는 제도는 없었으며 위탁영농회사라는 제도만 존재하였기에 이에 대한 조세감면 혜택만이 존재하고 있던 중 1993년 12월 OOO의 타결로 외국의 값싼 농산물이 대량 유입될 경우 가족농만으로는 경쟁력을 갖추는데 한계가 있다는 국가적 차원의 위기의식이 팽배해짐에 따라 국회와 정부는 농업의 경영혁신과 규모 확대 및 농업의 국제경쟁력 확보를 위하여 시장경쟁원리에 입각하여 생산, 가공, 유통체제를 갖출 수 있는 농업회사법인 제도를 도입하기로 결정하였다. 이에 따라 1994.12.22. 구 농어촌발전특별조치법 제7조 에서 ‘기업적 농업경영을 통하여 생산성을 향상시키거나 생산된 농산물을 유통ㆍ가공ㆍ판매함으로써 농업의 부가가치를 높이고 노동력의 부족 등 으로 농업경영이 곤란한 농업인의 농작업의 전부 또는 일부를 대행하여 영농의 편의를 도모하고자 하는 자는 농업회사법인을 설립할 수 있다’고 규정하였고, 이는 국제화 개방화 시대를 맞이하여 국제경쟁력을 갖춘 농업경영체를 만들 수 있도록 민간자본의 참여를 허용하는 것을 취지로 신설된 제도이다. 한편, 신설된 농업회사법인 제도를 널리 장려하기 위하여 조세감면 혜택의 필요성이 대두됨에 따라 구 조세감면규제법 제53조(1995.12.29. 법률 제5038호로 개정된 것) 개정시 기존에는 ‘위탁영농법인의 농업경영 및 농작업의 대행사업에서 발생한 소득’에 대하여 법인세의 50%를 5년간 감면하고 있는 것을 개정 후에는 농업회사법인의 농지소득에 대한 법인세를 전액 감면하고, 농민이 농지를 현물출자하는 경우 양도소득세를 면제하도록 같은 법 제53조를 개정하여 농업회사법인에 대한 세제혜택을 지원하기 시작하였다. 이는 농업회사법인의 활성화를 지원하기 위한 취지를 갖고 있다. 이후 동 조문은 4차례에 걸쳐 일몰기한이 계속하여 연장되어 왔다. 그 연장의 취지는 OOO 추진 등과 관련한 농업의 경쟁력 강화를 위하여 지원을 유지’하거나 ‘기업농 육성 등 농업경쟁력 강화와 농업발전을 지원’하기 위한 것 등이었다. 위와 같이 해당 법령의 당시 사회 배경과 그에 따른 입법취지 및 계속된 일몰기한 연장의 취지 등을 종합하여 보면 쟁점법인과 같은 농업회사법인이 직접적인 연구․재배 및 필요시 국내외 위탁채종 등을 통한 기업적 농업경영을 통하여 수행하는 농업활동에서 발생한 농업소득은 구 조특법 제68조 농업회사법인에 대한 법인세 감면대상의 입법취지에 가장 부합하는 것이며, 이를 원천으로 배당소득을 수취한 거주자에 대한 배당소득세 면제 역시 우리 농업의 국제경쟁력을 위한 입법취지에 따른 것이므로 이에 대한 이 건 부과처분은 부당하다.
(2) 가사 청구법인이 쟁점소득이 아닌 도․소매업을 영위함에 따른 소득을 배당한 것이라 하더라도 이 건은 쟁점법인이 한 배당소득의 원천을 조특법상 농업소득으로 볼 수 있는지에 대하여 세법해석에 의의 (疑意)가 있는 경우에 해당하는바, 적어도 이 건 가산세 OOO은 취소되어야 한다. (가) 가산세는 세법에서 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 그 세법에 의하여 산출한 세액에 가산하여 징수하는 금액을 말한다. 세법상의 의무위반 또는 의무불이행이 있는 경우 그 사실만으로도 가산세는 부과되나, 세법상 의무위반이 있다 하여 개별적ㆍ구체적인 의무위반의 정도, 원인 등을 살피지 않고 무조건적으로 가산 세를 부과하는 것은 형평에 맞지 않는 불합리한 결과가 초래될 수 있다. 이에 따라 국세기본법 제48조 에서는 가산세 감면사유에 대하여 규정하고 있는바, 제1항은 가산세 부과의 원인에 납세자가 의무를 이 행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과 하지 아니한다고 규정하고 있다. (나) 다만, 가산세 면제 사유인 ‘정당한 사유’에 대한 구체적인 정의 및 범위에 대하여 법령에서 정하고 있지 아니함에 따라 헌법상 법령 해석의 최종적인 권한을 갖는 법원의 판례에 의존할 수밖에 없다. 법원은 대체적으로 법령의 부지, 착오에 의한 세법상의 의무 위반에 대하여는 엄격한 태도를 취하고 있으나 OOO, 이 건과 같이 법령의 부지ㆍ착오 등을 넘어 세법해석에 의의가 있는 경우에는 정당한 사유를 인정하고 있다 OOO. 따라서 쟁점법인의 배당금 지급의 원천이 되는 그 주된 영업활동이 작물재배업에 해당되는지, 그에 따른 쟁점소득이 조특법 제68조의 농업소득에 해당하는지 여부에 대하여는 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 것으로 보아야 하므로 적어도 이 건 처분의 가산세는 취소함이 타당하다.
(1) 청구법인은 쟁점소득이 조특법 제68조에서 규정한 법인세 감면대상인 농업(작물재배업)소득에 해당한다고 주장하나, 쟁점법인은 나종자 생산의 대부분을 해외농가에 위탁하여 채종하고 있는바, 이는 한국표준산업분류상 종묘재배업으로 보기 어렵고, 통계청이 쟁점법인의 산업활동에 대하여 종자 및 묘목 도매업으로 분류한다고 회신OOO하였으며, 한국표준산업분류에서는 작물재배업을 “노지 또는 특정시설에서 작물 및 종자를 재배․생산하는 산업 활동을 말한다.”라고 정의하고 있어서 작물의 일종인 종자를 직접 재배하는 경우 작물재배업으로 분류함이 타당하고, 쟁점법인은 종자를 재배하기 위하여 농지를 소유하거나 임차한 사실이 없으며 위탁재배와 관련된 비용을 부담한 사실이 없어서 자기의 계산과 책임으로 나종자를 재배하고 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점소득을 농업소득에 해당한다고 보기 어렵다.
(2) 청구법인은 법원의 판례OOO를 근거로 처분청이 청구법인에게 부과한 원천징수분 배당소득세 중 가산세는 세법해석에 대한 의의에 해당하고 이는 가산세 면제 대상인 정당한 사유에 해당하므로 취소되어야 한다고 주장하나, 청구법인이 제시한 판례는 법인세법상의 감면규정은 삭제되었으나 부칙의 경과 규정이 삭제되지 아니하여 납세자가 세법해석을 달리 이해할 여지가 있 고, 전문가로부터 자문을 받았으며 과세관청 역시 관계 규정 해석에 있어 확실한 견해가 없었던 점을 고려하여 세법규정에 대한 해석상 의의에 해당한다고 판단한 것이다. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다는 것이 대법원의 확고한 입장이다OOO 특히, 대법원은 과세관청의 세무지도, 질의회신 또는 공적인 언동에 의하여 납세의무자가 자신에게 어떤 의무가 없다고 믿는 경우에는 정당한 사유에 해당된다고 보고 있다OOO. 따라서 처분청이 청구법인에게 부과한 가산세는 세법규정에 대한 해석상 의의에 해당하지 아니하므로 국세기본법 제48조 제1항 에서 규정한 가산세 감면(정당한 사유)에 해당하지 아니한다.
① 쟁점소득이 작물재배업에서 발생한 소득으로서 조특법 제68조에 의한 법인세 감면대상인지 여부
② 청구법인에게 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) ③ 이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계법 제22조 에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른다. 다만, 한국표준산업분류가 변경 되어 이 법에 따른 조세특례를 적용받지 못하게 되는 업종에 대해서는 한국표준산업분류가 변경된 과세연도와 그 다음 과세연도까지는 변경 전의 한국표준산업분류에 따른 업종에 따라 조세특례를 적용한다. 제66조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인(이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대해서는 2015년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 작물재배업에서 발생하는 소득(이하 "농업소득"이라 한다) 전액과 농업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. 제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등) ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2015년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 농업소득에 대한 법인세를 면제하고 농업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조 제1항을 준용하여 감면한다.
④ 농업회사법인에 출자한 거주자가 2015년 12월 31일까지 받는 배당 소득 중 농업소득에서 발생한 배당소득 전액에 대해서는 소득세를 면제 하고, 농업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득은 소득세법 제14조 제2항 에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다. 이 경우 농업소득에서 발생한 배당소득과 농업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령으로 정하는 바에 따른다.
(2) 소득세법(2013.1.1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것) 제127조(원천징수의무) ① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다. 1.이자소득 2.배당소득
(3) 국세기본법 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
(1) 쟁점법인이 2012사업연도 법인세를 신고할 때 계약에 따라 채종 농가 등으로 하여금 원종(쟁점법인이 제공한 것)을 대량 생산하도록 하고 수확된 나종자를 매입하여 가공․판매함에 따라 발생한 쟁점소득을 조특법 제68조에 의한 감면대상소득으로 하여 법인세의 면제를 받았으나, 조사청이 쟁점법인에 대한 법인제세통합조사를 실시하여 쟁점소득이 ‘작물재배업에서 발생하는 소득’에 해당되지 아니한다고 보아 관련 과세자료를 통보하자 처분청은 이에 따라 쟁점소득과 관련된 배당소득의 원천징수의무자인 청구법인에게 아래 <표>와 같이 이 건 배당소득세를 경정․고지하였다. OOO
(2) 조특법 제68조의 신설․개정 이력 및 취지 등을 살펴보면, 1989.12.30. 법률 제4165호로 일부개정된 구조세감면규제법 제40조의7(1993.12.31. 전부개정시 제53조로 이동)에서 위탁영농회사[구 농어촌발전특별조치법 제7조 로 설립(농업노동력의 부족 등으로 농업경영이 곤란한 농가의 영농 편의 및 농업생산성의 향상 도모)된 것]가 하는 농업경영 및 농작업의 대행사업에서 발생한 소득에 대한 법인세를 감면[창업종소기업에 대한 것(창업 후 3년간 전액, 다음 2년간 50%)에 준함]하는 제도가 도입되었고(농업생산성 향상을 위하여 설립되는 위탁영농회사 지원의 취지), 1995.12.29. 법률 제5038호로 일부개정시 농업회사법인[구 농어촌 발전특별조치법 제7조로 설립(위 위탁영농회사의 설립 취지와 더불어 기업적 농업경영을 통하여 생산성을 향상시키거나 생산된 농산물을 유통․가공․판매함으로써 농업의 부가가치를 높이기 위함)된 것]의 농지소득[구 지방세법 제198조 제1항 에 의한 소득(농지에서 농작물을 재배하거나 농작물을 재배하게 함으로 인하여 얻은 것)]에 대한 법인세를 면제하고 이외의 소득에 대한 법인세를 감면[창업중소기업에 대한 것(창업 후 5년간 50%)에 준함]하는 것으로 개정되었으며(농지소득에 대한 법인세의 면제로 농업회사법인의 활성화 지원의 취지), 1998.12.28. 법률 제5584호로 전부개정시(법률명이 조특법으로 개정) 제68조로 이동(작구수정 외에 내용의 변경은 없음)된 후, 2002.12.11. 법률 제6762호로 일부개정{농지소득 → 농업소득[ 지방세법 제197조 에 의한 소득(한국표준산업분류표상의 농업 중 작물재배업의 분류에 속하는 작물의 재배로 발생하는 것)]}, 2008.12.26. 법률 제9272호로 일부 개정(직전 개정시 농업소득의 정의 → 작물재배업에서 발생하는 소득) 및 2014.1.1. 법률 제12173호로 일부개정 OOO시 각각 감면대상소득의 정의가 개정되었다.
(3) 또한, 1994.12.22. 농어촌발전특별조치법 개정 당시의 국회 농림수산위원회의 심사보고서를 보면, 농업회사법인의 신설과 관련한 개정안에 대하여 농업인이 아닌 자도 제한된 범위 내에서 그 출자를 허용하여 국제화․개방화 시대에 국제경쟁력을 갖춘 농업경영체의 설립을 위하여 민간자본을 참여하도록 하고 농업회사법인의 업무영역의 확대 및 비농민의 자본출자 허용으로 우리 농업경영체를 기업화․규모화하는데 기여하리라 본 것으로 나타나고, 언론기사(연합뉴스가 1994.4.25. ‘농업에 기업경영방식 접목’ 제하로 게재한 것)를 보면, 정부가 기업농을 허용하기로 한 것은 OOO의 타결로 외국의 값싼 농산물이 대량 유입될 경우 현재의 가족농만으로는 경쟁력을 갖추는데 한계가 있다는 인식에 기인한다고 본 것으로 나타난다.
(4) 통계청장이 조사청에 보낸 ‘한국표준산업분류 질의 관련 회신 (종자 위탁 재배)’이라는 제목의 공문OOO을 보면, 조사청의 질의(각각 국내의 농가 및 국외의 종자생산업체와의 계약을 통하여 종자를 생산하도록 하고 계약조건에 충족하는 종자를 수매하여 본인 명의로 판매하는 활동의 업종구분)에 대하여 주된 산업활동이 ‘노지 또는 시설에서 각종 농산물의 종자, 버섯종균 및 묘목을 생산하는 것’은 ‘종자 및 묘목 생산업OOO’, ‘종자를 도매하는 것’은 ‘종자 및 묘목 도매업(46202)’(‘국외의 종자생산업체 등과의 계약을 통하여 종자를 생산하고 이를 수매하여 국내에 판매하는 것’도 동일), ‘수확한 종자를 시장출하의 목적으로 가공하여 종자의 품질 개선을 하는 것’은 ‘작물재배 지원 서비스업(01411)’으로 각각 구분한다고 회신한 것으로 나타난다.
(5) 한편, 농림식품축산부장관은 2016.12.5. 기획재정부장관에게 쟁점 법인에 대한 과세처분이 종자업체 전체로 확대될 경우 종자산업의 육성을 통한 종자주권의 확보, 농업의 신성장동력 육성 등을 하려는 정책의 기조 및 종자산업의 기반이 흔들릴 우려가 있다 하여 ‘농업회사법인인 종자업체의 종자생산활동이 조특법 제68조 제1항에 따른 작물 재배업에 해당되는지 여부’를 질의하였고, 기획재정부장관은 2017.8.25. 시행한 회신OOO에서 ‘농업회사법인이 원원종을 개발․재배하여 원종을 생산한 후 이를 국내․외에 위탁하여 채종한 나종자를 가공하여 생산한 상품종자를 판매함으로써 얻은 소득은 조특법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제68조에 따른 농업소득에 해당하는 것’으로 해석하였다.
(6) OOO세무서장은 쟁점소득이 ‘작물재배업에서 발생하는 소득’에 해당되지 아니한다고 보아 그에 대한 법인세의 면제를 부인하여 쟁점법인에게 법인세를 경정․고지함에 따라 쟁점법인은 이에 불복하여 2017.2.6. 및 2017.5.30. 심판청구(조심 2017중963)를 제기하였고, 그 결과 우리 원은 쟁점소득을 조특법 제68조에 의한 감면대상소득에 해당한다고 보아 2018.3.19. 인용결정한 것으로 나타난다.
(7) 또한, 청구법인은 법령의 부지ㆍ착오 등을 넘어 세법해석에 의의 (疑意)가 있는 경우 즉, 쟁점법인의 배당금 지급의 원천이 되는 그 주된 영업활동이 작물재배업에 해당되는지, 그에 따른 쟁점소득이 조특법 제68조의 농업소득에 해당하는지 여부에 대하여는 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있으므로 가산세 감면의 정당한 사유를 인정하여야 한다고 주장하나, 처분청은 청구법인에게 부과한 가산세는 세법해석상 의의에 해당하지 아니하므로 국세기본법 제48조 제1항 에서 규정한 가산세 감면의 정당한 사유로 볼 수 없다는 의견이다.
(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점법인이 국외의 현지법인 및 종자생산업체 등에게 원종을 무상제공하여 대량생산된 나종자를 매입한 후 이를 가공‧판매하여 발생한 소득은 쟁점법인이 자신의 계산과 책임하에 나종자를 생산한 것으로 볼 수 없어 작물재배업에서 발생한 소득에 해당하지 아니하므로 이를 원천으로 한 쟁점소득이 조특법 제68조에 의하여 소득세가 면제되는 배당소득에 해당하지 아니한다는 의견이나, 조특법 제68조 농업회사법인에 대한 법인세 면제규정의 신설․개정 이력 및 취지에 의하면 1989.12.30. 농업생산성의 향 상을 위하여 위탁영농회사에 대한 법인세의 감면제도가 신설(도입)된 후, 1995.12.29. 동 제도가 기업적 농업경영을 통하여 농업생산성의 향상과 더불어 생산된 농산물을 유통․가공․판매함으로써 농업의 부가가치를 높이기 위하여 농업회사법인에 대한 법인세의 면제 또는 감면을 하는 것으로 개정되었고, 2002.12.11.[법률 제6762호로 조특법(1998.12.28. 법률 제5584호로 법률명 변경)의 개정시] 감면대상소득이 농지소득에서 작물재배업에서 발생하는 소득(법인세의 면제)과 이외의 소득(일부 감면)으로 개정되었으며, 한국표준산업분류에서 노지 또는 특정시설 내에서 작물 및 종자를 재배․생산하는 산업활동을 작물재배업으로 규정하고 있는바, 쟁점법인과 채종농가 등 간에 체결된 계약서 등의 증빙자료에 의하면, 채종농가 등이 하는 나종자의 생산활동이 쟁점법인의 지도․감독에 의하여 이루어지고 쟁점법인이 채종농가 등에게 나종자의 생산비용과 더불어 원종의 불량 등으로 생산중단시 발생한 비용, 채종농가 등의 귀책이 없이 발생(검역에 따른 발병 등)한 하자있는 나종자의 수매대가 등을 부담한 것 등을 볼 때 쟁점법인의 책임과 계산으로 나종자를 생산한 것이 아니라고 단정할 수 없는 점, 쟁점법인이 채종농가 등 중 국외에 소재한 농가, 현지법인, 종자생산업체 등으로 하여금 생산하도록 한 나종자를 수입한 것은 나종자의 재배에 필요한 농지의 특성상 국내에서 수급에 필요한 나종자를 확보할 만큼의 해당 농지가 부족하여 불가피한 것으로 보이는 점, 쟁점법인이 채종농가 등에 제공한 원종은 오랜 기간 동안 연구개발․생산된 것임을 볼 때 그 활동이 나종자의 생산 및 상품종자의 생산․판매와 더불어 일련의 종자 생산활동을 구성하고 이는 한국표준산업분류에서 규정한 작물재배업에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 농업회사법인인 쟁점법인이 원원종을 연구개발․재배하여 원종을 생산한 후 계약에 따라 이를 국내․외의 채종농가 등에게 제공하여 생산하도록 한 나종자를 매입․가공하여 생산한 상품종자를 판매함으로써 얻은 소득은 조특법 제68조에 의하여 작물재배업에서 발생한 농업소득에 해당하는 것으로 보이고, 이를 원천 으로 지급한 배당금은 소득세를 면제함이 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점소득이 ‘작물재배업에서 발생하는 소득’에 해 당되지 아니한다고 보아 원천징수의무자인 청구법인에게 배당소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
(9) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 쟁점②는 쟁점①의 청구주장이 받아들여져 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
OOO세무서장이 2017.3.9. 청구법인에게 한 2012사업연도 원천징수분 배당소득세 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.