계산서 수취분에 대하여 의제매입세액 공제를 받았으나 과세거래이거나 실물거래가 없는 가공계산서를 수취한 것으로 보아 불공제한 처분의 당부

OOO세무서장이 2017.2.15. 청구인에게 한 부가가치세 2012년 제2기분 OOO원 및 2013년 제2기분 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2008.7.11. 사업장을 서울특별시 OOO(이하 “쟁점사업장”이라 한다)로, 상호를 OOO으로 하여 사업자등록을 하고 사업을 영위하다가 2013.9.1. 폐업하였다.
• 나. 청구인은 2012년 제2기～2013년 제2기 부가가치세 과세기간(이하 “이 건 과세기간”이라 한다) 중 주식회사 OOO(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 육류에 대한 OOO원 상당의 계산서를 수취하고 이와 관련된 의제매입세액을 공제하여 각 해당 과세기간의 부가가치세를 신고·납부하였다.
• 다. OOO세무서장(이하 “조사관서”라 한다)은 쟁점거래처에 대한 세무조사 결과 쟁점거래처가 쟁점사업장에 발행한 계산서 중 OOO원(이하 “쟁점①금액”이라 한다)은 식육원재료가 아닌 양념육 판매에 해당하여 세금계산서를 발행하여야 함에도 계산서를 발행하였고, OOO원(이하 “쟁점②금액”이라 하고, 쟁점①금액과 합하여 “쟁점금액”이라 한다)은 실물거래 없이 계산서를 발행하였으므로 쟁점금액을 의제매입세액공제 부인액에 해당하는 것으로 하여 처분청에 관련 과세자료를 통보하였다.
• 라. 처분청은 이에 따라 청구인이 부가가치세 신고 시 쟁점금액과 관련하여 공제받은 의제매입세액을 불공제하여 2017.2.15. 청구인에게 2012년 제2기～2013년 제2기 부가가치세 합계 OOO원(2012년 제2기분 OOO원 및 2013년 제2기분 OOO원)을 경정․고지하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2017.3.13. 이의신청을 거쳐 2017.6.16. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 OOO를 주로 판매하는 식당을 운영하였고, 청구인의 요구에 맞게 정육을 제공하고 양념의 맛이 좋다고 생각되는 쟁점거래처와 거래를 하였을 뿐, 부가가치세 탈루를 위해 거래처와 합의를 하거나 과세물품에 대해 허위로 계산서를 발행할 것을 요구한 적이 없다. 정육과 양념육 혼합거래에서 과세·면세 구분은 매출처에서 확정지어 세금계산서를 발행하여야 함에도 쟁점거래처는 청구인 몰래 거래 전체를 ‘정육’으로 기재하여 계산서를 발행하였으며, 청구인은 계산서를 수취한대로 대금결제를 하고 쟁점거래처에서 발행해주는 계산서대로 세무신고를 해왔다. 조사관서로부터 연락을 받고 청구인의 사업장에 고기를 공급했던 영업사원에게 연락하여 과세·면세를 구분한 세금계산서를 제대로 수정하여 발행하여 달라고 요구하였으나, 쟁점거래처의 사주가 구속되고 회사는 폐업하여 재발행 불가능하다는 연락만을 받았는바, 이와 같이 실질적으로 과세되는 재화를 공급받고도 세금계산서를 다시 받지 못하였다.

(2) 청구인은 ‘광우병 파동’ 등으로 경영이 힘든 와중에도 성실히 세금신고를 하려 노력해 왔고, 직원들과 함께 사업을 유지하고자 노력한 생계형 사업자로서, 건물주가 땅을 매매하며 재계약이 되지 않아 쫓겨나다시피 폐업을 하는 와중에 가게 집기 및 자료 일체를 처분하여 관련 추가 증빙을 찾기가 현실적으로 어려운 실정이며, 쟁점거래처가 없어져 다시 세금계산서를 발급받을 수도 없는바, 청구인을 선의의 거래당사자로 보아 쟁점금액 관련 의제매입세액을 공제하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 부가가치세법 시행규칙[별표1]의 미가공식료품 분류표에 열거된 쇠고기 등은 냉장 또는 냉동한 것에 한하는 것으로 쇠고기 등을 삶거나 조미하지 아니하고 첨가물 없이 단순히 절단, 냉동하여 식용에 공하는 경우 부가가치세법 제26조 제1항 제1호 의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 미가공식료품에 해당하나, ‘양념육’은 첨가물을 넣어 조미하여 그 원래 성질이 변한 것으로 부가가치세 대상에 해당하므로 의제매입세액 공제를 부인한 당초 처분은 정당하다. 청구인은 계산서 수취분에 대한 계산서를 세금계산서로 수정 교부받은 사실이 없고, 부가가치세 신고 시 매입세액공제를 받지 않고 면세 농산물 등을 공급받을 때의 의제매입세액공제를 받았는바, 이는 청구인이 세금계산서를 계산서로 수취한 사실을 인지하고 이에 대해 신고한 것으로 보이므로 선의의 거래당사자로 보기 어렵다.

(2) 쟁점거래처 조사 시 ‘제품에 대한 가격경쟁력을 갖추기 위해 가격을 낮추는 방법으로 부가가치세를 제외한 금액으로 단가를 설정하였으며, 이에 세금계산서 대신 계산서를 발행한 것으로 관행상 거래처로부터 가공계산서 발행이 빈번한 상황이어서 가공 매출계산서를 교부하였다’고 진술하였는바, 쟁점거래처 전산자료 및 거래명세표에 의한 쟁점사업장과의 실매출금액으로 확인된 금액과 청구인이 쟁점거래처로부터 수취한 계산서 금액의 차이를 가공거래로 보아 의제매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 계산서 수취분에 대하여 의제매입세액 공제를 받은 것에 대하여 과세거래이거나 실물거래가 없는 가공계산서를 수취한 것으로 보아 의제매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 이 건 과세기간 중 쟁점거래처로부터 육류에 대한 OOO원 상당의 매입계산서를 수취하고 이와 관련된 의제매입세액을 공제하는 것으로 하여 각 해당 과세기간의 부가가치세를 신고·납부하였다.

(2) 처분청은 조사관서가 통보한 쟁점거래처의 세무조사 결과를 근거로 쟁점금액과 관련하여 공제받은 의제매입세액을 불공제하여 2017.2.15. 청구인에게 이 건 과세기간의 부가가치세 OOO원을 부과하였는바, 조사관서의 쟁점거래처에 대한 조사내용 및 과세자료 내역 등은 다음과 같다. (가) 조사관서의 조사종결보고서(2015년 11월) 상의 주요내용은 아래와 같다. (나) 조사관서는 쟁점거래처의 전산프로그램 및 매출장을 확인하여 품명OOO에 따라 양념육과 원육으로 분류하고 이를 과세와 면세로 구분하여 쟁점사업장에 대한 실매출내역을 확인한 후, 쟁점거래처가 쟁점사업장에 세금계산서 발급대상품목을 계산서로 발급하거나, 가공계산서를 발행한 것으로 보았는바, 쟁점사업장의 계산서 신고금액 및 조사내용은 아래 <표1>과 같다. (다) 청구인이 이 건 과세기간 부가가치세 신고 시 제출한 매입세금계산서합계표 및 매입계산서합계표상 거래처로부터 쟁점사업장으로 축산물을 공급받은 내역은 아래 <표2>와 같고 쟁점거래처로부터 쟁점사업장에 공급받은 원육 및 가공육에 대하여 계산서로 수취하여 부가가치세 신고 시 의제매입공제를 받았다.

(3) 청구인은 입증자료로 쟁점거래처 명의로 송금한 금액이 나타나는 통장사본과 계산서 수취내역서를 아래 <표3>과 같이 제출하였다.

(4) 쟁점사업장의 실질운영자였던 OOO은 2016.5.30. 개최된 조세심판관회의에 참고인 자격으로 출석하여 다음과 같이 진술하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 면세농산물 등을 원재료로 하여 제조·가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우에는 사업자가 부가가치세의 예정신고 및 확정신고와 함께 면세농산물 등을 공급받은 사실을 증명하는 서류(매입처별계산서합계표 등)를 사업장 관할 세무서장에게 제출하는 경우에 관련 금액에 대하여 의제매입세액으로 공제할 수 있는 것이므로 청구인이 쟁점거래처로부터 원육과 양념육을 혼합하여 공급받는 경우 면세농산물 등에 해당하는 원육 매입분에 대하여만 의제매입세액을 공제받아야 할 것이다. 다만, 이 건의 경우, 청구인은 면세농산물 등에 해당하는 원육과 과세대상에 해당하는 양념육을 모두 취급하는 OOO집을 운영하면서 쟁점거래처로부터 원육과 양념육을 혼합하여 공급받았는데, 품질 좋은 고기를 공급하는 쟁점거래처를 신뢰함에 따라 쟁점거래처의 양념육에 대한 계산서 발급을 의심 없이 수취한 것으로 보이는 점, 이후 처분청으로부터 과세예고를 받고 쟁점거래처와 연락하여 잘못된 계산서 발급을 바로잡으려고 노력하였으나, 쟁점거래처의 대표가 구속되어 연락이 되지 않았고, 폐업시점으로부터 3～4년이 경과한 시점에서 관련 증빙을 입증하기가 현실적으로 어려웠다는 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 점, 이 건 과세기간에 달리 청구인이 조세포탈을 하였다거나 체납이력이 나타나지 아니하는 점, 청구인은 쟁점거래처에 매달 몇 차례는 현금으로 대금을 결제하였다고 진술하고 있고 계좌조회로 확인되지 않는 현금거래 가능성을 전혀 배제하기 어려운 점, 쟁점②금액 관련 거래를 가공거래로 단정지을만한 처분청의 조사내용이 나타나지 아니하는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 쟁점금액 관련 세액을 의제매입세액 불공제하여 청구인에게 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제12조(면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

1. 가공되지 아니한 식료품{식용(食用)으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물을 포함한다} 및 우리나라에서 생산되어 식용으로 제공되지 아니하는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물로서 대통령령으로 정하는 것 제17조(납부세액) ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 2의2. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)을 공급받으면서 세금계산서를 발급받은 경우의 매입세액. 다만, 해당 재화 또는 용역을 공급한 사업자가 제1항의 납부세액을 모두 납부한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

3. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

③ 사업자가 부가가치세를 면제받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물(이하 "면세농산물등"이라 한다)을 원재료로 하여 제조·가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 과세되는 경우(제12조제4항에 따라 부가가치세를 면제받지 아니하기로 하고, 제11조에 따라 영세율이 적용되는 경우는 제외한다)에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다.

④ 제3항은 사업자가 제18조 및 제19조에 따른 신고와 함께 대통령령으로 정하는 바에 따라 면세농산물등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 사업장 관할 세무서장에게 제출하는 경우에만 적용한다.

⑤ 제1항에 따라 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)이나 그 밖의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 경우 해당 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부세액 또는 환급세액을 다시 계산하여 제19조에 따른 해당 과세기간의 확정신고(確定申告)와 함께 관할 세무서장에게 신고·납부하여야 한다.

⑥ 제2항 제6호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 재화를 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 그 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다.

(2) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정된 것) 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

1. 가공되지 아니한 식료품[식용(食用)으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물을 포함한다] 및 우리나라에서 생산되어 식용으로 제공되지 아니하는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물로서 대통령령으로 정하는 것 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

3. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)을 공급받으면서 세금계산서를 발급받은 경우의 매입세액. 다만, 해당 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 납부세액을 모두 납부한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 제42조(면세농산물등 의제매입세액 공제특례) ① 사업자가 제26조 제1항 제1호 또는 제27조 제1호에 따라 부가가치세를 면제받아 공급받거나 수입한 농산물·축산물·수산물 또는 임산물(이하 "면세농산물등"이라 한다)을 원재료로 하여 제조·가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 부가가치세가 과세되는 경우(제28조에 따라 면세를 포기하고 영세율을 적용받는 경우는 제외한다)에는 면세농산물등을 공급받거나 수입할 때 매입세액이 있는 것으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다.

② 제1항은 사업자가 제48조 및 제49조에 따른 신고와 함께 대통령령으로 정하는 바에 따라 면세농산물등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하는 경우에만 적용한다 (3) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정된 것) 제70조(수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차) ① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우: 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급. 다만, 제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다.

8. 면세 등 발급대상이 아닌 거래 등(법 제39조 제1항 제3호 단서에 따라 매입세액을 공제받은 경우는 제외한다)에 대하여 발급한 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급 제75조(세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제) 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우(법 제34조 제3항에 따라 발급받은 경우를 포함한다)