쟁점세액공제액을 이월공제받을 경우 그 납세의무는 사업연도 종료시에 성립되는 것이어서 개정 조특법에 따라 쟁점세액 공제액을 최저한세 적용대상으로 보아야 하는 점 등에 비추어 쟁점세액공제액을 최저한세 적용대상으로 하여 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음
쟁점세액공제액을 이월공제받을 경우 그 납세의무는 사업연도 종료시에 성립되는 것이어서 개정 조특법에 따라 쟁점세액 공제액을 최저한세 적용대상으로 보아야 하는 점 등에 비추어 쟁점세액공제액을 최저한세 적용대상으로 하여 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 조세법규는 엄격하게 해석하여야 하나, 법률규정 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 법적안정성․예측가능성의 허용범위 내에서 입법취지와 목적 등을 고려하여 합목적적으로 해석할 수 있으며(대법원 2014.1.23. 선고 2011두2781 판결 등), 국세기본법 제18조 제1항 에 따라 세법의 해석․적용할 때에는 과세형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자 재산권의 부당한 침해가 없어야 한다. 구 조특법 제132조는 R&D세액공제의 최저한세 적용범위에 대하여 중소기업 외의 기업은 석사 및 박사의 인건비에 해당하는 세액공제액은 최저한세를 적용하지 않도록 하였으나, 개정 조특법은 중소기업이 아닌 경우에는 R&D세액공제액 전부를 최저한세 적용범위에 포함하도록 개정하였고, 일반적 적용례인 개정 조특법 부칙 제2조 제1항(이하 “쟁점부칙”이라 한다)에 따라 2012.1.1. 이후 개시되는 과세연도 분부터 적용하도록 되어 있다. 따라서 쟁점경정청구를 거부하는 것은 구 조특법의 적용을 신뢰한 납세자에게 쟁점부칙을 불리하게 해석․적용한 것으로 소급 과세금지의 원칙과 신뢰보호의 원칙 등에 반하는 것이며, 합목적적 해석의 필요성을 배제한 처분청의 자의적 해석에 기반한 부당한 처분이다.
(2) 쟁점세액공제를 적용하는 데에 있어서 납세자의 신뢰를 보호하는 개정 조특법 부칙의 해석이 필요하다. (가) 처분청의 주장대로라면 개정 조특법의 시행으로 종전에는 최저한세 적용대상에서 제외되던 쟁점세액공제액이 최저한세 적용되상이 되어 세부담이 증가하게 되었는데, 세법이 개정되는 경우 세금의 부과는 특별한 사정이 없는 한 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 하므로(대법원 2009.3.12. 선고 2006두11781 판결 등) 법인세는 ‘과세기간이 끝나는 때’ 과세요건이 완성되어 납세의무가 성립하므로 소급과세에 해당하는지 여부는 ‘사업연도’를 기준으로 판단하여야 한다. (나) 이 건의 경우, 구 조특법이 적용되던 2011사업연도에 이미 쟁점 세액공제사유가 발생하여 청구법인은 2011사업연도 확정신고에 이를 반영한 상태이므로 개정 조특법이 아닌 구 조특법이 적용될 것이라는 납세자의 신뢰 및 예측 가능성을 보호하여야할 필요성이 충분하다. (다) 대법원과 헌법재판소도 납세자의 신뢰를 보호하기 위하여 구체적 사실관계에 따라 다수의 예외를 인정하였다.
1. 구 조세감면규제법(1975.12.22. 법률 제2795호로 개정된 것)은 손금에 산입한 기술개발준비금을 다음 과세기간부터 2년간 기술개발비 등과 상계하고 2년 경과 후 상계하지 않고 남은 잔액은 익금산입하도록 하였는데, 1978.3.25. 법률 제3096호로 개정된 조세감면규제법은 익금산입한 기술개발준비금 잔액에 10%의 법인세를 추가 징수하도록 하고 그 부칙에는 1978.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세기간부터 개정규정을 적용하도록 하였다. 이에 대하여 대법원(대법원 1983.4.26. 선고 81누423 판결)은 납세의무자의 과세요건 실현 당시 세법규정이 예상가능한 법적 효과보다 불리한 처분을 할수 없다고 하면서, 기술개발준비금을 손금산입할 당시 법령의 개정으로 10%의 추가 법인세 부담이 있을 것이라고 예상할 수 없어 납세자의 신뢰를 깨뜨릴 수 있는 조세공평상 공공복리상 필요를 인정하지 않고 1978.1.1. 전에 기술개발준비금을 손금산입한 경우에는 개정된 조세감면규제법에 따라 10%의 추가 법인세를 징수하는 것은 허용될 수 없다고 하였다.
2. 1990.12.31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 조세감면규제법은 증자 후 36개월 동안 18～20%의 증자소득공제가 가능하도록 하였으나, 1990.12.31. 법률 제4285호로 조세감면규제법이 개정되면서 공제율을 10～12%로 낮아졌고 부칙에는 1990.12.31. 이후 최초로 종료하는 사업연도분부터 개정규정을 적용하도록 하였다. 이에 대하여 헌법재판소(1995.10.26. 선고 94헌바12 결정)는 (ⅰ) 납세자가 자본증가를 결정․시행할 당시 납세자는 차후 36개월간 연 20%정도의 증자소득공제를 기대하였고, (ⅱ) 증자소득공제율의 인하는 납세자에게 법인세율을 인상하게 하는 불리한 것으로 납세자의 신뢰보호에 반한다고 보아 헌법에 위반된다는 결정을 하였다.
3. 위의 대법원과 헌법재판소의 입장은 사안의 구체적 사실관계, 납세자의 신뢰보호 및 예측가능성을 고려하여 개정세법의 부칙규정에 대한 합헌적 법률해석을 하거나 위헌여부를 판단한 것으로 쟁점부칙의 해석 및 적용도 이러한 판례를 따라야 한다. (라) 구 조특법과 개정 조특법 제144조 제1항은 R&D세액공제액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나, 최저한세액에 미달하여 공제 받지 못한 부분에 상당하는 금액은 다음 과세연도부터 5년간 이월공제가 가능하도록 규정하고, 같은 조 제2항은 (ⅰ) 해당 사업연도에 발생한 R&D세액공제액과 이월공제 대상금액이 중복되면 이월공제액을 먼저 공제하고, (ⅱ) 이월공제 대상금액이 중복되면 먼저 발생한 것부터 공제하도록 규정하고 있었다. 또한, 법인세법 시행규칙 별지 제8호 서식인 “공제감면세액 및 추가납부세액합계표(갑)”에는 “ 연구․인력개발비 세액공제(최저한세 적용제외)”와 “ 연구․인력개발비 세액공제(최저한세 적용대상)”가 기재되어 있어 최저한세 적용대상과 제외대상을 구분하여 신고하도록 되어있으며, 청구법인은 2011사업연도 법인세 신고시 R&D세액공제를 최저한세 적용 유․무에 따라 구분하여 신고하였다. 따라서 청구법인은 2011사업연도까지 투자하여 이미 확정된 쟁점세액공제액에 대하여는 이월공제가 허용되는 범위 내에서는 최저한세의 적용없이 공제받을 수 있다고 예상하였고, 이러한 청구법인의 신뢰를 보호하기 위해 쟁점부칙은 2012.1.1. 이후 개시되는 과세기간에 발생한 R&D세액공제 분부터 적용하여야 하고 쟁점세액공제액은 이월공제를 허용하도록 해석하는 것이 타당하다. (3) 석사 및 박사 인건비를 최저한세 적용대상에서 제외한 2003.12.30. 법률 제7003호로 개정된 조세특례제한법(이하 “2003년 조특법”이라 한다)의 개정취지가 “대기업의 경우 연구개발비의 대부분을 차지하는 석․박사급 핵심 연구인력 인건비에 대한 최저한세 적용을 배제하여 연구개발 활성화 지원(2003 간추린 개정세법)”라고 되어 있고, 개정 조특법의 개정취지는 “R&D에 대해서는 충분히 세제지원하고 있는 점, 다른 세액공제와의 과세형평성 등을 고려하여 대기업의 R&D 세액공제 금액은 최저한세 적용”이라고 되어있어, 당초 2003년 조특법 개정시에는 쟁점세액공제를 통한 R&D활성화 지원이 필요하였으나 개정 조특법으로 2012.1.1.부터 R&D활성화를 위한 지원은 불필요하다는 정책적 고려에 따른 것이므로 2003년 조특법이 적용된 2011사업연도에 발생한 쟁점세액공제에 대하여 2015사업연도에 이월공제 받는 경우에도 최저한세 적용을 제외하여야 한다.
(1) 최저한세의 적용대상 여부는 해당 이월공제를 받는 과세기간의 법인세에 대한 것으로 그 과세기간을 기준으로 판단하여야 하며, 이러한 해석과 적용이 개정 조특법의 취지에도 부합한다. (가) 쟁점부칙은 “이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.”고 규정하였을 뿐 특별한 적용례를 두지 않았으므로, 이월되는 공제세액도 개정 조특법에 따라 재계산을 하여야 한다. (나) 또한, 대법원(대법원 2009.6.11. 선고 2007두7727 판결)도 개정된 세법이 시행 후 개시하는 과세연도로 이월된 세액공제액의 최저한세 적용여부는 그 과세연도의 법인세에 관한 것으로서 개정된 법률의 부칙 제2조 제1항에 따라 그 과세연도 분에 대한 법인세 신고부터 적용되는 개정규정에 따라 결정하여야 한다는 입장이고, 기획재정부(조세특례제도과-36, 2012.1.22.)는 R&D세액공제액 중 당해 사업연도에 공제받지 못하여 이월하는 세액의 경우 조세특례제한법 제132조 에 따라 최저한세액에 미달하는 세액에 대해서는 세액공제를 적용하지 아니한다는 입장이고, 국세청(법인세과-51, 2013.1.24. 등)도 이월된 중소기업 외 법인의 석사 및 박사 인건비 해당액은 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도부터 최저한세가 적용되는 것이라는 입장이다. 따라서 쟁점세액공제액은 2015사업연도 이월공제를 받을 수 없는 것으로 해석하여 적용하는 것이 타당하다.
(2) 이월공제 여부는 공제받는 과세기간의 세법에 따르는 것이 납세자의 신뢰보호나 예측가능성 및 조세법해석 원칙에 부합한다. 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 유추해석이나 확장해석이 허용되지 않고 있으므로 청구법인의 주장과 같이 이월공제 여부를 세액공제 사유가 “발생”한 시점으로 판단한다면, 최저한세 적용여부를 공제받는 과세기간으로 판단하는 대법원 판례나 기획재정부 및 국세청 유권해석에 반하여 납세자에게 혼란을 주게 되어 예측가능성과 조세법 해석의 원칙에도 반한다.
(3) 최저한세 도입과 석사․박사 인건비를 최저한세 적용대상에 포함시킨 개정취지를 고려하여도 개정 조특법에 따라 쟁점세액공제액을 최저한세 대상으로 하여 이월공제를 불허하여야 한다. 최저한세는 과세형평성, 재정확보 측면에서 납세자가 납부하여야 하는 최소한의 세금을 정하는 제도로서 개정 조특법에 대한 개정취지도 “R&D에 대해서는 충분히 세제지원하고 있는 점, 다른 세액공제와의 과세형평성 등을 고려하여 대기업의 R&D 세액공제 금액은 최저한세 적용”이라고 명시하여 청구법인이 2015사업연도에 납부하여야 하는 최소한의 조세부담의 범위를 규정한 것인바 쟁점세액공제액은 최저한세 적용대상으로 이월공제가 허용될 수 없다.
(1) 국세기본법 제18조[세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지] ① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 제45조의2[경정 등의 청구] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때
③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 다만, 청구를 한 자가 2개월 이내에 아무런 통지를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 감사원법에 따른 심사청구를 할 수 있다.
(2) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것) 제10조[연구·인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.
1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
1. 중소기업인 경우: 100분의 25
2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율
3. 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1
② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
④ 제1항 제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구·인력개발비와 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다. 제132조[최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제] ① 내국법인(제72조 제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 법인세법 제91조 제1항 을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(법인세법 제55조의2 에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 14[과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 11, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업 및 제85조의6에 따른 사회적기업의 경우에는 100분의 7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 8, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 9로 한다)]를 곱하여 계산한 세액(이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.
3. 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조(중소기업이 아닌 자의 해당 과세연도세액공제대상금액에서 대통령령으로 정하는 석사 및 박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 뺀 금액만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제31조 제6항, 제32조 제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 및 제104조의22에 따른 세액공제금액 제144조[세액공제액의 이월공제] ① 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액[제26조 제1항 단서를 적용받아 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액(제26조 제6항에 따라 소득세 또는 법인세를 납부한 경우 그 납부한 금액을 포함한다)을 포함한다]은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 제26조 제1항 단서에 따라 해당 과세연도에 공제받지 못하여 이월된 금액(제26조 제6항에 따라 소득세 또는 법인세를 납부한 경우 그 납부한 금액을 포함한다)에 대하여는 다음의 계산식에 따라 계산한 금액을 한도로 하여 공제한다.
② 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 금액과 제1항에 따라 이월된 미공제 금액이 중복되는 경우에는 제1항에 따라 이월된 미공제 금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제 금액 간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 차례대로 공제한다.
(3) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것) 제132조[최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제] ① ① 내국법인(제72조 제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 법인세법 제91조 제1항 을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(법인세법 제55조의2 에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 14[과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 11, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업 및 제85조의6에 따른 사회적기업의 경우에는 100분의 7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 8, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 9로 한다)]를 곱하여 계산한 세액(이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.
3. 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조(중소기업이 아닌 자만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제31조 제6항, 제32조 제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22 및 제104조의25에 따른 세액공제금액 부칙 <법률 제11133호, 2011.12.31. 개정> 제1조(시행일) 이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제87조 제2항 및 제6항, 제100조의3(제1항 제2호 각 목 외의 부분 단서 및 같은 호 나목은 제외한다)부터 제100조의6까지, 제100조의9, 제100조의13, 제104조의23 및 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제45조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제116조 제1항 제5호 및 제121조의23의 개정규정은 2012년 3월 2일부터 시행하며, 제100조의15제1항 및 제147조의 개정규정은 2012년 4월 15일부터 시행하고, 제105조 제1항 제2호의 개정규정은 2013년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. (4) 조세특례제한법 시행령(2012.1.25. 대통령령 제23535호로 개정되기 전의 것) 제126조[최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제] ③ 법 제132조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 석사 및 박사의 인건비로 지출한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액"이란 당해 과세연도의 세액공제대상금액에 당해 과세연도의 연구 및 인력개발비중 석사 및 박사의 소득세법 제20조 제2항 의 규정에 의한 총급여액이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
(1) 관련 사실관계를 일자별로 요약하면 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점세액공제 관련 사실관계
(2) 청구법인의 각 사업연도 소득 및 결손금 (이월)공제 현황은 아래 <표2>와 같이 2011사업연도에 발생한 결손금에 대하여 2014사업연도까지 이월공제를 받은 것으로 나타난다. <표2> 청구법인의 각 사업연도 소득 및 결손금 (이월)공제 현황
(3) 청구법인은 2011사업연도 법인세 신고에서 제출한 세액공제신청서에 아래 <표4>와 같이 2011발생세액공제액과 쟁점세액공제액을 기재한 것으로 나타난다. <표4> 청구법인의 2011사업연도 세액공제신청서 (4) 법인세법 시행규칙 별지 제8호의 서식 중에 공제감면세액 및 추가납부세액합계표(갑)서식은 “연구․인력개발비세액공제” 에 대하여 “최저한세 적용제외”와 “최저한세 적용대상”으로 구분하여 기재하도록 되어있으며, 이 서식은 중소기업과 중소기업 외의 기업이 공통으로 사용하는 것이다. 청구법인은 2011사업연도 법인세 신고에서공제감면세액 및 추가납부세액합계표(갑)서식에 아래와 같이 “연구․인력개발비세액공제”란을 기재하여 제출하였다. 법인세법 시행규칙 별지 제8호의 서식 중에 세액공제조정명세서(3)은 공제대상 세액에 대하여 이월공제를 받을 수 있도록 되어있으며, 청구법인은 2011사업연도 법인세 신고에서 세액공제조정명세서(3) 서식을 2011발생세액공제액 중 쟁점세액공제액을 뺀 OOO원과 쟁점세액공제액 전액을 2012사업연도 이후로 이월하는 내용으로 작성하여 제출하였다.
(5) 구 조특법 제132조 제1항 제3호의 중소기업 외의 기업에 대한 석사․박사 인건비에 대한 세액공제를 최저한세 적용에서 배제하는 개정취지가 기재된 2003 간추린 개정세법내용은 아래와 같다. (6) 개정 조특법 제132조 제1항 제3호의 중소기업 외의 기업에 대한 석사․박사 인건비에 대한 세액공제도 최저한세 적용대상에 포함하는 개정취지가 기재된 2011 간추린 개정세법내용은 아래와 같다.
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 개정 조특법 시행 후 개시하는 과세연도로 이월된 세액공제액이 최저한세 적용대상인지 여부는 당해 과세연도의 법인세에 관한 것이라 쟁점부칙에 따라 해당 법인세부터 적용되는 개정 조특법 제132조 제1항에 의하여 결정되어야 하므로(대법원 2009.6.11. 선고 2007두7727 판결 같은 뜻임), 쟁점세액공제액을 2015사업연도에 이월공제받을 경우 그 납세의무는 사업연도 종료시에 성립되는 것이어서 개정 조특법에 따라 쟁점세액공제액을 최저한세 적용대상으로 보아야 하는 점, 이월공제받는 쟁점세액공제액을 최저한세 적용대상으로 하더라도 다음 과세연도에 공제받을 수 있어서 반드시 납세자에게 불이익한 세법의 해석․적용이라고 하기는 힘든 점, 중소기업과 그 외의 기업에 모두 적용되는 법인세법 시행규칙 별지 제8호 서식이 R&D세액공제를 최저한세 적용대상과 제외대상으로 나누어 중소기업을 최저한세 적용 제외대상으로 하고 그 외의 기업을 적용대상으로 기재하도록 한 점 등을 고려하면 쟁점세액공제액을 최저한세 적용대상으로 하여 쟁점경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.