토지등양도소득에대한법인세과세대상에서제외되는임대주택은이를등록하여임대를개시한날의해당주택및이에딸린토지의기준시가의합계액이6억원이하인요건을모두갖춘주택이라고규정하고있는바,양도당시쟁점아파트는임대주택등록요건을충족하지못하였으므로처분청이쟁점아파트를토지등양도소득에대한법인세과세대상에해당한다고판단하여청구법인에게법인세를과세한처분은잘못이없음
토지등양도소득에대한법인세과세대상에서제외되는임대주택은이를등록하여임대를개시한날의해당주택및이에딸린토지의기준시가의합계액이6억원이하인요건을모두갖춘주택이라고규정하고있는바,양도당시쟁점아파트는임대주택등록요건을충족하지못하였으므로처분청이쟁점아파트를토지등양도소득에대한법인세과세대상에해당한다고판단하여청구법인에게법인세를과세한처분은잘못이없음
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 임직원용 사택 및 주택임대 수입 등 다목적용으로 사용하고자 2004년 1채, 2005년 1채, 2006년 2채 등 총 4채의 쟁점아파트를 취득하였고, 2013년 3채, 2014년 1채를 매각하였는바, OOO구청에 최초 2채를 구입할 당시에는 투자목적이 불분명하여 주택임대사업자 등록신청을 보류하다가 2006년 2채를 취득하면서 향후 임대용으로 사용하는 것이 사업목적에 부합하고 임대수익도 기대할 수 있으며 취득세도 감면받을 수 있다고 판단하여 관할 OOO구청에 매입임대주택에 대한 주택임대사업자 등록을 하려고 하였으나, 2005.12.13. 임대 주택법 시행령이 개정되면서 등록요건이 2세대 이상에서 5세대 이상 으로 변경되어 기준호수 미달로 주택임대사업자 등록을 할 수 없었다.
(2) 이후 청구법인은 쟁점아파트를 매각할 때까지 5년 이상 임대하였고, 법인세법에 따라 각 사업연도 소득에 포함하여 신고하였을 뿐만 아니라 취득 당시 기준시가도 6억원 미만에 해당하고, 관할 OOO세무서에 임대업으로 사업자등록을 하였기에 토지 등 양도소득에 대한 법인세 납부대상에 해당하지 아니한다고 판단하여 각 사업연도 소득에 대한 법인세만 신고․납부하였으나, 처분청은 같은 법 시행령 제92조의2 제2항 제1호 다목의 규정에 따라 5년 이상 임대하고 기준시가 6억원 미만의 임대주택에 해당하더라도 임대주택법령에 의한 임대주택으로 등록을 하지 아니하였으므로 쟁점아파트 양도소득에 대하여 각 사업연도 소득에 대한 법인세 외에 추가로 같은 법 제55조의2에 의한 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 규정을 적용하여 이 건 법인세를 추가 고지하였다.
(3) 하지만, 위에서 살펴본 바와 같이 청구법인은 쟁점아파트에 대하여 2005.12.13. 임대 주택법 시행령개정으로 기준호수 5세대에 미달하여 형식상 주택임대사업자 등록요건을 갖출 수 없었을 뿐, 관할 세무서에 사업자등록은 정상적으로 임대업으로 하였고 임대수입(임대료)도 정상적으로 신고․납부하였으며, 임대사업자 미등록시에도 불이익이 없고 등록할 경우 오히려 취득세 감면과 종합부동산세 합산배제 등 혜택을 받을 수 있어 주택임대사업자 등록이 가능하였다면 당연히 하였을 것이다.
(4) 따라서, 청구법인이 쟁점아파트를 취득한 후 5년 이상 임대하였고, 취득시부터 매각시까지 기준시가가 6억원 미만이며, 관할 지방자치단체에 임대주택법에 따른 주택임대사업자 등록은 기준호수 미달에 따른 형식요건을 갖출 수 없었을 뿐, 관할 세무서에 사업자등록증상 임대업으로 신고하였으며 임대수입에 대하여 정상적으로 법인세를 신고․납부하였는바, 청구법인이 기준호수 미달로 인한 주택임대사업자 등록을 충족하지 아니한 것은 ‘부득이한 사유’에 해당하므로, 처분청이 법인세법 시행령제92조의2의 매입임대주택으로 보지 아니하여 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 과세한 이 건 처분은 국세기본법제14조 제2항에 따른 실질과세 원칙에 위배된다.
(1) 쟁점아파트는 지방자치단체에 임대주택으로 등록하지 않아 법인세법제55조의2 제1항 제2호의 ‘대통령령으로 정하는 주택’에 해당하므로 토지 등 양도소득에 대한 법인세 부과처분은 정당하다. (가) 법인세법제55조의2 제1항 제2호는 ‘대통령령으로 정하는 주택’을 양도하는 경우 양도소득에 일정 세율(2013년 귀속 100분의 30을, 2014년 귀속 100분의 10을 적용)을 곱하여 산출한 세액을 법인세액에 추가하여 납부하여야 하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제92조의2 제2항 제1호는 매입임대주택으로서 5년 이상 임대한 주택이면서 임대주택법제6조에 따라 임대주택으로 등록하여 임대를 개시한 날의 해당 주택 및 이에 딸린 토지의 기준시가의 합계액이 6억원 이하인 요건을 모두 갖춘 주택을 “대통령령으로 정하는 주택”에 해당하지 않는 주택으로 규정하고 있으며, (나) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것인바, 임대주택 등록요건을 갖추지 못한 쟁점아파트를 법인세법제55조의2 제1항 제2호에 따른 ‘대통령령으로 정하는 주택’으로 보아 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.
(2) 기준호수 미달로 지방자치단체에 임대주택으로 등록할 수 없었다는 청구법인의 주장은 설득력이 부족하다. (가) 임대주택법령에 따른 임대주택 등록의 기준호수 변동내역은 다음과 같다. (나) 청구법인은 2005.2.16. 쟁점아파트 1202호를 취득하여 청구법인이 쟁점아파트 2채(1003호, 1202호)를 소유하게 되었을 때임대주택법에 따른 등록기준 호수는 2세대 이상이었으므로, 임대주택 등록을 할 수 있었으며, 등록기준 호수가 5세대 이상으로 개정된임대 주택법 시행령이 시행되기 전인 2005.12.13. 이전 임대사업자 등록을 하였다면 2005.12.13. 개정된임대 주택법 시행령부칙 제3항에 따라 쟁점아파트 1501호․1211호도 임대주택으로 등록할 수 있었다. (다) 설령 2005.12.13. 이전에 임대주택 등록을 하지 못하였다 하더라도 2008.11.26. 임대주택 등록 기준호수가 공동주택 1세대 이상으로 임대 주택법 시행령개정․시행되었으므로 공동주택 4세대를 보유한 청구법인이 기준호수 미달로 임대주택 등록을 할 수 없었다는 청구주장은 설득력이 약하다.
(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
(2) 법인세법 (가) 2014.1.1. 법률 제12166호로 개정된 것 제55조의2(토지 등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지 등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략) 제8조(토지 등 양도소득에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제55조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.(단서 생략) (나) 2013.6.7. 법률 제11873호로 개정된 것 제55조의2(토지 등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지 등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (3) 법인세법 시행령(2014.12.30. 대통령령 제25945호로 개정된 것) 제92조의2(토지 등 양도소득에 대한 과세특례) ① 삭제 <2009.6.8.>
② 법 제55조의2 제1항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 국내에 소재하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.
1. 해당 법인이 임대하는 임대주택법제2조 제3호에 따른 매입임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택
(4) 임대주택법(2013.6.4. 법률 제11870호로 개정된 것) 제6조(임대사업자의 등록) ① 대통령령으로 정하는 호수(戶數) 이상의 주택을 임대하려는 자는 특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.
(5) 임대 주택법 시행령(2013.12.4. 대통령령 제24911호로 개정된 것) 제7조(임대사업자의 범위 및 등록 기준 등) ① 법 제6조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 호수"란 다음 각 호의 구분에 따른 호수(戶數) 또는 세대를 말한다.
1. 건설임대주택의 경우: 단독주택은 2호, 공동주택은 2세대
2. 매입임대주택의 경우: 단독주택은 1호, 공동주택은 1세대
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 처분청이 청구법인에게 고지한 토지 등 양도소득에 대한 법인세 부과내역은 다음과 같다. (나) 등기부등본에 의하면, 청구법인의 쟁점아파트 취득 및 양도내역은 다음과 같이 나타난다. (다) 쟁점아파트의 연도별 기준시가는 다음과 같다. (라) 임대주택법령에 따른 주택임대사업자 등록요건 중 기준호수 변동내역은 다음과 같다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 법인세법제55조의2 제1항 제2호에서 ‘대통령령으로 정하는 주택’을 양도하는 경우 양도소득에 일정 세율을 곱하여 산출한 세액을 법인세액에 추가하여 납부하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제92조의2 제2항 제1호는 매입임대주택으로서 5년 이상 임대한 주택이면서 임대주택법제6조에 따라 임대주택으로 등록하여 임대를 개시한 날의 해당 주택 및 이에 딸린 토지의 기준시가의 합계액이 6억원 이하인 요건을 모두 갖춘 주택을 ‘대통령령으로 정하는 주택’에 해당하지 않는 주택으로 규정하고 있는바, 양도 당시 쟁점아파트는 임대주택법제6조에 따른 임대주택 등록요건을 충족하지 못하였으므로 법인세법제55조의2 제1항 제2호에 의한 ‘대통령령으로 정하는 주택’에 해당한다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점아파트 양도소득에 대하여 법인세법제55조의2에 의한 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 규정을 적용하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.