양도소득세 과세특례주택을 동거주택 상속공제 요건에서 제외할 수 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2015.5.7. 청구인의 OOO(이하 “피상속인”이라 한다)이 사망함에 따라 2015.11.30. 상속세를 신고하면서 OOO이 피상속인과 10년 이상 동거한 서울특별시 OOO원이고, 청구인과 OOO이 각 50%를 상속받았으며, 이하 “쟁점주택”이라 한다)에 대하여 동거주택 상속공제OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 2016.5.26.부터 2016.10.3.까지 상속세 조사를 실시한 결과, 피상속인이 쟁점주택을 1978.5.18.부터 상속개시일까지 소유한 사실 외에 경기도 OOO(이하 “특례주택”이라 한다)를 2003.6.5.부터 2005.7.12.까지 소유한 것을 확인하고, 청구인이 상속세 신고시 적용한 상속세 및 증여세법(이하 “상증법”이라 한다)제23조의2에 따른 동거주택 상속공제 요건을 갖추지 아니한 것으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였다.
• 다. 처분청은 동거주택 상속공제를 부인하여 2016.12.7. 청구인에게 2015.5.7. 상속분 상속세 OOO원을 결정․고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2017.3.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 쟁점주택은 상속으로 인한 소유권 이전 등기시 청구인과 OOO이 각각 50%의 지분으로 등기한 것으로, 이 중 OOO지분 상당액만 동거주택 상속공제를 적용하여 신고하였다. (2) 조사청은 피상속인이 특례주택을 2003.6.5. 취득하여 2005.7.12. 양도한 사실이 있어, 쟁점주택이 1세대 1주택에 해당하는 기간은 10년이 되지 않아 상증법 제23조의2에 따른 동거주택 상속공제 요건을 충족하지 못한 것으로 판단하였으나, 특례주택은 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다)제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] 의 규정을 적용받는 주택으로 2001.9.10. 분양받아 2003.6.5. 취득 후 2005.7.12. 양도한 것으로, 취득일로부터 5년 이내 양도시 양도소득세가 100% 감면되고, 1세대 1주택 판정시 소유주택으로 보지 않는 주택이다. (3) 2008.12.26. 상증법 제23조의2 [동거주택 상속공제] 규정이 신설될 당시에 특례주택은 조특법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] 규정을 적용받아 이미 양도한 상태이었으므로 쟁점주택은소득세법제89조 제1항 제3호에 따른 1세대 1주택 적용대상이다. 즉, 쟁점주택은 피상속인이 특례주택을 소유한 기간 동안에도 소득세법제89조 제1항 제3호에 따른 1세대 1주택 적용대상이다. 처분청은 2006.12.30. 개정된 조특법 제99조의3[신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례]에 ‘신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 않는다’라고 규정되어 있어 1세대 2주택이라 주장하나, 특례주택은 2003.6.5. 취득 후 2005.7.12. 양도한 것으로, 2006.12.30. 개정 전 조특법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례]은 ‘소득세법제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다’라고 규정함으로서 특례주택은 주택수에서 제외되어, 결국, 피상속인이 소유한 주택은 쟁점주택밖에 없는 결과가 된다. 따라서 처분청이 주장하는 것과 같이 2006.12.30. 개정된 조특법 제99조의3[신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례]을 적용한다면 국세기본법제18조에 규정한 소급과세금지원칙을 위배한 부당한 처분이다. (4) 처분청은 2013.1.1. 개정된 상증법 제23조의2 [동거주택 상속공제] 규정을 들어 특례주택을 피상속인의 소유주택으로 보는 것으로 해석하였으나, 당초 2008.12.26. 상증법 제23조의2 [동거주택 상속공제] 규정이 신설될 당시에 ‘상속개시일 현재 소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따른 1세대 1주택일 것’으로 규정되었다가 2013.1.1. 같은 법이 ‘1세대를 구성하면서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이하 이 조에서 “1세대 1주택”이라 한다)에 해당할 것’으로 개정된 것으로 이미 특례주택을 양도하였기 때문에 2013.1.1. 개정된 상증법 제23조의2는 피상속인에게 적용될 여지가 없는 것으로 특례주택에 대하여 2013.1.1. 개정된 상증법 제23조의2를 적용하여 쟁점주택을 동거주택 상속공제 대상으로 보지 아니하는 것은 국세기본법 제18조 소급과세금지원칙에 위배된 위법부당한 처분이다.
• 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 상증법 제23조의2 [동거주택 상속공제]에 ‘1세대 1주택’의 의미를 소득세법상 ‘1세대 1주택’, 나아가 조특법 제99조의3[신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례]의 비과세 특례까지 확장하여 혼용하고 있으나, 쟁점주택은 상증법 제23조의2에 규정한 1세대 1주택이 아니고, 소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따른 1세대 1주택도 아니다. 우선, 상증법 제23조의2 [동거주택 상속공제] 적용시 피상속인의 상속개시일은 2015.5.7.이므로 2013.1.1. 개정된 상증법 조문을 적용하여야 한다. 또한, 2013.1.1. 개정전 상증법 제23조의2는 소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따른 1세대 1주택으로만 규정되어 있을뿐 별도로 같은 법 시행령에 규정된바 없으나, 2013.1.1. 개정된 상증법 제23조의2는 상증법 시행령 제20조의2에서 규정하면서 소득세법 시행령제154조 제1항을 준용한 1세대가 1주택을 소유하는 경우로 규정한 다음, 2주택 이상을 소유하더라도 인정되는 경우(일시적 2주택 등)를 각 호로 열거하고 있어 소득세법상 1세대 1주택과 다르다.

(2) 2006.12.30. 개정된 조특법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] 제2항에서 ‘ 소득세법 제89조 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택은 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다’는 의미는 신축주택이 아닌 일반주택을 양도하는 경우를 뜻한다. 2006.12.30. 같은 법이 개정되면서 제2항의 규정이 ‘신축주택 외의 주택을 양도하는 경우’라고 명시되어 있는데 이는 개정전 ‘신축주택은 소유주택으로 보지 아니한다’라는 특례규정의 범위가 개정시 축소되거나 그 의미가 새로이 달라진 것이 아니라, 신축주택 외 주택을 양도하는 경우를 말하는 것으로 다만, 개정시 일몰을 표기하는 과정에서 명시한 것에 불과하다. 따라서 피상속인의 경우처럼 일반주택이 아닌 특례주택을 양도함으로써 특례주택이 양도소득세 감면 대상에 해당되지만, 소득세법 제89조 제1항 3호 의 1세대 1주택의 의미를 새로이 정의하는 것은 아니고, 나아가 조특법 제99조의3 제2항의 규정이 상증법 제23조의2 [동거주택 상속공제]에 ‘1세대 1주택’의 의미까지 규정하는 것은 아니다. (3) 상증법 제23조의2 [동거주택 상속공제]의 규정은 납세자에게 혜택을 주기 위하여 2008.12.26. 신설된 규정으로 상속개시일은 2015.5.7.로 법률이 시행되는 시점, 개정시점 또는 신고일 당시 특정시점에 주택소유 여부를 판단하는 것이 아니라 상속개시일로부터 소급하여 10년 이상 계속하여 1세대 1주택에 해당할 것을 규정하고 있고, 1세대 1주택 보유기간이 9년 9개월 25일로 10년 이상 계속하여 1세대 1주택에 해당하지 아니하므로 과세는 정당하다.

• 가. 쟁 점 조특법 제99조의3에 해당하는 양도소득세 과세특례 주택을 상증법 제23조의2에 규정한 동거주택 상속공제 요건(주택수 계산)에서 제외하여야 하는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제18조 [세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지] ① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. (2) 소득세법 제88조 [정의]

6. "1세대"란 거주자 및 그 배우자가 그들과 같은 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 자[거주자 및 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 말하며, 취학, 질병의 요양, 근무상 또는 사업상의 형편으로 본래의 주소 또는 거소에서 일시 퇴거한 사람을 포함한다]와 함께 구성하는 가족단위를 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 배우자가 없어도 1세대로 본다. 제89조 [비과세 양도소득] ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 (3) 상속세 및 증여세법 제23조의2 (2010.12.27. 법률 제10411호 로 일부 개정된 것) [동거주택 상속공제] ① 거주자의 사망으로 상속이 개시되는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우에는 상속주택가액(주택에 딸린 토지의 가액을 포함한다)의 100분의 40에 상당하는 금액을 상속세 과세가액에서 공제한다. 다만, 그 공제할 금액은 5억원을 한도로 한다.

1. 피상속인과 상속인이 상속개시일부터 소급하여 10년 이상 하나의 주택에서 동거할 것

2. 상속개시일부터 소급하여 10년 이상 계속하여 소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따른 1세대 1주택(같은 호에 따른 고가주택을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 경우에 해당될 것 제23조의2 (2013.1.1. 법률 제11609호 로 일부 개정된 것) [동거주택 상속공제] ① 거주자의 사망으로 상속이 개시되는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우에는 상속주택가액(소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따른 주택부수토지의 가액을 포함한다)의 100분의 40에 상당하는 금액을 상속세 과세가액에서 공제한다. 다만, 그 공제할 금액은 5억원을 한도로 한다.

1. 피상속인과 상속인이 상속개시일부터 소급하여 10년 이상(이하 이 조에서 "동거주택 판정기간"이라 한다) 계속하여 하나의 주택에서 동거할 것

2. 피상속인과 상속인이 동거주택 판정기간에 계속하여 1세대를 구성하면서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이하 이 조에서 "1세대 1주택"이라 한다)에 해당할 것. 이 경우 상속개시일 현재 1세대 1주택인 경우로서 동거주택 판정기간 중 무주택인 기간이 있는 경우에는 해당 기간은 전단에 따른 1세대 1주택에 해당하는 기간에 포함한다. (4) 상속세 및 증여세법 시행령 제20조의2 [동거주택 인정의 범위] ① 법 제23조의2 제1항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 소득세법 제88조 제6호 에 따른 1세대가 1주택(소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따른 고가주택을 포함한다)을 소유한 경우를 말한다. 이 경우 1세대가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 2주택 이상을 소유한 경우에도 1세대가 1주택을 소유한 것으로 본다.

1. 피상속인이 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 일시적으로 2주택을 소유한 경우. 다만, 다른 주택을 취득한 날부터 2년 이내에 종전의 주택을 양도하고 이사하는 경우만 해당한다.

2. 상속인이 상속개시일 이전에 1주택을 소유한 자와 혼인한 경우. 다만, 혼인한 날부터 5년 이내에 상속인의 배우자가 소유한 주택을 양도한 경우만 해당한다.

3. 피상속인이 문화재보호법 제53조 제1항에 따른 등록문화재에 해당하는 주택을 소유한 경우

소득세법 시행령 제155조 제7항 제2호 에 따른 이농주택을 소유한 경우

소득세법 시행령 제155조 제7항 제3호 에 따른 귀농주택을 소유한 경우

6. 1주택을 보유하고 1세대를 구성하는 자가 상속개시일 이전에 60세 이상의 직계존속을 동거봉양하기 위하여 세대를 합쳐 일시적으로 1세대가 2주택을 보유한 경우. 다만, 세대를 합친 날부터 5년 이내에 피상속인 외의 자가 보유한 주택을 양도한 경우만 해당한다.

7. 피상속인이 상속개시일 이전에 1주택을 소유한 자와 혼인함으로써 일시적으로 1세대가 2주택을 보유한 경우. 다만, 혼인한 날부터 5년 이내에 피상속인의 배우자가 소유한 주택을 양도한 경우만 해당한다. (5) 조세특례제한법 제99조의3 (2005.12.31. 법률 제7839호로 일부 개정된 것) [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우, 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우, 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. 제99조의3 (2006.12.30. 법률 제8146호로 일부 개정된 것) [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우, 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우, 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 피상속인이 양도한 특례주택은 조특법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례]에 해당하여 감면을 받은 사실이 국세청 전산자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 상속세 신고시 쟁점주택을 OOO원으로 평가하고, OOO의 지분 50%를 적용하여 동거주택 상속공제로 OOO원을 공제하였다.

(3) 피상속인은 쟁점주택을 1987.5.19. 취득하여 상속개시일까지 청구인, OOO이 동거기간 동안 무주택인 사실에 대하여 다툼은 없다. (4) 조특법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] 제2항의 개정 내용은 아래와 같다. 2006.12.30. 개정 전 2006.12.30. 개정 후

② 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.(2000.12.29. 신설)

② 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.(2006.12.30. 개정)

(5) 피상속인은 쟁점주택을 1978.5.18.부터 상속개시일까지 27년 11개월을 소유하였고, 특례주택을 2003.6.5. 취득 후 2005.7.12. 양도함으로서, 피상속인이 특례주택을 양도 후 상속개시일까지 쟁점주택을 보유한 기간은 9년 9개월 25일로 확인된다.

(6) 상증법 제23조의2 [동거주택 상속공제] 제1항 제2호의 개정 내역은 아래와 같다. 2013.1.1. 개정 전 2013.1.1. 개정 후 상속개시일부터 소급하여 10년 이상 계속하여 소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따른 1세대 1주택(같은 호에 따른 고가주택을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 경우에 해당될 것.(2008.12.26. 신설) 피상속인과 상속인이 동거주택 판정기간에 계속하여 1세대를 구성하면서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이하 이 조에서 "1세대 1주택"이라 한다)에 해당할 것.(2013.1.1. 개정)

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 특례주택을 2003.6.5. 취득하여 2005.7.12. 양도하였고, 2006.12.30. 개정 전 조특법 제99조의3 제2항에 따라 특례주택은 주택수에서 제외되므로 상증법 제23조의2 제1항 제2호의 1세대 1주택 요건을 충족하였다고 주장하나, 같은 규정은 특례주택 소유자에 대한 소득세법상 양도소득세 감면요건 적용 여부를 판단하는 규정으로써 별도의 명시적인 근거가 없이 이를 상증법 제23조의2 제1항 제2호의 1세대 1주택의 범위까지 확대 적용하기에는 무리가 있어 보이는 점, 이 건의 경우 2015.5.7. 상속이 개시되었으므로 동거주택 상속공제 해당 여부는 2013.1.1. 개정된 상증법 제23조의2 제1항 제1호에 의하여 판정하여야할 것인바, 개정된 같은 규정에 따라 같은 법 시행령 제20조의2 제1항에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”을 열거하고 있는데 청구인이 주장하는 특례주택은 여기에 명시적으로 열거되어 있지 아니한 점, 청구인은 특례주택 양도 후 피상속인 사망시까지 쟁점주택에서 동거한 기간이 9년 9개월 25일로 상증법 제23조의2 제1항 제2호에서 규정된 상속개시일로부터 소급하여 10년 이상 계속하여 소득세법제89조 제1항 제3호에 따른 1세대 1주택에 해당되어야 한다는 요건을 충족하지 못한 점 등에 비추어 처분청이 청구인이 신고한 동거주택 상속공제를 부인하고 과세한 이 건 상속세 과세처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.