쟁점토지는 3년 이상 고유목적사업에 사용된 토지로 볼 수 없어 법인세 비과세 대상에 해당하지 아니함

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 OOO 법인으로 보는 단체로 승인받은 OOO으로, 2014.5.26. OOO원에 양도하고, OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)와 지목이 대, 도로인 OOO 토지의 양도차익 OOO원을 익금에 산입하고, 나머지 전․답 OOO의 양도차익은 3년 이상 OOO에 사용한 토지로 보아 과세대상 소득에서 제외하여 2014사업연도 법인세 확정신고 또는 수정신고(총 납부세액OOO원)를 하였다.
• 나. 청구법인은 2016.9.30. 쟁점토지가 OOO 또는 이와 관련된 일에 필요한 비용을 충당하기 위하여 마련된 OOO로 3년 이상 OOO에 사용된 토지에 해당하여 과세대상 소득에서 제외되므로 2014사업연도 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 처분청에 제기하였으나, 처분청은 쟁점토지는 OOO이 아닌 자가 대리경작한 토지로 청구법인의 OOO에 사용되지 아니하였다고 보아 2016.12.8. 청구법인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.3.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점토지는 청구법인이 1969년에 취득한 농지로서 OOO 또는 이와 관련된 일에 필요한 비용을 충당하기 위하여 마련된 OOO로 OOO에 3년 이상 사용하였다. 쟁점토지 소재지에 거주하면서 경작한 OOO가 작성한 경작사실확인서, OOO 등이 작성한 사실확인서 등에 OOO로 사용되었음을 확인할 수 있고, OOO에 쟁점토지가 청구법인의 OOO로 사용되고 있다고 기록되어 있으며, 이외에도 OOO, 규약 및 이사회회의록 등을 살펴보아도 쟁점토지가 OOO에 사용된 OOO임을 알 수 있다. 일반적으로 OOO이 소유한 부동산에 대하여 OOO에 사용하지 아니하고 단순히 재산관리 대상으로 볼 수도 있을 것이나, 청구법인의 경우에는 소유한 부동산 모두가 OOO 시골에 있어 이를 처분하여 차익을 실현할 수도 없었고, 이 건의 양도도 공익사업에 수용된 것이며, 수용되지 아니하였다면 자손대대로 보유하면서 위토 등으로 사용하였을 것이다. 청구법인은 OOO가 1991년부터 쟁점토지를 포함한 OOO 전답을 경작하는 대가로 OOO 등을 하도록 하였고, OOO가 2011년부터 건강상의 이유로 OOO의 동의없이 OOO에게 대리경작하도록 하고 그에 대한 대가 OOO원을 받아 OOO에 기록된 바와 같이 OOO 등에 사용하였으므로 쟁점토지는 OOO에 직접 사용된 토지로 보아야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점토지를 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용한 사실을 알 수 있는 객관적인 자료를 제출하여 달라고 요구하였음에도 청구법인은 OOO들이 작성한 경작사실 확인서 이외의 자료를 제출하지 아니하였고, 추가로 제시하는 OOO 등은 수익사업에 해당하는 토지임대 소득을 OOO 간접 사용한 것에 불과하므로 고정자산의 처분일을 기준으로 직전 3년간OOO 직접 사용하였다는 객관적인 증거자료로 볼 수 없어 이 건 경정청구 거부처분은 정당하다. 또한, 청구법인에서 OOO에 제출한 경작사실확인서(2013.11.7.)에는 OOO이 2000.1.1.부터 2013.11.7.까지 쟁점토지를 경작한 것으로 나타나므로 OOO가 1991년부터 2014년까지 경작하였다는 청구법인의 주장은 사실이 아니다.

• 가. 쟁점 쟁점토지를 3년 이상 OOO에 사용된 토지로 보아 법인세 비과세 대상으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제3조 (과세소득의 범위) ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (2) 법인세법 시행령 제2조 (수익사업의 범위) ② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구법인이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인이 2014.5.26. 양도한 토지에 대한 2014사업연도 법인세 신고내역은 아래 <표1>과 같다. (나) OOO가 처분청에 회신한 청구법인이 양도한 토지 중 농지의 농업손실보상금 내역은 아래 <표2>와 같다. (다) 청구법인은 쟁점토지가 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용하였으므로 과세소득에서 제외하여 달라는 내용의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점토지를 고유목적사업에 직접 사용하였다고 볼 수 있는 객관적인 증빙이 없고, OOO이 직접 자경도 하지 아니하였다고 보아 거부처분을 하였다.

(2) 청구법인이 제시한 증빙은 다음과 같다. (가) OOO의 경작사실확인서(2016년 8월)에는 “쟁점토지는 OOO 전답으로 OOO로 수용되기 전까지 OOO이 직접 경작하여 OOO에 사용하였음을 확인한다”는 내용이 나타난다. (나) 청구법인의 OOO에는 “쟁점토지를 포함 청구법인이 양도한 토지는 그 수입으로 OOO를 올리고 있으므로 참고바람”이라는 내용이 나타난다. (다) 청구법인의 정관, 청구법인의 규약 및 이사회회의록(2013.7.7.)에는 OOO으로 정하고 있고, 부동산에 의한 수입은 현곡(쌀)으로 수입할 수도 있으나 가급적이면 현금으로 환산함을 원칙으로 한다는 내용이 나타난다. (라) OOO에는 2012.5.30. OOO이 OOO원을 입금(폰당행)한 것으로 나타난다. (마) 청구법인의 OOO에는 일자별로 구체적인 지출내역이 기록되어 있다. (바) OOO의 사실확인서(2017년 5월)에는 “쟁점토지 소재지에서 태어나 지금까지 거주하고 있으며, 현재는 노환으로 농사일을 하지 아니하고 있다. 본인이 OOO의 전답을 경작하는 조건으로 OOO의 숙식제공 등을 한 사실이 본인이 기록한 OOO에서 알 수 있다.”라는 내용이 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지를 정관에 따라 OOO의 용도로 OOO에 직접 사용하였다고 주장하나, 쟁점토지의 처분으로 인하여 생기는 수입이 비영리법인인 청구법인의 과세소득에 해당하지 않기 위해서는 법인세법 제3조 제3항 및 같은 법 시행령 제2조 제2항 전단에 따라 청구법인이 쟁점토지를 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하여야 할 것인바, OOO의 성격상 농지는 단순히 재산관리를 목적으로 하는 대상에 불과한 것으로 보이고, OOO의 계좌거래내역 등에서 쟁점토지를 임대하여 임대수입을 얻은 것으로 확인되는 반면, 쟁점토지가 청구법인의 OOO에 직접 사용된 사실을 확인할 수 있는 입증자료는 부족한 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 OOO에 직접 사용하지 아니하였다고 보아 이 건 법인세 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.