기준시가에 따라 건물분 매입가액을 재계산하여 부가가치세 환급신청을 일부 거부 한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2016.5.30. OOO 주식회사[2010.4.29. 이후 건설업(일반건축공사)을 영위하고 있고, 이하 “OOO”라 한다]로부터 서울특별시 OOO 소재 9개 상가(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 합계 OOO원(이하 “이 건 매입가액”이라 한다)에 매입하였고, 2016.6.22. 이 건 부동산을 사업장 소재지로 하여 부동산임대업을 운영하는 내용의 사업자등록신청을 한 다음, 2016.7.25. 처분청에 2016년 제1기 부가가치세 신고(이하 “당초 신고”라 한다)를 하면서 이 건 부동산 중 건물분 매입세액의 공제에 따른 부가가치세 OOO원의 환급을 신청(이하 “이 건 환급신청”이라 하고, 그 금액을 “이 건 환급신청세액”이라 한다)하였다.
• 나. 처분청은 2016.8.23.～2016.8.29. 기간 중 이 건 부동산에 대한 현장확인조사를 실시한 결과, 당초 신고된 건물분 매입세액이 과다하게 계산되었다는 이유로 청구인에게 2016.9.26. 이 건 환급신청에 대한 보류통지를 거쳐, 2016.11.8.․2017.1.4. 2차례에 걸쳐 이 건 환급신청 세액의 일부인 합계 OOO원을 환급[이 건 환급신청세액에서 기 준시가로 건물분 매입가액을 재계산하여 산출된 환급세액을 차감한 금액(OOO원)에 대해서는 환급 거부]한다는 내용의 통지를 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.10.20. 이의신청을 거쳐 2017.3.3. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 당초 신고시 공급자인 OOO로부터 받은 매매계약서 등에 기재된 바대로 환급신청하였음에도 처분청이 청구인에게 이 건 환급신청세액 중 일부를 환급하지 아니한 처분은 부당하다. 사업자가 토지와 이에 정착된 건물을 일괄공급하는 경우에는 그 실지거래가액을 공급가액으로 하는 것인바, 청구인은 이 건 부동산을 공급한 OOO와 체결한 매매계약서에 토지분과 건물분을 구분하여 매매가액을 기재하였을 뿐 아니라 이에 따라 수수된 매입세금계산서상 건물분 매입세액을 모두 지급하였다. 또한, 처분청은 OOO가 합리적인 이유 없이 장부가액을 기준으로 이 건 부동산의 매입가액을 토지분과 건물분으로 안분하였다고 보아 당초 신고시 건물분 매입세액을 다시 계산하여야 한다는 의견이나, 청구인은 재화(이 건 부동산)를 공급받는 자로서 공급자인 OOO가 산정한대로 매입세금계산서를 발급받았을 뿐, OOO에 대하여 부가가치세 과세대상인 건물분의 공급가액, 매입세액 등을 얼마로 할지 등을 요구할 수 없는 입장이었다. 이를 종합하면, 처분청은 청구인이 OOO로부터 이 건 부동산을 매입할 때, OOO가 동 부동산의 건물분과 토지분으로 각 나눈 비율(67.78%: 32.22%)을 인정하여 청구인에게 건물분 매입세액 공제에 따른 환급을 하였어야 했다. (2) 설사, 이 건 부동산의 건물분 매입세액을 재계산하여야 한다고 하더라도, 아래와 같은 방법으로 건물분 매입세액을 다시 계산하여 산출된 추가환급세액을 청구인에게 환급하여야 한다. (가) 청구인은 이 건 부동산 취득 당시 대출과 관련하여 동 부동산에 대한 감정평가를 받은 바 있으므로 당초 신고시 동 부동산의 건물분 매입세액을 경정하더라도 기준시가가 아니라 동 감정가액(이하 이를 “이 건 감정평가액”이라 한다)을 기준으로 그 매입세액을 다시 계산하여야 한다. (나) 만약, 이 건 감정평가액을 기준으로 이 건 부동산의 건물분 매입세 액을 경정하는 것이 부적정하여 처분청 의견과 같이 기준시가로 이를 안분하더라도, 이 건 매입가액은 부가가치세가 포함된 공급대가(처분청은 부가가치세가 포함되지 아니한 공급가액 기준으로 경정하였다)이므로 이를 기준으로 건물분 매입세액을 다시 계산하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 (1) 청구인은 당초 신고시 건물분과 토지분의 각 매입가액이 임의로 기재된 매입세금계산서를 근거로 이 건 환급신청을 하였으므로, 처분청이 이를 부인하고 기준시가로 이를 안분한 후 건물분 매입세액을 재계산하여 청구인에게 이 건 환급신청세액 중 일부를 환급하지 아니한 처분은 정당하다. 청구인이 이 건 환급신청을 할 때, 이 건 부동산의 건물분과 토지분의 각 매입가액을 나눈 비율[OOO 소재 상가(4개)의 경우 ‘건물분 63.49%: 토지분 36.51%’, 같은 동 OOO 소재 상가(5개)의 경우 ‘건물분 33.04%: 토지분 66.96%’]은 청구취지상 해당 비율(‘건물분 67.78%: 토지분 32.22%’)과 상이하다(청구인은 이를 이유로 처분청에 청구취지상 해당 비율이 반영된 수정매입세금계산서를 제출한다고 한 바 있었으나, 아직까지 제출하지도 않았다). 처분청의 현지확인조사 결과, 청구인에게 이 건 부동산을 공급한 OOO는 2016.5.30.(이 건 부동산의 양도일과 같음) 주식회사 OOO(2011.2.24.～2016.6.14. 기간 중 부동산임대업을 영위하였고, 이하 “OOO”이라 한다)으로부터 이를 매입하였는데, OOO은 2015년 12월 중 당초 장부가액 OOO원이었던 상가(이 건 부동산 포함)를 아무런 이유 없이 OOO 등에 OOO원에 양도(2015사업연도 결산시 회계상 손상차손 OOO원 인식)하기로 하는 내용의 약정을 체결하였다가, 2016.5.30. 동 상가를 양도할 때, 2015사업연도 결산시 장부가액 기준으로 동 상가의 토지분(32.22%)과 건물분(67.78%)을 안분하여 관련 부가가치세 신고를 한 것으로 확인되었는바, 결국 청구인은 위 비율과 같이 이 건 부동산 매액가액을 건물분과 토지분으로 안분해야 한다고 주장하는 것이다. 그러나, 토지와 이에 정착된 건물 등을 함께 공급하는 경우, 실지거래가액을 공급가액으로 하는 것이고, 이는 객관적이고 공정․타당한 경우에 한하여 인정되는 것인데 반하여, 청구인이 당초 신고한 이 건 매입가액은 합리적인 방법(감정평가를 받는 방법 등)에 의한 것이 아닐 뿐 아니라 위 청구인의 주장과 같은 방법도 공급자(OOO) 또는 그 전 단계의 공급자(OOO)가 임의로 인식한 장부가액을 기준으로 안분계산하여야 한다는 것이므로, 결국 이 건 부동산의 매매거래는 부가가치세법 제29조 제9항에 의하여 토지 및 건물의 각 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당된다고 보아야 한다. 따라서, 이와 같은 경우에는 같은 법 시행령 제64조에 의하여 감정평가액, 장부가액 및 기준시가를 순서대로 적용하여 이 건 부동산의 토지분 및 건물분의 각 매입가액을 안분계산하는 것이나, 처분청은 이 건 감정평가액[금융기관(청구인이 이 건 부동산 매입시 자금을 대출받은 은행)이 감정평가 받은 것]의 경우 건물분과 토지분의 구분이 되어 있지 않다(처분청이 동 은행에 문의한바, 토지분과 건물분의 구분없이 이 건 부동산을 평가된 것으로 확인하였다)는 이유로, 장부가액의 경우 위와 같은 이유로 각 적용할 수 없어, 결국 기준시가로 안분계산할 수밖에 없다고 본 것이다[이 건 부동산은 토지 및 건물의 각 가액을 일괄 산정․고시하는 상업용 건물로, 처분청은 부가가치세법 시행령 제64조 제3호 및 ‘토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 경우 과세표준 안분계산방법 고시’(2015.8.24. 국세청 고시 제2015-43호로 일부개정된 것이고, 이하 “이 건 고시”라 한다) 제2조에 따라 이 건 부동산의 기준시가를 산정하였다]. (2) 청구인은 이 건 매입가액(부가가치세가 포함된 공급가액)을 기준으로 건물분 매입가액을 다시 계산하여야 한다고 주장하면서, 건물분과 토지분의 각 매매가액을 구분한 매매계약서(조사 당시에는 제출되지 않은 것)를 제출하였으나, 이는 당초 신고시 제출된 것(건물분 및 토지분의 각 매매가액이 구분되지 않았다)과 다를 뿐 아니라, 처분청은 청구인이 당초 신고한 이 건 매입가액(부가가치세가 제외된 공급가액)을 기준으로 건물분과 토지분의 각 공급가액을 안분계산하였으므로 청구인의 주장은 이유 없다.

• 가. 쟁점 청구인이 당초 신고한 ‘토지분과 건물분의 각 매입가액을 일괄하여 취득한 상가’의 건물분 매입가액(실지거래가액)을 부인하고, 기준시가로 건물분 매입가액을 재계산하여 당초 신고시 신청한 부가가치세 환급의 일부를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제29조[과세표준] ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. 제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령(2016.8.31. 대통령령 제27472호로 일부개정되기 전의 것) 제64조[토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산] 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률 제2조제9호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액 (3) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 일부개정되기 전의 것) 제99조[기준시가의 산정] ① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물

• 가. 토지 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가(地價)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.
• 나. 건물 건물(다목 및 라목에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액
• 다. 오피스텔 및 상업용 건물 건물에 딸린 토지를 공유로 하고 건물을 구분소유하는 것으로서 건물의 용도·면적 및 구분소유하는 건물의 수(數) 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 오피스텔 및 상업용 건물(이에 딸린 토지를 포함한다)에 대해서는 건물의 종류, 규모, 거래상황, 위치 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 토지와 건물에 대하여 일괄하여 산정·고시하는 가액 ※ 국세청 고시 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 경우 과세표준 안분계산방법(2015.8.24. 국세청 고시 제2015-43호로 일부개정된 것) 제2조[토지와 건물 등의 가액을 일괄 산정․고시하는 오피스텔, 상업용 건물 및 주택을 공급하는 경우] 사업자가 소득세법 제99조 제1항 제1호 다목 및 라목에 규정하는 오피스텔, 상업용 건물, 주택을 공급하는 경우로서 실지거래액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호와 같이 과세표준을 계산한다.

1. 토지 및 건물 등의 기준가액 산정 토지의 기준가액은 소득세법 제99조 제1항 제1호 가목에 따른 토지의 기준시가로 하고, 건물 등의 기준가액은 같은 법 제99조 제1항 제1호 나목의 규정에 따라 국세청장이 고시한 건물의 기준시가의 산정방법을 준용하여 계산한 가액으로 한다.

과세표준 = 실지거래가액(부가가치세 불포함) × (제1호에 따른 건물 등의 기준가액 / 제1호에 따른 토지의 기준가액과 건물 등의 기준가액의 합계액)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 아래와 같은 사실관계 및 이에 대한 증빙자료를 근거로 이 건 환급신청의 일부를 거부하였다. (가) 처분청은 OOO이 2015년 12월 중 OOO 등에 장부가액 OOO원에 양도할 것을 약정하고, 같은 연도의 결산서에 OOO원의 손상차손이 계상되어 있으며, 건물과 토지의 각 장부가액이 ‘32.22%: 67.78%’의 비율로 기재되어 있으나, 그 안분근거가 기재되어 있지 아니한 사실을 확인하였다(그 상세한 내역은 아래 <표1>과 같다). <표1> OOO의 2015년 결산서에 기재된 상가(이 건 부동산 포함) 양도에 따른 손상차손 내역 (단위: 백만원, %) 주) 처분청은 OOO이 동 상가에 대한 감정평가 없이 단순히 장부가액을 감액하였고, 이에 따라 동 상가 중 토지의 1㎡당 가액이 감소(OOO원)하였다고 보았음 (나) 이 건 부동산 취득 및 당초 신고와 관련하여,

1. 청구인은 OOO로부터 이 건 부동산[OOO재 상가(4개) 및 같은 동 OOO 소재 상가(5개)]을 OOO원(이 건 매입가액)에 매입하면서, 공급가액 OOO원인 매입세금계산서 2매(이 건 부동산의 건물분, 매입세액 OOO원)를 발급받았고(부가가치세를 포함한 공급대가는 OOO원이다), 위 매입세금계산서 및 청구인이 조사청 현지확인조사 기간 중 조사청에 제출한 이 건 부동산의 공급가액 기재 내역에 의하면, 이 건 매입가액 중 건물분의 비중은 OOO 소재에 대한 것의 경우 63.49%, 같은 동 OOO 소재에 대한 것의 경우 33.04%(이 건 부동산 전체를 기준으로 할 경우 55.45%)인 것으로 나타난다(이를 정리하면, 아래 <표2>와 같다). <표2> 이 건 매입가액 중 건물분 비중(관련 매입세금계산서 등 기재 내역) (단위: 만원, %) 주) 각 항목의 ‘소계’ 대비 토지 및 건물 비중을 의미함[청구인은 ‘합계’ 기준의 비 율 (건물분 55.45%, 토지분 44.55%)을 각 67.78%․32.22%로 보아야 한다고 주장함 ]

2. 청구인은 당초 신고시 처분청에 매입세금계산서[위 1) 기재]상 매입세액에서 매출세액(OOO원)을 공제함에 따라 발생한 환급세액에 대한 환급신청(이 건 환급신청)을 하였다. (다) 부동산매매계약서(2부, 2016.5.27. 이 건 부동산의 매매와 관련하여 청구인과 OOO 간 체결된 것으로 보이는 것)를 살펴보면, 청구인은 OOO부터 이 건 부동산을 이 건 매입가액으로 취득한다(계약일에 이를 모두 지급한다)는 등의 내용이 기재되어 있고, 동 매입가액은 건물분과 토지분으로 구분되어 있지 아니하다. (라) 이 건 감정평가액 관련 문서[‘감정평가액의 산출근거 및 결정의견’ 제하로, ‘수협양재’, ‘청구인의 대출건’ 등의 내용이 수기로 기재되어 있는 것(작성일자는 기재되어 있지 아니하다)]를 살펴보면, 이 건 부동산 중 OOO 소재 4개 상가를 합계 OOO으로 평가하였다는 등의 내용이 기재되어 있고, 동 감정평가액은 건물분과 토지분으로 구분되어 있지 아니하다.

(2) 처분청은 부가가치세법 시행령 제64조 제3호 및 국세청 고시 제2015-43호(2012.8.24)에 따라 이 건 부동산의 건물분 과세표준(공급가액)을 OOO원(이 건 매입가액에 ‘토지분과 건물분의 각 기준시가 합계액 중 건물분 기준시가의 비중’을 곱하여 산정)으로, 매입세액을 OOO원(위 공급가액의 100분의 10 상당액)으로 각 재계산하여, 청구인에게 OOO원[위 매입세액에서 당초 신고한 매출세액(OOO원(당초 신고분 대비 △0.0008%의 차이가 있으나, 이는 건물․토지의 각 비율상의 단수 차이에 기인하는 것으로 보이고, 부가가치세 경정시 이러한 차이를 조정한 것으로 보인다), 그 공급대가(위 건물분 공급가액과 매입세액을 합한 것)는 OOO원이고, 이를 당초 신고분과 비교하면, 아래 <표3>과 같다]. <표3> 이 건 매입가액의 건물분 및 토지분 안분(처분청의 재계 산 내역과 당초 신고분과의 비교) (단위: 원) 주1) 부가가치세를 제외한 합계(공급가액 기준)가 차이(당초 신고 대비 △0.0008%)나 는 이유는 이 건 매입가액을 기준시가로 안분할 때, 건물분․토지분의 각 비율상의 단수 차이에 기인하는 것으로 보임[부가가치세 경정시와 위 표 기재의 각 공급가액 및 매 입세액상 일부 차이가 나는 것도 이러한 단수 차이의 조정에 기인하는 것으로 보임 ] 주2) 처분청은 2016.11.8. OOO원의 부가가치세 환급통지를 하였다가, 이 건 부동산의 건물 면적을 과소 적용하였다는 이유로 2017.1.4. 위 표와 같이 건물분 매입세액 을 재계산하여 추가로 OOO원)의 환급통지를 하였음

(3) 청구인이 이 건 부동산의 매매와 관련된 것이라고 주장하면서 제출한 매매계약서 2부를 살펴보면, 동 부동산의 건물분과 토지분의 각 매매가액이 구분 기재되어 있다[총 매매가액 OOO원 중 건물분 매매가액은 OOO원(69.84%)이다].

(4) 2017.6.14. 조세심판관회의 개최시 청구인은 서면으로, 처분청은 출석하여 각 당초 청구이유 및 이에 대한 의견과 더불어 아래와 같은 취지로 진술하였다. (가) 청구인은 김OOO이라는 사람이 이 건 부동산 매입일(2016.5. 30.)에 이와 동일한 상가를 취득한 후 청구인과 같은 방법으로 건물분 매입세액의 환급을 신청한 다음, 그 취지대로 환급받았는바, 청구인과 김OOO이 각 매입한 부동산은 서로 동일한 것임에도 이 건 부동산에 대해서만 건물분 매입세액이 과다하게 계산되었다는 이유로 이 건 환급신청의 일부를 거부한 처분은 부당하다는 등의 취지로 진술하였다. (나) 처분청은 김OOO이 위와 같이 환급받은 것은 사실이나, 부동산(이 건 부동산과 같은 것) 소재를 관할하는 처분청이 아니라 OOO세무서장(김OOO이 운영하는 다른 사업장 소재지 관할)에게 환급을 신청하여 그 취지대로 환급받은 것이고, 처분청이 청구인에 대한 환급(이 건 환급신청에 대한 것)을 보류하면서 이 건 부동산에 대한 현장확인조사를 실시하자, OOO세무서장이 처분청에 그 이유 등을 문의하였는바, 김OOO에 대한 환급은 처분청의 현장확인조사 결과 등에 따라 경정될 수 있으므로 위 청구인의 주장은 이유 없다는 등의 취지로 진술하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 이 건 부동산과 관련한 매매계약서에 건물분과 토지분의 각 매매가액이 구분 기재되어 있을 뿐 아니라 OOO(공급하는 자)가 발급한 매입세금계산서에 기재된 건물분 매입세액을 OOO에 모두 지급하였다는 등의 이유로 OOO가 안분한 건물분 매입가액(이 건 매입가액 중 67.78% 상당액)을 그대로 인정하여야 하고, 설사 이와 같이 볼 수 없더라도 이 건 감 정평가액을 기준으로 건물분 매입가액을 다시 계산하여야 하며, 기준시가를 기준으로 이 건 매입가액을 건물분과 토지분으로 안분하더라도 부가가치세를 제외하지 아니한 공급대가로 하여야 한다고 주장하나, 청구인이 제출한 위 매매계약서는 처분청의 현장확인시 제출된 것과 다른 것으로 보이는바, 그 기재내역을 신뢰하기 어려울 뿐 아니라 이 건 환급신청시 이를 근거로 건물분 매입가액을 안분한 것으로 보이지 아니하고[이 건 매입가액 중 당초 신고한 건물분의 비율은 55.45%인데 반하여 동 매매계약서상 해당 비율은 68.84%(OOO또는 그 전 단계의 공급하는 자인 OOO이 장부상 안분하였다는 해당 비율인 67.78%와도 다르다)이다], 이러한 정황에서 이 건 매입가액 중 건물분의 비율이 67.78%임은 이를 주장하는 청구인이 입증할 필요가 있음에도 청구인은 OOO가 발급한 세금계산서에 기재된 공급대가를 지급하였다고 주장할 뿐, 해당 비율의 산출 근거 등에 대한 소명 및 이에 대한 입증을 하지 아니하였다. 또한, 이 건 감정평가액은 토지분과 건물분으로 구분 기재되어 있지 아니하므로 이를 기준으로 이 건 매입가액을 건물분과 토지분으로 안분할 수는 없다 하겠다. 한편, 부가가치세법 제29조 제9항 및 같은 법 시행령 제64조에는 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우로서 일정한 방법[토지와 건물 등에 대한 기준시가가 모두 있거나 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없으면서 감정평가가액이 있는 경우(감정평가가액이 없는 경우 장부가액)에 각 적용되는 것]을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액을 그 공급가액으로 하고, 그 위임을 받은 이 건 고시 제2조에는 토지와 건물 등의 가액을 일괄 산정․고시하는 상가용 건물 등에 대한 토지 및 건물의 각 기준시가 적용 방법과 더불어 건물분 과세표준의 안분계산 방법[부가가치세를 포함하지 아니한 실지거래가액에 건물 등 기준시가의 전체(토지와 건물) 기준시가 합계액 비중을 곱하여 산출]이 기재되어 있고, 처분청은 이와 같은 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건 부동산(상가용 건물)의 매매가액 중 토지 및 건물의 각 가액 구분이 불분명하다고 보아 이 건 고시를 적용하여 이 건 매입가액 중 건물분 과세표준(공급가액)을 산출한 다음, 그 100분의 10 상당액을 부가가치세 매입세액으로 하였는바, 위 <표3> 기재와 같이 동 건물분 과세표준이 당초 신고한 공급가액의 합계액과 같은 이상, 처분청의 건물분 매입세액(재계산한 건물분 과세표준이 당초 신고한 것보다 감소함에 따라 당초 신고한 매입세액보다 감소한다)의 계산 방법은 정당하다 하겠다. 이를 종합하면, 청구인의 주장은 이유 없으므로, 처분청이 당초 신고된 건물분 매입세액이 과다하게 계산되었다는 이유로 이를 재계 산하여 그 과세표준과 세액을 경정하여 이 건 환급신청세액 일부의 환급을 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단 된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.