법인으로 보는 단체로 승인받은 종중이 그 전에 취득하여 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하던 토지를 양도하는 경우 해당 차익은 수익사업에서 생기는 소득에서 제외하는 점 등에 비추어 쟁점토지는 청구종중이 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하다가 처분한 고정자산으로 보는 것이 타당함
법인으로 보는 단체로 승인받은 종중이 그 전에 취득하여 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하던 토지를 양도하는 경우 해당 차익은 수익사업에서 생기는 소득에서 제외하는 점 등에 비추어 쟁점토지는 청구종중이 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하다가 처분한 고정자산으로 보는 것이 타당함
[주 문] OOO세무서장이 2016.12.7. 청구종중에게 한 2014사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부(부작위)처분은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구종중 주장 및 처분청 의견
(1) 과세표준신고서가 국세의 납세지를 관할하는 세무서장 이외의 세무서장에게 제출된 경우에도 그 신고의 효력에는 영향이 없다. (가) 청구종중은 착오로 대표자의 주소지 관할 세무서장에게 신고서를 제출하였으나 그 신고 자체의 효력에는 영향이 없으므로 유효한 신고이다. (나) 청구종중은 신고납부기간 경과 후 착오로 신고한 사실을 확인하고 신고서와 납부영수증을 처분청에게 제출하여 신고사실을 확인받았다. (다) 만약 청구종중의 신고가 효력이 없었다면 처분청은 당시 무신고로 처분하였을 것이나 OOO세무서장에게 신고․납부한 사실을 확인하고 신고의 효력을 인정한 것이다. (라) OOO세무서장은 청구종중의 경정청구서를 처분청에게 이송하였는데, 처분청은 이제 와서 신고가 존재하지 않으며 관련세액의 수납사실도 없으므로 환급과 관련된 처분을 하기 어렵다고 안내하여 심판청구에 이르게 되었다. (마) 청구종중이 대표자의 주소지로 신고한 것에 대하여 OOO세무서장과 처분청은 신고 자체에 대한 효력은 인정하면서 서로 환급에 대한 경정은 하지 않으려고 하는 것은 위법하다. (바) 청구종중은 2016년 1월경 처분청에게 경정청구를 하였으나, 처분청은 신고된 사실이 없어 경정청구대상에 해당하지 않는다는 경정청구 기각결정을 받았고, 신고․납부한 OOO세무서장에게 경정청구를 하라는 안내를 받아 경정청구한 것인데 이에 반하는 처분을 하는 것은 신의성실원칙의 위반이다.
(2) 청구종중은 쟁점토지를 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용하였으므로, 쟁점토지는 법인세법 제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에서 정한 비수익용 자산에 해당한다. (가) 법인세법 제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항의 규정에 따르면 비영리법인이 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산은 비영리법인의 각 사업연도 소득에서 제외한다고 규정하고 있다. (나) 쟁점토지 소재지는 청구종중의 집성촌으로 OOO 후손들이 약 500여년 전부터 뿌리를 두고 살아온 지역이며, OOO에 수용된 쟁점토지는 청구종중의 유택지(幽宅地)로 종중 선조들의 분묘가 봉안된 곳이다. (다) OOO가 쟁점토지를 수용할 당시 보상을 위해 분묘들을 조사 및 확인하여 쟁점토지에 분묘가 있음을 확인하였고, 청구종중의 일족이 연고자임을 확인하였으므로 쟁점토지는 청구종중의 종산(宗山)임을 알 수 있다. (라) 위와 같이 쟁점토지는 약 500년전부터 처분일 현재까지 문중의 토지로 사용되어 온 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용하던 고정자산이므로 법인세법 제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에서 규정한 비수익용 자산으로 보아야 한다.
(1) OOO세무서장이 심OOO이 납부한 양도소득세를 청구종중의 법인세로 과목경정하고, 쟁점경정청구서를 청구종종 관할인 처분청에게 이송한 것은 정당하다. (가) OOO세무서장은 심OOO이 제출한 경정청구서를 처분청에게 이송하고, 심OOO에게는 경정청구각하로 통지하였지만 이는 심OOO이 접수한 경정청구서 자체를 부인해서 각하처리한 것은 아니며, 쟁점토지가 고유목적사업에 직접 사용한 자산인지에 대한 판단은 청구종중의 관할인 처분청이 할 사항이라고 보아 이송한 것이다. (나) 비록 개인인 심OOO 명의로 양도소득세를 납부하였지만, 쟁점토지의 양도 당시 소유자는 청구종중이고, 수용대금도 청구종중의 통장으로 수령되었으며, 양도소득세도 청구종중의 계좌에서 출금하여 납부되었고, 청구종중의 고유번호증과 법인으로 보는 단체의 승인통지서 등이 처분청에 의해 발급된 사실 등을 확인하고, 심OOO이 납부한 양도소득세는 청구종중이 납부한 것이므로 청구종중이 납부한 법인세로 과목경정을 하였다. (2) 법인세법 시행령 제2조 에서 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산을 비수익자산으로 규정하고 있는데, 청구종중은 2014.7.14. 비영리법인으로 등록하고 2014.9.11. 쟁점토지를 처분하였으므로 3년 이상 사용한 것으로 볼 수 없어 청구주장을 받아들이기 어렵다.
① 이 건 심판청구가 본안심리대상인지 여부
② 쟁점토지가 3년 이상 계속하여 청구종중의 고유목적사업에 사용되었는지 여부
② 과세표준신고서가 제1항의 세무서장 외의 세무서장에게 제출된 경우에도 그 신고의 효력에는 영향이 없다. 제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 (2) 법인세법 제3조【과세소득의 범위】① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.
2. 청산소득(淸算所得)
3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득
③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외 한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 제62조의2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】①비영리내국법인(제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.
1. 소득세법 제94조 제1항 제3호 에 해당하는 주식등과 대통령령으로 정하는 주식등
2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)
3. 소득세법 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산
② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조 제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.
③ 제2항을 적용할 때 소득세법 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 "양도가액"이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 소득세법 제95조 제2항 및 제103조에 따른 금액을 공제하여 계산한다.
④ 제3항에 따른 양도가액, 필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여는 소득세법 제96조 부터 제98조까지 및 제100조를 준용한다. 다만, 상속세 및 증여세법에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연(出捐)받은 비영리내국법인이 대통령령으로 정하는 자산을 양도하는 경우에는 그 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 그 법인의 취득가액으로 하며, 국세기본법 제13조제2항 에 따른 법인으로 보는 단체의 경우에는 같은 항에 따라 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.
⑤ 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여는 소득세법 제101조 및 제102조를 준용하고, 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여는 같은 법 제93조를 준용한다.
⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항을 준용한다.
⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 소득세법 제105조 부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를하여야 한다. 이 경우 소득세법 제112조 및 제112조의2를 준용한다.
⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 소득세법 제110조 제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. (3) 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】② 법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일(국가균형발전특별법 제18조 에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.
(1) 청구종중 및 처분청이 제시한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구종중의 정관 (나) 청구종중의 고유번호증 및 ‘법인으로 보는 단체의 승인여부통지서’를 보면, 처분청이 국세기본법 제13조 제2항 및 같은 법 시행령 제8조 제2항에 따라 2014.7.29. 청구종중(대표자 심OOO)을 법인으로 보는 단체로 승인(결성연월일: 2014.6.28.)하고, 고유번호증을 부여한 것으로 나타난다. (다) ‘법인으로 보는 단체의 국세에 관한 의무이행자 지정통지서’를 보면, 처분청이 2014.7.29. 청구종중의 국세에 관한 의무이행자를 심OOO으로 지정(지정연월일: 2014.7.14.)한 것으로 나타난다. (라) 쟁점토지의 등기부등본을 보면, 쟁점토지는 청구종중의 종중원들 명의로 소유권등기되어 있다가 2014.5.29. 청구종중 명의로 등기이전(등기원인은 2013.11.7. 명의신탁해지) 되었고, 2014.8.26. 국가에 소유권이전(2014.8.26. 공공용지의 협의 취득)된 것으로 나타난다. (마) 양도소득세과세표준신고서 및 쟁점경정청구서 등에 나타나는 신고 및 경정청구 등의 명의자는 아래와 같다.
1. 양도소득과세표준신고 및 납부계산서(2014년 11월): 심OOO
2. 공익사업용토지 등에 대한 세액감면신청서(2014년 11월): 청구종중 대표자 심OOO
3. 양도소득세 및 농어촌특별세 영수증: 심OOO
4. 쟁점 경정청구서: 청구종중 심OOO(심OOO 개인 도장 날인)
5. OOO세무서장이 2016.12.2. 한 ‘경정청구 처리결과 통지’: 심OOO (바) 청구종중은 쟁점토지 위에 청구종중 선조들의 분묘25기가 있었다고 주장하며, 분묘명세서, 분묘 현황사진(소재지 및 연고자 등이 기재되어 있음), 개장 전 후 사진 등을 다수 제시하였다. (사) OOO에 의뢰하여 작성된 ‘제2외곽순환(인천-김포) 고속도로 민간투자사업(OOO)’의 토지 및 지장물 보상 관련 감정평가서(2014.2.5.)에 의하면, 쟁점토지 위에 수십 기의 청주종중 분묘, 그 외 다수의 비석, 나무 등이 있는 것으로 나타난다. (아) OOO이 2009.9.10. 청구종중에게 한 2009년 9월분 재산세(토지) 납세고지서에 의하면 납세자가 청구종중으로 기재되어 있다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구종종의 대표자가 OOO세무서장에게 개인 명의로 쟁점토지의 양도에 대한 양도소득세를 신고하였으나 OOO세무서장은 이를 청구종중의 법인세 신고로 보아 과목경정한 점, 쟁점경정청구서에 청구종중 대표자의 도장이 날인되어 있으나 종중의 명의가 기재되어 있고 그 내용이 청구종중의 법인세를 감액경정청구하는 것인 점, OOO세무서장이 쟁점경정청구서를 청구종중의 경정청구로 보아 처분청에게 이송한 점, 처분청은 경정청구 처리기한까지 청구종중에게 아무런 통지를 하지 아니하다가 쟁점경정청구를 거부한다는 내용의 답변서를 우리 원에 제출한 점 등에 비추어 청구종중의 법인세 신고 및 경정청구, 처분청의 거부처분이 각각 존재한다고 보이므로 이 건 심판청구는 적법하여 본안심리대상에 해당한다고 판단된다.
(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구종중이 2014.7.14. 비영리법인으로 등록한 후 2014.9.11. 쟁점토지를 처분하였으므로 3년 이상 직접 사용한 것으로 볼 수 없다는 의견이나, 청구종중의 정관 부칙 제3조에 1988.1.1.부터 효력을 가진다는 내용이 있는 점, 등기부등본을 보면 청구종중이 과거부터 종중원들에게 쟁점토지를 명의신탁한 것으로 나타나는 점, 2009.9.10. 발급된 지방세 납세고지서 및 영수증에 청구종중이 납세의무자로 기재된 점, 쟁점토지에 청구종중의 분묘가 있는 것으로 확인되는 점, 법인으로 보는 단체로 승인받은 종중이 그 전에 취득하여 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하던 토지를 양도하는 경우 해당 차익은 수익사업에서 생기는 소득에서 제외하는 점(법규법인 2013-172, 2013.5.27. 참조) 등에 비추어 쟁점토지는 청구종중이 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하다가 처분한 고정자산으로 보는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점토지를 청구종중의 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.