조세심판원 심판청구 부가가치세

청구법인이 부동산개발업을 추가로 등기한 날 이후의 매입세액만 공통매입세액 안분계산 대상이라는 청구주장은 부당함

사건번호 조심-2017-서-1114 선고일 2018.03.23

청구법인은 부동산개발업을 추가등기하기 전부터 부동산개발업과 관련된 이 건 사업을 개시하여 영위한 것이라 하겠으므로 쟁점매입가액 관련 쟁점매입세액이 전부 환급되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려움

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2000.5.8. 금융기관 등의 부실채권 매입 등을 목적사업으로 하여 설립되어 2016.8.25. 부동산개발 및 분양업 등을 추가등기하고 OOO 외 3필지상에 오피스텔 및 상가를 신축하여 분양하는 사업을 영위하고 있다.
  • 나. 청구법인은 처분청에 2016년 제1기 부가가치세 신고를 하면서 매입가액 OOO원(이하 “쟁점매입가액”이라 한다) 전부를 공제대상으로 하여 관련 매입세액 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)의 환급을 신청하였다.
  • 다. 처분청은 청구법인에 대한 현지확인을 실시한 후, 쟁점매입가액을 아래 <표>와 같이 과세, 면세 및 공통매입으로 구분하고 쟁점매입가액 중 토지부속건물 및 중개수수료OOO와 용역비(OOO원, 이하 “쟁점용역비”라 한다) 등으로 지급된 OOO원은 면세사업인 사업부지 취득과 관련하여 발생한 것으로, 관리비 등으로 지급된 OOO원은 과세 및 면세사업에 공통으로 발생한 것으로 보아 면세사업 관련 매입세액 OOO원과 공통매입세액OOO 중 총매입가액(공통매입가액 제외)에 대한 면세사업 등에 관련된 매입가액의 비율로 안분하여 계산한 OOO원 등 합계 OOO원을 불공제 매입세액으로 하여 신청액 중 OOO원을 환급통지하고 나머지는 거부하였다. OOO
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2016.12.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 부동산 개발 및 분양업 등(이하 “부동산개발업”이라 한다)을 추가등기(2016.8.23.)하기 이전인 2016년 제1기 부가가치세 과세기간에 발생한 쟁점매입가액 관련 쟁점매입세액은 전부 환급되어야 한다. 청구법인은 2000.5.8. 목적사업을 기타금융업 등으로 하여 설립된 법인으로 2016.8.23. 등기사항전부증명서상에 부동산개발업을 추가등기한 후 OOO 외 3필지상에 오피스텔 및 상가를 신축하여 분양하는 사업(이하 “이 건 사업”이라 한다)을 영위하고 있다. 이 건 사업을 추진하기 위하여 2016.2.21. 주식회사 OOO건설(OOO건설 주식회사로 상호변경하였는바 이하 “OOO건설”이라 한다)과 OOO 약정(이하 “PM약정”이라 한다)을 체결하면서 해당 PM약정서 제4조에 ‘PM에 대한 최종 계약 내용 및 용역대가의 지급 등에 관한 내용은 본 건 사업부지 매입 진행 상황을 감안하여 청구법인과 OOO건설이 별도로 협의하여 계약하기로 한다’고, 제5조에 ‘이 건 사업에 필요한 OOO 부동산 매입 협상에 실패하여 청구법인이 이 건 사업을 추진할 수 없게 되었을 경우에는 OOO건설이 동 부동산을 인수하기로 한다’고 규정하였는데, 이후 PM약정서상의 내용이 이행됨에 따라 2016.9.1. 최종 PM계약을 체결하였다. 이와 같이 사업부지의 매입과정, 등기사항전부증명서상의 목적사업 정정, 2016.2.21. 및 2016.9.1. 체결한 PM계약 내용 등을 종합적으로 살펴볼 때, 2016년 제1기 부가가치세 과세기간 동안에는 이 건 사업의 추진 여부가 확정된 사실이 없음에도 처분청이 해당 과세기간 동안의 매입세액을 공통매입세액으로 본 것은 부당하고, 이 건 사업을 추진하기로 최종 확정하여 등기사항전부증명서상에 부동산개발업 등을 등재한 날(2016.8.23.) 이후에 비로소 발생된 공통매입세액에 대하여만 안분계산하는 것이 타당하다.

(2) 쟁점용역비는 토지와 관련된 매입가액에 해당하지 않는다. 청구법인이 OOO건설에게 지급한 쟁점용역비는 오피스텔 및 상가를 신축하고 분양하는 것과 관련하여 업무대행 용역을 공급받고 지급한 경비로서 공통매입세액에 해당하므로 안분하여 계산함이 타당함에도 처분청이 쟁점용역비를 토지와 관련된 자본적 지출로 보아 전액 매입세액불공제하여 환급을 거부한 처분은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 2016.2.21. OOO건설과 PM약정을 체결하고 2016.3.3. OOO원, 2016.5.11. OOO원, 2016.6.8. OOO원 및 2016.6.21. OOO원을 컨설팅용역비 등으로 지급한 점, 2016.4.19. 및 2016.7.20. OOO건축사무소 대표 신OOO에게 계약금 OOO원과 기본계획수립 시 지급하기로 한 OOO원을 지급한 점, 2016.2.26.부터 계속하여 이 건 사업 관련 부동산을 매입한 점 등으로 보아 2016년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 이 건 사업을 추진하였다 할 것이므로 해당 과세기간 동안 이 건 사업 추진여부가 확정되지 않아 등기사항전부증명서상에 부동산 개발업을 추가등기한 날(2016.8.23.) 이후 발생된 공통매입세액에 대하여만 안분계산하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다. 또한, 현장확인을 실시하였을 때, 청구법인에게 PM약정 제4조 제1항의 ‘OOO 및 OOO 부동산 매매계약 체결할 때 OOO설에 금 OOO원(부가세 별도)을 지급한다’는 조항과 관련하여 OOO건설이 청구법인에게 제공한 2016.3.3.자 공급가액 OOO원의 용역이 토지 매입관련 용역수행인지 여부에 대하여 문의하자, 청구법인은 OOO건설이 PM약정 이전부터 이 건 사업 관련 사업성 분석, 분양계획 수립, 설계업무, 인허가 업무 등 쟁점사업 전반의 용역을 수행하였다고 주장하며 2016년(날짜 미상) 작성된 OOO 오피스텔 분양제안서, 사업수지분석표, 2016년 1월 작성된 OOO빌딩 신축공사 계획도면, 2016년 3월 및 2016년에 작성된 계획도면 등을 제출하였는바, 이를 보아도 청구주장은 이유 없다.

(2) 청구법인과 OOO건설이 2016.5.2. 작성한 용역계약서에 OOO 인접상가와 경계확정 및 철거공사 민원 대비를 위한 경계팬스 작업에 대한 실비를 지급하기로 기재되어 있는 점, OOO건설이 2016.6.8. 및 2016.6.20. 청구법인에게 요청한 부동산 컨설팅 용역비 지급요청서에 OOO 및 OOO 부동산 매매계약과 관련하여 발생한 부동산 중개수수료 및 매매계약 건물에 입주하고 있는 전입자 명도 진행을 위한 부동산컨설팅용역비를 지급하기로 기재되어 있는 점 등으로 보아 해당 용역비는 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 에 따른 토지관련 매입세액으로 공제하지 아니하는 매입세액에 해당한다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 청구법인이 부동산개발업을 추가로 등기한 날(2016.8.23.) 이후의 매입세액만 공통매입세액 안분계산 대상이라는 청구주장의 당부

② 쟁점용역비를 토지 관련 매입비용으로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실들이 확인된다. (가) 등기사항전부증명서에 의하면 청구법인은 2000.5.8. 본점을 OOO, 20층OOO으로고, 목적사업을 구조조정대상기업에 대한 투자․인수, 인수한 구조조정대상기업의 정상화 및 매각 등으로 하여 설립등기하고, 2016.8.31. 목적사업에 부동산 개발업 및 관리업을 추가 등기하였다. (나) 청구법인의 이 건 사업 추진 경위는 다음과 같다.

1. 청구법인은 2016.2.21. 주식회사 OOO건설(OOO건설)과 아래와 같이 PM약정을 체결하였다. OOO

2. 청구법인은 2016.3.3. 위 PM약정에 따라 OOO건설로부터 부동산컨설팅용역을 제공받고 공급가액 OOO원을 지급하였다.

3. 청구법인(건축주)은 2016.4.18. OOO건축사사무소(설계자)와 이 건 사업부지 내 OOO빌딩 신축공사와 관련하여 건축물의 설계표준계약(계약금액 OOO원)을 체결하고, 해당 계약에 따라 2016.4.19. OOO건축사사무소에 계약금 OOO원을 지급하였다.

4. 청구법인(갑)은 2016.5.2. OOO건설(을)과 아래와 같이 용역계약을 체결하고, 2016.5.11. 해당 용역계약에 따라 OOO건설에게 용역료로 쟁점용역비 중 OOO원(공급가액, 쟁점용역비①)을 지급하였다. OOO

5. 청구법인은 OOO건설이 OOO에 대한 부동산 매매계약과 관련하여 발생된 부동산 중개수수료 및 매매계약 건물에 입주하고 있는 전입자의 명도진행 업무를 촉진하기 위한 부동산컨설팅용역비 지급을 요청함에 따라 2016.6.8. 및 2016.6.20. 쟁점용역비 중 OOO원 및 OOO원(쟁점용역비②)을 각 지급하였다.

6. 청구법인(갑)은 2016.9.1. OOO건설 주식회사(을)와 아래와 같이 PM계약을 체결하였다. OOO (다) 청구법인의 이 건 사업 추진과 관련하여 사업부지 계약 현황은 다음과 같다. OOO (라) 처분청은 2016.8.24.부터 2016.8.26.까지 청구법인에 대한 ‘2016년 제1기 부가가치세 환급 현장확인’을 실시하고 2016.9.10. 청구법인에게 그 결과를 통지하였는데, 그 주요내용은 다음과 같다. OOO

(2) 부가가치세법제38조 제1항 제1호에서 매출세액에서 공제하는 매입세액으로 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액을 규정하고 있고, 같은 법 제39조 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제80조에서 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액으로 면세사업 등에 관련된 매입세액과 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액, 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 등을 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점매입가액이 부동산개발업을 추가등기한 날 이전에 발생한 것이어서 관련 매입세액을 공통매입세액으로 볼 수 없으므로 쟁점매입가액 전부를 공제대상으로 하여 관련 쟁점매입세액을 환급하여야 한다고 주장한다. 그러나, 청구법인이 2016.2.21. OOO건설과 PM약정을 체결한 것을 시작으로 그 이후에도 OOO건설로부터 지속적으로 부동산컨설팅용역을 제공받은 점, 2016.2.26.부터 2016.7.20.까지 이 건 사업의 부지에 대한 매매계약을 체결하고, 해당부지에 건축물을 신축하기 위하여 건축물 설계표준계약을 체결하였으며, 기존 매입부지에 대한 경계확정 및 팬스공사 등을 추진하여 온 점 등에 비추어 볼 때 청구법인은 부동산개발업을 추가등기(2016.8.23.)하기 전부터 부동산개발업과 관련된 이 건 사업을 개시하여 영위한 것이라 하겠으므로 쟁점매입가액 관련 쟁점매입세액이 전부 환급되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 청구법인은 오피스텔 및 상가를 신축하기 위하여 이 건 사업부지 및 그 지상 건축물을 취득한 점, 쟁점용역비는 명목상 부동산컨설팅용역비이지만 그 계약내용을 보면 ‘사업부지 취득과 관련하여 발생된 부동산중개수수료 또는 취득한 사업부지상의 건축물의 철거를 위하여 입주하고 있는 전입자의 원활한 명도 진행 등’과 관련하여 지급한 것인 점, 이는 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 제2호 의 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에 있어서 건축물의 철거비용에 포함되는 것으로 볼 수 있으므로 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 비용에 해당하는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점용역비를 면세대상으로 보아 매입세액불공제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 부가가치세법 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. (2) 부가가치세법 시행령 제80조(토지에 관련된 매입세액) 법 제39조 제1항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 제81조(공통매입세액 안분 계산) ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항 제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조 제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)