「소득세법」상 제94조의 대주주 판정시 우선주를 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. OOO장은 2015년 6월 OOO에 대한 자금출처조사를 실시한 결과, OOO가 소유하고 있는 주식회사 OOO 주식(이하 “쟁점주식”이라 한다)의 시가 총액이 OOO원을 초과하여 청구인들이 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제157조 제4항에서 규정하는 대주주에 해당함에도 쟁점주식의 양도에 대해 양도소득세를 무신고하였다 하여 처분청에 과세자료를 통보하였다.
• 나. 처분청은 2016.9.5.～2016.9.23. 청구인들에 대한 양도소득세 실지조사를 실시하여, 청구인들의 2010〜2014년 쟁점주식 양도에 대해 후입선출법으로 양도차익을 계산하여 2016.12.1. 청구인들에게 아래와 같이 2010～2014년 귀속 양도소득세 합계 OOO원을 각 결정·고지하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2017.1.23. 심판청구를 각 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 청구인들의 쟁점주식 보유현황에 우선주를 포함하여 과세대상으로 판단하였으나, 우선주는 발행 당시부터 보통주와는 구별되고, 의결권의 유무로 인하여 증권시장에서도 보통주와는 서로 다른 종목으로 취급하고 있으며, 주가에 있어서도 2～3배의 차이가 발생하고 있음에도 이를 단순합산하여 지분율 기준을 적용하는 것은 과세근거가 될 수 없어 국세부과의 원칙에 위배되는 것이고, 금액 기준을 적용하는 것은 모든 상장주식을 합산하여 양도소득세를 과세하는 것과 마찬가지가 되어 법적 안정성이 심각하게 저해된다. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률제9조 제1항에서 대주주란 “법인의 의결권 있는 발행 주식을 기준으로 본인 및 대통령령으로 정하는 특수관계자”라고 규정하여 대주주의 기준에서 의결권이 없는 우선주는 제외한다는 것을 분명히 하고 있고, 헌법재판소 결정문(2015.2.26. 선고, 2012헌바355 결정)상의 입법연혁과 과세요건에서 “양도소득세 과세요건에 따르면 증권거래법상 주권상장법인의 대주주가 당해 법인의 주식을 양도한 경우 그 양도차익에 대하여 양도소득세를 과세하도록 한다”라고 판시하고 있으며, 소득세법 시행령 제157조 제4항 에서 법인의 주식 또는 출자지분을 “주식 등”이라고 하고, 이에 대하여 신주인수권과 증권예탁증권을 포함하도록 규정하고 있으나 우선주는 포함하고 있지 아니하는바, 대주주 판단에 있어 의결권이 없는 우선주는 제외하는 것이 타당하고, 이 경우 청구인은 대주주에 해당하지 아니하므로 양도소득세 과세대상에 해당하지 아니한다. 또한, 각 세법에서 규정한 내용 중 지분율과 관련하여 의결권 없는 주식은 제외한다는 뜻을 명문화하거나 명문규정이 없는 경우에는 예규를 통해 의결권 없는 주식은 제외하는 것으로 해석하고 있는 반면, 이 건과 관련한 소득세법 시행령 제157조 제4항 의 규정은 예규(재산세과-765, 2009.11.19.)에서 우선주를 포함하도록 하고 있어 납세자의 예측가능성을 저해하고 있다. 따라서, 양도소득세 과세대상인 “대주주가 양도하는 주권상장법인의 주식 등”의 판단시에도 우선주를 제외하는 것으로 해석함이 타당하므로, 처분청이 세법에 반하는 위법한 예규를 근거로 우선주를 포함하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 시행령제157조 제4항에서 대주주 판정요건을 “법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인”이라고만 규정하고 있을뿐, 법인의 의결권이 있는 주식에만 한정한다는 규정은 없으므로 소득세법 제97조 및 같은 법 시행령 제157조에 따른 대주주를 판정할 때에는 우선주도 포함되어야 한다. 이와 같은 뜻에서 국세청 예규(재산세과-765, 2009.11.19)에서도 소득세법제94조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제157조 제4항의 양도소득세 과세대상 ‘주권상장법인의 주식 등’에는 무의결권 우선주도 포함하는 것으로 해석하고 있다.

• 가. 쟁 점 소득세법제94조의 대주주 판정시 우선주를 제외하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제94조[양도소득의 범위] ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것 (2) 소득세법 시행령 제157조[증권예탁증권 및 대주주의 범위] ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 그와 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 부터 제3항까지의 규정에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 3(코스닥시장상장법인의 주식등과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항 에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 100분의 5. 이하 이 조에서 같다) 이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 100억원(코스닥시장상장법인의 주식등과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항 에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 50억원) 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주 (3) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조[그 밖의 용어의 정의] ① 이 법에서 “대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주주를 말한다.

1. 법인의 의결권 있는 발행주식총수를 기준으로 본인 및 그와 대통령령으로 정하는 특수한 관계가 있는 자(이하 “특수관계인”이라 한다)가 누구의 명의로 하든지 자기의 계산으로 소유하는 주식(그 주식과 관련된 증권예탁증권을 포함한다)을 합하여 그 수가 가장 많은 경우의 그 본인(이하 “최대주주”라 한다)

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자(이하 “주요주주”라 한다)

• 가. 누구의 명의로 하든지 자기의 계산으로 법인의 의결권 있는 발행주식총수의 100분의 10 이상의 주식(그 주식과 관련된 증권예탁증권을 포함한다)을 소유한 자
• 나. 임원의 임면 등의 방법으로 법인의 중요한 경영사항에 대하여 사실상의 영향력을 행사하는 주주로서 대통령령으로 정하는 자

⑬ 이 법에서 “증권시장”이란 증권의 매매를 위하여 거래소가 개설하는 시장으로서 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 제4조 제2항 각 호의 증권의 매매를 위하여 개설하는 시장(이하 “유가증권시장”이라 한다)

2. 제4조 제2항 각 호의 증권 중 대통령령으로 정하는 증권의 매매를 위하여 개설하는 시장(이하 “코스닥시장”이라 한다)

⑮ 이 법에서 “상장법인”, “비상장법인”, “주권상장법인” 및 “주권비상장법인”이란 각각 다음 각 호의 자를 말한다.

3. 주권상장법인: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

• 가. 증권시장에 상장된 주권을 발행한 법인
• 나. 주권과 관련된 증권예탁증권이 증권시장에 상장된 경우에는 그 주권을 발행한 법인
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들의 쟁점주식 시가현황 및 양도내역은 아래와 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 이 건 양도소득세 조항의 입법취지는 대량의 주식을 보유한 대주주 일가의 주식 명의 분산 및 그 분산된 주식의 양도를 통한 변칙증여를 방지하고 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와 과세형평을 기하기 위한 목적으로 상장주식의 양도차익을 양도소득세 과세대상으로 포함하였는데, 다만 상장주식 양도차익에 대한 과세로 인해 장래 예상되는 자본시장에 대한 부정적 영향과 투자 위축을 줄이기 위해 정책적으로 과세범위를 조정하는 등 유연한 대응이 필요하여, 주권상장법인의 주식을 양도한 경우 양도소득에 대하여는 대주주의 양도소득 등으로 과세대상을 제한하되, 구체적인 과세대상에 관하여는 시행령에 위임하게 된 것인바(헌법재판소 2015.2.26. 선고, 2012헌바355 결정), 위 법령의 입법목적에 비추어 볼 때 대주주 판정시 우선주를 제외하여야 할 이 유가 없어 보이는 점, 대주주의 범위에 관하여는 소득세법 시행령에 위임하였으므로 자본시장과 금융투자업에 관한 법률이 아닌 소득세법 시행령에 따른 대주주의 범위를 판단하여야 하고, 소득세법상 우선주를 배제하라는 명문규정이 없는 점 등에 비추어 대주주 판정시 우선주를 제외하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2015서5504, 2016.6.3., 조심 2016서1608·1620, 2016.6.21. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.