임대사업자 등록 이후 쟁점임대주택 취득하였으나 임대사업자 등록증에 추가 등록되지 않은 경우 1세대 1주택 특례규정 적용 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인의 OOO은 1990.2.10. 서울특별시 OOO 주택(이하 “쟁점거주주택”이라 한다)을 취득하여 아래 <표1>과 같이 임대주택 7채를 소유한 상태에서 2015. 3.10. 쟁점거주주택을 양도하였고, 2015.4.20. 쟁점거주주택에 대해 1세대 1주택 비과세를 적용하여 양도소득세 예정신고를 하였다가 2015.9. 16. 쟁점거주주택에 대한 1세대 1주택 비과세 적용을 배제하여 양도소득세 수정신고(무납부)를 하였으며, OOO(이하 “피상속인”이라 한다)은 2015.12.18. 사망하였다. <표1> 쟁점거주주택 양도 당시 피상속인의 임대주택 보유 현황
• 나. 피상속인의 상속인인 청구인은 쟁점거주주택이 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제19항 에 따른 양도소득세 비과세 적용대상이라는 취지로 2016.12.2. 수정신고에 대한 경정을 청구하였으나, 처분청은 <표1> 중 5번～7번(이하 “쟁점임대주택”이라 한다) 3채가 ｢임대 주택법｣ 제6조 제1항 규정에 따라 등록되지 아니하였다 하여 이를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2017.1.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 거주주택과 장기임대주택을 보유하고 있는 경우 거주주택의 양도에 1세대 1주택 특례를 적용받는 장기임대주택 요건에 대해 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제19항 제2호 에서 “양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 ｢임대 주택법｣ 제6조 에 따라 임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것”으로 규정하고 있는바, 쟁점임대주택은 아래와 같은 근거로 동 요건을 충족하므로 쟁점거주주택의 양도는 1세대 1주택 비과세 적용대상이다. (가) 피상속인이 쟁점거주주택 양도 당시 보유하고 있던 임대주택 7호 중 4호(<표1> 1번～4번)는 ｢소득세법｣ 제168조 규정에 따른 사업자등록을 하여 처분청으로부터 사업자등록증을 교부받았고, ｢임대 주택법｣ 제6조 규정에 따른 임대사업자 등록을 하였으며, 다만, 쟁점임대주택의 경우 관할관청에 임대사업자등록증 정정 신청을 하였으나, 쟁점거주주택 양도일 현재 임대사업자등록증상에는 누락(수기로 작성하던 때라 오류가 있었던 것으로 추정됨)된 것으로 사업자등록 및 임대사업자 등록 이후 피상속인이 추가로 임대주택을 취득한 것은 변경등록 내지 정정을 요하는 사항이지 새로운 등록이 필요한 사항은 아니고, 피상속인이 처분청에 매년 제출하는 사업장현황신고서와 주택임대사업자 수입금액 검토표에 쟁점임대주택도 포함하였으며, 실제 쟁점임대주택을 임대주택으로 사용하였다. (나) ｢종합부동산세 시행령｣ 제3조에서 ｢임대 주택법｣ 제6조 규정에 따라 등록한 임대사업자로서 과세기준일 현재 ｢소득세법｣ 제168조 규정에 따른 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 주택은 합산배제주택으로 규정하여 종합부동산세 과세대상에서 제외하는 것으로 규정하고 있는바, 쟁점임대주택은 종합부동산세가 시행된 2005년 이후 동 규정에 따라 종합부동산세가 부과되지 않았다.
• 나. 처분청 의견 ｢임대 주택법｣ 제6조 제2항 에서 임대사업자로 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하려면 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있고, ｢소득세법 시행령｣ 제167조의3 제1항 제2호 규정의 장기임대주택에 해당하기 위해서는 ｢임대 주택법｣ 제6조 에 의한 임대사업자등록 및 ｢소득세법｣ 제168조 에 의한 사업자등록의 요건을 모두 갖추어야 하며, 감면요건은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다 할 것인바, 피상속인은 서초구청에 1998년 매입한 주택 5채를 임대사업자 등록을 한 후, 2002년 추가 취득한 쟁점임대주택에 대하여 등록사항 변경신고를 하지 않아 현재 임대사업자 등록증상 1998년에 등록한 임대주택 5호만 확인되는 점, 청구인은 2006년 종합부동산세 임대주택 합산배제 신고서에 쟁점임대주택을 포함하여 매입임대주택으로 신고 후 종합부동산세가 부과된 사실이 없기 때문에 쟁점임대주택 합산배제요건을 미충족한 사실에 대하여 인지하지 못하였다고 주장하고 있으나, 국세청통합시스템에서 종합부동산세 합산배제 사후관리 대상자 추출시 누락되어 법정요건을 미충족한 쟁점임대주택분 종합부동산세 부과되지 않은 것으로(누락된 쟁점임대주택의 종합부동산세는 차후 부과가 필요하다고 판단됨) 국세청에서 쟁점임대주택이 ｢소득세법 시행령｣ 제167조의3 제1항 제2호 에 따른 장기임대주택에 해당된다고 견해 표명한 것으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 쟁점거주주택의 양도는 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제19항 에서 규정하고 있는 1세대 1주택 특례에 해당되지 않으므로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 ｢임대주택법｣에 따른 임대사업자 등록 이후 쟁점임대주택을 취득하였으나 임대사업자 등록증에 추가 등록되지 않은 경우 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 의 1세대 1주택 특례규정이 적용되는 장기임대주택에 해당되는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제168조【사업자등록 및 고유번호의 부여】

① 새로 사업을 시작하는 사업자는 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. (2) 소득세법 시행령(2015.6.1. 대통령령 제26302호로 개정되기 전의 것) 제154조【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다.(후단 생략) 제155조【1세대 1주택의 특례】

⑲ 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 다음 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. (후단 생략)

1. 거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록 및 ｢임대 주택법｣ 제6조 에 따른 임대주택사업자의 등록을 한 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 ｢임대 주택법｣ 제6조 에 따라 임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것 제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제4항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 ｢임대 주택법｣ 제6조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록 등"이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)

• 가. ｢임대 주택법｣ 제2조 제3호 에 따른 매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택
• 나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록등을 하고 ｢주택법｣ 제2조 제3호 에 따른 국민주택규모에 해당하는 ｢임대 주택법｣ 제2조 제3호 에 따른 매입임대주택을 2호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택
• 다. ｢임대주택법｣에 의하여 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 건설임대주택을 2호 이상 임대하는 거주자가 5년 이상 임대하거나 분양전환(동법에 의하여 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 주택. 이 경우 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액(｢부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률｣에 의한 주택가격이 있는 경우에는 그 가격을 말한다)이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원을 초과하지 아니하는 주택을 말한다.
• 라. ｢임대 주택법｣ 제2조 제3호 에 따른 매입임대주택[미분양주택(｢주택법｣ 제38조 에 따른 사업주체가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2008년 6월 10일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 선착순의 방법으로 공급하는 주택을 말한다)으로서 2008년 6월 11일부터 2009년 6월 30일까지 최초로 분양계약을 체결하고 계약금을 납부한 주택에 한정한다]으로서 다음의 요건을 모두 갖춘 주택. 이 경우 해당 주택을 양도하는 거주자는 해당 주택을 양도하는 날이 속하는 과세연도의 과세표준확정신고 또는 과세표준예정신고와 함께 시장·군수 또는 구청장이 발행한 미분양주택 확인서 사본 및 미분양주택 매입 시의 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조 제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하일 것

2. 5년 이상 임대하는 것일 것

3. 취득 당시 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 3억원 이하일 것

4. 수도권 밖의 지역에 소재할 것

5. 1)부터 4)까지의 요건을 모두 갖춘 매입임대주택(이하 이 조에서 "미분양매입임대주택"이라 한다)이 같은 시·군에서 5호 이상일 것{가목에 따른 매입임대주택이 5호 이상이거나 나목에 따른 매입임대주택이 2호 이상인 경우에는 가목 또는 나목에 따른 매입임대주택과 미분양매입임대주택을 합산하여 5호 이상일 것(나목에 따른 매입임대주택과 합산하는 경우에는 그 미분양매입임대주택이 같은 시·군에 있는 경우에 한정한다)}

(3) 임대 주택법 제6조【임대사업자의 등록】

① 대통령령으로 정하는 호수(戶數) 이상의 주택을 임대하려는 자는 특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하려면 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다.

③ 제1항과 제2항에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 임대 주택법 시행령 제7조【임대사업자의 범위 및 등록 기준 등】

① 법 제6조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 호수"란 다음 각 호의 구분에 따른 호수(戶數) 또는 세대를 말한다.

1. 건설임대주택의 경우: 단독주택은 2호, 공동주택은 2세대

2. 매입임대주택의 경우: 단독주택은 1호, 공동주택은 1세대 제8조【임대사업자의 등록절차】

① 법 제6조 제1항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 등록 신청서를 특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수 또는 구청장"이라 한다)에게 제출하여야 한다.

② 시장ㆍ군수 또는 구청장은 제1항의 등록 신청서를 접수하면 제7조제2항에 따른 등록 기준에 적합한지를 확인한 후 적합한 경우에는 임대사업자 등록부에 이를 올리고 등록증을 신청인에게 발급하여야 한다.

③ 제2항에 따라 등록증을 발급받은 자는 등록 사항이 변경된 경우에는 변경 사유가 발생한 날부터 30일 이내에 시장ㆍ군수 또는 구청장(변경 사항이 임대사업자의 주소인 경우에는 전입지의 시장ㆍ군수 또는 구청장을 말한다)에게 이를 신고하여야 한다. 다만, 등록 사항의 변경이 법 제6조의2에 따른 준공공임대주택의 등록 및 등록 사항의 변경신고로 인한 경우는 제외한다.

④ 제2항의 임대사업자 등록부는 전자적 처리가 불가능한 특별한 사유가 없으면 전자적 처리가 가능한 방법으로 작성ㆍ관리하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 양도소득세 경정청구에 대한 처분청의 검토서 주요내용은 다음과 같다.

(2) 청구인이 제시한 심리자료는 다음과 같다. (가) 1998.1.26. OOO장이 발급한 임대사업자등록증(등록번호: 98-22-7)에 의하면 임대주택 5호OOO가 등록된 것으로 되어 있다. (나) 피상속인이 처분청에 제출한 것이라며 ‘사업장현황신고서(2004년～2008년 신고분)’ 및 동 신고서의 첨부서류인 ‘주택임대사업자 수입금액검토표’를 각 제시하였는바, ‘사업장현황신고서’에는 임대주택 전체 내역이 기재되어 있지 아니한 사실이 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제19항 은 양도일 현재 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 제2호에 따른 장기임대주택 요건을 갖춘 주택을 임대하고 있는 거주자가 2년 이상 보유 및 거주한 주택을 양도하는 경우 장기임대주택은 주택으로 보지 아니하고 거주주택을 1주택으로 보아 양도소득세를 비과세한다는 규정으로 여기에 해당하는 장기임대주택은 양도일 현재 사업자등록 뿐만 아니라 ｢임대 주택법｣ 제6조 에 따라 임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것을 요건으로 규정(같은 법 시행령 제155조 제19항 제2호)하고 있는바, 쟁점임대주택이 ｢임대 주택법｣ 제6조 에 따라 임대주택으로 등록되지 아니한 사실에 대해서는 청구인도 이견이 없으므로 쟁점임대주택을 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 에서 규정한 장기임대주택으로 보기 어렵다고 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점거주주택의 양도에 대해 1세대 1주택 비과세 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.