쟁점부동산 매매계약서에 의하면 총 금액을 기재하면서 건물가액과 토지가액을 구분하지 아니한 점, 추후 제출된 매매계약서는 심판청구 이후 제출된 것으로 그 기재내역을 신뢰하기 어려운 점, 건물가액 산정의 객관적 산출근거를 등을 입증하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
쟁점부동산 매매계약서에 의하면 총 금액을 기재하면서 건물가액과 토지가액을 구분하지 아니한 점, 추후 제출된 매매계약서는 심판청구 이후 제출된 것으로 그 기재내역을 신뢰하기 어려운 점, 건물가액 산정의 객관적 산출근거를 등을 입증하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
심판청구를 기각한다.
(2) 처분청은 이 건 거래의 실지거래가액을 부인하고 기준시가를 기준으로 건물분 매입가액을 안분계산하여 일부금액만 경정하여 환급하였으나, 쟁점부동산은 취득당시 대출과 관련하여 감정평가 받은 바가 있으므로 설령 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 건물분 매입가액을 안분한다 하더라도 기준시가가 아닌 감정평가액에 따라 계산한 금액을 매입가액으로 하여야 한다.
(3) 또한, 처분청의 의견대로 기준시가를 기준으로 안분계산한다 하더라도 쟁점부동산의 이 건 매입가액은 부가가치세가 포함된 공급대가임에도 불구하고 이 건 매입가액을 부가가치세가 제외된 공급가액으로 보아 이 건 매입가액에 토지 및 건물의 기준시가를 잘못 적용하여 안분계산하였으므로 건물분 매입세액을 다시 계산하여야 한다.
(1) 토지와 그에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우 실지거래가액을 공급가액으로 해야 하나, 이는 객관적이고 공정 타당하여야 인정되는 가액으로 청구인이 신고한 실지거래가액은 합리적인 감정 등의 절차 없이 법인이 임의로 인식한 장부가액으로 안분 계산하였기에 그 금액은 부가가치세법 제29조 제9항 의 토지·건물가액 구분이 불분명한 경우에 해당하여 부가가치세법 시행령 제64조 에 의거하여 안분계산 해야 한다.
(2) 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우, 실지거래가액, 감정평가액 및 기준시가를 순차적으로 적용하는 것이나, 쟁점부동산 매입 시 은행 대출과 관련하여 감정한 평가액은 확인한 결과 토지 건물 가액을 구분하여 평가한 가액이 아니어서 그 가액을 적용할 수 없다 할 것이므로 국세청 고시 제2015-43호 제2조에 의거 소득세법 제99조 제1항 제1호 규정에 의한 기준시가로 안분계산하여 건물의 매입가액을 계산한 것은 타당하다.
(3) 청구인은 쟁점부동산의 이 건 매입가액에 부가가치세가 포함되어 있으므로 이 건 매입가액에서 부가가치세를 제외한 금액에 건물 및 토지의 기준시가를 적용하여 건물의 매입가액을 안분계산하여야 한다고 주장하나, 쟁점부동산의 매매계약서에 의하면 토지 건물 구분 없이 총 매매대금으로 이 건 매입가액이 기재되어 있고, 청구인은 부가가치세가 포함되어 있지 않은 공급가액으로 부가가치세를 신고하였으므로 쟁점부동산의 공급가액에 해당하는 이 건 매입가액을 적용하여 안분계산한 것은 적정하다.
① 청구인이 신고한 쟁점부동산(토지 및 건물 일괄취득)의 건물분 매입가액(실지거래가액)을 부인하고 기준시가로 건물분 매입가액을 재계산하여 청구인의 부가가치세 환급 신청을 일부 거부한 처분의 당부(주위적 청구)
② 실지거래가액을 부인하더라도 기준시가가 아닌 감정평가액을 기준으로 건물분 매입가액을 안분계산하여야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구1)
③ 기준시가를 기준으로 건물분 매입가액을 안분계산하더라도 적용될 실지거래가액은 쟁점부동산의 이 건 매입가액OOO에서 부가가치세를 제외한 가액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구2)
(1) 청구인은 2016.5.30. OOO로부터 쟁점부동산을 이 건 매입가액에 매입하고, 2016.7.25. 처분청에 2016년 제1기 부가가치세 신고를 하면서 쟁점부동산 중 건물분 매입세액의 공제에 따른 부가가치세 OOO원의 환급을 신청 2) 하였는바, 제출된 자료에 의하면 아래와 같이 이 건 매입가액에 부가가치세가 포함되어 있지 않은 것으로 하여 부가가치세를 신고한 것으로 나타난다.
(2) 처분청이 청구인의 이 건 환급신청과 관련하여 2016.8.23.～2016.8.29. 쟁점부동산에 대한 현장확인조사 결과 확인된 내용은 다음과 같다. (가) 등기사항전부증명서 등에 의하면, 쟁점부동산은 서울특별시 OOO 소재 A, B 총 2개동 7층(지하1층～2층 상업공간, 3층～7층 주거공간)의 37개호로 이루어진 OOO(이하 “이 건 부동산”이라 한다) 중 OOO(2개호)로, 2009.5.20. 소유권보존등기된 후, 2011.2.15. OOO으로, 2016.5.30. OOO로 소유권이전등기되었다가, 같은 날 청구인 앞으로 소유권이전등기가 경료된 것으로 나타난다. (나) OOO(매도인)은 2015년 12월 중 OOO(매수인)와 쟁점부동산을 포함한 이 건 부동산에 대하여 장부가액 OOO원의 이 건 부동산을 OOO원에 양도할 것을 약정하였고, 2015년도 결산서에 아래 <표>와 같이 OOO원을 이 건 부동산 양도에 따른 손상차손으로 계상하였으며, 손상차손 인식 후의 토지와 건물의 각 장부가액을 ‘32.22%: 67.78%’의 비율로 기재하였으나, 안분근거는 기재하지 아니하였다. (다) OOO는 2016.5.30. OOO으로부터 쟁점부동산을 매입하였다가 같은 날, 청구인에게 OOO원에 양도하였는바, 청구인(매수인)과 OOO(매도인)가 2016.5.27. 작성한 매매계약서에 의하면 쟁점부동산에 대한 매매대금으로 토지․건물 구분 없이 총 OOO원(이 건 매입가액)이 기재되어 있고 계약서상의 별지기재사항은 부동산만 표시되어 있는 것으로 나타난다. (라) 청구인은 2016.6.10. OOO로부터 매입한 쟁점부동산 중 건물분에 대하여 공급가액 OOO원이 기재된 세금계산서를 수취하였다.
(3) 처분청은 위의 현장확인조사 결과에 의거, 쟁점부동산의 건물 및 토지의 가액은 합리적인 근거 없이 OOO이 임의로 인식한 장부가액으로 안분계산되어 그 실지거래가액이 불분명한 경우로 보아 2016.9.26. 부가가치세법 시행령제64조 제3호 및 국세청 고시 제2015-43호에 따라 쟁점부동산의 공급가액을 청구인이 당초 제출한 매매계약서상의 금액인 OOO원(이 건 매입가액)으로 하고 해당 금액에 토지 및 건물의 기준시가를 적용하여 안분계산된 건물가액을 건물분 과세표준(공급가액)으로 하여 산출된 매입세액만을 환급결정(2016.9.26. 및 2017.1.13.)하고 나머지는 거부하였다.
(4) 청구인이 심판청구 이후인 2017.2.10. 항변자료로 제출한 부동산매매계약서에 의하면, 계약내용은 당초 제출된 위 계약서와 동일하나, 별지에 아래와 같이 매매목록이 추가된 것으로 나타난다.
(5) 한편, 청구인의 쟁점부동산 매입 관련 은행대출시 대출은행OOO이 쟁점부동산을 평가한 감정평가서에 의하면, 토지 및 건물 가액을 구분하여 평가한 감정평가액이 아닌 것으로 나타난다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구인은 처분청이 매매계약서상의 건물가액을 실지거래가액으로 인정하지 않고, 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 경우라고 보아 기준시가에 의하여 건물가액을 안분 계산하여 부가가치세를 과세한 것은 부당하다고 주장한다. 그러나, 청구인과 OOO가 2016.5.27. 작성한 쟁점부동산에 대한 매매계약서에 의하면 총 금액을 OOO원으로 기재하면서 건물가액과 토지가액을 구분하지 아니한 점, 추후에 제출된 매매계약서에는 건물가액과 토지가액이 구분기재되어 있으나 이는 심판청구 이후 제출된 것으로 그 기재내역을 신뢰하기 어려운 점, 건물가액 산정과 관련하여 객관적인 산출 근거 등을 입증하지 못하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 이 건 감정평가액은 토지분과 건물분으로 구분 기재되어 있지 아니하므로 이를 기준으로 이 건 매입가액을 건물분과 토지분으로 안분할 수는 없다 할 것이다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살펴본다. 청구인은 이 건 매입가액이 부가가치세가 포함된 공급대가이므로 기준시가로 안분계산할 경우 적용대상 가액을 부가가치세를 제외한 공급가액으로 하여야 한다고 주장한다. 청구인이 당초 부가가치세 신고와 관련하여 제출한 자료에 의하면 이 건 매입가액OOO이 부가가치세가 포함되지 않은 금액으로 기재되어 있는 점, 쟁점부동산의 매매금액에 대한 지급내역이 금융증빙 등에 의해 확인되지 않는 점, 처분청은 부가가치세법 제29조 제9항, 같은 법 시행령 제64조 및 국세청 고시(제2015-43호) 제2호에 따라 쟁점부동산의 매입가액 중 토지 및 건물의 각 가액 구분이 불분명하다고 보아 당초 청구인이 부가가치세 신고 당시 제출한 신고내역서상의 이 건 매입가액인 OOO원을 공급가액으로 하고 그 공급가액에 건물 및 토지의 기준시가를 적용하여 건물 및 토지의 가액을 안분계산한 후 안분된 건물가액의 100분의 10 상당액을 매입세액으로 한 점 등에 비추어 볼 때, 이에 대한 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 부가가치세법 제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령(2016.8.31. 대통령령 제27472호로 일부개정되기 전의 것) 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.
소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률 제2조제9호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.
2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.
3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액 (3) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 일부개정되기 전의 것) 제99조(기준시가의 산정) ① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.
1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물
1. 토지 및 건물 등의 기준가액 산정 토지의 기준가액은 소득세법 제99조 제1항 제1호 가목에 따른 토지의 기준시가로 하고, 건물 등의 기준가액은 같은 법 제99조 제1항 제1호 나목의 규정에 따라 국세청장이 고시한 건물의 기준시가의 산정방법을 준용하여 계산한 가액으로 한다.
과세표준 = 실지거래가액(부가가치세 불포함) × (제1호에 따른 건물 등의 기준가액 / 제1호에 따른 토지의 기준가액과 건물 등의 기준가액의 합계액) 1) 2016.9.26. 1차 경정시는 OOO원에 대하여 환급거부하였다가, 청구인의 심판청구 이후인 2017.1.13. 2차 경정을 거치면서 최종적으로 OOO원이 환급거부됨 2) 토지 및 건물의 공급가액 비율은 토지 64.41%, 건물 35.59%임
결정내용은 붙임과 같습니다.