부가공매입에 따르는 경정이 있을 것을 미리 알고 법인세 등을 수정신고한 것으로 보아 소득금액변동통지한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2007.11.7.부터 건축자재 도소매업을 영위하는 법인으로, 2009년 제1기 과세기간 중 OOO(이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 공급대가 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 매입세금계산서(6매, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 공제하고, 법인세 신고시 매입금액을 손금산입하였다.
• 나. OOO세무서장은 2014년 9월 쟁점매입처에 대한 세무조사 결과, 쟁점세금계산서를 가공거래로 확인하여 과세자료로 통보하였고, 처분청이 이에 따라 2015.6.19. 청구법인에게 과세자료 해명안내문을 발송하자, 청구법인은 2015.6.26. 관련 매입세액을 불공제하고, 과다계상된 매입금액을 익금산입(유보)하여 부가가치세 및 법인세를 수정신고하였다.
• 다. 처분청은 청구법인이 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고한 것으로 보아 쟁점금액을 대표자 상여로 소득처분하여 2016.12.8. 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2016.12.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인의 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 대법원 판례(2016.8.25. 선고 2016두40245 판결) 등에서는 법인세법 시행령제106조 제4항 본문은 당해 법인이 소정의 기한 내에 자발적인 노력에 의하여 그 금액을 회수한 경우에는 그 금액이 사외유출되지 아니한 것으로 보아 같은 조 제1항 제1호에 따른 소득처분을 하지 아니함으로써 당해 법인에게 자발적인 자기시정의 기회를 준 것이며, 이 조항 단서는 당해 법인이 사외유출된 금액을 회수하더라도 그것이 당해 법인의 자발적인 노력에 의한 것이 아닌 경우에는 다시 원칙으로 돌아가 소득처분을 하도록 규정한 것이라고 판시하였는바, 자발적으로 사외유출된 금액을 회수하였다면 사내유보로 처분하여야 한다. 청구법인은 과세자료 해명안내 통지를 2015.6.19. 받기 전인 2010년 자발적으로 당시 대표이사로부터 법인계좌로 쟁점금액을 회수하여 운영자금으로 사용하였으므로 처분청에서 경정할 때에는 사외유출된 금액이 없는바, 단지 수정신고를 늦게 하였다는 이유로 쟁점금액이 사외유출된 것으로 보아 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 이 건 처분은 부당하다. 한편, 청구법인은 2009년 귀속 부외인건비 OOO원(이하 “부외인건비”라 한다)을 현금계정에 과다계상하였다가 이를 2010사업연도에 오류정정하고, 사외유출된 쟁점금액을 대표이사 OOO으로부터 회수하여 현금으로 보통예금에 입금된 것으로 회계처리하였는바, 결과적으로 청구법인에서 사외유출된 현금은 OOO원에 불과하므로동 금액에 대하여만 사외유출된 것으로 보고, 적어도 쟁점금액 중 OOO원은 사내유보로 소득처분하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 법인세법 시행령제106조 제4항에 따라 내국법인이 부당하게 사외유출된 금액을 사내유보로 처분하기 위해서는 “ 국세기본법 제45조 의 수정신고기한 내”에 “사외유출된 금액을 회수”하고 “세무조정으로 익금산입하여 신고”하여야 한다는 요건을 모두 갖추어야 하는데, 청구법인이 회수한 자금의 출처가 불분명하고, 법인계좌를 발췌하여 일부분만 제출하였고, 제출된 거래 내역에도 일부 입금액의 입금자명이 지워져있거나 쟁점금액을 초과한 OOO원이 입금된 것으로 나타나며, 청구법인은 과세자료 해명통지를 2015.6.19. 받고 2015.6.26. 수정신고를 한바, 이는 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고한 경우에 해당한다. 또한, 청구법인은 2009년 귀속 부외인건비 OOO원과 2010년 회수한 쟁점금액 OOO원은 2010년 전기오류수정손실 등으로 장부상 회계처리하여 쟁점금액 중 OOO원만 사외유출된 금원이라고 주장하나, 이러한 처리내역은 2010년 귀속 법인세 신고시 첨부된 이익잉여금처분계산서 등에서 확인되지 아니하고, 부외인건비도 2015.6.26. 수정신고를 하면서 주장한 것으로 부외인건비와 쟁점금액은 관련이 없는바, 경정이 있을 것을 미리알고 수정신고한 이 건의 경우 쟁점금액이 사외유출된 것으로 보아 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 가공매입에 따르는 경정이 있을 것을 미리 알고 법인세 등을 수정신고한 것으로 보아 소득금액변동통지한 처분의 당부
• 나. 관련 법률 (1) 법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 것) 제66조[결정 및 경정] ②납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 제67조[소득처분] 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (2) 법인세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정된 것) 제106조[소득처분] ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

• 가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당
• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
• 다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 소득세법 제135조 의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.
• 라. 귀속자가 가목 내지 다목 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

④ 내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료의 주요내용은 다음과 같다. (가) 처분청은 OOO세무서장의 과세자료에 따라 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 2015.6.19. 청구법인에게 “부가가치세 과세자료 해명안내문”을 발송하며 해명자료를 제출할 것을 요청하였다. (나) 이에 청구법인은 2015.6.26. 쟁점세금계산서가 가공세금계산서라는 사실을 인정하고 2009년 제1기 부가가치세 및 2009사업연도 법인세 수정신고를 하면서 부외인건비 OOO원을 손금산입하고 쟁점금액이 대표이사 OOO으로부터 2010년 이미 회수되었기에 이를 유보로 소득처분한 후에 2009사업연도 법인세 OOO원을 납부하였다. (다) 처분청은 과세전적부심사 및 재조사 등을 거쳐 청구법인이 수정신고한 내용 중 부외인건비 등을 손금으로 인정하였으나, 쟁점금액에 대하여는 청구법인이 2015.6.19. 과세자료 해명안내문을 받고 2015.6.26. 수정신고를 하였으므로 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금에 산입하여 신고한 경우에 해당되어 사내유보로 소득처분하기는 어렵다고 보아 2016.12.8. 이 건 소득금액변동통지를 하였다.

(2) 청구법인은 2010년 전 대표이사인 OOO으로부터 쟁점금액을 이미 회수하였고, 2009년 귀속 부외인건비OOO가 현금계정에 과다계상되어 있어 이를 2010사업연도에 오류정정(전기오류수정손실 OOO원)하였으며, 쟁점금액을 회수하여 보통예금에 입금된 것으로 처리하여 결과적으로 청구법인에서 사외유출된 현금은 OOO원에 불과하므로 동 금원만 사외유출된 것으로 보아야 한다고 주장하며 금융거래증빙(법인계좌로 2010.3.23.부터 2010.9.13.까지 7회에 걸쳐 합계 OOO원이 입금됨), 법인등기부등본(OOO이 2007.10.30.부터 2009.9.29.까지 대표이사로 재직함), 부외인건비 지급내역, 2010사업연도 회계처리내역 등을 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 과세자료 해명안내 전에 쟁점금액을 회수하였음에도 수정신고를 그 후에 하였다고 하여 대표자에게 상여로 소득처분한 것은 부당하다고 주장하나, 법인세법 시행령제106조 제4항의 사내유보 소득처분은 경정이 있을 것을 알기 전에 사외유출된 금액을 회수하고 수정신고한 경우에 한하여 적용하는 것이 납세자에게 자기시정 기회를 주고자 하는 입법취지에 부합하고, 처분청이 과세자료 해명안내를 통지한 2015.6.19. 직후인 2015.6.26. 청구법인은 수정신고를 하였으며, 청구법인의 법인계좌에 전 대표이사 OOO 명의로 2010.3.23.부터 2010.9.13.까지 입금된 OOO원이 쟁점금액을 회수한 금액인지 그리고 동 금원이 부외인건비와 관련되어 있는지 여부를 확인할 수 있는 객관적인 증빙이 부족해 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고를 한 것으로 보이므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.