연구인력개발비가 최초발생한 사업연도의 세액공제액을 산정함에 당기 지출액방식이 아닌 증가분방식으로 공제율을 적용하여야한다는 청구주장의 당부

--------------------------------------------------------------------------------- [주 문] OOO세무서장이 20 16.11.11. 청구법인에게 한 2011사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 1980.5.30. OOO 공항의 효율적 관리․운영을 목 적으로한국공항공사법에 따라 설립된 법인이다.
• 나. 청구법인은 2011사업연도 법인세 신고시조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제10조의 규정에 의한 연구․인력개발비 세액공제액을 당기 지출액 방식을 적용하여 OOO원(연구인력 개 발비 OOO원 × 공제율 3.097%)으로 하였
• 다. 다. 이후 청구법인은 직전 4년 동안 지출된 연구․인력 개 발비 가 없었으므로 2011사업연도분 연구․인 력개발비 공 제세액을 계산함 에 있어 당기 지출액이 아니라 증가분 방식으 로 공제율 을 적용 하 여야 하고, 이 경우 2011사업연도 연구인력개발 비 공 제 세액이 OOO원(연구인력 개 발비 OOO원 × 공제율 40%) 이 되므로 차액인 OOO원 을 환급하여야 한다고 주장하며 2016.6.29. 처분청에 법인세 경정청구를 제기하였다.
• 라. 처분청은 청구법인의 당초 법인세 신고사항이 적정하다는 취지로 20 16.11.11. 청구법인에게 거부통지를 하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2016.11.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 대법원 판례 및 다수의 심판결정에서 직전 4년간 발생한 연구․인력 개발비용이 없는 경우 증가분 방식에서 제외한다는 명문의 규정이 없 음을 근거로 당해 연도 발생분 전액을 증액부분으로 보아 증가분 방식이 적용가능하다고 결정하였으므로 청구법인의 경정청구는 정당하
• 다. 또한, 2012년 개정된 조특법 제10조 규정은 과거부터 받아들여진 해석이나 관행에 대해 개정법령에서 확인시키는 의미가 아니라 개정세법을 통해서 새로운 의미를 부여하는 창설적 규정이고, 2012.1.1. 이후 개시하는 과세연도부터 적용한다고 부칙에서 규정하고 있으므로 최초 연구․인력개발비가 발생한 사업연도에 당기분 지출 방식을 적용하여야 한다는 처분청의 의견은 타당하지 아니하다.
• 나. 처분청 의견 과거 4년간 지출한 연구․인력개발비가 없는 경우 증가분 방식을 적용 할 수 있는지 여부에 대해 기획재정부 유권해석 및 심판례, 대법 원 판례가 상이한 문제점이 있어 2011.12.31. 조특법 제10조 규정을 개정 하면서 최초 연구․인력개발비가 발생한 경우 증가분 방식을 배제하 고 당기분 방식만을 적용하도록 하였는바, 그 취지는 연구․인력개발 비 세액공제시 증가분 방식 적용대상을 명확히 하는데 있다 할 것이므로 2011사업연도에 최초 발생한 연구․인력개발비는 당기분 방식으로 적용하는 것이 타당하다.

• 가. 쟁 점 연구인력개발비가 최초 발생한 사업연도의 세액공제액을 산정함에 있어 당기 지출액 방식이 아닌 증가분 방식으 로 공제율 을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 (2011.12.31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것) 제10조【연구·인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인이 각 과세연도 에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까 지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25

2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부 터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 1 0

3. 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

④ 제1항제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구·인력개발비와 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다. (2) 조세특례제한법 (2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것)

① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25

2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부 터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

3. 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비 가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

④ 제1항 제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구·인력개발비와 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다. 부칙 <법률 제11133호, 2011.12.31> 제1조(시행일) 이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다.(단서생략) 제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. (3) 조세특례제한법 시행령 (2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】④ 법 제10조 제2항에 따른 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 계산은 다음의 계산식에 따른다. 이 경우 해당 내국인의 일반 연구ㆍ인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액으로 본다. (해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액/4)×(해당 과세연도의 개월 수/12) (4) 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것) 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】④ 법 제10조 제2항에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액/해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다)×해당 과세연도의 개월 수/12

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인이 2016.6.29. 처분청에 제출한 2011사업연도 법인세 경정청구 서에 의하면, 2011사업연도 법인세 신고시 조특법 제10조의 규정에 의한 연구․인력개발비 세액공제를 과소하게 적용·신고함에 따 라 법인세를 과다납부하여 환급을 청구하게 되었다고 청구이유를 기 술하면서, 당 해 사업연도 직전 4년간 연구․인력개발비가 지출된 사실이 없어도 당해 사업연도에 지출된 연구․인력개발비를 증액분으로 보아 세 액공제 를 적용하도록 한 기획재정부 유권해석이나 심판결정례를 사 례로 제시하였고, 2011사업연도 연구․인력개발비 세액공제액을 <표 1>의 기준 중 증가분 발생액 기준에 의해 재계산한 OOO원으로 하여 당초 신고액인 OOO원과의 차액 OOO원을 환급청구 금액으로 산정한 것으로 나타난다. (2) 처분청 조사담당자가 2016년 11월 작성한 경정청구처리 복명서에 의 하면, 처분청은 내국법인이 연구․인력개발비에 대한 세액공제를 적 용 함에 있어서 최초로 연구․인력개발비가 발생한 사업연도(2011년)에 대 해 해당 비용을 전액 증가 지출 금액으로 보아 세액공제를 적용하는 것 이 가능한지 여부와 관련하여 과세기준자문을 신청하였으며, 증분발생액 기준에 의해 세액공제를 받을 수 없다는 국세청(법령해석과-3540)의 회신 내용에 따라 경정청구를 거부하는 것이 타당하다고 검토한 것으 로 나타난다.

(3) 한 편, 처분청의 2016.8.24.자 과세기준자문신청에 대한 국세청장의 회신 공문(법령해석과-3540, 2016.11.7.) 내용에 의하면, 기획재정부 유권해 석(조세특례제도과-832, 2011.9.2. 및 조예46019-108, 2002.6.21. 등) 사례를 들어 중소기업이 아닌 내국기업의 연구․인력개발비가 특정 사업연도에 최초 발생시 특정 사업연도분 연구․인력개발비에 대하여 는 조특법 제10조 제1항 제1호(증가분 발생액 기준)에 의한 세액공제를 받을 수 없다고 회신한 것으로 나타난다.

(4) 기획재정부가 발행한 2011 간추린 개정세법 해설서에 의하면, 2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 조특법 제10조의 개정 취지에 대해 “과거 4년간 지출한 연구․인력개발비용이 없는 경우 증가분 방식 을 적용할 수 있는지 여부에 대해 기획재정부 예규․심판례 등과 대법원 판례가 상이한 문제점을 해결하기 위해 연구․인력개발비 세 액 공제시 증가분 방식 적용 대상을 명확화하기 위함”이라고 하고 있고, 적용시기는 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다 고 설명하고 있다.

(5) 위 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2011.12.31. 개정 전 조특법 제10조에서 직전 4년간 연구ㆍ인력개발비가 지출되지 아니한 경우를 증가분 방식 적용 대상에서 배제한다고 규정하지 않은 점, 같은 법 시행령에서도 이러한 비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시 일 부터 당해 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간 중 발생한 연구ㆍ인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금 액을 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구․인력개 발비의 합계액으로 보도록 규정하고 있는 점 등에서 연구․인력개발비 가 해당 과세연도의 직전 4년간 지출되지 아니하고 해당 과세연도에 비로소 지출되었다 하더라도 그 투자액 전부를 초과발생액으로 보아 세액공제를 하는 것이 타당한 점, 2011.12.31. 개정된 조특법 제10조 단서 규정의 개정 취지가 기존 유권해석·심판례와 판례가 상이 한 문제점을 해결하기 위해 연구․인력개발비 세액 공제시 증가분 방식 적 용 대상을 명확하게 하기 위한 데에 있고, 동 부칙에서 2012.1.1. 이후 최초 개 시 하는 사업연도부터 적용한다고 규정하고 있어 이를 2011사업연도 연구․인력개발비 세액공제액 산정시 적용하기는 어려운 점 등 을 고 려하면, 처분청이 청구법인의 이 건 법인세 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 보여진다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기 본 법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한