검인계약서에 기재된 금액을 쟁점부동산의 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 부당함

[주 문] OOO이 2016.3.25. 청구인에게 한 2011년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구인은 OOO(토지 34.65㎡, 건물 84.4㎡, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 2004.11.19. 사업시행자인 OOO 주식회사로부터 매매로 취득하여 보유하다 2011.3.15. OOO에게 양도하고, 양도가액은 OOO원, 취득가액은 환산취득가액 OOO원으로 하여 2011. 5.31. 양도소득세를 신고‧납부하였다.
• 나. 처분청은 2015년 9월 청구인을 부동산취득가액 과다신고에 대한 기획점검대상자로 선정하고 쟁점부동산에 대한 검인계약서를 OOO으로부터 징취하여 취득가액 OOO원을 확인한 후, 청구인에게 2016.3.25. 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.6.22. 이의신청을 거쳐 2016.11.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점부동산을 청구인이 취득한 때는 12년 전으로, 청구인이 쟁점부동산을 취득할 당시 실거래가보다 낮게 계약서를 작성하는 관행이 있었고, 청구인은 OOO원에 쟁점부동산을 취득한 것으로 기억하나 청구인이 고령이라 제출할 증빙을 찾기 어렵고, 기억도 불분명하여 당초 신고한 환산취득가액으로 양도소득금액을 경정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 당초 취득 매매계약서가 없어 취득가액이 불분명한 것으로 보아 환산가액으로 신고하였으나, 소득세법제96조 제1항에 의하면 양도소득세의 계산에 있어서 부동산의 양도가액은 실지거래가액에 따르도록 되어 있고, 매매당사자들이 작성하여 시장, 군수 등의 검인을 받은 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 추정되어 그 계약서가 실제와 달리 작성되었다는 점은 이를 주장하는 자가 입증하여야 한다(대법원 1996.4.9.선고 93누2353 판결, 같은 뜻임). 그런데 청구인이 제출한 잔금일인 2004.11.19. 금융증빙으로는 검인계약서상 매매대금을 초과하는 금원을 지급하였음을 인정할 수 있는 구체적이고 객관적인 금융자료라고 볼 수 없고, 검인계약서가 허위로 작성되었다거나 위조되었다고 볼 수 없으므로 검인계약서의 매매대금 OOO원을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 검인계약서에 기재된 매매대금 OOO원을 쟁점부동산의 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법 제96조[양도가액] ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 따른다. 제97조[양도소득의 필요경비 계산] ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
• 나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 “의제취득일”이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액
• 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액 제114조[양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지] ⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제163조[양도자산의 필요경비] ⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

• 가. 증권거래세법에 따라 납부한 증권거래세
• 나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용
• 다. 공증비용, 인지대 및 소개비
• 라. 가목부터 다목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용 제176조의2[추계결정 및 경정] ① 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 “감정평가법인”이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액”이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

1. 법 제94조제1항제3호의 규정에 의한 주식등이나 법 제94조제1항제4호의 규정에 의한 기타자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 (산식 생략)

2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액(산식 생략)

③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월이내에 당해 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 2이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

⑤ 국세청장은 주소지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 양도소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 필요하다고 인정하는 때에는 기획재정부령이 정하는 바에 따라 부동산의 감정·평가에 관한 학식과 경험이 풍부한 자에게 자문하여 그 결정 또는 경정에 공정성을 기하게 할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 쟁점부동산의 필요경비라고 주장하는 취득가액 OOO에 대해 <표1>과 같이 금융거래 내역을 제시하였다. (나) 쟁점부동산 등기부등본 갑구에 의하면 청구인은 2004.11.19. OOO 주식회사로부터 쟁점부동산을 취득하였고, 2011.3.15. OOO원에 OOO에게 양도하였으며, 을구에 의하면 2003.11.20. OOO 주식회사는 채권최고액 OOO원의 근저당권을 설정하였고, 청구인이 쟁점부동산을 취득한 2004.11.19. 근저당권이 말소되었으며, 같은 날 청구인을 채무자로 하여 OOO원, 2006.11.15. 채권최고액 OOO원, 2009.3.23. OOO원, 2010.6.4. OOO원의 근저당권이 설정된 것으로 나타난다. (다) 쟁점부동산 검인계약서의 주요내용은 아래와 같다. (라) 국세통합전산망에 의한 쟁점부동산의 공동주택고시가격은 아래 <표2>와 같다.

(2) 청구인은 심판관회의(2017.5.25.)에 출석하여, 청구인은 자금이 부족하여 쟁점부동산의 취득 당시 쟁점부동산을 OOO원에 매각하겠다는 매도인의 제안을 받아들이기 어려웠으나, 협상 끝에 OOO원에 매수할 수 있었고, 부동산 거래를 잘 알지 못하는 관계로 매도인측이 거래절차를 진행하였으며, 이 건 검인계약서는 청구인이 작성하지 아니하였고, 인영도 본인의 것이 아니라서 검인계약서상 매매가액에 대해서 알지 못한다는 취지의 진술을 하였다.

(3) 검인계약서 제도는 1988년 10월에 시행되었고, 부동산실거래가 신고제도는 2006.1.1. 시행된 구공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률(현 공인중개사법) 제27조에 의해 도입된 것으로 나타나며, 우리 원 조사관이 쟁점부동산 소재지 인근 공인중개사 사무실에 탐문한 결과, 청구인이 쟁점부동산을 취득할 당시를 기준으로 쟁점부동산의 매매가액은 최소 OOO원 이상이었을 것으로 생각되어 쟁점부동산을 OOO원에 취득하는 것은 어려웠을 것이라는 취지의 답변이 있었다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 매매계약 내용대로 검인계약서가 작성되었다고 추정되므로 검인계약서상 매매가액인 OOO원을 쟁점부동산의 취득가액으로 보아야 한다는 의견이나, 청구인이 제출한 금융거래증빙에 의하면 계약금 OOO원과 잔금일 출금액 OOO원, 매도인에게 입금한 금액 OOO원의 합계액인 OOO원은 적어도 쟁점부동산 매매대금으로 지급되었을 가능성이 있어 쟁점부동산의 실제 취득가액은 최소한 검인계약서상 매매대금인 OOO원을 초과할 것으로 보이는 점, 쟁점부동산 소재지 인근 공인중개사의 답변내용과 청구인이 쟁점부동산을 취득할 당시 쟁점부동산에 설정된 근저당권의 채권최고액에 의하면 쟁점부동산의 시가는 검인계약서상 매매가액을 초과할 것으로 보이는 점, 쟁점부동산의 기준시가는 청구인의 취득일(2004년)부터 양도일(2011년)까지 21% 상승한 반면, 처분청의 경정에 따른 취득가액 대비 양도가액은 184% 상승하여 검인계약서상 매매가액은 사회통념에 부합하지 아니하는 것으로 보이는 점, 처분청이 과세근거로 한 검인계약서상 매매가액 OOO원과 청구인이 주장하는 실지취득가액 OOO원 모두 실지취득가액으로 인정하기 어려운 이 건의 경우, 청구인과 처분청 모두 검인계약서 외의 실지거래가액을 정확히 확인할 수 있는 실제매매계약서, 금융증빙의 제시가 없고, 매매사례가액 및 감정가액 역시 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 쟁점부동산의 취득가액이 불분명한 경우에 해당하므로 환산가액을 적용하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.