쟁점임대주택이 장기임대주택 요건을 충족하였으므로 쟁점주택의 양도가 1세대 1주택 비과세에 해당한다는 청구주장의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1994.5.27. OOO 가동 에이 205호(대지 59.43㎡, 건물 78.84㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하여 2016.2.27. 양도하고, 2016.4.15. 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하여 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였고, 한편, 청구인 세대는 2013.2.28. OOO3동 303호(이하 “대체주택”이라 한다)를, 2013.8.30. OOO 오피스텔 1502호(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)를 취득하여 쟁점주택의 양도일 현재 3주택을 소유하고 있다.
• 나. 처분청은 청구인의 쟁점주택 양도에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점주택의 취득가액(실지거래가액)이 불분명하다 하여 취득가액을 환산가액인 OOO원으로 하여, 2016.10.10. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.11.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인의 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점임대주택을 2013.8.30. 취득하여 소득세법제168조에 의하여 사업자등록을 하였고, 또한 임대주택법제6조의 규정에 의하여 임대주택으로 등록하여 임대하고 있음에도, 처분청은 청구인이 쟁점임대주택을 일반과세자로 사업자등록하여 임대하다가 2016.1.21. 폐업한 후 2016.3.11. 부가가치세 면세사업자로 사업자등록하여, 쟁점주택의 양도일에는 사업자등록이 없으므로 장기임대주택에 해당되지 않아 쟁점주택의 양도에 대해 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 없다는 의견이나, 청구인은 쟁점임대주택을 장기임대주택으로 적용받기 위해서 2013.9.3. OOO구청에 임대사업자등록을 하고, 개업일을 2013.6.25.로 부가가치세법에 의한 과세사업자로 2011.11.7. 등록하여 쟁점임대주택의 취득과 관련한 부가가치세 조기환급을 받고, 임대수입에 대하여 부가가치세를 신고․납부하여 오다가 쟁점임대주택이 면세전용으로 확인되어 2015.10.22. 기 환급받은 부가가치세를 납부하였는바, 쟁점주택의 양도일 현재 쟁점임대주택의 임대사업자등록은 되어 있었고, 또한 양도일 전 수년 동안 쟁점임대주택의 사업자등록을 하였으며, 사업자등록 정정과정에서 잠시 공백이 있었을 뿐이고, 또한 쟁점주택의 양도일(사업개시일)인 2016.2.27.로부터 20일 이내인 2016.3.11. 쟁점임대주택에 대하여 사업자등록을 하였으므로 소득세법제168조에 의한 사업자등록은 이행하였다고 할 수 있으므로 이 건 양도소득세 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 주장하는 쟁점주택이 비과세되기 위해서는 첫째, 장기임대주택은 소득세법168조의 사업자등록이 되어 있어야 함에도 불구하고 쟁점주택 양도일 현재 폐업되어 있으므로 장기임대주택 요건에 해당되지 아니하여, 소득세법 시행령155조 제19항 의거 비과세 특례규정을 적용할 수 없고, 둘째, 청구인은 임대부동산에 대한 사업자등록은 처음부터 법에 정한 규정대로 등록한 것이고 폐업은 잠시 공백상태였을 뿐 임대주택을 해지한 바도 없다고 주장하나, 청구인은 소득세법168조(사업자등록 및 고유번호의 부여)에 의한 사업자 등록을 한 것이 아니라 부가가치세법제8조(사업자등록)에 의한 사업자 등록을 한 것이며, 또한 소득세법제168조 제2항에 부가가치세법에 따라 사업자 등록을 한 사업자는 해당 사업에 관하여 소득세법168조의 사업자 등록을 한 것으로 본다는 규정이 있지만, 이는 면세사업자가 과세사업자로 등록하였을 때 적용하는 규정이 아니라 과․면세 겸용사업자를 위한 규정으로 겸용사업자는 부가가치세 과세사업자 등록을 한다면 면세 업종을 추가하지 않아도 소득세법168조를 적용할 수 있다는 규정으로, 청구인과 같이 면세사업자는 소득세법168조의 제1항에 의해서 소득세법상 주택임대사업자등록을 하지 아니한 경우에는 장기임대주택으로 볼 수 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점임대주택이 장기임대주택 요건을 충족하였으므로 쟁점주택의 양도가 1세대 1주택 비과세에 해당한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률 (1) 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제168조【사업자등록 및 고유번호의 부여】① 새로 사업을 시작하는 사업자는 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 분리과세 주택임대소득만 있는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다.② 부가가치세법에 따라 사업자등록을 한 사업자는 해당 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다.③ 이 법에 따라 사업자등록을 하는 사업자에 대해서는 부가가치세법제8조를 준용한다. (2) 소득세법 시행령 제155조 【1세대 1주택의 특례】⑲ 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 다음 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따라 민간임대주택으로 등록한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록 및 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대사업자의 등록을 한 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것

⑳ 1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(이하 이 조에서 "임대기간요건"이라 한다)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보아 제19항을 적용한다. 제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】① 법 제104조 제4항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조 동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다. (2) 부가가치세법 제8조 【사업자등록】① 사업자는 사업장마다 대 통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

(3) 임대 주택법 제6조 【임대사업자의 등록】① 대통령령으로 정하는 호수(戶數) 이상의 주택을 임대하려는 자는 특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하려면 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다.

③ 제1항과 제2항에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점주택을 1994.5.27. 취득(전입일 1994.7.19.)하여 2016.2.27. 양도하였고, 대체주택을 2013.2.28. 취득(전입일 2013.3.25.)하였으며, 쟁점임대주택을 2013.8.30. 취득하였는바, 청구인의 쟁점임대주택 등록현황은 아래 <표1>과 같다.

(2) 청구인은 쟁점임대주택에 대해 2011년 제2기부터 2013년 제1기까지 고정자산매입에 따른 조기환급으로 부가가치세 신고하여 환급받았고, 처분청은 쟁점임대주택이 2013년 제2기 중 면세사업에 전용된 것으로 보아 2015.10.22. 환급받은 부가가치세를 추징하였으며, 2014년 제1기부터 2015년 제1기까지 신고분에 대하여 면세사업이라 하여 부가가치세를 환급하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점임대주택이 장기임대주택 요건을 충족하여 쟁점주택의 양도가 1세대1주택에 해당한다고 주장하나, 장기임대주택이란 소득세법제168조에 따른 사업자등록과 임대주택법제5조에 따른 임대사업자등록을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 주택으로 소득세법 시행령제167조의3 제1항 제2호에서 규정하고 있고, 소득세법에 따라 사업자등록을 하는 사업자에 대하여는 부가가치세법제8조를 준용하도록 소득세법제168조 제3항에서 규정하고 있으며, 부가가치세법제8조에서 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 사업자등록을 신청할 수 있도록 규정하고 있는바, 청구인은 쟁점임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따라 2013.9.3. 민간임대주택으로 등록하여 임대업으로 사용하고는 있으나, 쟁점임대주택에 대하여 2011.11.17. 부가가치세법상 과세사업자로 사업자등록을 한 후 폐업하여 쟁점주택의 양도일인 2016.2.27. 현재 사업자등록이 되어 있지 아니한 점, 사업자등록 요건은 쟁점임대주택에 대한 사업자등록 요건으로 쟁점임대주택의 사업개시일로부터 20일 이내에 사업자등록을 하여야 하고 쟁점주택의 양도일에도 사업자등록 요건을 충족하여야 하는 것으로 해석되는 점 등에 비추어 쟁점임대주택은 장기임대주택 요건을 충족한 것으로 보이지 아니하므로 쟁점주택의 양도가 1세대 1주택에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.