합병 당해 사업연도에 공제한 피합병법인으로부터 승계받은 쟁점이월결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업의 소득금액의 범위를 초과한 것임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2004.5.28. 개업하여 기계장치 제조업을 영위하다가 OOO(주)(이하 “피합병법인”이라 한다)와 2014.10.1. 합병(이하 “쟁점합병”이라 한다)하였으며, 피합병법인으로부터 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 각 사업연도 소득금액에서 공제하여 2014사업연도 법인세를 신고하였다.
• 나. OOO은 2017.4.10. ～ 2017.4.27. 기간 동안 OOO세무서에 대한 종합감사를 실시하여 청구법인이 2014사업연도 법인세 신고 시 피합병법인으로부터 승계 받은 사업에서 발생한 소득금액을 초과하여 공제한 사실을 확인하고, 이월결손금 공제받은 쟁점금액의 공제를 부인하도록 처분지시를 하였다.
• 다. 처분청은 이에 2017.9.1. 청구법인에게 쟁점금액의 이월결손금 공제를 부인하여 2014사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.10.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 쟁점합병은 적격합병에 해당되어 2014사업연도 법인세 신고 시 피합병법인으로부터 승계 받은 이월결손금을 피합병법인으로부터 승계 받은 사업에서 발생한 소득금액 범위 내에서 공제하였으나, 처분청은 피합병법인의 소득금액 계산시 청구법인과 다른 기준을 적용하여 이를 부인하였는데, 이는 세법에 합병법인의 합병 전․후의 소득금액 계산에 대한 명확한 규정이 없었기 때문에 청구법인은 합리적인 방법을 선택하여 적용하였음에도 안분계산 방법에 대한 의견차이만으로 쟁점금액을 불공제하는 것은 조세법률주의 원칙에 위배되는(대법원 2017.4.20. 선고 2015두45700 판결, 같은 뜻임) 부당한 처분이다. (2) 법인세법 제45조 및 같은 법 제113조에 따르면, 합병법인이 구분경리 하지 않는 경우 피합병법인으로부터 승계 받은 사업에서 발생한 소득금액은 모든 사업에서 발생한 소득금액을 합병등기일 현재 고정자산가액 비율로 안분하도록 규정하고 있는데, 합병이 발생한 사업연도에는 전체 소득을 합병 전․후로 안분하는 명문규정이 없어 사업연도 전체를 통산하여 안분하게 되면 합병등기일 이전의 소득금액까지 배분되는 문제가 있게 된다. 이에 청구법인은 비영리법인의 공통익금 및 손금을 수입금액 기준으로 안분하도록 규정하고 있는 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 이 소득금액을 가장 합리적으로 안분할 수 있는 기준으로 보고 동 규정을 준용하여 합병 전․후의 소득금액을 안분 계산하였다. 반면 처분청은 명확한 명문규정의 근거 없이 손익계산서상 당기순이익을 기준으로 소득금액을 안분 계산하였는데, 합병 후에도 청구법인이 구분 기장하는 경우는 당기순이익 기준이 일견 합리성을 가질 수 있으나 구분기장하지 않은 상황에서 단순히 당기순이익으로 소득금액을 안분하는 것은 합리성이 결여되었을 뿐만 아니라 조세법률주의를 위반하여 이 건 부과처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 합병 전의 소득금액과 합병 후의 소득금액을 장부․기장에 의하지 않고 임의로 부가가치세 수입금액을 기준으로 합병 전․후의 소득금액으로 안분하고, 쟁점금액을 공제하였는데 이는 다음과 같은 이유로 부당하다. (가) 법인세법제45조에서는 합병등기일 현재 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계 받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 공제할 수 있도록 규정하고 있고, 같은 법 제113조에 따라 피합병법인으로부터 승계 받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 구분하여 기록하도록 하고 있다. 또한, 같은 법 제112조에 따라 법인은 장부를 갖추어 두고 복식부기 방식으로 장부기장 및 증빙 등 비치․보존 의무가 있다. (나) 이와 같은 규정에 따르면, 법인세법제45조 규정의 적용은 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인은 소득금액 또는 결손금을 확정하여야 함을 전제로 하고 있고, 이와 같이 확정된 소득금액 또는 결손금을 기준으로 합병법인은 피합병법인으로부터 결손금을 승계하여 피합병법인으로부터 승계 받은 사업에서 발생한 소득금액 범위에서 결손금을 공제할 수 있다. 또한, 같은 조 제2항에서 피합병법인으로부터 승계 받은 결손금은 “피합병법인으로부터 승계 받은 사업에서 발생한 소득금액에서 공제한다”고 규정하고 있는데, 여기에서 ‘피합병법인으로부터 승계 받은 사업’이라 함은 합병이라는 사건이 발생함에 따라 존재할 수 있는 개념이기 때문에 법문 해석상으로도 합병등기일 이전에 발생한 소득금액에는 ‘피합병법인으로부터 승계 받은 사업에서 발생한 소득금액’이 포함될 수 없어 어떠한 안분계산에 의하더라도 합병등기일 이전에 발생한 합병법인의 소득금액은 피합병법인의 결손금으로 공제할 수 없는 것이다. (다) 청구법인은 법인세법 제113조 제3항 의 단서규정에 따라 합병 전후의 소득을 구분경리하지 않았다고 주장하고 있으나, 동 규정은 합병이후 합병법인과 승계한 피합병법인에 대한 구분경리 의무에 대한 내용일 뿐 합병등기일 이후 합병법인 간 구분경리 되지 않았다는 사유로 소급하여 합병등기일 이전 소득까지 재차 안분한다는 규정이 아니다. 법인세법 제113조 제3항 의 단서규정에 의해 구분경리를 하지 않은 경우라 할지라도 해당 기간 중 피합병법인에 속하는 것과 그 밖에 속하는 것을 통산한 소득금액을 법인세법 제112조 의 기장의무에 따라 기장하고 증빙을 비치하여 통산한 소득금액을 계산하여야 한다. 그럼에도 불구하고, 청구법인은 합병 후 피합병법인에 속하는 것과 그 밖에 속하는 것을 구분경리하지 않은 점과 합병 당시의 소득금액 계산에 대한 명문규정이 없다는 이유로 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 을 임의로 적용하여 2014사업연도 소득금액을 부가가치세 수입금액 기준으로 합병 전․후로 임의 안분 계산한 것은 잘못이 있다. (2) 처분청은 청구법인에게 합병 이후에 소득금액이 존재한다는 사실을 확인할 수 있는 장부와 증빙을 요구하였으나 제출하지 아니하였고, 청구법인의 당기순이익을 검토한 바, 2014사업연도 전체 당기순이익 OOO원과 합병 당시 당기순이익 OOO원의 차액이 OOO원으로 합병 이후 당기순손실이 명백하며, 동 당기순손실액에 청구법인이 법인세 신고서상 세무조정사항을 모두 반영하더라도 해당 기간의 소득금액은 결손금액이기 때문에 피합병법인의 승계사업에 안분 할 소득금액 자체가 없으므로 법인세 과세표준 계산시 쟁점금액을 불공제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 합병 당해 사업연도에 공제한 피 합병법인으로부터 승계받은 쟁점금액이 피합병법인으로부터 승계받은 사업의 소득금액의 범위를 초과한 것으로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등

(1) 법인세법(2014.3.18. 법률 제12420호로 개정되기 전의 것) 제13조(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 국세기본법제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다. 제44조의3(적격 합병 시 합병법인에 대한 과세특례) ② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다. 제45조(합병 시 이월결손금 등 공제 제한) ① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.

② 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

③ 적격합병을 한 합병법인은 합병법인과 피합병법인이 합병 전 보유하던 자산의 처분손실(합병등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도에 발생한 것만 해당한다)을 각각 합병 전 해당 법인의 사업에서 발생한 소득금액(해당 처분손실을 공제하기 전 소득금액을 말한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 이 경우 손금에 산입하지 아니한 처분손실은 자산 처분 시 각각 합병 전 해당 법인의 사업에서 발생한 결손금으로 보아 제1항 및 제2항을 적용한다.

④ 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 감면 또는 세액공제는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 또는 이에 해당하는 법인세액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 적용한다.

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하는 결손금의 계산, 양도받은 자산의 처분손실 손금산입, 승계받은 사업에서 발생하는 소득금액에 해당하는 법인세액의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제112조(장부의 비치․기장) 납세의무가 있는 법인은 장부를 갖추어 두고 복식부기 방식으로 장부를 기장하여야 하며, 장부와 관계있는 중요한 증명서류를 비치ㆍ보존하여야 한다. 제113조(구분경리) ③ 다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 다만, 제25조 제1항 제1호의 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 제13조 제1호의 결손금이 있는 경우 또는 제45조 제2항에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우: 그 결손금 또는 이월결손금을 공제받는 기간

2. 그 밖의 경우: 합병 후 5년간 (2) 법인세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26068호로 개정되기 전의 것) 제81조(합병에 따른 이월결손금 등의 승계) ① 법 제45조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 자산가액 비율"이란 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인의 사업용 고정자산가액 비율을 말한다. 이 경우 합병법인이 승계한 피합병법인의 사업용 고정자산가액은 승계결손금을 공제하는 각 사업연도의 종료일 현재 계속 보유(처분 후 대체하는 경우를 포함한다)·사용하는 고정자산에 한정하여 그 고정자산의 합병등기일 현재 가액에 따른다.

② 법 제45조 제2항에 따라 합병법인이 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 승계하여 공제하는 결손금은 합병등기일 현재의 피합병법인의 법 제13조 제1호에 따른 결손금(합병등기일을 사업연도의 개시일로 보아 계산한 금액을 말한다)으로 하되, 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도부터는 매년 순차적으로 1년이 지난 것으로 보아 계산한 금액(이하 이 조에서 "승계결손금의 범위액"이라 한다)으로 한다. (3) 법인세법 시행규칙(2015.3.13. 기획재정부령 제480호로 개정되기 전의 것) 제76조(비영리법인의 구분경리) ① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각 호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다.

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 피합병법인 간의 합병이 적격합병이라는 점, 고정자산비율, 구분경리의 의무가 없다는 점, 합병일자에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 이견이 없다.

(2) 국세청통합전산망에 의하면 다음의 사실관계가 확인된다. (가) 청구법인과 피합병법인의 사업자등록현황은 다음 <표1>과 같다. (나) 청구법인의 2014사업연도 법인세 신고서 중 과세표준 및 세액조정계산서의 주요내용은 다음 <표2>와 같다. (다) 합병에 의해 법인 해산한 피합병법인의 2014사업연도 법인세 신고서 중 과세표준 및 세액조정계산서의 주요 내용은 다음 <표3>과 같고, 자본금과 적립금조정명세서(갑)의 이월결손금 잔액은 OOO원으로 확인된다. (3) 청구법인이 제출한 심리자료(과세전적부심사 청구시 제출한 내용 포함)는 다음과 같다. (가) 청구법인이 제출한 2014.9.30. 기준 손익계산서에 의하면 당기순이익은 OOO원으로 나타난다. (나) 2014사업연도에 이월결손금 공제가 가능한 피합병법인으로부터 승계 받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위를 계산한 절차에 대해 다음 <표4>와 같이 제출하였다. <표4> 청구법인의 이월결손금 공제가능 소득금액의 범위 계산절차 (4) 처분청이 제출한 청구법인의 합병 후 소득금액 계산내역은 다음 <표5>와 같고, 이에 따르면 청구법인은 합병 이후에는 결손금이 발생되어 일부 세무조정을 감안한다 하더라도 피합병법인으로부터 승계 받은 사업으로부터 발생한 소득금액이 없기 때문에 쟁점금액을 공제할 수 없다는 의견을 제출하였다. <표5> 처분청의 청구법인의 합병 후 소득금액 계산내역

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 법인세법제45조 제2항에 의하면, 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하도록 규정하고 있고, 법인세법 제112조 에 따라 법인은 복식부기 방식으로 기장할 의무가 있는바, 법인세법제113조는 합병 이후 피합병법인으로부터 승계 받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것의 구분경리를 면하는 것이지 합병법인의 합병 전․후의 소득금액 계산을 복식부기에 의해 기장된 내용에 의하지 않고 임의로 수입금액 기준으로 안분할 수 있다는 것은 아니고, 여기서 ‘피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액’이라 함은 합병 이후 발생한 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 소득금액을 말하는 것으로 당연히 합병 이전에 발생한 합병법인의 소득금액은 제외하여야 하며, 합병 이후 발생한 합병법인의 소득금액과 피합병법인으로부터 승계받은 사업의 소득금액은 같은 법 제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우 합병법인과 피합병법인의 사업용 고정자산가액 비율을 기준으로 안분계산한 금액으로 하도록 규정(제45조 제1항)하고 있다. 이 건의 경우, 청구법인은 합병 이전(2014.9.30. 기준)과 2014사업연도(2014.12.31. 기준)의 당기순이익이 OOO원으로 그 차액인 OOO원은 합병 이후 기간인 2014.10.1.부터 2014.12.31.까지 발생한 당기순손실액이라 하겠다. 여기에 2014사업연도말 기준으로 세무조정사항OOO을 전액 반영한다 하더라도 합병 이후 기간에는 결손이 발생되어, 합병 이후 청구법인의 소득금액과 피합병법인으로부터 승계받은 사업의 소득금액은 발생하지 않는 것으로 보이며, 달리 합병 이후 피합병법인으로부터 승계받은 사업부문에서 소득금액이 발생된 것으로 볼만한 증거가 없다. 따라서, 합병 당해 사업연도인 2014사업연도에는 합병법인인 청구법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금을 공제받을 금액이 없으므로 처분청이 쟁점금액의 공제를 부인하고 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.